고급주택의 경우 일시적 2주택 양도소득세비과세특례규정 적용 여부

○○세무서장이 2002.01.03. 청구인에게 결정고지한 2001년 귀속양도소득세 148,646,710원은 청구인이 2001.09.07. 양도한 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○아파트 ○동 ○호 대지 100.579㎡, 건물196.7㎡에 대해 소득세법시행령 제155조 제1항 및 제160조의 규정을 적용하여 1세대1주택의 비과세 범위를 초과하는 부분에대해서만 실지거래가액에 의해 양도차익을 산정하여 그 과세표준과 세액을 경정합니다.

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○아파트 ○동 ○호 대지 100.579㎡, 건물 196.7㎡(이하“쟁점주택”이라 한다)를 1983.02.10 취득하여 2001.09.07 양도하고, 이를 1세대 1주택인 고급주택의 양도로 보아 1세대 1주택 비과세 범위를 초과하는 부분에 대하여만 양도소득세 37,902,400원을 신고 납부하였으며, 나머지 부분에 대하여는 1세대 1주택의 양도로 하여 비과세 신청을 하였다. 처분청은, 청구인이 쟁점주택을 양도할 당시 2001.03.29 취득한 ○○도 ○○시 ○○읍 ○○리 ○○번지 ○○마을 ○○빌리지 ○동 ○호(이하 “다른주택”이라 한다)를 소유하고 있었고 쟁점주택은 고급주택에 해당하며, 국세청 예규(재일 46014-945, 1996.04.12)에 의하면 고급주택에 대해서는 일시적2주택 특례 규정을 적용하지 아니하는 것으로 되어 있다는 이유로 쟁점주택의 양도에 대해 1세대 1주택 양도소득세 비과세 규정을 적용 배제하여, 2002.01.03. 실지거래가액에 의하여 2001년 귀속 양도소득세 148,646,710원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2002.01.07. 이의신청을 거쳐(2002.03.07. 기각결정) 2002.03.28. 이 건 심사청구를 하였다.

청구인은, 쟁점주택이 고급주택에는 해당되나, 고급주택 양도의 경우 1세대 1주택 비과세 범위를 초과하는 부분에 대해서만 양도소득세를 과세하고 있으므로, 일시적 2주택인 고급주택의 양도에 대해서도 소득세법시행령 제155조 의 규정에 의한 일시적 2주택특례 규정을 적용하여 1세대 1주택 비과세 범위를 초과하는 부분에 대해서만 양도소득세를 과세하는 것이 합리적인 법리 해석임에도 불구하고, 처분청이 고급주택은 일시적 2주택 특례 규정이 적용되지 않는다는 국세청 예규만을 근거로 하여 쟁점주택 양도에 대해1세대 1주택 비과세 규정을 적용 배제한 이 건 처분은 부당하다는 주장이다.

처분청은, 청구인이 쟁점주택 양도당시 다른주택을 보유하고 있었고, 쟁점주택은 고급주택에 해당하며, 고급주택에 대해서는 국세청예규(재일46014-945, 1996.04. 12)에 의해 일시적 2주택 특례 규정의 적용을 배제함이 타당하므로, 쟁점주택의 양도에 대해 1세대 1주택 양도소득세 비과세 규정의 적용을 배제한 당초 처분은 정당하다는 의견이다.

• 가. 쟁 점 이 건 심사청구의 쟁점은

(1) 고급주택인 쟁점주택에 대해서 일시적 2주택 특례 규정을 적용할 수 있는 지의 여부와

(2) 고급주택인 쟁점주택에 대해 일시적 2주택 특례규정을 적용하는 것으로 해석하는 경우 동 해석의 적용시기를 언제로 볼 것인지의 여부를 가리는 데 있다할 것이다.

• 나. 관련법령 이 건 심사청구와 관련된 법령을 살펴보면 다음과 같다.

○ 소득세법 제89조 【비과세양도소득】 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(거주용건물의 연면적·가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의양도로 인하여 발생하는 소득

○ 소득세법시행령 제154조 【1세대 1주택의 범위】

① 법 제89조 제3호에서 “1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것을 말한다. (단서 생략).

○ 소득세법시행령 제155조 【1세대1주택의 특례】

① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 다른 주택을 취득한 날부터 2년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(2년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 재정경제부령이 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항의 규정을 적용한다.(이하생략)

○ 소득세법 제95조 【양도소득금액】

③ 제89조제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고급주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

○ 소득세법시행령 제160조 【고급주택에 대한 양도차익 등의 계산】

① 법 제95조 제3항의 규정에 의한 고급주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하는 때에는 6억원에 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

1. 고급주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익 법 제95조 제1항의 규정에 의한 양도차익 × 양도가액 - 6억원 양도가액

2. 고급주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액 법 제95조 제2항의 규정에 의한 장기보유특별공제액 × 양도가액 - 6억원 양도가액

② 제1항 후단의 규정에 의한 양도가액의 안분계산은 법 제100조 제2항의 규정을 준용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점 1에 대하여 (가) 먼저, 이 건 심사청구의 사실관계에 대하여 살펴본다.

① 청구인은 쟁점주택을 1세대 1주택인 고급주택으로 보아 1세대 1주택 비과세 범위를 초과하는 부분에 대하여 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여 양도소득세를 신고하였음이 양도소득세신고서에 의해 확인된다.

② 처분청에서는 국세청 예규(재일46014-945, 1996.04.12)에 근거하여 쟁점주택은 고급주택이므로 소득세법시행령 제155조 제1항 의 규정에 의한 일시적 2주택 특례 규정을 적용할 수 없다 하여 이 건 양도소득세를 과세하였음이 양도소득세 결정결의서 등에 의하여 확인된다.

