1세대 1주택 양도소득세 비과세 특례 규정을 적용할 수 있는지의 여부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대지 208.2㎡, 건물 256.35㎡(이하 “쟁점주택”이라 한다)을 1972.11.1. 취득하여 2001.4.13.양도하였으나, 양도소득세 신고를 하지 아니하였다. 처분청은, 청구인이 쟁점주택을 양도할 당시 청구인의 남편인 청구외 정○○이 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지 건물 44.25㎡(이하 “쟁점건물①”이라 한다) 및 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지 건물 63.12㎡(이하 “쟁점건물②”라 하고, 쟁점건물①과 쟁점건물②를 합하여 “쟁점건물”이라 한다)를 소유하고 있었고, 쟁점건물은 주택에 해당되므로 1세대 3주택에 대해서는 1세대 1주택 양도소득세 비과세 특례 규정을 적용할 수 없다 하여 쟁점주택의 양도에 대해 1세대 1주택 양도소득세 비과세 규정을 적용 배제하고, 2002.8.1. 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 2001년 귀속 양도소득세 20,677,510원을 청구인에게 결정 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2002.10.29 이 건 심사청구를 하였다.

청구인은, 청구외 정○○이 운영하는 ○○연구소가 1999.12.30. 농촌진흥청장으로부터 농약품목등록시험연구기관으로 지정받았고, 청구외 정○○은 2000.1.24. ○○세무서장으로부터 연구개발서비스업을 업종으로 하여 사업자등록증을 교부받아 청구일 현재까지 농약의 약효 및 약해분야를 시험연구중에 있는 자로서, 쟁점건물① 은 1989년 매입당시부터 현재까지 무허가 건물로 1999년에 청구외 정○○이 연구소 설립 후 시험연구관리용 건물로 수선하여 사용하고 있으므로 주택으로 볼 수 없으며, 쟁점건물②는 청구외 정○○의 연고지(출생지)로서 청구외 정○○이 조상 대대로 살아오던 주택을 철거하고 1994년 신축하여 청구외 정○○ 소유 농경지 약 1,600여평의 영농과 선산의 관리를 위한 주택으로 소득세법 시행령 제155조 제7항 제1호 의 규정에 의한 농어촌주택에 해당됨에도 불구하고, 처분청에서 쟁점건물을 주택으로 보고 청구인이 쟁점주택 양도당시 청구인의 1세대가 3주택을 보유하였다 하여 쟁점주택의 양도에 대해 1세대 1주택 양도소득세 비과세 규정을 적용 배제하고 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 2001년 귀속 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 부당하다는 주장이다.

처분청은, 쟁점건물①은 ○○세무서 조사공무원의 현지확인조사 결과 청구외 정○○이 사실상 주택으로 사용하였고, 쟁점건물②는 1994.6.25. 청구외 정○○이 신축한 주택으로서 청구외 정○○이 쟁점건물② 소재지에서 영농에 종사한 사실이 확인되지 않고 있어 쟁점건물②를 농어촌주택으로 볼 수 없는 것으므로 청구인이 쟁점주택 양도당시 청구인의 1세대가 3주택을 보유하고 있었음이 확인되는바, 쟁점주택의 양도에 대해 1세대 1주택 양토소득세 비과세 규정의 적용을 배제한 당초 처분은 정당하다는 의견이다.

• 가. 쟁점 이 건 심사청구의 쟁점은 쟁점건물을 관리사 및 농어촌주택으로 보아 쟁점주택의 양도에 대해 1세대 1주택 양도소득세 비과세 특례 규정을 적용할 수 있는지의 여부를 가리는 데 있다 할 것이다.
• 나. 관련법령 이 건 심사청구와 관련된 법령을 살펴보면 다음과 같다.

○ 소득세법 제89조 【비과세양도소득】 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(거주용건물의 연면적 ․ 가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득

○ 소득세법 제89조 【 양도소득세 등의 면제 】

① 법 제89조 제3호에서 “1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것을 말한다. (단서 생략).

