토지에 대한 양도차익을 실지거래가액으로 결정할 수 있는지 여부

○○세무서장이 2001.9.10 청구인에게 결정고지한 1998년 귀속 양도소득세 131,299,520원으로 부과처분은, ○○도 ○○군 ○면 ○○리 ○○번지 공장용지 1,852㎡, 같은 곳 ○○번지 공장용지 1,922㎡ 및 같은 곳 ○○번지 임야 243㎡에 대한 청구인의 취득당시 및 양도당시의 실지거래가액을 각각 121,426,679원과 172,200,000원으로 하여 그 과세표준과세액을 경정한다.

청구인은 1989.8.1 취득한 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지 공장용지 1,852㎡, 1989.8.22 취득한 같은 곳 ○○번지 공장용지 1,922㎡, 같은 곳 ○○번지 임야 243㎡(이하 "쟁점토지"라 한다) 및 위 지상 공장건물 999.38㎡(이하 "쟁점건물"이라 한다)를 1998.8.25 청구외 손○○에게 양도하고 1998.10.31 쟁점토지는 실지거래가액(취득가액 121,426,679원, 양도가액 172,200,000원)으로 쟁점건물에 대하여는 기준시가로 양도차익을 계산하여 양도소득세 예정신고를 하였다. 처분청은 쟁점토지에 대하여 신고된 취득가액이 실지거래가액으로 확인되지 아니한다고 하여 기준시가로 양도차익을 결정하고 2001.9.10 청구인에게 1998년 귀속 양도소득세 131,299,520원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2001.12.8 이 건 심사청구를 하였다.

쟁점토지는 IMF로 인하여 청구인이 운영하던 공장이 결손이 나고 직원급여와 은행대출금 이자의 연체로 강제경매에 처할 위기에 공장을 헐값에 매각할 수 밖에 없어 실제 172,200,000원에 양도한 것이며, ○○리 ○○번지, ○○번지(○○번지에서1989.9.16 지번 변경) 토지 2,282㎡는 1989.8.22 청구외 문○○로부터 평당 10만원씩 69,000,000원에 취득하였고 ○○리 ○○번지(○○번지에서 1989.9.16 지번 변경) 토지 2,290㎡는 1989.8.1 청구외 박○○로부터 평당 10만원씩 69,200,000원에 취득하여 쟁점토지의 실지취득가액이 121,426,679원임이 문○○와 두○○(박○○가 부사장으로 있던 주식회사 ○○의 대표이사), 김○○의 거래사실확인서 등에 의하여 확인됨에도 쟁점토지의 취득가액을 확인할 수 없다고 하여 기준시가로 과세함은 부당하다.

청구인이 신고한 쟁점토지의 양도가액은 당사자간에 합의된 금액으로 일괄양도계약서 등에 의하여 정당한 것으로 인정되나, 쟁점토지의 취득가액은 취득당시의 증빙을 보관하고 있지 아니하여 전소유자인 문○○의 거래사실확인서와 박○○로부터 취득한 토지에 대하여는 입회자 두○○·김○○의 거래사실확인서에 의하여 실지취득가액으로 신고하였으나 전소유자 박○○는 연락이 불가하고 입회자 두○○·김○○의 확인서로는 거래사실을 확인할 수 없으므로 공평과세 협의회의 심의를 거쳐 쟁점토지에 대한 양도차익을 기준시가로 산정하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지에 대한 양도차익을 실지거래가액으로 결정할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 이 건 심사청구와 관련한 법령은 다음과 같다.

○ 소득세법 제96조 (1998.12.28 법률 제5,580호로 개정전의 것) (양도가액) 양도가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

1. 제94조 제1호·제2호 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 양도당시의기준시가. 다만, 당해 자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의한다.

○ 소득세법 제97조 (양도소득의 필요경비계산)

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1호·제2호 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의기준시가. 다만, 당해 자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.

○ 소득세법 제100조 (양도차익의 산정)

① 양도차익을 산정함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나를 실지거래가액에 의하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하고, 어느 하나를 기준시가에 의하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하여야 한다. (단서 생략)

○ 소득세법시행령 제166조 (양도차익의 산정)

④ 법 제96조 제1호 단서 및 법 제97조 제1항 제1호 가목 단서에서 "당해 자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

3. 양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우

• 다. 사실관계 및 판단 [ 사실관계를 살펴본다 ]

(1) 청구인은 1989.8 취득한 쟁점토지 지상에서 면직물 염색공장(○○섬유, 000-00-00000)을 운영하다가 사업실패로 공장부지 및 건물과 기계장치 등을 1998.8.25 청구외 손○○에게 양도하였음이 등기부등본 및 토지대장과 사업양도·양수계약서 등에 의하여 확인된다.

(2) 또한 청구인은 1998.10.31 양도소득세 예정신고를 하면서 쟁점토지는 실지거래가액(취득가액 121,426,679원, 양도가액 172,200,000원)으로 쟁점건물에 대하여는 기준시가로 양도차익을 산정하여 양도소득세 예정신고를 하였음이 동신고서에 의하여 확인된다.

