양도소득세 감면대상 농지는 양도일 현재 농지이어야 함

[이유]

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 771 답 1,243㎡(이하 "전체토지①"이라 한다)중 1/4지분 (이하 "쟁점토지①"이라 한다) 및 같은 동 772 답 3,075㎡(이하 "전체토지②"라 하고, 전체토지①과 전체토지②를 합하여 이하"전체토지"라 한다)중 1/4지분(이하 "쟁점토지②라 하고, 쟁점토지①과 쟁점토지②를 합하여 이하 "쟁점토지"라 한다)인 위 ○○동 771 답 310.75㎡ 및 ○○동 772 답 768.75㎡을 1988.11.21. 취득하여 ○○특별시 ○○구 ○○택지개발사업과 관련하여 2000.10.5 ○○특별시 도시개발공사(이하 "도시개발공사"라고 한다)에 양도(수용)하고, 2000.11.22. 쟁점토지 양도에 대해 8년 이상 자경농지라 하여 양도소득세 면제를 신청하였다. 처분청은 당초 청구인의 쟁점토지 양도에 대해 8년 이상 자경농지로 보아 양도소득세를 면제하는 결정을 하였으나, ○○지방국세청장이 쟁점토지가 양도당시 공장 등의 부수토지로 사용되고 있어 양도일 현재 농지에 해당하지 아니하므로 양도소득세를 면제한 처분청의 당초처분은 부당하다고 감사지적함에 따라, 청구인의 쟁점토지 양도에 대해 8년 이상 자경농지 양도소득세 면제를 적용배제하고 2000년 귀속 양도소득세 87,277,090원 및 농어촌특별세 5,081,630원을 2002.11.1. 청구인에게 결정·고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2003.1.20 이 건 심사청구를 하였다.

청구인은, 전체토지는 1988.11.21. 청구인과 청구외 곽○○·동 정○○·동 윤○○ 4인이 공유로 취득하였고, 취득당시 공유자별로 각자의 이용목적에 따라 쟁점토지의 사용 위치를 특정하였으며, 사용 위치 특정시 청구인은 평생 농업에 종사하는 자로서 농사를 지을 목적으로 농사짓기에 유리한 비옥도가 높은 부분을 청구인의 사용위치로 특정하여 실제 영농에 이용하였으므로 쟁점토지는 1988.11.21. 취득하여 2000.10.5. 양도할 때 까지 청구인이 8년 이상 자경한 농지에 해당됨에도 불구하고, 처분청이 도시개발공사에서 쟁점토지가 농지가 아니라서 영농(실농)보상금을 지급하지 아니한 사실 및 청구인이 전체토지의 공동임대자로 되어 있다는 이유만으로 쟁점토지를 양도일 현재 농지가 아니라 하여 쟁점토지에 대해 8년 이상 자경농지 양도소득세 면제를 적용배제하고 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 부당하다는 주장인다.

처분청은 쟁점토지를 수용한 도시개발공사에서 지장물을 보상하기 위하여 작성한 물건기본조사서에 의하면 쟁점토지 위에 ●●마카산업(105--), △△철재사(105--), ■공업사(111--), □□건업(105--8),◎◎스텐(105-4-8**), ▽▽유리(미등록)가, 쟁점토지와 연접된 같은 동 773 및 771-1 위에 △△밴딩(105--1), ▲▲아트(127--), ○○벽돌(105--9**) 등의 공장건물이 산재되어 있었음이 확인되고, 도시개발공사가 위 사업자들에게 지장물보상을 하였음이 각 확인되고 있는바, 쟁점토지 및 쟁점토지 일대가 공장용지로 사용되고 있었던 것으로 보인다는 점, 쟁점토지 위에서 영업한 사업자들에게 쟁점토지에 대한 임대계약체결내용을 전화로 확인한 바, 사업자들이 쟁점토지에 대한 임대계약체결내용을 전화로 확인한 바, 사업자들이 쟁점토지의 소유자들과 연명으로 임대차계약을 체결하여 사용하였다고 진술하고 있다는 점, 도시개발공사에 출장하여 쟁점농지에 대한 영농(실농)보상금이 지급되었는지 여부를 조사한바, 쟁점토지의 경우 농지가 아니라서 청구인에게 영농(실농)보상금을 지급한 사실이 없다고 담당직원이 진술하고 있다는 점등에 비추어 볼 때, 쟁점토지는 수용당시 공장 등의 부속토지로 임대한 양도일 현재 농지가 아니고, 청구인이 쟁점토지를 8년 이상 자경하였음이 입증되지 아니하므로 청구인의 쟁점토지 양도에 대해 8년 이상 자경농지 양도소득세 면제를 적용배제하고 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 정당하다는 의견이다.

