위탁관리 한 계좌의 주식을 포함하여 대주주로 보아 과세한 처분이 정당한지

[이유]

청구인은 한국증권업협회 등록법인인 주식회사 ○○○(등록일은 1999.12.21.로서 이하 "청구외법인"이라 한다)의 비상장, 미등록주식 28,000주(이하 "원본주식"이라 한다)를 1999.8.3. 취득하여 1999년 9월 원본주식 중 5,000주(이하 "쟁점주식"이라 한다)를 청구외 박○○에게 양도하였으나, 이에 대한 양도소득세를 신고하지 아니하였으며, 1999.12.31. 현재 청구외법인의 협회등록 주식(이하 "주식이라 함은 청구외법인의 주식"을 말한다) 230,000주를 보유하여 청구외법인 발행주식총수의 4.42%를 보유한 대주주(3% 이상 보유)로 청구외법인의 주식등변동상황명세표에 나타나 있으나, 2000년도 중 양도한 주식 양도차익에 대하여 양도소득세를 신고하지 아니하였다.

○○지방국세청장은 청구인에 대한 주식 양도소득세 조사결과, 청구인이 1999년에 양도한 쟁점주식의 양도차익을 647,900,000원으로, 청구인이 2000년도에 양도한 청구인 명의 주식 양도차익 및 청구인이 타인 명의로 위탁운용한 주식 양도차익을 31,200,852,448원으로 밝혀내고 이에 대한 양도소득세 및 증권거래세를 추징하도록 조사결과를 처분청에 통보하였으며, 처분청은 ○○지방국세청장으로부터 통보받은 조사결과에 의건 1999년 귀속 양도소득세 77,448,000원과 증권거래세 2,310,000원 및 2000년 귀속 양도소득세 4,193,058,560원을 2002.10.1. 청구인에게 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2002.12.27. 이 건 심사청구를 하였다.

청구인은 다음과 같은 요지의 주장을 한다.

(1) 원본주식은 청구외 박■■에게 20억원을 지급하고 취득하였으므로 쟁점주식의 취득가액은 357백만원(=20억원÷28,000주×5,000주)으로 확인됨에도, 처분청이 쟁점주식의 취득가액을 액면가액(1주당 1만원)인 50백만원으로 보아 1999년 귀속 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 부당하다.

(2) 1999.12.31. 현재 청구인 명의 주식 23만주 중 청구인이 아닌 청구외 오○○·동 정○○·동 유○○이 실질소유자이고, 처분청이 청구인을 실질소유자로 본 청구외 양○○·동 장○○ 명의 주식 23만주는 청구인이 아닌 청구외 양○○·동 장○○·동 이○○·동 김○○·동 권○○·동 이●●·동 이◎◎·동 이▲▲가 실질소유자이며, 실지로 청구인의 보유주식은 13만주로 청구외법인 발행주식총수 520만의 2.5%를 보유하고 있어서 청구외법인의 대주주에 해당하지 아니하므로 청구인이 2000년도에 양도한 주식에 대한 양도소득세의 납세의무가 없는 바, 청구인에게 과세한 2000년 귀속양도 소득세는 취소되어야 한다.

이에 대한 처분청의 의견은 다음과 같다.

(1) 청구인에 대한 질문조사 시 청구인은 쟁점주식을 액면가액인 50백만원에 취득하였다고 진술하였고, 쟁점주식을 양도한 청구외 박■■도 쟁점주식을 액면가액인 50백만원에 양도하였다고 진술하고 있어 쟁점주식 거래 당사자들의 진술이 일치하고 있으므로 청구인의 쟁점주식 실지취득가액을 50백만원으로하여 1999년 귀속 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

(2) 청구인은 1999.12.31. 현재 청구외법인의 주식등변동상황명세표에 주식 23만주, 4.42%를 보유한 것으로 나타나고 있어 청구외법인의 대주주에 해당하므로 청구인은 2000년 주식 양도에 대해 양도소득세 납세의무가 있으며, 청구인은 타인들이 주식의 실질소유자라고 주장하나, 타인들과 청구인간에 금전거래가 있다는 사실만으로는 그들의 청구인의 주식을 취득하였다고 볼 수 없어서 청구인이 주장하는 타인들을 주식의 실질소유자로 인정할 수 없는 바, 청구인이 2000년도에 양도한 청구인 명의 주식과 청구인이 위탁운용한 타인 명의 주식 양도차익의 실질 귀속자를 청구인으로 보아 2000년 귀속 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 이 건 심사청구의 쟁점은

