사업인정 고시된 사업지역 안에 있는 토지로서 양도소득세 전액을 면제함이 타당한 것인지 여부

○○세무서장이 2001. 5. 3 청구인에게 결정고지한 1995년 귀속 양도소득세 7,011,440 및 농어촌특별세 2,999,330원은 ⑴ ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 전 1,976㎡의 수용과 관련된 ○○시 제2공업 단지조성사업의 사업인정고시일을 1992.12.28로 하여 양도소득세를 전액면제 하고 ⑵ 농어촌특별세는 감면된 양도소득세를 과세표준으로 하여 그 세액을 경정한다.

청구인은 1968. 8. 3 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 전 1,976㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 소유하다가 ○○시 제2공업단지조성사업으로 인하여 1995. 5. 24 수용되었으나, 양도소득세를 무신고 하였다. 처분청은 쟁점토지가 ○○시 도시계획시설(하수종말처리장)사업으로 수용된 것으로 보고, 동사업의 사업인정고시일을 1994. 1. 3로 보아 구 조세감면규제법 제63조 『 공공사업용토지 등에 대한 양도소득세 등의 면제』 규정에 의해 쟁점토지의 양도차익을 기준시가에 의해 계산하고 양도소득세의 100분의 70에 상당하는 세액을 감면하여 2001. 5. 3 양도소득세 7,011,440 및 농어촌특별세 2,999,330원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2001. 6. 15 이의신청 (2001. 8. 30 기각)을 거쳐 2001. 11. 14 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구인은 다음과 같은 요지의 주장을 한다. ⑴ 쟁점토지의 사업인정고시일은 ○○시장이 도시계획시설(하수종말처리장)사업 실시계획인가를 고시한 1994. 1. 3이 아니고, 하수도법 제6조 및 제38조의 2 제2항에 의하여 당시 환경처장관이 동 사업을 인가한 1991. 8. 30로 보아 양도소득세를 전액 면제하여야 한다. ⑵ 농어촌특별세법에서 공공사업용 토지로 수용되는 경우에는 경작기간에 관계없이 자신이 직접 경작한 농지는 비과세하는 것으로 규정하고 있고, 청구인은 쟁점농지를 취득일인 1968. 8. 3부터 1973. 4. 24 ○○군내로 이사하기 전까지 자경 하였으므로 쟁점토지의 양도에 대하여 농어촌특별세를 과세함은 부당하다.

위의 청구주장에 대한 처분청의 의견은 다음과 같다. ⑴ 쟁점토지는 ○○시의 도시계획시설(하수종말처리장) 사업용지로 수용된 것으로서, ○○시가 구 도시계획법 제26조 의 규정에 따라 1994. 1. 3 도시계획시설 사업시행자 지정 및 실시계획인가를 고시하였으므로 동일자를 사업인정 고시일로 봄이 타당하다. ⑵ 청구인이 주민등록상 쟁점토지 소재지에서 거주한 사실이 확인되지 않고 쟁점 토지를 자경한 사실도 확인되지 않으므로 농어촌특별세를 과세함은 정당하다.

• 가. 쟁점 이 건 심사청구 쟁점은 다음과 같다 ⑴ 공공사업용 토지로 수용된 쟁점토지의 사업인정고시일이 언제인지. ⑵ 청구인이 쟁점토지를 자경하였는지 여부.
• 나. 관련법령 이 건 심사청구와 관련한 법령을 살펴보면 다음과 같다. 【잼점⑴ 관련법령】

○ 구 조세감면규제법 제57조【공공사업용토지 등에 대한 양도소득세 등의 면제】 (1993.12. 31 법률 제4666호로 전면개정되기 전의 것)

① 다음 각호의 1에 해당하는 토지 또는 건물(이하 “토지 등” 이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50(토지 등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 80)에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일 (사업인정고시전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 5년 이전에 취득한 것의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 70(토지 등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지 등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

2. 토지수용법 기타 법률에 의한 수용으로 인하여 발생하는 소득

○ 구 조세감면규제법 제63조【공공사업용토지 등에 대한 양도소득세 등의 면제】 (1993. 12. 31 법률 제4666호로 전면개정된 것)

① 다음 각호의 1에 해당하는 토지 또는 건물 (이하 “토지 등” 이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 30(토지 등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 45)에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일 (사업인정고시전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 5년 이전에 취득한 것의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50(토지 등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 75)에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지 등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

2. 도시재개발법에 의한 도시재개발구역(공공시설을 수반하지 아니하는 도시재개발구역을 제외한다)안의 토지 등을 동법 제10조 또는 동법 제11조의 규정에 의하여 지정된 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

3. 토지수용법 기타 법률에 의한 수용으로 인하여 발생하는 소득

○ 구 조세감면규제법 부칙 제16조 【양도소득세 등에 관한 경과조치】 (1993.12.31 법률 제4666호로 개정된 것)

③ 이 법 시행전에 토지수용법 기타 법률에 의하여 사업인정고시된 사업지역 안에 있는 토지 등의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대한 양도소득세 등의 감면 및 추징 등에 관하여는 제63조 및 제78조의 개정규정에 불구하고 다음 각호에 의한다.

