개정된 고급주택의 양도 실지거래가액 적용규정의 적용시기를 언제로 볼 것인지

[주문] 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각한다. [이유]

청구인은 ○○시 ○○구 ○○○동 ○○번지 ○○아파트 127동 ***호(이하 "쟁점아파트"라 한다)를 1987. 10. 20 취득한 후 1999. 11. 1 양도하고 실거래가액에 의한 양도소득세 34,298,690원을 예정신고ㆍ납부하였다. 청구인은 2000년 5월 종합소득세 확정신고시 쟁점아파트 양도에 대하여 기준시가에 의하여 양도소득세를 3,929,132원으로 계산하여 당초 예정신고ㆍ납부한 양도소득세 34,298,690원과의 차액인 30,369,560원(이하 "쟁점세액"이라 한다)을 환급하여 달라고 하였으나, 처분청은 이에 대한 실지조사 결과 고급주택을 양도한 경우 실지거래가액으로 양도차익을 계산하도록 신설된 소득세법시행령 제166조 제4항 4호 규정(1999. 12. 28 법 개정시 소득세법 제96조 에서 직접 규정함)에 근거하여 당초 예정신고ㆍ납부한 양도소득세대로 결정한다는 세무조사결과통지서를 2000. 11. 29 청구인에게 통지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2001. 2. 26 심사청구하였다.

소득세법 제96조 제1항 제1호 의 고급주택 양도에 대한 실지거래가액 적용규정은 법률 제6051호로 1999. 12. 28 개정된 부칙 제5조에서 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용하게 되어 있는 바, 쟁점아파트 양도일자는 1999. 11. 1일이므로 처분청이 개정된 소득세법을 소급적용하여 청구인의 경정청구에 대하여 이를 거부함은 부당하다.

1999. 9. 18 신설된 소득세법시행령 제166조 제4항 제4호 의 고급주택에 대한 실지거래가액 적용규정은 이 영 개정 후 최초로 양도하는 분부터 적용하도록 부칙 제3항에서 규정하고 있으므로 1999. 11. 1 양도한 쟁점아파트에 대하여 실지거래가액에 의한 당초 신고납부세액대로 결정한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점아파트 양도에 있어서 고급주택의 실지거래가액규정 적용시기가 언제인가를 가리는 데 있다.
• 나. 관계법령 소득세법시행령 제166조 【양도차익의 산정】 제4항은 『법 제96조 제1호 단서 및 법 제97조 제1항 제1호 가목 단서에서 "당해 자산의 종류ㆍ보유기간ㆍ거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다』라고 규정하면서, 1999. 9. 18 대통령령 제16556호로 신설된 제4호는 『법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고급주택을 양도하는 경우』를 규정하고 있으며 같은 영 부칙 제3항【양도소득에 관한 적용례】에 『이 영 중 양도소득에 관한 개정 규정은 이 영 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다』라고 규정하고 있고 소득세법 제96조 【양도가액】에서 『양도가액은 다음 각호의 금액으로 한다』라고 규정하면서 그 1호에 『제94조 제1호ㆍ제2호 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 양도당시의 기준시가. 다만, 당해 자산의 종류ㆍ보유기간ㆍ거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의한다』라고 규정하고 있으며 같은법 제97조【양도소득의 필요경비계산】 제1항에 『거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다』라고 규정하면서, 그 1호 취득가액 가목에서 『제94조 제1호. 제2호 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산의 종류ㆍ보유기간ㆍ거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다』라고 규정하고 있고

1999. 12. 28 법률 제6051호로 개정된 소득세법 제96조 제1항 에 『제94조 제1호 및 동조 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 실지거래가액에 의한다』라고 규정하면서, 그 1호에 『제89조 제3호의 규정에 의한 고급주택의 기준에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)인 경우』로 규정하고 있으며 같은법 부칙 제5조【양도소득에 관한 적용례】 제1항에 『이 법 중 양도소득세에 관한 규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 청구인은 쟁점아파트를 1999. 11. 1 양도하였으므로 1999. 12. 28 개정된 고급주택에 대한 실지거래가액 과세적용은 이 법 시행후 양도하는 분부터 적용하여야 함에도 처분청이 이 건 소급적용하여 처분함은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

(1) 청구인은 쟁점아파트를 양도하고 실지거래가액에 의한 양도소득세 34,298,690원(2000.1.17. 17,149,350원, 2000.3.13. 17,149,340원을 납부함)을 예정신고 납부한 후 기준시가에 의하여 양도소득세를 3,929,130원으로 계산하여 당초 예정신고 납부세액과의 차액인 쟁점세액을 환급하여 달라고 2000년 5월 확정신고하였으나, 처분청은 이에 대한 실지조사 결과 고급주택을 양도한 경우 실지거래가액에 의하여 양도차익을 계산하도록 1999. 9. 18 신설된 소득세법시행령 제166조 제4항 4호 규정(1999. 12. 28 법 개정시 소득세법 제96조 제1항 제1호 에서 직접 규정함)에 근거하여 당초 예정신고ㆍ납부한 양도소득세대로 결정한다는 청구인의 경정청구를 거부하는 세무조사결과통지서를 청구인에게 통지하였음을 청구인의 양도소득세예정 및 확정신고서와 처분청의 양도소득세에 대한 세무조사결과 통지서 및 결정결의서 등 관련서류에 의하여 알 수 있다.

(2) 쟁점아파트양도가 소득세법 규정에 의한 고급주택양도에 해당되는 것에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없으나, 고급주택 양도시 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하도록 한 규정은 위 관련법령에서 살펴본 바와 같이 1999. 9. 18 대통령령 제16556호로 신설된 소득세법시행령 제166조 제4항 제4호 에서 규정하던 것을 1999. 12. 28 법률 제6051호로 개정된 소득세법 제96조 제1항 제1호 의 법률로 직접 규정하도록 변경되었음을 알 수 있다. 이상의 사실관계 및 관련법령에 의하면, 청구인은 이 건 법리를 오해한 잘못이 있으므로 처분청이 청구인의 환급청구에 대하여 이를 거부한 처분에는 달리 잘못이 없다고 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 규정에 의거 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 소득세법시행령 제166조 / 소득세법 제96조 / 소득세법 제97조 /