③ 청구인이 고급주택인 쟁점주택을 1983.02.10 취득하여 2001.09.07 양도하기 전인 2001.03.29 다른주택을 취득함으로써 쟁점주택 양도일 현재 일시적으로 2주택을 보유하고 있었다는 점에 대해서는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

④ 청구인은 다른주택을 취득한 날부터 2년 이내에 종전의 쟁점주택을 양도하였으므로, 쟁점주택이 고급주택이 아니라면 다른주택으로의 거주이전에 관계없이 소득세법시행령 제155조 제1항 의 규정에 의한 일시적 2주택 특례 규정을 적용받을 수 있다는 점에 대해서도 청구인과 처분청간에 다툼이 없다. (나) 다음, 이 건 심사청구의 쟁점에 대하여 살펴본다.

① 처분청의 이 건 과세근거인 국세청 예규(재일46014-945, 1996.04.12)에 의하면, 1세대 1주택에 해당하는 자가 다른주택을 취득하여 일시적으로 2주택이 된 경우 그 다른주택을 취득한 날로부터 1년(1998.04.01자로 2년으로 개정되었음) 이내에 종전주택(양도일 현재 3년 이상 보유한 주택일 것)을 양도하는 경우에는 그 다른주택으로 거주이전하지 않아도 소득세법시행령 제155조 제1항 의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 비과세되는 것이나, 해당 양도주택이 소득세법시행령 제156조 제2호 의 규정에 의한 고급주택에 해당하는 아파트인 경우에는 위 규정에 따른 1세대 1주택 특례규정이 적용되지 아니하여 양도소득세가 과세되는 것으로 해석하고 있다.

② 그러나, 위 국세청 예규(재일46014-945, 1996.04.12)에 따르면, 일시적 2주택의 경우 양도주택이 일반주택인 때에는 소득세법시행령 제155조 제1항 의 규정을 적용하여 양도소득세를 비과세하는 반면, 양도주택이 고급주택인 때에는 일시적 2주택에 대한 양도소득세 비과세 특례규정을 적용 배제함으로써 양도주택 전체에 대해 양도소득세를 과세하는 결과에 이르게 되는 바, 동 예규는 동일한 세법 조항을 일반주택과 고급주택에 대해 서로 다르게 해석하고 있어 당해 조항의 합목적성 및 과세의 형평성 등에 비추어 볼 때 합리적인 해석으로 보여지지 아니한다.

③ 한편, 일시적 2주택에 대한 양도소득세 비과세 특례에 대해 규정하고 있는 소득세법시행령 제155조 제1항 에 의하면, “국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 다른 주택을 취득한 날부터 2년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항의 규정을 적용한다”라고 규정하고 있어 고급주택에 대하여 일시적 2주택에 대한 양도소득세 비과세 특례규정을 적용하지 아니한다는 명문의 규정이 없음을 알 수 있고, 1세대 1주택의 요건을 규정하고 있는 동법시행령 제154조 제1항에서는 “법 제89조 제3호에서 1세대 1주택이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것을 말한다”라고 규정하고 있어 1세대 1주택 요건은 일반주택 뿐만 아니라 고급주택 모두 동 규정에 의하여 판정하는 것임을 알 수 있으며, 위 시행령 제155조 제1항은 위 시행령 제154조 제1항에 대한 특례규정으로 해석하여야 할 것인 바, 고급주택에 대해서도 일시적 2주택에 대한 양도소득세 비과세 특례를 규정하고 있는 위 시행령 제155조 제1항의 규정을 적용할 수 있는 것으로 해석함으로써 처분청의 과세근거인 국세청 예규(재일46014-945, 1996.04. 12)를 변경함이 타당하다고 판단된다(2002.04.18 국세청 법령심사협의회 결정내용 같은 뜻).

(2) 쟁점2에 대하여

① 이 건 심사청구와 관련된 국세청 법령심사협의회의 2002.04.18자 변경해석은 법령 개정이나 다른 특별한 사정변경 없이 동일한 법령에 대한 기존 해석이 불합리하여 이를 합리적인 해석으로 변경한 것으로서 납세자에게 유리한 것이고,

② 특히 청구인은 이 건 양도소득세 과세와 관련하여 국세청에 질의를 하였고, 국세청은 이에 대해 국세청 법령심사협의회의 심의를 거쳐 2002.04.18 고급주택에 대해서도 일시적 2주택에 대한 양도소득세 비과세 특례규정을 적용할 수 있도록 기존의 국세청 예규(재일46014-945, 1996.04.12)를 변경하였으며, 청구인은 또한 이 점을 쟁점으로 하여 이 건 심사청구를 하였다는 점 등에 비추어 볼 때, 위 변경된 해석은 이 건 심사청구에 적용함이 타당하다고 판단된다.

③ 따라서, 청구인의 쟁점주택 양도에 대해서는 소득세법시행령 제155조 제1항 및 제160조의 규정을 적용하여 1세대 1주택 비과세 범위를 초과하는 부분에 대해서만 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여 양도소득세를 과세함이 타당하다 할 것인 바, 처분청이 청구인의 쟁점주택 양도에 대해 쟁점주택이 고급주택이라는 이유로 일시적 2주택에 대한 양도소득세 비과세 특례규정을 적용 배제한 이 건 처분은 관련 법령을 오해한 잘못이 있다 할 것이다.

이 건 심사청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.