토지와 관련된 개정된 조세특례제한법의 적용시기를 언제로 볼 것인지 여부

이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구인은 소유의 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 외 7필지 답 3,566㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)가 ○○천 주택건설사업지구의 공공용지로(사업인정고시일: 2002.1.7) 대한주택공사에 수용되어 구 조세특례제한법(2001.12.29.법률 제6538호로 개정되기 전의 것) 제77조 제1항에 의거 2003.12.31일 이전에 양도함으로 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 25%에 상당하는 세액을 감면한다라는 규정을 적용하여 양도소득세를 감면하여 신고하였다. 처분청은 개정된 조세특례제한법 제77조 제1항 (2001.1.29. 법률 제6538호로 개정된 것)의 규정을 적용하여 감면을 부인하고 2002.10.2. 2002년 귀속 양도소득세 20,547,230원을 결정ㆍ고지하였다 청구인은 이에 불복하여 2002.12.30 이 건 심사청구를 하였다.

쟁점토지는 대한주택공사에 수용되어 구 조세특례제한법 제77조 제1항 에 의거 사업인정고시일로부터 2년 이전에 취득하였고, 2003.12.31일 이전에 양도하였으므로 조세특례제한법 부칙 경과조치 제25조 제2항의 규정에 의하여 종전의 규정을 적용하여 양도소득세 100분의 25를 감면한 것은 정당한데 처분청은 이를 무시하고 개정된 조세특례제한법 제77조 제1항 의 규정을 적용하여 감면을 배제하고 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.

개정된 조세특례제한법 제77조 제1힝의 적용시기는 동법 부칙 제2조 제2항에 의거 2002.1.1일 이후 양도분부터 적용하는 것이므로 처분청이 감면내용을 부인하고 2002.10.2일 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지와 관련된 개정된 조세특례제한법 제77조 제1항 의 적용시기를 언제로 볼 것인가를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 구 조세특례제한법(2001.12.29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것) 제77조【공공사업용토지 등에 대한 양도소득세 등의 감면】에는『① 다음 각호의 1에 해당하는 소득으로서 당해 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2003년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 25(토지 등의 양도대금을 대통령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 35)에 상당하는 세액을 감면한다.(2000.12.29 개정)

1. 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지 등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

2. 도시재개발법에 의한 도시재개발구역 (공공시설을 수반하지 아니하는 도시재개발구역을 제외한다)안의 토지 등을 동법에 의한 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

3. 토지수용법 기타 법률에 의한 수용으로 인하여 발생하는 소득』라고 규정되어 있으며, 같은 법 부칙(2001.12.29 법률 제6538호로 개정된 것)에는 『제1조【시행일】이 법은 2002년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제5조의 2, 제15조 제1항ㆍ2항, 제16조 제3항, 제23조 제1항, 제38조 제3항 내지 제5항, 제38조의 3, 제45조의 2, 제72조의 2, 제2항, 제73조 제1항 제15호, 제74조 제1항 제12호, 제86조의 2 제10항, 제88조의 5 제2항, 제89조 제1항, 제117조 제1항 제4호 내지 제6호ㆍ제10호 및 제18호, 제119조 제1항 제18호 및 제144조 제2항의 개정규정은 공포한 날부터 제106조의 2 제3항 및 제4항의 개정규정은 2002년 7월 1일부터, 제106조 제2항 제2호, 제121조의 2(제2항 전단중 외국인투자비율에 관한 부분은 제외한다)및 제121조의 5의 개정규정은 2003년 1월 1일부터 각각 시행한다. 같은 법 부칙 제2조【일반적 적용예】① 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시 행 후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다.

② 이 법 중 양도소득세에 과한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다. 같은 법 부칙 제25조【이월과세 및 양도소득세 등의 감면 등에 관한 경과조치】① 이 법 시행 당시 종전의 제2조 제1항 제6호의 규정에 의하여 이월과세의 대상이 된 양도에 관하여는 제2조 제1항 제6호의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.

② 이 법 시행 당시 종전의 제33조, 제35조 내지 제38조, 제42조, 제43조, 제46조의 2, 제48조, 제50조, 제51조, 제55조의 2 제3항, 제56조, 제60조, 제61조, 제63조의 2, 제69조 내지 제71조, 제77조 내지 제81조, 제82조 내지 제85조, 제97조 및 제97조의 2의 규정에 의하여 토지 등을 양도한 경우에 양도소득세 및 특별부가세에 관한 감면ㆍ이월과세ㆍ과세이연 및 추징 등에 관하여는 종전의 규정에 의한다』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 【먼저 사실관계를 살펴본다】

○○천 주택건설사업지구의 쟁점토지가 2002.1.7(사업인정고시일)대한주택공사에 수용된 사실이 공공용지의 합의취득서, 토지등의 보상공고 등에 의하여 확인된다. 청구인은 조세특례제한법 부칙 제25조 2항의 규정에 따라 구 조세특례제한법 제77조 제1항 에 규정된 양도소득세의 25%에 상당하는 세액을 감면하여 양도소득세를 신고하였으나, 처분청이 개정된 조세특례제한법 제77조 제1항 의 적용시가는 동법 부칙 제2조 제2항에 의거 2002.1.1이후 양도분부터 적용하는 것이므로 이 건 감면내용을 부인하고 2002년 양도소득세 20,547,230원을 2002.10.2 청구인에게 결정ㆍ고지한 사실이 양도소득세 결정결의서와 고지서에 의해 확인된다. 【다음으로 쟁점에 대하여 살펴본다】 청구인은 조세특례제한법 부칙 제25조 제2항의 규정에 의하여 종전규정을 적용하여야 하고, 종전의 규정에 의하면 양도소득세의 100분의 25를 감면하여야 한다는 청구주장에 대하여 살펴본다. 조세특례제한법 부칙 제25조 제2항의 『이 법 시행 당시 종전의 제33조, 제35조 내지 제38조, 제42조, 제43조, 제46조의 2, 제48조, 제50조, 제51조, 제55조의 2 제3항, 제56조 제60조, 제61조, 제63조의 2, 제69조 내지 제71조 제77조 내지 제81조, 제82조 내지 제85조, 제97조 및 제97조의 2의 규정에 의하여 토지 등을 양도한 경우에 양도소득세 및 특별부가세에 관한 감면ㆍ이월과세ㆍ과세이연 및 추징 등에 관하여는 종전의 규정에 의한다』라는 규정은 2001.12.31이전에 이미 양도한 경우 사후관리 등이 종전규정에 의한다는 규정인 것으로서 청구인의 주장은 법리를 오해한 것으로 보여진다. 위 관련법령 및 사실관계로 볼 때, 2001.12.29일 법률 제6538호로 개정된 조세특례제한법 제77조 제1항 의 적용시기는 같은법 부칙 제1조 및 제2조 2항을 적용하여 2002.1.1이후 최초 양도하는 분부터 적용해야 하는 것이 타당한 것으로 판단된다(재산 46014-10026, 2002.2.28외 같은 뜻임) 따라서 처분청이 공공사업용으로 양도한 쟁점토지에 대하여 양도소득세 감면을 배제하여 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 할 것이다. 이 건 심사청구는 청구주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.