• 가. 쟁점 이 건 심사청구의 쟁점은 청구인의 쟁점토지 양도에 대해 8년 이상 자경농지의 양도로 보아 양도소득세를 면제할 수 있는지의 여부를 가리는 데 있다 할 것이다.
• 나. 관련법령 이 건 심사청구와 관련된 법령을 살펴보면 다음과 같다. ㅇ 조세특례제한법(2000.12.29 법률 제6297호로 개정되기 전의 것) 제69조 [자경농지에 대한 양도소득세 등의 면제]

① 다음 각호의 1에 해당하는 자가 8년 이상 계속하여 직접 경작한 토지로서 농지세의 과세대상(비과세·감면 및 소액부징수의 대상이 되는 토지를 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다.

1. 대통령령이 정하는 바에 따라 농지소재지에 거주하는 거주자

② 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 면제신청을 하여야 한다. ㅇ 조세특례제한법시행령 제66조 [자경농지에 대한 양도소득세 등의 면제]

① 법 제69조 제1항 본문에서 " 대통령령이 정하는 토지"라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. 이 경우 상속받은 농지의 경작기간을 계산함에 있어서는 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.(각호 생략)

④ 법 제69조 제1항 제1호에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 농지소재지에 거주하는 거주자" 라 함은 8년 이상 다음 각호의 1에 해당하는 지역에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시·군·구(괄호생략)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구 안의 지역 ㅇ 조세특례제한법 시행규칙 제27조 [농지의 범위]

① 영 제66조 제1항의 규정에 의한 농지는 전·답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·지소·농도·수로 등을 포함하는 것으로 한다(1999.4.26 개정)

② 영 제66조 제1항의 규정에 의한 토지에 해당하는지의 여부 확인은 다음 각호의 기준에 의한다.(1999.4.26 개정)

1. 등기부등본 또는 토지대장등본 기타 증빙에 의하여 양도자가 8년 이상 소유한 사실이 확인되는 토지일 것

2. 주민등록표등본, 시·구·읍·면장이 교부 또는 발급하는 농지원부등본과 자경증명에 의하여 양도자가 8년 이상 농지소재지에 거주하면서 자기가 경작한 사실이 있고 양도일 현재 농지임이 확인되는 토지일 것 ㅇ 국세심판원 심판례 (2001중2318, 2002.3.5) 자경농지임을 주장하는 농지를 타인이 임차하여 공장을 운영하였고, 8년 이상 자경사실을 입증할 수 있는 구체적이고 객관적인 증빙의 제시가 없으며, 수용당시 영농보상금이 지급되지 아니한 점으로 보아 자경농지로 인정할 수 없음