1. 1992년 12월 31일 이전에 사업인정고시된 사업지역안에 있는 토지등을 양도한 경우에는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다.

2. 제1호외의 경우로서 1993년 12월 31이전에 사업인정고시된 사업지역안에 있는 토지 등을 양도한 경우에는 종전의 제57조의 규정에 의한다.

⑧ 이 법 시행 당시 내국인이 15년 이전에 취득한 토지 등으로서 종전의 제57조 제1항 각호의 1에 해당하는 토지 등을 1995년 12월 31일 이내에 양도하는 경우 양도소득세 등의 감면 및 추징 등에 관하여는 종전의 제57조ㆍ제58조의 2 및 제88조의 3의 규정에 의한다.

○ 토지수용법 제14조 【사업인정】 기업자가 토지를 수용 또는 사용하고자 할 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 건설교통부장관의 사업인정을 받아야 한다.

○ 토지수용법 제16조 【사업인정의 고시】

① 건설교통부장관이 제14조에 의한 사업인정을 하는 때에는 지체없이 그 뜻을 기업자ㆍ토지소유자ㆍ관계인 및 관계 도지사에게 통지하고 기업자의 성명 또는 명칭ㆍ사업의 종류ㆍ기업자 및 사용 또는 사용할 토지의 세목을 관계서울특별시ㆍ광역시 또는 도에서 발행하는 공보에 고시하여야 한다.

○ 구 도시계획법 (2000.1.28 법률 제6243호로 전면개정전) 제25조【실시계획의 인가】

① 도시계획사업의 실시자는 대통령령이 정하는 바에 따라 그 사업의 실시 계획을 작성하여 건설교통부장관의 인가를 받아야 한다. 인가받은 실시계획을 변경 또는 폐지하고자 할 때에도 또한 같다. 다만, 건설부령이 정하는 경미한 사항을 변경하고자 하는 경우에는 그러하지 아니한다.

② 도시계획사업의 실시계획에는 사업시행에 필요한 설계도서, 자금계획 및 시행기간과 기타 이 법이나 대통령령으로 정하는 사항을 명시하거나 첨부하여야 한다.(1971.1.19 개정)

○ 구 도시계획법 제26조 【실시계획의 인가고시】 건설교통부장관은 제25조 제1항의 규정에 의하여 도시계획사업의 실시계획을 인가한 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 인가내용을 고시하여야 한다. 건설교통부장관이 시행하는 도시계획사업의 실시계획에 관하여도 또한 같다.

○ 구 도시계획법 제30조 【토지 수용법의 준용】

① 제29조의 규정에 의한 수용 또는 사용에 관하여는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 토지수용법을 준용한다.

② 제1항의 규정에 의하여 토지수용법을 준용함에 있어서는 제25조의 규정에 의한 실시계획의 인가를 토지수용법 제14조의 규정에 의한 사업인정으로 본다. 【쟁점⑵ 관련법령】

○ 농어촌 특별세법 제4조 【비과세】 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.(94.3.24 신설)

2. 농어민(양축가를 포함한다. 이하 같다)또는 농어민을 조합원으로 하는 단체(농어촌발전특별조치법에 의한 영농법인과 위탁영농회사를 포함한다)에 대한 감면으로서 대통령령이 정하는 것

○ 농어촌특별세법 시행령 제4조 【비과세】

① 법 제4조 제2호에서 “대통령령이 정하는 것” 이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 감면을 말한다.(1994.3.24 신설)

