부동산 양도 이전에 아파트를 교회에 헌납한 사실을 인정할 수 있는지 여부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대지 469㎡와 위 지상주택 97.52㎡, 단층돈사 14.55㎡ 및 ○○동 ○○번지 전23㎡(2필지 토지와 건물을 합하여 이하 “쟁점부동산” 이라 한다)를 2000.10.21 ○○시에 수용되어 양도하고 주택부분과 그 부속토지는 1세대1주택으로서 비과세대상으로 보고 나머지 부분에 대하여는 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 양도소득세 2,699,530원과 농어촌특별세 211,720원을 2000.11.11 신고하였다. 처분청은 1세대1주택에 해당되지 않는 것으로 보아 쟁점부동산의 등기부등본상 면적 전체에 대하여 가준시가로 양도차익을 산정하여 청구인에게 2000년 귀속분 양도소득세 6,830,510원을 2001.3.5 결정고지하였다가, 예정신고납부세액 및 기납부세액을 추가로 공제하여 위 세액을 5,809,843원으로 2001.9.11 경정결정하였다. 청구인은 이에 불복하여 2001.9.7 이 건 심사청구를 하였다.

청귄은 ○○도 ○○시 ○○읍 ○○리 ○○번지외 6필지에 소재하는 ○○아파트 ○동 ○호(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 쟁점부동산 양도 당시 청구인의 처 이○○ 명의로 소유하고 있다하여 처분청에서 1세대가 2주택을 보유한 것으로 보아 이 건 양도소득세를 과세하였으나, 쟁점부동산 양도일 이전인 1994.9.20에 청구인이 목사로 재직하던 ○○교회에 쟁점아파트를 헌납한 사실이 확인되므로 쟁점부동산 중 주택부분과 그 부속토지에 대하여 양도소득세 비과세대상으로 당초 신고한 내용이 정당하다고 주장한다.

위의 청구주장에 대하여 처분청은 쟁점부동산 양도 당시 청구인의 처 명의로 쟁점아파트를 소유한 사실이 등기부등본에 의하여 확인되고, 쟁점부동산 양도 이전에 쟁점아파트를 교회에 헌납한 사실을 인정하기 어려우므로 쟁점부동산 전체에 대하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다는 의견이다.

• 가. 쟁점 이 건 심사청구의 쟁점은 쟁점부동산 중 주택부분과 그 부속토지를 1세대1주택으로 인정하지 아니하고 쟁점부동산 전체에 대하여 양도소득세를 과세한 처분이 정당한지를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 이 건 심사청구와 관련된 법령을 살펴보면 다음과 같다.

○ 소득세법 제89조 【비과세 양도소득】 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(거주용 건물의 연면적ㆍ가액 및 시설등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득

○ 소득세법 시행령 제154조 【1세대 1주택의 범위】

① 법 제89조 제3호에서 “1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것을 말한다. 다만, 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 보유기간의 제한을 받지 아니한다.(이하생략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점부동산 중 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대지 469㎡와 위 지상 단층주택 97.52㎡, 단층돈사 14.55㎡는 1990.4.16 취득하였고 ○○동 ○○번지 전 400㎡ 중 23㎡를 1990.4.18 취득하였다가, 위 2필지 쟁점부동산이 ○○시공항로확장공사3공구에 편입되어 2000.10.21 ○○시에 수용된 사실이 등기부등본, ○○시의 보상내역 등에 의하여 확인된다.

(2) 청구인은 ○○시의 수용으로 쟁점부동산을 양도하고 쟁점부동산 중 주택부분과 그 부속토지에 대하여는 양도소득세 비과세 대상으로 보고 1세대1주택 부분을 제외한 면적에 대하여는 기준시가에 의하여 납부할 양도소득세 등을 2,911,250원으로 하여 2000.11.11 자산양도차익예정신고를 하고 2000.12.7 위 세액을 자진납부하였다.