○ 소득세법 시행령 제155조 【1세대1주택의 특례】

① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 다른 주택을 취득한 날부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(1년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 재정경제부령이 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항의규정을 적용한다. (이하생략)

⑦ 다음 각호의 1에 해당하는 주택으로서 수도권정비계획법 제2조 제1호 에 규정된 수도권 외의 지역 중 읍지역(도시계획구역 안의 지역을 제외한다) 또는 면지역에 소재하는 주택(이하 이 조에서 "농어촌주택"이라 한다)과 그 외의 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다)을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 일반주택을 앙도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항의 규정을 적용한다. (1994.12.31. 개정)

1. 상속받은 주택(피상속인이 취득 후 5년 이상 거주한 사실이 있는 경우에 한한다)

2. 이농인(어업에서 떠난 자를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)이 취득일 후 5년 이상 거주한 사실이 있는 이농주택

3. 영농 또는 영어의 목적으로 취득한 귀농주택

⑧ 제154조 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 농어촌주택과 일반주택에 1세대가 각각 분리하여 거주하고 있는 경우에도 세대전원이 1개의 주택에서 거주한 것으로 본다.(1994.12.31. 개정)

⑬ 제7항의 규정을 적용받고자 하는 자는 재정경제부령이 정하는 1세대 1주택특례적용신고서를 법 제105조 또는 법 제110조의 규정에 의한 양도소득세 과세표준신고기한 내에 다음 각호의 서류와 함께 제출하여야 한다.

1. 주민등록등본 또는 주민등록증사본

2. 일반주택의 토지 및 건축물관리대장

3. 농어촌주택의 토지 및 건축물관리대장

4. 기타 재정경제부령이 정하는 서류

○ 소득세법 시행규칙 제103조 【양도소득세관련서식】

① 영 제155조 제13항 본문의 규정에 의한 1세대1주택특례적용신고서는 별지 제83호 서식에 의한다. (1995.5.3. 개정)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심사청구의 사실관계에 대하여 살펴본다. (가) 청구인은 쟁점주택을 1972.11.1. 취득하여 2001.4.13. 양도하고, 청구인의 남편 청구외 정○○은 청구인이 쟁점주택 양도당시 쟁점건물을 보유하고 있었음이 쟁점주택 및 쟁점건물의 등기부등본 및 행정자치부 전산자료 등에 의해 화인되고 있으며, 청구인이 쟁점주택 양도당시 청구외 정○○이 쟁점건물을 보유하고 있다는 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다. (나) 청구인은 쟁점주택을 양도하고 이에 대한 양도소득세 신고를 하지 아니하였음이 국세통합전산망에 의해 확인되고 있다. (다) 처분청은 쟁점건물을 주택으로 보고 쟁점주택 양도당시 청구인의 1세대가 3주택을 보유하고 있었다 하여 쟁점주택의 양도에 대해 1세대 1주택 양도소득세 비과세 특례 규정의 적용을 배제하고 기준시가에 의해 양도차익을 산정하여 2002.8.1. 이 건 양도소득세를 과세하였음이 양도소득세 결정결의서에 의해 확인되고 있다.

