주식의 양도에 있어서 기준시가를 적용하여 과세한 처분이 맞는지 여부

○○세무서장이 청구인에게 2000.12.02 결정고지한 1997년 과세연도 양도소득세 3,686,350원의 부과처분은 이를 취소합니다.

청구인은 비상장법인인 청구외 ○○주식회사(1996.02.21. 주식회사○○에서 변경되었으며, 이하 "청구외법인" 이라 한다)의 주식 17,860주(이하 "쟁점주식" 이라 한다)를 1997.10.20 청구외 이○○ 외 3인에게 양도하고 취득 및 양도가액을 각각 주당 액면가액 5,000원으로 계산한 89,300,000원으로 하여 1999.12.00 양도소득세를 신고하였다. 처분청은 이에 대한 양도소득세 실지조사 결과 쟁점주식의 양도가액이 불분명하다 하여 공정과세위원회의 자문을 거쳐 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 2000.12.02 청구인에게 1997년 과세연도 양도소득세 3,686,350원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2000.12.27 이의신청을 거쳐 2001.02.19 심사청구하였다.

청구인은 ○○도 ○○시 소재 청구외법인을 친구인 청구외 이○○ 외 6인과 설립하였으나 그 후 경영악화로 청구인은 1996.02.11 퇴직(법인등기부상에는 1996.02.27 사임처리)하면서 청구인의 지분인 쟁점주식을 액면가액 5,000원에 청구외 이○○ 외 3인에게 양도하기로 약정, 그 양도대금 89,300,000원은 퇴직 후 3개월이 되는 1996.05.00부터 18회로 분할하여 지급받기로 하고 그 연체이자율은 8%로 하여 쟁점주식 양도에 필요한 서류를 넘겨주었는바, 동 약정에 의하여 양도대금 89,300,000원과 연체이자 7,288,000원을 받은 사실이 주식양도·양수계약서 및 주식양도대금이 입금된 청구인의 은행계좌(○○은행 ○○ 000-00-000000)에 의하여 확인됨에도 처분청이 쟁점주식 양도에 대하여 기준시가로 양도차익을 산정하여 청구인에게 이 건 과세한 처분은 부당핟.

청구인이 제시한 청구인의 ○○은행 계좌에 쟁점주식 양도대금과 연체이자를 포함한 96,070,000원이 입금되었으나 이는 청구인이 주장하는 쟁점주식 양도대금 96,588,000원과 다르며, 청구외법인 명의로 입금된 금액이 퇴직금이라고 하나 그 금액이 쟁점주식 대금인지도 불분명하고 증빙서류가 없어 신빙성이 없으므로 쟁점주식 양도에 있어서 실거래가액이 불분명한 것으로 보아 이 건 기준시가에 의하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점주식의 양도에 있어서 기준시가를 적용하여 과세한 처분이 맞는지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】 『양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다』라고 규정하면서, 그 4호에 『 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 또는 출자지분으로서 대통령령이 정하는 것의 양도로 인하여 발생하는 소득』으로 규정하고 있으며 소득세법 제94조 제2호 및 제97조 제1항 제1호 (나)목에 『비상장주식에 대한 양도차익의 계산시 양도가액과 취득가액은 원칙이 실지거래가액이고, 거래당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 기준시가에 의한다』라고 규정하고 있고 같은 법 제99조【기준시가의 산정】제1항 제2호에서 『법 제94조 제2호 내지 제5호의 자산의 경우 기준시가는 양도자산의 종류·규모·거래상황과 상속재산의 평가가액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 가액에 의한다』라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 쟁점주식을 1997.10.20 양도하면서 양도 및 취득가액을 같은 금액으로 양도소득세를 신고한 것에 대하여 처분청은 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 청구인에게 양도소득세를 결정고지하였음을 처분청의 실지조사대상자료 서면분석검토표 및 양도소득세결정결의서와 납세고지서 등 관련서류에 의하여 알 수 있다.

(2) 처분청은 청구인의 퇴직급여 13,138,250원과 위 청구인의 예금계좌의 퇴직금액 13,131,750원이 차이가 나고, 퇴직금으로 지급되었다는 증빙이 없어 쟁점주식 양도가액이 불분명하다 하여 청구인의 실거래가액을 부인하고 기준시가에 의하여 과세하였으나, 퇴직금지급액은 청구인의 퇴직소득지급조서상의 금액 13,670,100원(퇴직급여 13,138,250원과 직소득세 483,500원 및 주민세 48,350원을 합한 금액)과 일치하며, 그 차이 6,500원은 송금수수료임을 알 수 있다.

(2) 쟁점주식 양도·양수계약서 및 주식거래확인서에 의하면, 청구인은 쟁점주식을 청구외 이○○에게 6,520주, 청구외 장○○에게 5,260주, 청구외 황○○에게 4,000주, 청구외 김○○에게 2,080주를 양도하였으며 연체이자 7,288,000원을 포함한 양도대금 96,588,000원(청구외 이○○로부터는 37,283,000원, 청구외 장○○으로부터는 26,588,000원(청구외 이○○로부터는 37,283,000원, 청구외 장○○으로부터는 26,355,000원, 청구외 황○○로부터는 21,550,000원, 청구외 김○○로부터는 10,882,000원)이 1996.05.00월부터 1998.09.00 기간에 청구인이 급여이제통장으로 사용하던 ○○은행 ○○지점(계좌번호 000-00-000000)통장에 입금되었음을 알 수 있다. 취득가액은 청구외법인의 법인등기부등본 및 1996.01.01~1996.12.31. 사업연도 주식이동상황명세서를 보면 청구외법인의 자본금은 50,000,000원이고 발행주식은 100,000주로서 주당가액은 5,000원이며 1990.00.00 설립 이후 무상증자가 없는 것으로 확인되는바, 쟁점주식의 취득가액은 주당 액면가액 5,000원에 17,860주를 곱하여 계산한 89,300,000원임을 알 수 있다. 비상장수직의 양도차익을 계산함에 있어서 양도 및 취득가액은 실지거래가액에 의하여 계산함이 원칙이나 그 가액이 확인되지 아니하는 경우에는 기준시가에 의하는 것인바, 양도 및 취득가액이 89,300,000원으로 확인되는 이 건에 있어서 대금지연에 따라 받은 7,288,000원에 대하여 청구인에게 이자소득세로 과세하는 것은 별론으로 하더라도 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 과세한 이 건 부과처분은 사실관계를 소홀히 한 잘못이 있는 것으로 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.