공동사업 현물출자 자산이 양도소득세 과세대상인지 여부에 대한 예규의 변경시 소급과세 금지원칙 등에 해당되는지 여부

○○세무서장이 2002.09.09. 청구인에게 결정ㆍ고지한 1995년 귀속 양도소득세 2,006,263,460원은 이를 취소합니다.

청구인과 청구외 손○○은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대지 409.3㎡(이하 “쟁점토지”라 한다. 공유지분 청구인 2/3, 청구외 손○○ 1/3)를 청구외 김○○ㆍ김○○ㆍ김○○ㆍ김○○ㆍ김○○ㆍ김○○(이하 “김○○ 일가”라 한다)은 같은 동14○○번지 대지 890.6㎡(이하 “쟁점외토지”라 한다)를 각각 출자하여 그 위에 주상복합건물을 신축하여 분양(임대)하는사업을 하기로 한 동업계약을 1995. 05. 10. 체결하고, 이후 청구인ㆍ청구외 손○○ㆍ김○○일가(이하 “청구인 등”이라 한다)는 ○○타워(000-00-00000)라는 공동사업을 1995. 06. 10. 개시하여 위 토지에 주상복합건물을 신축하여 분양하고 분양되지 아니한 잔여분은 동업계약서상 지분에 따라 각자에게 배분한 후 1999. 10. 31. 공동사업을 폐업하였다. 처분청은 청구인이 쟁점토지(청구인 지분 2/3)를 1995. 06. 10. 공동사업(○○타워)에 현물출자하였다 하여 지분변동과는 관계없이 이를 양도로 보고 1995년 귀속 양도소득세 2,006,263,460원을 2002. 09. 09. 청구인에게 결정ㆍ고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2002. 09. 23. 심사청구하였다.

과세관청은 토지를 공동사업에 현물출자하는 경우 그 공동사업자간 지분변동이 없으면 양도가 아니라고 재일46014-4390(1993.12.10)으로 해석하여 오다가 1996. 03. 15. 재일46014-707로 “공동사업에 현물출자한 자산 전체가 양도소득세 과세대상”이라고 예규를 변경하였는 바, 변경일 이전에 납세의무가 성립한 이 건에 대하여 처분청이 예규변경에 따른 새로운 해석에 의거 현물출자자산 전체를 양도소득세 과세대상으로 하여 양도소득세를 과세한 것은 신의성실원칙 및 소급과세금지원칙에 위배되므로 취소하여야 한다.

소득세법 제88조 제1항 (구 소득세법 제4조 제3항) 및 대법원판례에서는 공동사업에 토지를 현물출자하는 것은 양도에 해당된다고 하고 있고, 국세청 예규 재일46014-4390(1993.12.10)은 “공동사업에 현물출자하는 토지의 경우 지분변동이 있는 경우에 양도소득세가 과세된다”고 하고 있고, 재일46014-452(1994.02.16)에서는 “공동사업에 현물출자하는 토지는 양도소득세 과세대상”이라고 일반적인 법 해석을 하고 있는 바, 이러한 예규들은 각 사안별로 기속력을 가질 뿐 일반적인 사안에까지 기속력을 가진다고 할 수 없으므로 쟁점토지 중 청구인 지분(2/3)전체를 과세대상으로 한 이건 양도소득세는 청구인이 주장하는 예규(재일46014-707, 1996.03.15. 토지를 공동사업에 현물출자한 경우 현물출자하는 자산전체가 양도소득세 과세대상)에 의한 소급과세라고 할 수 없으므로 관련법령에 따라 과세한 이 건의 양도소득세는 정당하다.

• 가. 쟁점 공동사업에 현물출자한 쟁점토지 전체가 양도소득세 과세대상인지(소급과세금지원칙 등에 위배되는지) 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련 법령 국세기본법 제15조 【신의ㆍ성실】에서『납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다』고 규정하고 있다. 같은 법 제18조 【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】 제2항에서는『국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따라 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래에 대하여는 그 성립 후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다』고 규정하고, 같은 조 제3항에서『세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다』고 규정하고 있다. 소득세법(1994.12.22. 법률 제4803호로 전문개정 된 것) 제88조 【양도의 정의】 제1항에서『제4조 제3호 및 이 장에서 “양도”라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한 다. (이하 생략)』고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 청구인과 청구외 손○○은 쟁점토지를 김○○일가는 쟁점외토지를 각각 출자하여 그 위에 주상복합건물을 신축하여 분양(임대)하는 사업을 하기로 한 동업계약(청구인 지분율 19.3%, 현물출자한 토지가액 비율과 지분율은 변동 없음)을 1995. 05. 10.체결하고, ○○타워(000-00-00000)라는 공동사업을 1995. 06. 10. 개시한 사실이 동업계약서 및 사업자기본사항조회 등에 의하여 확인된다. 처분청은 청구인이 쟁점토지(청구인 지분 2/3)를 1995. 06. 10. 공동사업(○○타워)에 현물출자하였다 하여 지분변동과는 관계없이 이를 양도로 보고 1995년 귀속 양도소득세 2,006,263,460원을 2002. 09. 09. 청구인에게 결정ㆍ고지하였음이 양도소득세결정결의서 등에 의하여 확인된다. 공동사업에 토지를 출자한 경우 양도소득세에 대한 행정해석의 변경과정을 보면, 과세관청은공동사업에 토지를 현물출자하는 경우 그 공동사업자간 양도소득세 과세대상자산의 지분 변동이 있는 경우에는 양도소득세가 과세되는 것임(재일46014-4390, 1993.12.10), 공동사업에 토지를 현물출자함으로 인하여 그 자산이 사실상 유상으로 이전되는 경우에는 양도소득세 과세대상임(재일46014-452, 1994.02.16), 붙어 있는 2필지 각각의 토지소유자 2인이 공동사업에 그 소유토지를 현물출자시 자기지분 감소분은 양도소득세 과세대상이다(재일46014-1300, 1995.05.30)라고 해석하여 오다가 1996. 03. 15.공동사업에 토지를 현물출자하는 경우 공동사업체에 유상으로 사실상 이전되는 것이므로 현물출자자산 전체가 양도소득세 과세대상임(재일46014-707)이라고 해석을 변경하였다. 위와 같이 과세관청은 현물출자 토지에 대해 양도소득세를 과세하면서 지분변동이 없으면 양도소득세 과세대상이 아니다라고 1993. 12. 10. 재일46014-4390 예규로 해석하였고, 또한 통상적으로 위 예규대로 집행하여 왔으므로 쟁점토지를 현물출자할 당시(1995.06.10)에는 공동사업에 토지를 출자하는 경우 양도소득세 과세대상이 아니라는 해석 및 관행이 일반적으로 납세자들에게 받아들여져 있었다할 것인 바, 납세의무성립일 이후의 새로운 해석(재일46014-707, 1996.03.15)에 의하여 지분변동 없는 쟁점토지 전체를 양도소득세 과세대상으로 하여 과세하는 것은 소급과세금지원칙에 위배된다할 것(같은 뜻: 심사양도2000-74, 2000.08.18)이다. 따라서, 처분청이 공동사업에 현물출자한 쟁점토지 중 청구인 지분(2/3) 전체를 양도소득세 과세대상으로 하여 이건 양도소득세를 과세한 것은 잘못이라고 판단된다. 위 심리결과 이건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.