기준시가로 양도차익을 산정하여 과세한 처분의 당부

[이유]

청구인은 1988. 7. 12. 취득한 ○○광역시 ○구 ○○동 33-3 대지 168.6㎟ 및 건물 632.79㎟(이하 "쟁점부동산"이라 한다)를 1999. 8. 31. 양도하고 양도가액 920, 000, 000원, 취득가액 817, 000, 000원을 실지거래가액으로 하여 1999. 9. 8. 부동산양도신고를 하였다. 처분청은 청구인이 실지거래가액으로 신고한 양도가액 및 취득가액을 확인한 결과 그 가액이 거래증빙 등에 의하여 확인되지 않는다 하여 기준시가로 양도차익을 산정하고 이를 기초로 계산한 양도소득세 99, 281, 550원을 2001. 3. 2. 청구인에 결정고지 하였다.

청구인은 실제로 쟁점부동산을 817, 000, 000원에 취득하여 920, 000, 000원에 양도하였는데도 처분청이 아무런 근거 없이 이를 부인하고 기준시가로 양도차익을 산정하여 이건 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.

청구인이 신고한 실지거래가액을 확인한 결과, 취득가액의 경우, 취득시의 매매계약서 원본이 없고, 청구인이 부동산양도신고시 제출한 매매계약서는 매매대금 정산에 필요한 임대보증금 가액의 기재가 없고, 은행채무에 대한 상환이나 승계에 대한 언급이 없으며, 계약일 익일에 등기가 접수된 것으로 보아 진실한 계약서라 볼 수 없고, 양도가액의 경우, 매매계약서상에 기재된 임대보증금 채무승계에 있어 매매계약서에는 60, 000, 000원(지하 15, 000, 000원, 2층 20, 000, 000원, 3층 25, 000, 000원)으로 되어 있으나, 양도당시 실제 임대보증금은 2층이 50, 000, 000원으로 확인(나머지 층은 확인불가)되었는 바, 청구인이 쟁점부동산의 실지거래가액으로 신고한 취득가액 및 양도가액은 거래증빙 등에 의하여 확인되지 아니하므로 기준시가로 양도차익을 산정하여 과세한 당초처분은 정당하다.

• 가. 관련법령

1999. 12. 28 법률 제6051호로 개정되기 이전 소득세법 제96조 【양도가액】에는『양도가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

1. 제94조 제1호·제2호 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 양도 당시의 기준시가. 다만, 당해 자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의한다.

2. (생략)』라고 규정하고, 같은법 제97조【양도소득의 필요경비 계산】제1항에는『거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1호·제2호 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득 당시의 기준시가. 다만, 당해 자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.
• 나. (생략) 2.∼4. (생략)』라고 규정하며, 같은법 시행령 제166조【양도차익의 산정】제4항에는『법 제96조 제1호 단서 및 법 제97조 제1항 제1호 가목 단서에서 "당해 자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. 1.∼2. (생략)

3. 양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우』라고 규정하고 있고, 같은조 제5항에는『제4항의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제6항의 자문을 거쳐 실지거래가액의 적용대상에서 제외할 수 있다.

1. (생략)

2. 제4항 제3호의 경우 신고한 실지거래가액이 거래증빙 등에 의하여 확인되지 아니하는 경우』라고 규정하고 있으며, 같은법 제100조【양도차익의 산정】제1항에는『양도차익을 산정함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나를 실지거래가액에 의하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여야 하고, 어느 하나를 기준시가에 의하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하여야 한다.(이하 단서규정 생략)』라고 규정하고 있다.

• 나. 사실관계 및 판단 먼저, 사실관계를 살펴보면,

(1) 청구인은 1988. 7. 12. 취득한 쟁점부동산을 1999. 8. 31. 양도하고 양도가액 920, 000, 000원, 취득가액 817, 000, 000원을 양도 및 취득 당시의 실지거래가액으로 하여 쟁점부동산에 대한 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내인 1999. 9. 8. 부동산양도신고를 하였음이 심리자료에 의하여 확인되고, 이에 대하여는 청구인과 처분청간의 다툼은 없다.