1. 조세감면규제법 제52조ㆍ제53조ㆍ제55조ㆍ제56조ㆍ제59조 제1항 제1호(제60조 제2항 제1호 및 제5호의 법인을 제외한다) 및 제2호(별표 제32호 내지 제34호ㆍ제36호ㆍ제38호 및 제93호의 법인과 제40호 중 농어촌근대 화촉진법에 의하여 설립된 농지개량조합연합회에 한한다)ㆍ제63조 [조세 감면규제법 제55조 제1항 제1호 또는 제2호에 해당하는 자가 직접 경작한 토지(8년이상 자경기간은 이를 적용하지 아니한다)로서 농지세 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수의 대상이 되는 토지를 포함한다)이 되는 토지에 한한다.]ㆍ제70조ㆍ제72조ㆍ제75조ㆍ제96조ㆍ제97조 및 제112조 제1항 제2호의 규정에 의한 감면

⑦ 법 또는 이 영에서 농어촌특별세 비과세 대상으로 규정된 조세감면규제법의 해당 규정과 같은 취지의 감면을 규정한 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률의 해당 규정에 대하여 동법 부칙 제13조 내지 제19조의 규정에 의한 경과조치 또는 특례가 적용되는 경우에 동 경과조치 또는 특례에 대하여서도 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.(1994.3.24 신설)

○ 구 조세감면규제법 제55조 【자경 농지에 대한 양도소득세 등의 면제】 (1993.12.31 법률 제4666호로 전면개정된 것)

① 다음 각호의 1에 해당하는 자가 8년 이상 계속하여 직접 자경한 토지로서 농지세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수의 대상이 되는 토지를 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다.

1. 대통령령이 정하는 바에 따라 농지소재지에 거주하는 거주자

2. 농업생산을 주된 사업으로 영위하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인 또는 영농조합법인