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심사청구의 사실관계에 대하여 살펴본다. (가) 청구인은 전체토지를 1988.11.21. 청구인과 청구외 곽○○·동 정○○·동 윤○○ 4인이 각각 1/4지분씩 공유로 취득하여 2000.10.2. 도시개발공사에 양도(수용)하였음이 청구인과 처분청에서 제출한 심리자료 등에 의해 확인되고 있다. (나) 청구인은 2000.11.22. 쟁점토지 양도에 대해 8년 이상 자경농지에 해당된다 하여 양도소득세 면제를 신청하였고, 처분청은 당초 청구인의 쟁점토지 양도에 대해 8년 이상 자경농지로 보아 양도소득세를 면제하는 결정을 하였으나, ○○지방국세청장이 쟁점토지가 양도당시 공장 등의 부수토지로 사용되고 있어 양도일 현재 농지에 해당하지 아니하므로 양도소득세를 면제한 처분청의 당초처분은 부당하다고 감사지적함에 따라, 청구인의 쟁점토지 양도에 대해 8년 이상 자경농지 양도소득세 면제를 적용배제하고 이 건 양도소득세 및 농어촌특별세를 2002.11.1. 청구인에게 결정·고지하였음이 양도소득세신고서 및 감사결과과세예고통지서와 이 건 양도소득세 결정결의서 등에 의해 확인되고 있다.

(2) 다음으로 쟁점토지가 양도일 현재 농지였는지 여부에 대하여 살펴본다. (가) 청구인은 청구인과 청구외 곽○○·동 정○○·동 윤○○ 4인이 공유지분으로 전체토지를 소유하면서 청구인과 청구외 곽○○은 자신들의 지분에 해당하는 부분을 직접 자경하였고, 도로에 접한 나머지 부분은 여타 공유지분권자인 청구외 정○○과 동 윤○○이 사용하였다고 주장하고 있다. (나) 그러나, 청구인은 전체토지의 공유자 중 1인인 청구외 정○○의 확인서만을 제시할 분, 전체토지를 공유자별로 각자의 지분에 해당하는 위치를 특정하여 각자의 책임하에 개별적으로 사용하였음을 객관적으로 입증할 수 있는 약정서 및 공증서 등의 증빙서류를 심리일 현재까지 제시하지 못하고 있다. (다) 청구인의 ○○지방국세청장에 대한 이 건 과세전적부심사청구 심리기간중 ○○지방국세청 담당공무원이 도시개발공사에 출장하여 확인한 바에 의하면, 도시개발공사가 ○○택지개발사업과 관련하여 사업지구 내 토지를 수용하면서 수용당시 경작에 사용되고 있는 토지에 대하여는 농작물의 소유자들에게 실농보상금을 지급하였는데, 쟁점토지와 관련해서는 실농보상금이 지급된 사실이 없는 반면, 수용당시 쟁점토지의 지상에서 영업중이거나 시설물을 보유하고 있던 ▽▽유리 등 10게 업체에 아래와 같이 지장물보상금으로 총 401,948,225원이 지급되었음이○○3공구 지장물 보상현황에 의하여 확인되고 있다. (단위: 원) ┌─────┬──────┬─────┬───┬─────┬──────┐ │ 소 재 지 │ 상 호 │ 성 명 │ 종류 │ 지 급 일 │ 보 상 금 │ ├─────┼──────┼─────┼───┼─────┼──────┤ │ │ ▽▽유리 │ 강○○ │ │ 2000.2.17│ 23,434,740 │ │ ├──────┼─────┤ ├─────┼──────┤ │ │ △△벤딩 │ 강△△ │ │ 2000.2.26│ 34,594,470 │ │ ├──────┼─────┤ ├─────┼──────┤ │○○동 771│ △△철재사 │ 최○○ │ │ 2000.2.25│ 33,015,360 │ │ ├──────┼─────┤ ├─────┼──────┤ │ │ ▲▲아트 │ 허○ │ │ 2000.2.25│ 33,926,450 │ │ ├──────┼─────┤ ├─────┼──────┤ │ │ □□건업 │ 김○○ │ 영업 │ 2000.2.21│ 42,887,245 │ ├─────┼──────┼─────┤ ├─────┼──────┤ │ │☆☆스텐샷다│ 강○○ │ 시설 │ 2000.2.23│ 42,525,100 │ │ ├──────┼─────┤ ├─────┼──────┤ │ │ ◎◎스텐 │ 최△△ │ │ 2000.3.2 │ 45,667,275 │ │ ├──────┼─────┤ ├─────┼──────┤ │○○동 772│ ■공업사 │ 김△△ │ │ 2000.3.2 │ 16,220,835 │ │ ├──────┼─────┤ ├─────┼──────┤ │ │●●마카산업│ 강◎◎ │ │ 2000.3.2 │ 33,345,700 │ │ ├──────┼─────┤ ├─────┼──────┤ │ │ ○○기업 │정△△ 외4│ │ 2000.8 │ 93,331,050 │ ├─────┼──────┼─────┼───┼─────┼──────┤ │ 계 │ │ │ │ │401,948,225 │ └─────┴──────┴─────┴───┴─────┴──────┘ (라) 또한, ○○지방국세청장 과세전적부심사청구 담당공무원이 지장물보상금을 수령한 위 사업자들에게 쟁점토지에 대한 임대차계약 내용 등을 전화로 문의한바에 의하면, 전체토지의 임차인들은 처분청의 의견과 마찬가지로 전체토지의 공유자들과 연명으로 임대차계약을 체결하였다고 답변하였으나, 청구인은 전체토지에 대한 임대보증금이 청구외 정○○·동 윤○○에게 전액 귀속되었음을 입증하지 못하고 있다. (마) 한편, 청구인은 자신이 청구외 정△△ 등 5인과 동업으로 운영하다가 1998.6.30 폐업한 벽돌공장인 ○○기업의 사업장이 ○○구 ○○동 794번지에 있었으므로 ○○기업과 쟁점토지와는 무관하다고 주장하나, 도시개발공사에서 작성한○○3공구 지장물 보상현황에 의하면, 실제로는 전체토지의 일부인 ○○구 ○○동 772번지를 ○○기업의 사업장으로 하여 청구인 외4인에게 지장물보상금 93,331,050원이 지급되었음이 확인되고 있는 바, 사업자등록증상 ○○기업의 사업장소재지가 ○○구 ○○동 794이나, 전체토지의 공유자 4인이 청구외 정△△과 ○○기업과 동업자인 점, 전체토지와 위 ○○동 794번지가 인접해 있는 점, 시멘트벽돌공장의 경우 공장시설 외에도 넓은 야적장 등이 필요한 점 등을 감안해 볼 때, 쟁점토지를 포함한 전체토지는 청구인 등 4인이 취득한 직후부터 ○○기업의 사업장으로 사용하다가 ○○기업이 페업된 이후에는 타인들에게 공장용지로 임대하였다고 보여지므로 쟁점토지는 수용당시 사실상 공장용지였던 것으로 판단된다.

