조세심판원 심사청구 양도소득세

중복조사금지규정 위반 여부

사건번호 심사양도2001-2131 선고일 2001.11.09

주금납입 관련 금융자료 등 객관적인 증빙이 없는 상황에서 증자 당시의 대차대조표상 주식발행초과금이 없다하여 액면가액에 의해 증자한 것으로 보고 액면가액을 실지취득가액으로 하여 양도차익을 산정하는 것은 부당함

주문

○○세무서장이 2001.6.1 청구인에게 부과처분한 1998년 귀속 양도소득세 1,717,439,240원은, (주)○○메디카의 유상증자에 참여한 당사자를 포한하여 비송사건절차법 제205조 의 규정에 의한 신주발행으로 인한 변경등기 신청서와 그 첨부서류인 주식청약서ㆍ주식인수서ㆍ주금납입증명서 등을 재조사하여 청구인이 양도한 (주)○○메디카 주식 75,174주의 취득당시 실지거래가액을 확인하고, 확인된 실지거래가액을 취득가액으로 하여 그 과세표준과 세액을 결정(경정)한다.

1. 처분내용

청구인은, 1980.4.10부터 1998년까지 법인설립시 출자 및 유상증자에 의해 8회에 걸쳐 취득하여 보유하고 있던 청구 외 (주)○○메디카(이하 "청구 외 법인"이라 한다)가 발행한 비상장ㆍ미등록주식 75,174주(이하 "쟁점주식"이라 한다)를1998.9.18 청구 외 ○○코리아(주)에 7,952,958,156원(주당 105,794원)에 양도하고 기준시가에 의하여 양도가액을 337,681,608원, 취득가액을 732,946,146원으로 산정하여 1999.5.31 양도차손이 발생한 것으로 양도소득세확정신고를 하였다. 처분청은, 조사관서인 ○○지방국세청으로부터 통보받은 양도ㆍ취득당시의 실지거래가액에 의해 양도가액을7,952,958,156원으로, 취득가액은 754,696,500원으로 결정하여 양도차익을 산정, 2001.6.1 이 건1998년 귀속 양도소득세 1,717,439,240원을 청구인에게 부과처분 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2001.8.29 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장

청구인은 다음과 같은 요지의 주장을 한다.

(1) 쟁점주식의 양도에 대하여 ○○세무서에서 기 조사하여 청구인의 신고내용을 인정하고 과세미달로 결정한 바 있으므로 이 건 처분은 중복조사금지규정을 위반한 무효의 처분이다.

(2) 비상장주식의 양도가액만 확인되는 경우에는 기준시가로 환산한 가액을 취득가액으로 하여 양도차익을 산정하여야 하는 것임에도, 신주발행통지서와 신주청약서ㆍ주금납입 관련 금융자료 등 객관적인 증빙이 없는 상황에서 증자 당시의 대차대조표상 주식발행초과금이 없다하여 액면가액에 의해 증자한 것으로 보고 액면가액을 실지취득가액으로 하여 양도차익을 산정하는 것은 부당하다.

3. 처분청 의견

위의 청구주장에 대한 처분청의 의견은 다음과 같다. (1) 국세기본법 제81조의3 의 규정에 의하면, 세무공무원은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재경정ㆍ재조사를 할 수 있는 것으로 규정되어 있고, 소득세법 제114조 제2항 에는 양도소득세 결정후 그 탈루 또는 오류가 있는 것을 발견한 때에는 즉시 그 과세표준과 세액을 조사하여 경정한다라고 규정되어 있는 바, 이 건조사는 ○○세무서의 조사ㆍ결정에 오류가 있는 것을 발견하고 재조사한 것이므로 중복조사금지규정에 위배되지 아니한다.