(1) 쟁점주식의 실지취득가액이 얼마인지 여부와

(2) 1999.12.31. 현재 청구인이 청구외법인의 대주주에 해당되는 것으로 보고, 청구인 명의와 청구인이 위탁관리한 타인의 계좌의 2000년도 주식 매매손익의 실질 귀속자를 청구인으로 보아 청구인에게 양도소득세를 과세할 수 있는지 여부를 가리는 데 있다 할 것 이다.

• 나. 관련법령 이 건 심사청구와 관련된 법령을 살펴보면 다음과 같다. ㅇ 국세기본법 제14조 [실질과세]

① 과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다. ㅇ 구 소득세법 제94조 [양도소득의 범위] (2000.12.29. 법률 제6292호로 개정되기 전의 것) 양도소득은 당해 연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

3. 한국증권거래소에 상장된 주식 또는 출자지분으로서 대통령령이 정하는 것의 양도로 인하여 발생하는 소득

4. 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 또는 출자지분으로서 대통령령이 정하는 것의 양도로 발생하는 소득 ㅇ 구 소득세법 제96조 [양도가액] (1999.12.28. 법률 제6051호로 개정되기 전의 것) 양도가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 제94조 제1호·제2호 및 제5호(괄호생략)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 양도 당시의 기준시가. (이하 생략)

2. 제1호 외의 자산의 경우에는 당해 자산의 양도 당시의 실지거래가액. (단서생략) ㅇ 소득세법 제97조 [취득가액]

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1호·제2호 및 제5호(괄호생략)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득 당시의 기준시가. (이하 생략)
• 나. 가목 외의 자산의 경우에는 당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가액.(단서생략) ㅇ 구 소득세법시행령 제157조 [토지 등의 범위] (2000.12.29. 대통령령 제17032호로 개정되기 전의 것)

④ 법 제94조 제1항 제3호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 증권거래법 제2조 제12항 의 규정에 의한 유가증권시장(이하 "유가증권시장"이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인(이하 "주권상장법인"이라 하다)의 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 "주식 등"이라 한다)으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자(이하 "대주주 등"이라 한다)가 양도하는 주식 등을 말한다.

1. 주권상장법인의 주식 등을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 "주주 1인"이라 한다) 및 그와 국세기본법시행령 제20조 의 규정에 의한 친족 기타 특수관계에 있는 자(이하 "기타 주주"라 한다)가 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 당해 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 3 이상을 소유한 경우의 당해 주주 1인 및 기타 주주.(이하 생략)

2. 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타 주주가 소유하고 있는 당해 법인의 주식 등의 시가총액이 100억원 이상인 경우의 당해 주주 1인 및 기타 주주

⑤ 법 제94조 제4호에서 "한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 또는 출자지분으로서 대통령령이 정하는 것"이라 함은 제158조 제1항 제1호·제4호 또는 제5호에 해당하지 아니하는 주식 등(신주인수권을 포함한다)으로서 유가증권시장에 상장되지 아니한 것 중 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 주권상장법인외의 법인의 주식 등을 양도하는 것.(단서생략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심사청구의 사실관계에 대하여 살펴본다.

① 청구인은 원본주식을 1999.8.3. 취득하여 1999년 9월 쟁점주식을 청구외 박☆☆에게 양도하였으나, 이에 대한 양도소득세를 신고하지 아니하였으며, 1999.12.31. 현재 청구외법인의 주식 23만주를 보유하여 청구외법인 발행주식 총수의 4.42%를 보유한 대주주(3% 이상 보유)로 청구외법인의 주식등변동상황명세표에 나타나 있으나, 2000년도 중 양도한 주식 양도차익에 대하여 양도소득세를 신고하지 아니하였음이 국세통합전산망에 의해 확인된다.

