중소사업자의 경영안정지원을 위한 양도소득세의 감면적용 여부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구인은 대구광역시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 잡종지 548㎡, 같은 동 ○○번지 소재 대지 14㎡, 같은 동1332-428 소재 잡종지 10㎡, 및 위 3필지 지상의 음식점 건물 261.29㎡(토지와 건물을 합하여 이하󰡒쟁점부동󰡓"이라 한다)를 2001.6.28 양도하고, 2001.8.31 기준시가에 의하여 양도소득과세표준 예정신고를 함과 동시에 조세특례제한법 제36조 (중소사업자의 경영안정지원을 위한 양도소득세 등의 감면) 규정에 의하여 양도소득세55,603,437원을 감면신청하였다. 처분청은 청구인이 음식점건물을 신축하여 임대하다가 양도하였으므로 조세특례제한법 제36조 규정에 의한 감면대상이 아닌 것으로 보아, 쟁점부동산의 양도차익을 기준시가로 산정하여 청구인에게 2001년 귀속분 양도소득세 74,137,910원을2001.10.6 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2002.1.2 이건 심사청구를 하였다.

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 등 4필지 위에 섬유직물 제조업(상호 ○○섬유)을 1978.12.15개업하여 쟁점부동산을 위 제조업의 공장용으로 사용하던 중, 공장이 소재한 토지의 일부 및 공장건물을 대구광역시 ○○구청에서 도로용지로 수용함에 따라 부득이하게 공장을 대구광역시 ○○군 ○○읍 ○○리 29-9번지로 이전하고, 수용 후 잔여 토지를 양도하려하였으나, 매각이 지연되어 불가피하게 음식점건물을 신축하여 일시 임대하였던 것으로서, 쟁점부동산 매각대금 전액을 ○○섬유의 재무구조개선을 위한 금융기관부채상환에 사용하였고, 취득후 양도시 까지 약 13년간 제조업용 공장용지로 사용한 사실이 분명하므로 쟁점부동산은 조세특례제한법 제36조 의 규정에 의한 양도소득세 감면대상인데도 불구하고 처분청에서 이를 임대용 부동산으로 보아감면을 배제하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분이 부당하다.

쟁점부동산을 사업용으로 직접 사용하지 아니하고 임대용으로 사용하다가 양도한 사실을 확인되는 바, 임대용으로 사용하던 쟁점부동산의 양도대금으로 금융기관 부채를 상환하는 경우에는 조세특례제한법 제36조 의 양도소득세 감면규정을 적용받을 수 없는 것이므로, 쟁점부동산의 양도차익을 기준시가로 산정하여 이 건 양도소득세를 과세한 당초 처분이 정당하다.

• 가. 쟁점 이 건 심사청구의 쟁점은 쟁점부동산의 양도소득세가 조세특례제한법 제36조 의 규정에 의한 감면대상 인지의 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 이 건 심사청구와 관련된 법령을 살펴보면 다음과 같다. 조세특례제한법 제36조 【중소사업자의 경영안정지원을 위한 양도소득세 등의 감면 】

① 대통령령이 정하는 중소사업자(이하 제40조 및 제41조에서 “중소사업자”라 한다)가 대통령령이 정하는 금융기관의 부채(이하“금융기관부채”라 한다)를 상환하기 위하여 사업용으로 사용한 토지 등을 2003년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 75에 상당하는 세액을 감면한다. 조세특례제한법시행령 제33조 【중소사업자의 경영안정지원을 위한 양도소득세 등의 감면】

① 법 제36조 제1항에서 󰡒대통령령이 정하는 중소사업자󰡓라 함은 토지 등의 양도일까지 계속하여 3년 이상 사업을 영위한중소기업(축산업을 주된 사업으로 영위하고 상시 사용하는 종업원수가 300인 이내인 기업으로서 소득세법시행령 제9조 제1항 제1호 의 규정에 의한 농가부업규모를 초과하는 경우를 포함한다)을 말한다.