(3) 처분청은 쟁점부동산 양도 당시에 청구인의 처 이○○가 쟁점아파트를 소유하고 있다하여 1세대가 2주택을 소유한 것으로 보아, 쟁점부동산 중 주택부분과 그 부속토지부분을 비과세대상으로 신고한 청구인의 신고내용을 인정하지 아니하고 쟁점부동산 전체 면적에 대하여 기준시가에 의하여 양도소득세 6,830,510원을 2001.3.5 결정(납부기한 2001.3.31)고지하였다가, 예정신고납부세액공제와 기납부세액공제가 누락된 것을 발견하고 이를 추가로 공제하여 당초 총결정세액 6,830,510원을 5,809,843원으로 2001.9.11 경정결정하였다.

(4) 쟁점아파트는 ○○도 ○○시 ○○읍 ○○리 ○○번지외 6필지에 소재하는 ○○아파트 ○동 ○호 77.92㎡(대기권 58.71㎡)로서, 청구인의 처 이○○가 1991.8.27 매매를 원인으로 취득하여 1996.3.15 이○○ 명의로 소유권이전등기하였으며, 2001.7.7 증여를 원인으로 재단법인 ○○장로회 ○○재단 소유로 2001.7.9 소유권이전등기된 사실이 쟁점아파트의 등기부등본에 의하여 확인된다.

(5) 청구인은 1992년 11월부터 1998년 1월까지 ○○장로회 ○○노회 유지재단 소속인 ○○도 ○○시 ○○읍 ○○리 ○○번지에 소재하는 ○○교회의 목사로 재직하였다.

(6) 청구인은 쟁점부동산 양도일 이전인 1994.9.20에 쟁점아파트를 청구인이 목사로 재직하였던 ○○교회에 헌납하였다고 자장하면서 ○○교회의 재산목록대장, 건축헌금대장, 헌납확인서, 회의록, 금전출납부, 쟁점아파트의 재산세 및 종합토지세 납부영수증 사본을 제시하였다. 다음으로, 청구인은 쟁점아파트를 1994.9.20 ○○교회에 헌납하였으므로 쟁점부동산이 1세대1주택으로서 양도소득세 비과세대상이라고 주장하는 반면, 처분청은 쟁점부동산 양도 당시에 청구인의 처 이○○가 쟁점아파트를 소유하여서 1세대가 2주택을 보유하다가 쟁점부동산을 양도하였으므로 양도소득세 비과세 대상이 아니라는 의견이므로 이에 대하여 살펴본다.

① 청구인이 ○○교회의 목사로 재직하였으므로 청구인은 ○○교회의 운영 등에 직ㆍ간접적으로 관여할 수 있는 위치에 있었던 점으로 보아 쟁점아파트를 1994.9.20에 ○○교회에 헌납하였다며 제출한 입증서류가 진실된 증빙으로 보여지지 아니하는 점

② 청구인은 쟁점아파트를 1994.9.20에 실질적으로 헌납하였다고 주장하면서도 그 당시에 증여등기를 하지 못하였던 타당한 사유와 이를 증명할 입증서류를 제시하지 못하는 점으로 보아 청구인이 헌납하였다고 주장하는 1994.9.20에 증여등기를 못할 특별한 사유가 있었다고 보기 어려운 점

③ 부동산의 경우 소유권 이전에 관한 사항을 등기부등본상에 등기하여야 그 효력이 발생하는 것인 바, 이 건 양도소득세가 결정고지된 이후인 2001.7.9에 청구인의 처 소유의 쟁점아파트를 ○○장로회 ○○재단에게 증여등기한 사실이 확인되는 점 등에 비추어 볼 때에, 쟁점아파트를 1994.9.20에 ○○장로회 ○○재단 소속의 ○○교회에 헌납하였다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. 그러므로, 쟁점부동산 양도 당시에 청구인의 처 이○○가 쟁점아파트를 소유한 사실이 확인되므로 1세대가 2주택을 보유한 것으로 보아야 할 것이며, 따라서, 처분청에서 쟁점부동산 중 주택부분과 그 부속토지에 대하여 1세대1주택으로 신고한 청구인의 신고내용을 인정하지 아니하고 쟁점부동산 전체면적에 대하여 이 건 양도소득세를 과세한 당초 처분은 정당하고 달리 잘못이 없다고 판단된다. 앞에서 살펴 본 바와 같이 이 건 심사청구는 청구인의 주장이 이유 없다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.