② ○○지방국세청장은 청구인에 대한 주식 양도소득세 조사결과, 청구인이 1999년에 양도한 쟁점주식의 양도차익을 647,900,000원으로, 청구인이 2000년도에 양도한 청구인 명의 주식 양도차익 및 청구인이 타인 명의로 위탁운용한 주식 양도차익을 31,200,852,448원으로 밝혀내고 이에 대한 양도소득세 및 증권거래세를 추징하도록 조사결과를 처분청에 통보하였음이 서울지방국세청 공문에 의해 확인된다.

③ 처분청은 ○○지방국세청장으로부터 통보받은 조사결과 공문에 의거 1999년 귀속 양도소득세 77,448,000원과 증권거래세 2,310,000원 및 2000년 귀속 양도소득세 4,193,058,560원을 2002.10.1. 청구인에게 결정고지하였음이 제세 결정결의서에 등에 의해 확인된다.

(2) 이 건 심사청구의 쟁점①에 대해 살펴본다.

① 쟁점주식의 실지양도가액에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없고, 쟁점주식의 실지취득가액에 대하여만 다툼이 있으며,

② 청구인은 청구외법인의 대표이사인 청구외 박■■에게 20억원을 지급하고 원본주식을 취득하였으므로 쟁점주식의 실지취득가액은 375백만원[= 20억원÷28,000주(원본주식)×5,000주(쟁점주식)]이라고 주장하고 있으나,

③ 처분청의 청구인에 대한 질문조사서 및 청구외 박■■에 대한 질문조사서에 의하면 청구인과 청구외 박■■은 원본주식을 액면가액(1주당 1만원씩 280백만원)에 매매하였다고 진술하고 있어 원본주식 거래 당사자들의 진술이 일치하며, 이 경우 쟁점주식의 실지취득가액은 50백만원(1주당 1만원씩 5,000주)임을 알 수 있는 반면, 이와 달리, 청구인은 청구주장을 입증할 수 있는 원본주식 취득관련 금융자료 등 구체적이고 객관적인 증빙서류를 제시하지 못하고 있다.

④ 그러하다면, 처분청이 쟁점주식의 실지취득가액을 50백만 원으로 하여 청구인이 양도한 쟁점주식에 대해 실지거래가액에 의해 양도차익을 산정하여 1999년 귀속 양도소득세 및 증권거래세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(3) 다음, 이 건 심사청구의 쟁점②에 대하여 살펴본다.

① 청구인은 1999.12.31.현재 청구인 명의 주식 23만주 중 10만주는 청구외 오○○(35,000주)·동 정○○(30,000주)·동 유○○(35,000주), (이하 "위 3인"이라 한다)이 실질소유자이며, 청구인이 실질적으로 보유한 주식은 13만주로서 청구외법인의 발행주식총수의 2.5%에 불과하므로 청구외법인의 대주주에 해당하지 아니한다고 주장하면서, 청구인이 2000.2.10. 청구외 오○○에게 입금한 주식 매각대금 233천만원의 금융자료, 2000.2.10. 청구외 정○○에게 입금한 주식 매각대금 9억원의 금융자료, 2000.2.16. 청구외 유○○에게 입금한 주식 매각대금 25억원의 금융자료 및 위 3인의 사실확인서를 제시하고 있으나, 청구인은 1999.12.31. 현재 청구외법인의 주식 23만주, 4.42%를 보유하고 있는 것으로 주식등변동상황명세표에 기재되어 있어 청구외법인의 대주주에 해당하는 것으로 나타나고 있는 반면, 청구인이 위 3인과 금전거래가 있었다는 점은 알 수 있으나, 동 금전거래는 1999.12.31. 이전이 아닌 2000년 2월중에 이루어져 그 사실만으로는 위 3인을 1999.12.31. 현재 청구인 명의 주식 중 10만주의 실질소유자로 볼 수가 없다는 점, 만약, 위 3인의 주식을 청구인 앞으로 명의신탁 하였다면 명의신탁에 관한 약정서가 있어야 함에도 동 약정서가 존재하지 아니하고, 주식 취득대금과 양도대금에 대한 분배 및 정산에 관한 서류가 존재하지 아니한다는 점, 특히, 청구외 유○○의 경우 주식 8만주를 보유하고 있는 것으로 청구외법인의 주식등변동상황명세표에 의해 확인됨에도 불구하고 청구인 명의로 주식을 보유할 하등의 이유가 없었다는 점 등에 비추어 볼 때 청구인이 제시한 금융자료 및 위 3인의 사실확인서는 신빙성이 없는 것으로 보여지고 있는 바, 청구인 명의 주식 23만주는 청구인 소유라고 봄이 타당하다 할 것이다.

