부동산 취득하면서 매입세액 공제 받지 아니한 부가가치세를 부동산 양도시 필요경비 산입할 수 있는지 여부

○○세무서장이 2000.8.14 청구인에게 결정고지한 1999년 과세연도 양도소득세 41,498,680원의 부과처분은, 부가가치세 46,619,939원을 쟁점건물의 필요경비로 인정하고, 청구인이 제시한 쟁점공사금액 216,536,000원에 대하여는 청구인의 자금거래내역 및 거래처에 대한 거래사실과 쟁점공사금액이 쟁점공사 또는 쟁점외 공사와 관련된 것인지의 여부를 구체적으로 재조사하여 그 결과에 따라 쟁점건물의 필요경비로 인정 할 것인지를 판단하여 그 과세표준과 세액을 경정합니다.

청구인은 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 대지 1,376㎡(이하 “쟁점토지” 라 한다)를 1990.07.02 취득하여 지상에 건물 1,603.8㎡(지하 1층, 지상 5층의 여관, 이하 “쟁점건물” 이라 하고, 쟁점토지와 쟁점건물을 합쳐 “쟁점부동산” 이라 한다)를 1993.6.21. 신축한 후 1999.11.10 청구외 원○○에게 양도하고, 1994.11.2. 쟁점부동산의 취득가액은 688.959.213원(쟁점토지 139,267,426원, 쟁점건물 561,209,990원), 양도가액은 750,000,000원으로 하여 산출된 양도소득세를 신고 납부하였다. 이에 대하여 처분청은 청구인이 신고한 쟁점건물의 취득가액중 82,251,493원을 인정하지 아니하여 2000.8.14. 1999년 과세연도 양도소득세 41,498,680원을 청구인에게 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2000.10.6. 심사청구하였다.

처분청은 당초 조사시 추가로 제출한 쟁점건물의 취득가액중 타일공사, 방수공사, 문짝, 조명기구, 지하수도공사, 도배공사, 설계비 및 조경공사금액 등(이하 “쟁점공사” 라 한다) 합계 216,536,000원(이하 “쟁점공사금액” 이라 한다)을 부인하였으나, 거래사실확인서와 공사계약서 및 전표, 대금영수증, 가계수표사본 등에 의하여 확인됨에도 증빙서류가 신빙성이 없다고 보아 이를 인정하지 아니한 것과, 부동산 취득시 매입세액을 공제받지 않은 부가가치세 46,619,939원을 필요경비로 인정하지 아니한 처분은 부당하다.

청구인이 당초 조사시 추가로 제출한 증빙서류는 조사기간중 거래처 확인이 불가능하였고 장부 및 전표 등 공사대금 지급관련 서류를 제시한 바 없으므로 쟁점건물의 취득가액 중 쟁점공사금액을 부인한 것은 정당하고, 쟁점건물 취득가액 중 부가가치세를 공제받지 아니한 공사대금 46,619,939원을 필요경비로 인정하지 아니한 것은 잘못되었으므로 이를 필요경비로 인정하여 하여야 한다.

• 가. 쟁점 쟁점건물의 취득가액 산정이 적정한지의 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 소득세법 제96조 【양도가액】 제1항 에서 『제94조 제1호 및 동조 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 실거래가액에 의한다.

1. 내지 5호 (생략)

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우

7. (이하생략)』 이라고 규정하고 있고, 구 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】제1항 에서 『거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1호, 제2호 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산의 종류ㆍ보유기간ㆍ거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실거래가액에 의한다.
• 나. 가목 이외의 자산의 경우에는 당해 자산의 취득에 소요된 실거래가액. 다만, 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 기준시가에 의한다.

2. 대통령령이 정하는 설비비와 개량비

3. 대통령령이 정하는 자본적지출액

4. 대통령령이 정하는 양도비』라고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】 제1항에서 『법 제97조 제1항 제1호 가목 단서 및 나목 본문에서 “취득에 소요된 실거래가액” 이라 함은 다음 각호의 금액을 합한 것을 말한다.