(2) 청구인은 청구 외 법인의 장부 등이 보관되어 있지 아니하여 취득가액을 확인할 수 없다고 주장하나, 청구인은 청구 외 법인의 과점주주로서 주식취득시기 및 증자가액 등 주식 취득내역법인결산서 및 주식관련 증빙서류의 회사보관 여부 등에 대한 사정을 잘 알 수 있는 지위에 있었다는 점에 비추어 볼 때 청구주장은 설득력이 없고, 설령, 유상증자당시의 주식취득 관련증빙서류 등이 보관되어 있지 아니하다 하더라도, 청구 외 법인의 증자당시 대차대조표에 주식발행초과금을 계상한 사실이 없고, 주식이동상황명세서에 액면가액으로 기재되어 있는 바, 법인설립 및 유상증자시 쟁점주식은 액면가액으로 발행되었다고 봄이 타당하다 할 것이므로 쟁점주식의 액면가액을 실지취득가액으로 본 것은 정당하다.

4. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 이 건 심사청구의 쟁점은 다음과 같다.

(1) 이 건 조사가 중복조사금지규정에 위반되는지 여부.

(2) 유상증자시 취득한 주식의 취득가액을 산정함에 있어서 증자당시 대차대조표상 주식발행초과금이 계상되어 있지 않다는 이유로 액면가액에 의하여 증자한 것으로 보아 주식액면가액을 실지취득가액으로 볼 수 있는지 여부.

  • 나. 관련법령 이 건 심사청구와 관련된 법령을 살펴보면 다음과 같다. 〔 쟁점(1)과 관련된 법령 〕

○ 국세기본법 제81조의3 【중복조사의 금지】 세무공무원은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2 이상의 사업년도와 관련하여 잘못이 있는 경우 기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재경정ㆍ재조사를 할 수 없다.

○ 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지】

② 납세지관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항의 규정에 의하여 과세표준과 세액을 결정할 수 없거나 결정 후 그 탈루 또는 오류가 있는 것을 발견한 때에는 즉시 그 과세표준과 세액을 조사하여 결정 또는 경정한다. 〔 쟁점(2)와 관련된 법령 〕

○ 소득세법 제96조 【양도가액】 양도가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

1. 제94조 제1호ㆍ제2호 및 제5호(괄호생략)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 양도당시의 기준시가. 다만, 당해자산의 종류ㆍ보유기간ㆍ거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의한다.

2. 제1호 외의 자산의 경우에는 당해 자산의 양도당시의 실지거래가액. 다만, 양도당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 기준시가에 의한다.

○ 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액
  • 가. 제94조 제1호ㆍ제2호 및 제5호(괄호생략)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해자산의 종류ㆍ보유기간ㆍ거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.
  • 나. 가목 외의 자산의 경우에는 당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 그 자산의 취득당시의 기준시가에 의한다.

○ 소득세법 제99조 【기준시가의 산정】

① 제96조와 제97조 제1항 제1호 및 제100조에 규정하는 기준시가는 다음 각호에서 정하는 바에 의한다.

2. 제94조 제2호 내지 제5호의 자산 양도자산의 종류ㆍ규모ㆍ거래상황과 상속재산의 평가가액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 가액

○ 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】

① 양도차익을 산정함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나를 실지거래가액에 의하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여야 하고, 어느 하나를 기준시가에 의하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우로서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나만의 실지거래가액을 확인할 수 있는 때에는 실지거래가액을 확인할 수 있는 것은 실지거래가액에 의하여야 하고, 실지거래가액을 확인할 수 없는 다른 하나는 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 가액에 의하여야한다.

○ 소득세법시행령 제165조 【토지ㆍ건물 외의 자산의 기준시가 산정 】

① 법 제99조 제1항 제2에서 "대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 가액"이라 함은 다음 각호의 가액을 말한다.

2. 법 제94조 제4호의 규정에 의한 주식 등 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 나목(동목에서 준용하고 있는 가목의 규정 중 "3월"은 각각 "1월"로 한다) 및 다목의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 평가기준시기나 평가액은 재무부경제령이 정하는 바에 의한다. 다만, 장부분실 등의 사유로 취득당시의 기준시가를 확인할 수 없는 경우에는 액면가액을 취득당시의 기준시가로 한다.

○ 소득세법시행령 제166조 【양도차익의 산정】

② 법 제100조 제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 가액"이라 함은 다음 각호의 방법에 의하여 환산한 가액을 말한다.