② 청구인은 1999.12.31. 현재 청구외 양○○ 명의 주식 13만주와 청구외 장○○ 명의 주식 10만주의 실질소유자는 청구인이 아닌 청구외 양○○(24,000주)·동 이○○(32,000주)·동 김○○(12,000주)·동 권○○(2,000주)·동 이●●(6,000주)·동 이◎◎(16,000주)·동 장○○(48,000주)·동 이▲▲(90,000주),(이하 "위 8인"이라 한다)라고 주장하면서, 위 8인이 1998.1.22.부터 1999.12.16. 사이에 청구인에게 입금한 금융자료 및 위 8인의 사실확인서를 제시하고 있으나, 위 8인은 청구인과 친분관계에 있는 자들로서 청구인과의 금전거래가 있다는 사실만으로는 위 8인이 청구인으로부터 주식을 취득하였다고 보기에는 직접적인 연관성을 찾을 수가 없어서 청구인이 제시한 금융자료 및 위 8인의 사실확인서는 신빙성이 없는 것으로 보여진다는 점, 만약, 청구인의 주장대로 청구외 양○○·동 장○○ 명의 주식 23만주가 위 8인이 실질소유자라면 실질소유자인 위 8인의 명의로 청구외법인의 주주명부에 등재하였어야함에도 특별한 사정이 없이 청구외 양○○·동 장○○명의로 주주명부에 등재하였다는 점, 위 8인이 청구인으로부터 주식을 취득한 경우와 주식의 위·수탁 동기 및 주식 매매시점, 매매대금 수수에 대한 증빙서류를 갖추어 위 8인이 주식의 실질소유자임을 입증하여야 하나, 청구인은 이에 대한 증빙서류를 제시하지 못하고 있다는 점 등에 비추어 볼 때, 청구외 양○○·동 장○○명의 주식 23만주의 실질소유자를 위 8인으로 볼 수가 없으며,

○○지방국세청장의 조사복명서에 의하면, 청구인이 청구외 박■■으로부터 취득한 원본주식 중 6,500주(1999.9.13. 액면분할 후 13만주)는 청구외 양○○ 계좌에, 5,000주(1999.9.13. 액면분할 후 10만주)는 청구외 장○○ 계좌에 이체하여 청구인이 계속 운용한 것으로 청구인에 대한 질문조사서에 의해 확인되고 있는 바, 청구외 양○○·동 장○○ 명의 주식 23만주의 실질소유자를 청구인으로 봄이 타당하다 할 것이다.

③ 그러하다면, 1999.12.31. 현재 청구인이 실질적으로 소유한 주식은 청구인 명의 23만주와 청구외 양○○ 명의 13만주 및 청구외 장○○ 명의 10만주를 합한 46만주로서 청구외법인 발행주식총수 520만주의 8.84%를 보유한 것으로 나타나고 있는 바, 청구인은 1999.12.31. 현재 청구외법인의 발행주식총수의 3% 이상의 주식을 보유한 대주주에 해당하며, 따라서, 청구인이 2000년도에 양도한 청구인 명의 주식과 청구인이 타인 명의로 위탁관리한 주식의 양도차익에 대한 양도소득세의 납세의무가 있다고 봄이 타당하다고 판단된다.

④ 따라서, 처분청에서 청구인을 1999.12.31. 현재 청구외법인의 대주주에 해당하는 것으로 보고, 청구인이 2000년도에 양도한 청구인 명의 주식과 청구인이 타인 명의로 위탁관리한 주식에 대해 실지거래가액에 의해 양도차익을 산정하여 2000년 귀속 양도소득세를 청구인에게 과세한 이건 처분은 달리 잘못이 없다 할 것이다.

이 건 심사청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 국세기본법 제14조 / 소득세법 제94조 / 소득세법 제96조 / 소득세법시행령 제157조 /