(2) 이 건 심사청구의 쟁점에 대하여 살펴본다. (가) 먼저, 청구인은 청구외 정○○이 운영하는 ○○연구소가 농촌진흥청장으로부터 농약품목등록 시험연구기관으로 지정받아 쟁점건물①을 시험연구관리용 건물로 사용하였을 뿐, 주택으로 사용하지 아니하였다고 주장하고 있고, 이에 대해 처분청은 청구외 정○○이 쟁점건물①을 주택으로 사용하였다는 의견이므로, 쟁점건물①이 사실상 주택으로 사용하였는지의 여부에 대하여 살펴보면, 청구인이 제시한 농촌진흥청장의 ○○연구소 대표이사 정○○에 대한 농약품목등록 시험기관 지정서 교부 공문(농업진흥청 자원51144-395,1999.12.30.)과 ○○세무서장의 2000.1.24. 발급한 사업자등록증명원(개업일이 1999.12.30.이고, 사업자등록신청일은 2000.1.24.임)에 의하면, 청구외 정○○은 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지(농업진흥청장의 공문에 의하면 같은 리 ○○번지임)에서 연구개발 서비스업을 업종으로 하여 ○○연구소를 운영하고 있음이 확인되고 있으나, 청구인은 쟁점건물①을 주택이 아닌 동 연구소의 관리사로 사용하였음을 입증할 수 있는 구체적이고 객관적인 증빙을제시하지 못하고 있다. 한편, 처분청으로부터 조사의뢰를 받은 ○○세무서의 조사공무원이 쟁점건물①에 현지 출장하여 확인한 2002.11.15.자 현지확인조사복명서에 의하면,「쟁점건물① 소재지에는 건물 한동과 콘테이너 한동이 위치하여 있고, 관할면사무소인 ○○도 ○○군 ○○면사무소에서 주택 44.25㎡ 및 농업생산시설10.15㎡로 재산세를 과세하였으며, 외관상 주택으로 판단되고, 인근주민 장○○ 등 2인에게 탐문한 바 보일러, 전기장판, 전열기 및 취사도구가 있고 최근 3년간은 정○○이 제초제 시험장으로 사용하며 상시 거주한 사실 및 하절기에는 정○○의 친구 및 가족들이 많이 놀러와서 거주하다가 간 사실을 확인 하였으며, 위 확인된 사실로 볼 때 쟁점건물①은 실제 건물(주택)로 존재하고 있고, 실제 사용용도는 가끔씩 사용되는 사무실 겸 주택으로 보인다고 기재되어 있는 바, 쟁점건물①은 44.25㎡과 농업생산시설 10.15㎡로 구성되고 있으며, 청구외 정○○은 쟁점건물①의 주택부분 44.25㎡는 사실상 주택으로, 농업생산시설 10.15㎡는 사실상 ○○연구소의 관리사로 사용하였다고 봄이 타당하다고 판단된다. (나) 다음으로, 쟁점건물②가 농어촌 주택인지의 여부에 대해 살펴본다. 첫째, 관련법령에 의하면, 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 다른 주택을 취득한 날부터 2년(2002.3.30.부터는 1년) 이내에 종전의 주택(양도일 현재 3년 이상 보유한 주택일 것)을 양도하는 경우에는 소득세법 시행령 제155조 제1항 의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 양도소득세를 비과세하는 것으로 규정하고 있으나, 1세대 3주택의 경우에는 양도소득세 비과세 특례 규정이 없음을 알 수 있다. 둘째, 또한, 소득세법 시행령 제155조 제7항 에 의하면, 상속받은 주택과 이농주택 및 귀농주택으로서 수도권 외의 지역 중 읍·면지역에 소재하는 농어촌주택과 농어촌주택이 아닌 일반주택을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 일반주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 1세대 1주택으로 양도소득세를 비과세하는 것으로 규정하고 있으나, 농어촌주택을 소유하고 있는 1세대가 3주택을 소유하는 경우에는 양도소득세 비과세 특례 규정이 없음을 알 수 있다. 셋째, 위 (가)에서 살펴본 바와 같이, 청구인이 쟁점주택 양도당시 청구인과 동일세대원인 청구인의 남편 청구외 정○○이 쟁점건물①을 보유하여 사실상 주택으로 사용하고 있었고, 청구인은 쟁점건물②가 농어촌주택이라고 주장하고 있는 바, 설령, 쟁점건물②를 청구인의 주장과 같이 농어촌주택으로 볼 경우에도 청구인의 1세대가 쟁점주택 양도당시 3주택을 소유하고 있었음이 확인되고, 위 첫째ㆍ둘째에서 살펴본 바와 같이 1세대 3주택의 경우에는 양도소득세 비과세 특례 규정이 없으므로 쟁점건물②가 농어촌주택에 해당되는지 여부에 관계없이 쟁점주택의 양도에 대해 1세대 1주택 양도소득세 비과세 특례 규정을 적용할 수 없다고 판단된다.

(3) 그러하다면, 처분청에서 청구인의 양도주택 양도에 대하여 소득세법 시행령 제155조 제1항 의 규정에 의한 1세대 1주택 양도소득세 비과세 특례 규정을 적용 배제하고 기준시가에 의해 양도차익을 산정하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다 할 것이다.

이 건 심사청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.