• 다. 사실관계 및 판단 【쟁점⑴에 대하여】 ⑴ 처분청은 쟁점토지가 ○○시의 도시계획시설(하수종말처리장) 사업시행에 따라 1995.5.24 수용되었으며, ○○도보(1994.1.10일자) 등에 의하면 동 사업은 구 도시 계획법 제23조 및 제25조의 규정에 의해 도시계획시설 사업시행자 지정 및 실시계획이 인가되어 동법 제26조의 규정에 의해 1994.1.3 고시되었음이 확인되므로, 동일자를 사업인정 고시일로 보아 구 조세감면규제법(1993.12.31 법률 제4666호로 개정되기 전의 것) 제57조 및 구 조세감면규제법(1993.12.31 법률 제4666호로 개정된 것) 부칙 제16조 제8항에 의하여 청구인이 쟁점토지를 1994.1.1현재 15년이상 소유하고, 1995.12.31 이내에 양도하는 경우에 해당하는 것으로 판단하여 양도소득세의 100분의 70에 상당하는 세액을 감면하여 양도소득세를 결정하였음이 확인된다. ⑵ 청구인은 위 도시계획시설의 실시계획 인가고시전 1991.8.30 당시 환경처에서 하수도법 제6조 에 의하여 하수종말처리장 설치인가를 한 사실이 공문(환경처 시설 30352-14067호)등에 의하여 확인되고, 하수도법 제6조 제2항 및 동법 제38조의 2에서 공공하수도공사의 인가 또는 허가와 이의 고시가 있는 경우에는 토지수용법 제14조 및 동법 제16조의 규정에 의한 사업인정 및 고시가 있는 것으로 규정하고 있으므로 이 건의 경우, 사업인정고시일을 1991.8.30로 보아야 하고, 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제16조 제3항 제1호의 규정을 적용하여 양도소득세를 전액 면제하여야 한다고 주장한다. ⑶ 그러나, ○○도 고시문 제1992-162호(1992.12.28) 및 ○○시의 손실보상금 지급대장 등에 의해 ○○시의 도시계획시설(하수종말처리장)사업으로 인하여 수용된 토지는 쟁점토지가 아니고 쟁점토지의 분할전 모번지인 ○○시 ○○동 ○○번지 전 117㎡로서 1999.6.25 수용되었음이 확인되고, 쟁점토지는 ○○시 도시계획사업의 일환인 ○○시 제2공업단지 조성사업으로 인하여 1995.5.24 수용된 것으로 확인된다. ⑷ ○○시 제2공업단지 조성사업은 ○○도지사가 구 도시계획법 제25조 의 규정에 의하여 인가하고 동법 제26조의 규정에 의하여 1992.12.28 고시하였음이 확인되는 바, 쟁점토지의 사업인정고시일은 구 도시계획법 제30조 의 규정에 의하여 도시계획사업의 실시 계획 인가 고시일인 1992.12.28로 봄이 타당하다 할 것이다. 따라서, 쟁점토지는 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제16조 제3항 제1호의 규정에 의하여 1992.12.31이전에 사업인정고시된 사업지역안에 있는 토지로서 양도소득세 전액을 면제함이 타당하다고 판단되고, 처분청이 쟁점토지가 수용된 공공사업을 도시계획시설(하수종말처리장)사업으로 잘못 알고, 쟁점토지에 대한 양도소득세의 100분의 70에 상당하는 세액만을 감면하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 위법ㆍ부당한 것으로 판단된다. 【쟁점⑵에 대하여】 ⑴ 농어촌특별세법 제4조 제2호 는 농어민 또는 농어민을 조합원으로 하는 단체에 대한 감면으로서 대통령령이 정하는 것을 농어촌특별세 비과세 대상으로 규정하고 있고, 동법 시행령 제4조 제1항 제1호에서는 동법 제4조 제2호의 ‘대통령령이 정하는 것’의 하나로서 『조세감면규제법(1993. 12. 31 법률 제4666호로 전문개정된 후 1997. 4. 10 법률 제5319호로 개정되기 전의 것) 제63조 [ 조세감면규제법 제55조 제1항 제1호 또는 제2호에 해당하는 자가 직접 경작한 토지(8년 이상 자경 기간은 이를 적용하지 아니한다)로서 농지세 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수의 대상이 되는 토지를 포함한다)이 되는 토지에 한한다]』의 규정에 의한 감면을 규정하고 있다. 또한, 같은법 시행령 제4조 제7항은 『법 또는 이 영에서 농어촌특별세 비과세 대상으로 규정된 조세감면규제법 개정법률의 해당 규정과 같은 취지의 감면을 규정한 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률의 해당 규정에 대하여 동법 부칙 제13조 내지 제19조의 규정에 의한 경과조치 또는 특례가 적용되는 경우에 동 경과조치 또는 특례에 대하여서도 농어촌특별세를 부과하지 아니한다 』고 규정하고 잇다. ⑵ 위 규정들에 의하면, 농어촌특별세법상 비과세 대상을 규정한 농어촌특별세법 시행령 제4조 제1항 소정의 ‘조세감면규제법’ 이라 함은 원래 동 시행령 시행일인 1994.7.1 당시에 시행되고 있던 조세감면규제법을 가리키는 것이었고, 농어촌특별세법 시행령 제4조 제7항 은 1994.7.1 당시에 시행되고 있던 조세감면규제법을 적용하는 경우에 생기는 혼란을 염두에 둔 규정으로서 법률 제466호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제16조 제3항의 경과조치에 의한 감면을 받는 경우에도 농어촌특별세법 시행령 제4조 제1항 제1호에 비과세 대상으로 규정된 감면과 같은 취지의 감면인 경우에 한하여 농어촌 특별세를 비과세하는 것(대법원 2000.5.12 선고, 97누 14415 판결 ; 대법원 1997.10.24 선고, 97누 5572 판결 등 참조)이므로, 결국 농지가 공공사업용 토지로 수용되는 경우 농어촌특별세법 시행령 제4조 제7항 의 규정에 의하여 농어촌 특별세가 비과세되기 위하여는 농어촌특별세법 시행령 제4조 제1항 제1호 의 요건을 갖추어야 하는 것으로 판단된다. ⑶ 따라서, 공공사업용 토지로 수용되는 경우에도 8년 이상의 자경기간은 적용 되지 않는다 하더라도 양도당시 농지소재지에 거주하는 자가 직접 경작한 농지에 해당하는 경우에 한하여 양도소득세 감면분에 대한 농어촌특별세를 비과세하는 것 (국심99경620, 2000.5.12, 재경부 조예 46019-131, 2000.3.31 같은뜻) 이므로, 이 건의 경우, 청구인이 양도일 현재 쟁점토지 소재지에서 거주하나 아니하였고 직접 자경한 사실이 확인되지 않을 뿐만 아니라, 쟁점토지 1,976㎡중 681㎡는 양도당시 ○○시로부터 『대지』로 사정되어 손실보상금이 지급된 사실이 ○○시의 손실보상금지급대장 등에 의해 확인되므로 쟁점토지는 농어촌특별세법 시행령 제4조 제1항 제1호 의 『조세감면규제법 제55조 제1항 제1호 또는 제2호에 해당하는 자가 직접 경작한 토지(8년이상 자경기간은 이를 적용하지 아니한다)로서 농지세 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수의 대상이 되는 토지를 포함한다)이 되는 토지』에 해당하지 않는 것으로 판단된다. 앞에서 살펴 본 바와 같이 이 건 심사청구는 청구인의 주장이 일부 이유있는 것으로 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.