1. 제3항 각호 또는 제157조 제5항에 규정된 자산을 양도하는 경우에는 다음 각목에 의하여 계산한 가액

  • 가. 양도당시의 실지거래가액만 확인되는 경우의 취득가액 양도당시의 실지거래가액×취득당시의 기준시가 / 양도당시의 기준시가

○ 상법 제291조 【설립당시의 주식발행사항의 결정】 회사설립시에 발행하는 주식에 관하여 다음의 사항은 정관에 다른 정함이 없으면 발기인 전원의 동의로 이를 정한다.

1. 주식의 종류와 수

2. 액면이상의 주식을 발행하는 때에는 그 수와 금액

○ 상법 제330조 【액면미달발행의 제한】 주식은 액면미달의 가액으로 발행하지 못한다. 그러나 제417조의 경우에는 그러하지 아니하다.

○ 상법 제416조 【발행사항의 결정】 회사가 그 성립후에 주식을 발행하는 경우에는 다음의 사항으로서 정관에 규정이 없는 것은 이사회가 이를 결정한다. 그러나 본법에 다른 규정이 있거나 정관으로 주주총회에서 결정하기로 정한 경우에는 그러하지 아니하다.

3. 신주의 인수방법

4. 현물출자를 하는 자의 성명과 그 목적인 재산의 종류, 수량, 가액과 이에 대하여 부여할 주식의 종류와 수

5. 주주가 가지는 신주인수권을 양도할 수 있는 것에 관한 사항

6. 주주의 청구가 있는 때에만 신주인수권증서를 발행한다는 것과 그 청구기간

○ 상법 제417조 【액면미달의 발행】

① 회사가 성립한 날로부터 2년을 경과한 후에 주식을 발행하는 경우에는 회사는 제434조의 규정에 의한 주주총회의 결의와 법원의 인가를 얻어서 주식을 액면미달의 가액으로 발행할 수 있다.

② 전항의 주주총회의 결의에서는 주식의 최저발행가액을 정하여야 한다.

③ 법원은 회사의 현황과 제반 사정을 참작하여 최저발행가액을 변경하여 인가할 수 있다. 이 경우에 법원은 회사의 재산상태 기타 필요한 사항을 조사하게 하기 위하여 검사인을 선임할 수 있다.

○ 비송사건절차법 제205조 【신주발행으로 인한 변경등기】 신주발행으로 인한 변경등기의 신청서에는 다음 각호의 서류를 첨부하여야 한다.

2. 주식의 청약을 증명하는 서류

3. 상법 제422조 의 규정에 의하여 검사인이 한 조사보고서와 그 부속서류 또는 감정인의 감정서와 그 부속서류

4. 검사인의 보고에 관한 재판이 있는 때에는 그 재판의 등본

5. 주금의 납입을 맡은 은행 기타 금융기관의 납입금보관에 관한 증명서

  • 다. 사실관계 및 판단 〔 쟁점(1)과 관련된 사실관계 및 판단 〕

(1) 청구인은 ○○지방국세청장의 이 건 조사가 중복조사금지규정에 위반된다고 주장하고 있는 바, 이에 대하여 살펴보면,

○○세무서(현재 ○○세무서)장은 청구인의 쟁점주식 양도에 대한 조사를 1999.6.18 종결하였는데, ○○지방국세청장은 ○○세무서장의 결정에 오류가 있다하여 이를 다시 조사, 이 건 과세처분을 하였음이 청구인이 제시한 양도소득세결정통지서 등에 의하여 확인된다.

(2) 관련법령을 살펴보면, 과세표준과 세액결정 후 그 탈루 또는 오류가 있는 것을 발견한 때에는 즉시 그 과세표준과 세액을 조사하여 경정하고, 세무공무원은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재경정ㆍ재조사를 할 수 있도록 규정되어 있는 바, 이 건 조사는 위에서 살펴본 바와 같이 ○○지방국세청장이 ○○세무서장의조사ㆍ결정에 오류가 있는 것으로 보고 재조사한 것이므로 중복조사금지규정에 위반되는 것은 아닌 것으로 판단된다.