② 법 제36조 제1항에서 “대통령령이 정하는 금융기관의 부채”라 함은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 금융실명거래및 비밀보장에관한법률 제2조 제1호 의 규정에 의한 금융기관(이하 이 조에서 “채권금융기관”이라 한다)으로부터 사업과 관련하여 차입한 차입금(당좌차월을 제외한다)

2. 제1호의 차입금에 대한 이자 3∼3호(생략)

③ 법 제36조 제1항의 규정에 의하여 감면하는 세액은 감면대상 소득금액에 대한 산출세액의 100분의 75로 하되, 감면대상 소득금액은 제1호의 금액에 제2호의 비율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

1. 토지 등(매매사업용의 토지 등을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 양도일 현재 3년 이상 보유한 토지 등을 당해 사업자의 재무구조개선을 위하여 양도함으로써 발생하는 소득금액

2. 금융기관부채의 감소액이 제1호의 규정에 의한 토지 등을 양도하고 받은 대가 중에서 차지하는 비율(그 비율이 100분의 100을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분은 이를 없는 것으로 한다)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 1332-155번지, 같은 동 1332-421번지, 같은 동 ○○번지, 같은 동1332-428번지에 소재한 공장에서 화섬직물 제조업(상호○○섬유, 사업자등록번호 000-00-00000, 개업일 1978.12.15)을 운영하던 중, 위 공장이 소재한 토지 중 일부(273㎡) 및 공장건물이 도로개설공사 용지로 수용(1999.3.22 사업인가, ○○시 ○○구청 고시 제99-2호)되어 1999.5.19 보상금 408,732,650원을 수령한 사실이 지적도, 토지수용확인서 등에 의하여 확인된다.

(2) 청구인은 위 공장용지와 공장건물이 수용됨에 따라 1999.7.21 대구광역시 ○○군 ○○읍 ○리 ○○번지로 공장을 이전한 후 현재까지 위 소재지에서 섬유직물 제조업(○○섬유)을 운영하고 있다.

(3) 한편, 청구인은 수용되고 남은 잔여토지 572㎡ 위에 음식점건물 261.29㎡를 2000.6.2 신축하여, 청구외장○○(○○복어풀코스, 000-00-00000, 2000.06.09 개업, 2001.6.17 폐업)에게 보증금 3,000만원, 월세100만원에 임대하고, 부동산임대업(○○○-07-45301, 2000.7.1 개업, 2001.6.30 폐업)으로 사업자등록하여 부가 가치세를 신고납부(2000.2기 과세표준 7,134,246원, 2001.1기 과 세표준 6,291,342원)한 사실이건축물관리대장, 임대차계약서, 국세청의 전산자료 등에 의하여 확인된다.

(4) 청구인은 쟁점부동산의 양도대금으로 금융기관부채 408,200,000원을 상환하였다는 증빙서류로서 ○○은행 ○○공단지점의 부채잔액증명서 2매(2001.6.28 부채잔액 및 2001.06.29 부채잔액)를 제시하고 있다.

(5) 청구인의 쟁점부동산(위 잔여토지 572㎡ 및 음식점건물 261.29㎡)을 2001.6.28 청구외 이○○에게 양도하고, 조세특례제한법 제36조 의 규정에 의하여 기준시가에 의한 산출세액 74,137,917원의 75%에 해당하는 55,603,437원을 감면신청하였는바, 처분청은 청구인이 쟁점부동산을 임대하다가 양도하여서 조세특례제한법 제36조 에서 규정하는 감면대상이 아닌 것으로 판단하여 이 건 양도소득세를 과세하였다. 다음으로, 이 건 양도소득세 과세처분이 정당한지를 살펴본다. 전시한 조세특례제한법령의 규정에 의하면, 중소사업자가 당해 사업에 직접 사용한 토지 등을 당해 사업체의 금융기관부채를 상환하기위하여 2003.12.31 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 양도소득세의 75%에 상당하는 세액을 감면하는 것으로 규정하고 있는 바, 토지 등을 사업에 직접 사용하지 않고 임대하다가 양도하고, 양도대금으로 동일인이 운영하는 다른 사업체의 금융기관부채를 상환하는 경우 조세특례제한법 제36조 에서 규정하는 중소사업자의 경영안정지원을 위한 양도소득세 등의 감면규정을 적용받을 수 없는 것으로서,(국세청 예규 재산 46014-568, 2000.5.12, 재산 46014-833, 2000.07.07, 제도46014-10828, 2001.04.26, 재경부 예규 재산 46014-280, 2000.10.02 참조) 쟁점부동산 중 토지부분을 제조업용(○○섬유) 공장부지로 사용하다가 위 토지위에 음식점 건물을 신축한 후, 쟁점부동산 전체를 음식점으로 임대하다가 양도한 사실이 명백히 확인되므로, 쟁점부동산의 양도소득세는 조세특례제한법 제36조 에서 규정한 감면대상이아니라고 할 것이다. 따라서, 처분청에서 청구인의 감면신청을 인정하지 아니하고 쟁점부동산의 양도차익을 기준시가로 산정하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 정당하고 달리 잘못이 없다고 판단된다. 앞에서 살펴 본 바와 같이 이 건 심사청구는 청구인의 주장이 이유 없다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.