(3) 처분청은 청구인이 쟁점토지의 취득에 대한 매매계약서 등 실지거래가액을 확인할 수 있는 증빙을 제시하지 아니하고 전소유자1인과 중개인 2인의 거래사실확인서에 의하여 실지취득가액을 신고하였으나 이에 의하여는 실지거래가액을 확인할 수 없다고 하여 기준시가로 양도차익을 결정하여 이 건 양도소득세를 과세하였음이 결정결의서 등에 의하여 확인된다.

(4) 이에 대하여 청구인은 쟁점토지는 121,426,679원에 취득하여 172,200,000원에 양도한 것이 사실이며, 당초 평당 10만원에 쟁점토지를 취득한 것이 전 소유자 및 중개인 등의 거래사실확인서 등에 의하여 확인됨에도 처분청이 쟁점토지의 양도차익을 기준시가로 산정한 처분은 부당하다고 주장한다. [ 쟁점에 대하여 살펴본다 ]

(1) 청구인은 쟁점토지와 쟁점건물 및 기계장치 등을 720,000,000원에 양도하였으며 그 중 쟁점토지의 양도가액은172,200,000원임이 사업양도·양수계약서 및 부동산 매매계약서 등에 의하여 확인되며, 처분청도 신고된 위 쟁점토지의 양도가액은 진실한 것으로 인정하고 있고 이에 대하여는 청구인과 처분청간에 별도의 다툼이 없다.

(2) 그러나 쟁점토지의 취득가액에 대하여는 서로 다툼이 있으므로 청구인이 주장하는 쟁점토지 취득당시의 실지거래가액에 대하여 살펴보면

① 청구인은 쟁점토지의 취득가액에 대한 증빙으로 ○○리 ○○번지, ○○번지(○○번지) 토지 2,282㎡에 대하여는 매매계약서와전소유자 문○○의 거래사실확인서를 제시하고 있고, ○○리 ○○번지(○○번지) 토지 2,290㎡에 대하여는 매매계약서와 전소유자 박○○가 부사장으로 있던 (주)○○의 대표이사이자 중개인인 두○○과 입회인 김○○의 거래사실확인서를 제시하고 있으나 대금지급에 관한 금융자료 등은 제시하지 못하고 있으며, 또한 청구인은 취득시 ○○번지 토지 2,282㎡는 69,000,000원, ○○번지 토지 2,290㎡는 69,200,000원으로 합계 4,572㎡의 토지를 138,200,000원에 취득하였으므로 양도한 쟁점토지 4,017㎡의 취득가액은 121,423,679원이라고 주장하고 있다.

② 쟁점토지 중 ○○리 ○○,○○번지 소재 토지 2,282㎡의 전소유자 문○○는 동 토지를 69,000,000원에 양도하였다고 인감증명서를 첨부하여 거래사실을 확인하고 있고, 조사당시 처분청이 전소유자 문○○에게 보낸 거래내용 조회에 대한 회신에서도 69,000,000원에 위 토지 2,282㎡를 청구인에게 양도한 사실이 틀림없다고 확인하였음이 처분청의 거래내용조회서에 의하여 확인되며, 또한 청구인이 제시한 매매계약서를 보면 1989.7.10 청구인과 전소유자 문○○가 ○○리 ○○번지 공장용지 2,282㎡를 69,000,000원에 매매하기로 계약하였고 계약금 6,000,000원은 계약당시 지불하고 잔금 63,000,000원은 1989.8.20 지불하기로 하였으며 청구외 두○○이 소개인으로 참여한 것으로 확인되고, 동 매매계약서는 양식 등으로 보아 당시에 작성된 실제계약서로 보여질 뿐 아니라, 이 건 심리와 관련하여 전소유자 문○○와 통화(000-000-0000)하여 확인한 바 전소유자 문○○는 당시 청구외 두○○의 중개로 위 토지 2,282㎡를 청구인에게 공장용지로 69,000,000원에 양도한 것이 틀림없는 사실이라고 진술하고 있다.

③ 쟁점토지 ○○리 ○○번지 소재 토지 2,290㎡의 전소유자 박○○는 연락이 불가한 상태임이 처분청 조사보고서 등에 의하여 확인되고, 당시 전소유자 박○○와 사업을 같이 영위하였던 소개인 두○○과 김○○은 청구인이 전소유자 박○○로부터 나대지 상태인 위 토지 2,290㎡를 69,200,000원에 취득한 것이 틀림없는 사실이라고 인감증명서를 첨부하여 확인하고 있으며, 동 토지의 매매와 관련한 매매계약서를 보면 1989.7.31 청구인과 전소유자 박○○가 ○○리 ○○번지 공장용지 2,290㎡를 69,200,000원에 매매하기로 계약하고 대금은 일시불로 지불하였으며 청구외 두○○이 소개인으로 참여한 것으로 되어 있고, 당해 매매계약서도 그 양식 등으로 보아 당시에 작성된 계약서와 보여지며, 또한 위 토지는 청구인이 전소유자 문○○로부터 취득한 ○○,○○번지 토지와 연접하여 있고 취득당시의 토지지목 및 토지등급이 동일하고 그 취득시기도 거의 같은 시점인 상황 등으로 보아 전소유자 문○○로부터 취득한 토지와 동일한 가격으로 취득하였다고 보여지므로 청구인이 위 토지 2,290㎡를 69,200,000원(평당 10만원)에 취득하였다는 주장은 신빙성이 있다고 보여진다.