(3) 따라서, 이 건 조사가 중복조사금지규정에 반한다는 청구주장은 받아들이기는 어렵다 하겠다. 〔 쟁점(2)와 관련된 사실관계 및 판단 〕

(1) 쟁점주식의 양도차익을 산정함에 있어서 양도당시 실지거래가액이 7,952,958,157원이라는 점에 대해서는 처분청과 청구인간에 다툼이 없으나, 취득가액에 대하여 처분청은 법인설립시 및 유상증자시 쟁점주식이 액면가액으로 발행된 것으로 보고 있고, 청구인은 이를 확인할 수 없으므로 양도가액을 양도ㆍ취득당시 기준시가에 의해 환산한 가액을 취득가액으로 하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

(2) 이 건 조사관서인 ○○지방국세청의 조사복명서ㆍ결의서 등에 의하면, 쟁점주식 발행당시 주식이동상황명세표에 쟁점주식의 가액이 액면가액으로 기재되어 있고 법인설립시 및 유상증자당시 청구 외 법인의 대차대조표에는 주식발행초과금 또는 주식할인발행차금이 계상되어 있지 아니하다는 이유로 쟁점주식이 액면가액으로 발행된 것으로 보고 1주당 액면가액 10,000원을 실지취득가액으로 인정하여 이 건 과세처분을 하였음을 알 수가 있다.

(3) 그러나, 소득세법 제96조 제2호, 제97조 제1항 제1호 나목, 제100조 제1항의 규정에 의하면, 비상장주식의양도ㆍ취득가액은 양도ㆍ취득당시 실지거래가액을 확인할 수 있는 경우에는 실지거래가액에 의하되, 확인할 수 없는 경우에는 기준시가 또는 환산가액에 의하도록 규정되어 있는 바, 청구인이 쟁점주식을 청구 외 법인 설립시 및 유상증자시 취득한 이 건의 경우, 취득당시 실지거래가액은 청구 외 법인의 유상증자에 참여한 당사자를 포함하여 이사회의사록ㆍ주주총회회의록ㆍ신주발행통지서ㆍ신주청약서ㆍ주금납입영수증과 증자등기 관련 증빙 등 당해 거래와 관련된 1차적이고 직접적인 증빙에 의하여 확인하여야 할 것이다.

(4) 처분천은 청구인의 쟁점주식 취득당시 실지거래가액을 위와 같은 1차적이고 직접적인 확인방법에 의하지 아니하고 청구 외법인의 유상증자당시의 대차대조표만을 근거로 하여 청구인의 쟁점주식 취득당시 실지거래가액이 액면가액으로 확인되었다고 보았으나, 청구 외 법인의 대차대조표는 2차적이고 간접적인 증빙이라는 점, 상당수의 비상장법인의 경우에는 재무제표를 실지거래가액에 의해작성하지 아니하는 사례가 적지 않다는 점 등을 종합하여 볼 때, 청구 외 법인 설립시 및 유상증자당시의 대차대조표에 주식발행초과금이 계상되어 있지 않다는 사실만을 가지고는 쟁점주식 취득당시 실지거래가액이 액면가액인 것으로 추정할 수는 있다하겠으나 그 실지거래가액이 확인된 것으로 보기는 어렵다 할 것인 바, 이 점에 있어서 처분청의 이 건 과세처분은 사실확인을 소홀히 한 잘못이 있다 할 것이다.

(5) 따라서, 처분청은 청구 외 법인의 유상증자에 참여한 당사자를 포함하여 쟁점주식 발행과 관련된 증빙인 비송사건절차법 제205조 의 규정에 의한 신주발행으로 인한 변경등기신청서와 그 첨부서류인 주식청약서ㆍ주식인수서ㆍ주금납입증명서 등을 재조사하여 청구인의 쟁점주식 취득당시 실지거래가액을 확인하고, 확인된 실지거래가액을 취득가액으로 하여 이 건 양도소득세 과세표준과 세액을 결정(경정)함이 타당하다 할 것이다. 앞에서 살펴본 바와 같이 이 건 과세처분은 사실확인을 소홀히 한 잘못이 있다 할 것이므로, 이 건 심사청구는 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)