(2) 전시한 법령에 의하면, 소득세법 제94조 제1호 에 규정하고 있는 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득의 경우, 당해 자산의 양도 및 취득 당시의 기준시가를 양도가액 및 취득가액으로 하는 것이 원칙이고, 예외적으로 양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우에는 실지거래가액을 양도가액 및 취득가액으로 하는 것이나, 신고한 실지거래가액이 거래증빙 등에 의하여 확인되지 아니하는 경우에는 실지거래가액의 적용을 배제하고 양도 및 취득 당시의 기준시가를 양도가액 및 취득가액으로 하는 것(같은뜻: 국심99중1117, 1999. 9. 9)이므로, 청구인이 신고한 실지거래가액이 거래증빙 등에 의하여 확인되는 지를 살펴보면, 첫째, 청구인이 실지거래가액으로 신고한 양도가액은 매매계약서상에 매매대금 920, 000, 000원(1999. 4. 5. 계약금 및 중도금 830, 000, 000원, 1999. 8. 31. 잔금 90, 000, 000원)으로 되어 있고, 대금지급방법은 별첨참조라 하여 별지에 기록하였는데, 매매대금 920, 000, 000원 중 농업협동조합중앙회 ○○동 지점의 채무 770, 000, 000원과 임대보증금 60, 000, 000원 합계 830, 000, 000원을 계약금 및 중도금조로 1999. 4. 5. 양수자가 승계하기로 하고 잔금 90, 000, 000은 1999. 8. 31. 까지 양수자가 청구인(양도자)에게 지급하기로 한다고 되어 있으나, 위 매매대금에서 공제한 임대보증금 60, 000, 000원은 지하 15, 000, 000원, 2층 20, 000, 000원, 3층 25, 000, 000원이었다 라고 양수자인 청구외 ○○○가 확인하였는데, 처분청이 1985. 7. 1. 부터 1999. 4. 3. 까지 쟁점부동산 2층에서 "○○식당"을 운영한 청구외 ◇◇◇에게 확인한 바에 의하면, 청구외 ◇◇◇은 당초 보증금은 10, 000, 000원 이었고, 1997년도부터 보증금 50, 000, 000원 월세 1, 800, 000원에 임차하다가 1998년도부터는 장사가 잘 되지 않아 보증금은 그대로 둔채 월세만 1, 500, 000원으로 조정하였으며, 쟁점부동산이 양도되면서 양수자로부터 보증금 50, 000, 000원을 반환받았다고 하였고, 청구외 □□□이 2000. 8. 22. 쟁점부동산 2층에서 "○○"라는 상호로 소주방을 운영하기 위하여 사업자등록을 하면서 처분청에 신고한 사업자등록신청서의 사업장 사용료 기재 사항을 보면 보증금 50, 000, 000원 월세 1, 800, 000원으로 되어 있어 청구인이 쟁점부동산을 양도할 당시까지 "○○식당"을 운영하였던 청구외 ◇◇◇의 위 확인내용은 사실임을 알 수 있는 반면, 청구인은 위 2층의 임대보증금을 20, 000, 000원으로 신고한 것을 볼 때, 청구인이 거래증빙자료로 제시한 위 매매계약서는 신빙성이 없어 보인다. 둘째, 청구인이 실지거래가액으로 신고한 취득가액은 매매계약서상에 매매대금 817, 000, 000원(1988. 7. 11. 계약금 81, 700, 000원, 1988. 7. 23. 중도금 250, 000, 000원, 1988. 8. 14. 잔금 485, 300, 000원)으로 되어 있고, 잔금은 점포임대보증금을 공제하고 잔금을 지불하기로 한다고 되어 있으나, 쟁점부동산의 소유권이전등기는 1988. 7. 12. 경료되었는데 중도금과 잔금정산이 되지 아니한 상태에서 계약일 다음날에 소유권이전등기가 경료된 것은 거래관행상 이해하기 어려운 일임에도 청구인은 이에 대하여 합리적인 사유와 증빙자료를 제시하지 못하고 있고, 청구인은 쟁점부동산을 청구외 △△△으로부터 취득하기 위하여 매매계약서를 작성할 당시(1988. 7. 11.) 청구외 (주)○○은행 ○○동 지점의 근저당권(채권최고액 금 60, 000, 000원)과 같은 은행 ○○동 지점의 근저당권(채권최고액 금 165, 000, 000원)이 있었는데도 매매계약서에 은행채무 처리에 관한 내용이 없으며, 또한 임대보증금은 잔금에서 공제하고 지불한다고 되어 있으면서도 임대보증금의 금액, 임차인 성명 등에 관한 내용도 기재되어 있지 않으며, 청구인은 매매계약서 원본을 전 소유자인 청구외 △△△이 회수하여 가지고 간다 하기에 계약서 사본을 해 놓고 원본을 주었다고 하는 반면, 청구외 △△△은 처분청의 조사자에게 "총매매금액은 잘 기억이 나지 않으나 약 7억에서 8억 사이였던 것 같고, 당시 계약서는 현재 보관하고 있지 않습니다"라고 답변한 사실이 문답서(2000. 11. 8. 13:30∼14:00)에 의하여 확인되므로, 청구인이 실지거래가액으로 신고한 취득가액은 객관적으로 확인되지 아니한다. 셋째, 청구인은 실지거래가액의 증빙으로 매매계약서(취득계약서는 원본 제시 못함), 중개인 안창기의 확인서를 제시하고 있으나, 청구인이 제시한 위 자료만으로는 쟁점부동산의 양도가액 및 취득가액이 객관적으로 확인되지 아니한다. 위와 같이 전시한 법령 및 사실관계에 비추어 볼 때, 이 건의 경우 청구인이 실지거래가액으로 신고한 양도가액 및 취득가액은 거래증빙에 의하여 확인되지 아니하므로 청구인이 신고한 실지거래가액의 적용을 배제하고 기준시가로 양도차익을 산정하여 과세한 당초처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. [관련법령] 소득세법 제96조 / 소득세법 제97조 / 소득세법 제100조 / 소득세법시행령 제166조 /