④ 아울러 청구인이 운영하던 ○○섬유(000-00-00000)에 대한 1992~1997년의 기장대리를 해준 ○○세무법인의 임○○세무사는 ○○섬유의 장부에 토지취득원가 계상시 청구인이 제시한 매매계약서와 취득세 및 토지개발부담금 등의 납부영수증 등에 의하여 토지취득가액을 172,200,000원으로 계상하였음을 확인하고 있고, 국세청 TIS 자료에 의하여도 ○○섬유의 1995년도 대차대조표상의 토지 4,572㎡의 가액이 172,200,000원으로 계상되어 있음이 확인되고 있으므로 청구인이 당초 취득한 쟁점토지 4,017㎡의 장부가액은 151,296,456원(토지개발부담금 등 포함가액)이 되므로 청구인이 주장하는 쟁점토지의 취득가액은 신빙성이 있는 가액이라고 보여진다.

⑤ 한편 쟁점토지 취득·지번변경(산번지에서 일반번지)·지목변경(임야에서 공장용지) 당시 및 최초 개별공시지가 고시 당시의 토지등급가액 및 개별공시지가를 비교하여 보면 아래와 같이 확인되고 쟁점건물은 1990.3.23 최초로 소유권보존 등기된 사실이건물등기부등본에 의하여 확인되므로 청구인이 쟁점토지를 취득할 당시에는 이미 공장용지로서 상당한 가격이 형성되었다고 보아야 할 것이며, 취득후 지번을 변경한 1989.9.16의 쟁점토지에 대한 지방세법상 과세시가표준액은 71,502,600원이나, 청구인이 쟁점토지를 취득하고 불과 1년 후인 1990.8.30 쟁점토지에 대한 최초의 개별공시지가가 평당 148,000원인 점으로 보아 쟁점토지를 평당 10만원에 취득하였다는 청구주장은 신빙성이 있다고 판단된다. (단위: ㎡, 원/㎡) 취득당시 지번변경 지목변경 1990년 공시 지가 지번 면적 지목 취득 일자 등급 (가액) 일자 지번 면적 등급 (가액) 일자 지목 등급 (가액)

○○번지 2,290 임야 1989.08.01 90 (370) 1989.09.16

○○번지 1,852 170 (17,800) 1990.03.28 공장 용지 170 (17,800) 45,000

○○번지 2,282 임야 1989.08.22 90 (370) 1989.09.16

○○번지 1,922 170 (17,800) 1993.11.10 공장 용지 175 (22,700) 45,000 1989.09.16

○○번지 243 170 (17,800) 임야 45,000 합계 4,572 1,691 4,017 71,502 180,765 ※ 합계란의 가액은 토지전체 면적에 대한 가액으로 단위는 천원이며, 쟁점토지 4,017㎡에 대한 취득당시 토지등급가액은 1,486천원임

⑥ 따라서 청구인이 쟁점토지를 취득할 당시 공부상의 지목은 임야로 되어 있으나 실지로는 이미 공장용지로 사용할 수 있는 상태에서 쟁점토지를 취득하였다고 보여지고, 그 취득시기가 오래되어 취득대금 지급에 대한 금융자료는 제시하지 못하고 있으나 쟁점토지취득당시의 토지등급 변동사항 및 쟁점토지 지번과 지목의 변동사항이나 최초의 개별공시지가 등에 비추어 볼 때 쟁점토지의 취득가액은 신빙성이 있는 금액이라고 보여지고, 매매계약서 및 전소유자의 거래사실확인서 등에 의하여 동 금액이 사실임이 확인되므로 쟁점토지에 대한 취득당시의 실지거래가액은 121,426,679원이라고 봄이 타당하다고 할 것이다.

(3) 위 사실관계 등을 종합하여 볼 때 청구인은 쟁점토지를 121,426,679원에 취득하여 172,200,000원에 양도한 것이 사실이라고 판단되므로 쟁점토지의 양도에 대하여는 기준시가에 의하여 양도차익을 산정할 것이 아니라 동 금액을 취득당시 및 양도당시의 실지거래가액으로 하여 양도차익을 산정함이 타당하다고 판단된다. 앞에서 살펴 본 바와 같이 이 건 심사청구는 청구인의 주장이 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.