(3) 청구인은 쟁점토지를 자경하였다고 주장하면서 농약 등 영농자재구입에 관한 영수증 및 농업용 유류구입관련대장, 자경사실확인에 대한 인우보증서 등을 제시하고 있으나, 관련법령에 의하면 8년 이상 자경농지로 양도소득세를 면제하기 위해서는 농지요건과 자경요건 및 거주요건을 모두 갖추어야 함을 알 수 있고, 앞에서 살펴본 바와 같이, 쟁점토지는 양도(수용)일 현재 공장용지로서 농지가 아닌 것으로 판단되는 바, 청구인의 쟁점토지 양도에 대해서는 8년 이상 자경농지 양도소득세 면제요건 중 농지요건을 갖추지 못하였으므로 설령, 청구인의 주장대로 청구인이 쟁점토지를 8년 이상 자경하였다 하더라도 쟁점토지는 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 면제대상이 아니라 할 것이다. 위와 같이, 쟁점토지가 양도당시 사실상 공장용지로 사용되어 쟁점토지는 양도일 현재 농지가 아닌 것으로 판단되므로 처분청에서 청구인의 쟁점토지 양도에 대해 8년 이상 자경농지 양도소득세 면제를 적용배제하고 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다 할 것이다.

이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 조세특례제한법 제69조 / 조세특례제한법시행령 제66조 / 조세특례제한법시행규칙 제27조 /