등기가 늦어진 부동산의 양도시기를 등기접수일로 보아 과세한 처분의 당부

○○세무서장이 2000. 12. 8. 청구인에게 결정고지한 1998년 과세연도 양도소득세 10,929,504원은 이를 취소합니다.

청구인은 1998. 6. 22 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 589 답 1,091㎡, ○○리 ○○번지 답 2,460㎡, 같은리 ○○번지 전 3,104㎡, 같은리 ○○번지 묘지 1,126㎡(이하 “쟁점부동산”이라한다)를 청구외 이○○(이하“매수인”이라한다)에게 양도하고 1998. 6. 26. 부동산양도신고ㆍ납부하였으며, 등기부등본상 1998. 8. 29.자로 소유권이전되었다. 처분청은 쟁점부동산에 대한 대금청산일이 분명하지 아니하고 부동산매매계약서에 기재된 잔금지급약정일(1998.6.220로부터 등기접수일(1998.8.29)까지의 기간이 1월을 초과하여 등기접수일을 양도시기로 보아, 2000.12.8. 1998년 과세연도 양도소득세 10,929,504원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2001.1.31. 이의신청을 거쳐 2001.5.31. 심사청구 하였다.

청구인은 1998. 6. 22. 쟁점부동산을 매매대금 30,000,000원에 양도하기로 부동산매매계약을 체결하여 1998. 6. 26. 잔금을 수령하고 부동산매도용 인감증명서를 교부하였으나, 쟁점부동산의 매수자가 현지농민이 아닌 서울에 거주하는 관계로 농지취득자격증명을 받아야만 소유권이전등기가 가능하여 그 증명을 받는데 시간이 소요되어 1998. 8. 29.자에 등기가 완료된 것으로, 이는 매수인의 사정이지 청구인과는 무관함에도 쟁점부동산의 양도시기를 등기접수일로 보아 과세한 당초처분은 부당하다.

청구인이 제시한 부동산매동용 인감증명서 유효기간이 3월인 바, 발급 받은 날에 쟁점부동산에 대한 잔금을 청산하였다는 청구주장을 인정하기 어렵고, 매수자의 사정으로 인해 소유권이전등기가 지연되었다 하나 그 사정이 명확하지 않으며, 잔금청산 방법도 명확하지 않은 이건은 등기접수일을 양도시기로 보아 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 이건의 다툼은 쟁점부동산의 양도시기를 등기접수일로 보아 과세한 처분이 맞는지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】에서 『자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.』고 규정하고, 같은법시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】 제1항에서는 『법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 재금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세약을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.』고 규정하면서, 제1호에서는 『대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일. 다만, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다.』고 규정하고 있다. 농지법 제8조 【농지취득자격증명의 발급】 제1항에서 『농지를 취득하고자 하는 자는 농지의 소재지를 관할하는 시장ㆍ구청장ㆍ읍장 또는 면장으로부터 농지취득자격증명을 발급받아야 한다』고 규정하고 있으며, 제2항에서는 『제1항의 규정에 의한 농지취득자격증명을 발급받고자 하는 자는 다음 각호의 사항이 포함된 농업경영계획서를 작성하여 대통령령이 정하는 바에 의하여 제46조의 규정에 의한 농지의 소재지를 관할하는 농지관리위원회위원 2인 이상으로부터 제6조 및 제7조의 규정에 적합한 지의 여부를 확인받아 시ㆍ구ㆍ읍ㆍ면장에게 그 발급을 신청하여야 한다.
• 다. 사실관계 및 판단 ⑴ 청구인은 쟁점부동산에 대한 양도일자를 1998. 6. 22.자로 하여 1998. 6. 26. 부동산양도 신고한 후 신고한 후 양도소득세 5,130,030원을 납부하였으나, 처분청은 대금청산일이 분명하지 아니하고 부동산매매계약서에 기재된 잔금지급약정일(1998.6.22)로부터 등기접수일(1998.8.29)까지의 기간이 1월을 초과하였으므로, 등기접수일을 양도시기로 보아 양도차익을 기준시가로 산정하여 양도소득세를 과세하였음이 관련서류에 의하여 확인되며, 청구인은 당초처분이 부당하다고 하면서 쟁점부동산에 대한 양도대금을 1998. 6. 26. 전액 영수하였다는 증빙으로 부동산매매계약서, 부동산양도신고확인서, 부동산매도용인감증명발급대장, 매수인의 거래사실확인서, 농지취득자격증명서 등을 제시하고 있다. ⑵ 쟁점부동산에 대한 부동산매매계약서를 보면, 양도가액은 삼천만원으로 하되 그 매매대금은 계약일인 1998. 6. 22.에 전액 수수하기로 되어있으며, 청구인은 쟁점부동산에 대한 대금청산일을 1998. 6. 22.자로 하여 1998. 6. 26. 부동산양도신고한 후 자진납부서 및 부동산양도신고확인서를 발급받았고, 1998. 6. 24. 청구인의 주소지 관할 마두2동장으로부터 인감증명을 발급받았음이 부동산매도용 인감증명발급대장에 의하여 확인된다. ⑶ 매수인은 청구인에게 1998. 6. 25. 쟁점부동산에 대한 잔금을 현금으로 지급하고 등기에 필요한 일체의 서류를 받았으나 농지를 처음 취득하는 관계로 등기이전 절차를 잘 알지 못하였고, 쟁점부동산 소재지에 거주하는 관계로 등기이전 절차를 잘 알지 못하였고, 쟁점부동산 소재지에 거주하는 이장의 확인을 받는데 시간이 소요되어 등기이전이 지연되었다고 유선으로 확인하고 있으며, 농지법 제8조 를 보면 농지를 취득하고자 하는 자는 농업계회서를 작성하여 농지소재지를 관할하는 농지관리위원회 위원 2인 이상으로부터 확인을 받아 농지취득자격증명을 발급받아야 한다고 규정되어 있다. ⑷ 그렇다면, 주소지가 ○○인 매수인이 쟁점부동산 소재지의 이장 2인을 직접 만나서 농업경영을 목적으로 농지를 취득한다는 확인을 받는데 시간이 소요되어 1998. 8. 21.자에 농지취득자격증명을 발급받아 등기이전이 지연되었다는 청구주장은 설득력이 있는 것으로 보이며, 쟁점부동산 매매계약서상 잔금지급약정일(1998.6.22)과 매수인이 확인한 대금지급일(1998.6.25) 및 청구인의 대금수령일(1998.6.26)이 서로 상이한 측면은 있으나, 부동산의 매도자는 잔금을 수령한 후 소유권이전 등기신청에 필요한 인감증명서 등을 매수인에게 건네주는 통상적인 부동산거래관행에 비추어 보면, 늦어도 쟁점부동산 양도신고일인 1998. 6. 26.이전에 대금청산이 이루어졌다고 봄이 합당하다고 할 것이므로, 쟁점부동산의 등기부등본상 등기접수일을 양도시기로 보아 과세한 당초처분은 취소하여야 한다. 따라서, 이건 심사청구는 청구주장 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.