1. 제89조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호의 규정에 의한 현재가치할인차금을 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

2. (이하 생략)』 이라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이에 대하여 사실관계를 살펴본다. 첫째, 청구인은 동일인으로부터 쟁점토지와 동시에 취득한 연접지번인 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지에 대지 1,077㎡에 건물(양지가든) 508.83㎡(지상 3층, 이하 “쟁점외 건물” 이라 하고, 위 토지와 쟁점외 건물을 합쳐 “쟁점의 부동산” 이라 한다)를 쟁점건물과 동시에 1993.6.21. 신축한 후 쟁점부동산 양도일 보다 4개월전인 1999.6.26. 청구외 조○○에게 양도하고, 1999.6.26. 쟁점외 부동산의 취득가액은 183,026,162원(토지 108,752,442원, 건물 74,273,720원), 양도가액은 210,000,000원으로 하여 산출된 양도소득세를 신고 납부하였으나, 이에 대하여 2000년 3월에 처분청은 청구인에 대하여 실지조사를 실시한 결과 쟁점외 부동산의 양도가액은 청구인이 신고한 금액인 210,000천원이 아니고 실제 양도가액이 330,000,000원임을 확인하였고, 토지의 취득가액은 신고금액대로 인정하였으나 건물의 취득가액은 관련 증빙서류가 불분명하다고 보아 기준시가로 안분계산한 금액 98,836천원으로 하여 2000.5.10. 1999년 과세연도 양도소득세 29,883,180원을 청구인에게 결정고지하였음이 조사서 및 경정결의서에 의하여 확인된다. 이에 대하여는 불복청구를 제기하지 아니하였다. 둘째, 처분청은 청구인이 쟁점건물의 필요경비를 561,209,990원으로 신고한데 대하여 거래처가 불분명하고 대금지급 관련서류의 제시가 없음을 이유로 필요경비로 인정하지 아니한 35,631,554원과 필요경비로 인정한 금액 525,578,436원 중에 포함된 부가가치세 46,619,939원, 합계 82,251,493원을 쟁점건물의 취득에 소요된 필요경비로 인정하지 아니하고 이를 차감한 478,958,497원을 필요경비로 하여 2000.8.14 1999년 과세연도 양도소득세 41,498,680원을 청구인에게 결정고지하였음이 조사서 및 경정결의서에 의하여 확인된다. 셋째, 청구인이 신고한 쟁점토지의 취득가액과 쟁점부동산의 양도가액에 e하여는 다툼이 없고, 쟁점건물의 취득가액에 대하여만 다툼이 있는 바, 처분청은 청구인이 당초 조사시 추가로 제출한 잡기장노트는 거래처 및 거래사실이 불분명하다고 보아 쟁점건물의 취득가액으로 인정하지 아니하였으나 청구인이 이건 심사청구시 거래사실확인서, 가계수표사본 등 증빙서류를 추가로 정취하여 제출한 쟁점공사금액에 대한 공사별 내역은 다음과 같다. 【쟁점공사금액 내역서】 쟁점공사 거래일자 공사명 거래처 금액(원) 증빙서류

① 1993.7.23. 1993.7.26. 1993.7.27. 1993.7.28. 1993.7.23. 1993.7.24. 1993.7.30. 1993.9.8. 1993.9.18. 1993.9.18. 1993.12.2. 1993.12.7 통신공사 정화조공사 벽돌외 철물외 간판공사 합판외 닥터공사 합판외 승강기공사 간판공사 간판공사

○○공사

○○정화조

○○벽돌

○○철물

○○광고

○○목제

○○상사

○○공조

○○목제

○○상사

○○공조

○○목재 7,000,000 4,000,000 4,200,000 2,200,000 3,050,000 1,450,000 1,500,000 1,300,000 1,800,000 400,000 800,000 500,000 견적서 가계수표사본 ＂ ＂ ＂ ＂ ＂ ＂ ＂ ＂ ＂ ＂

② 1993.4.10. 도배공사 이○○ 18,5000,000 거래사실확인서

③ 1992.8.5. 지하수공사 이○○ 11,500,000 거래사실확인서

④ 1993.1.28. 조명공사

○○조명 11,106,000 거래사실확인서

⑤ 1992.11.26. 문짝공사 김○○ 12,000,000 거래사실확인서

⑥ 1992.10.13. 방수공사 한○○ 5,250,000 거래사실확인서

⑦ 1992.11.29. 타일공사

○○타일 65,780,000 거래사실확인서

⑧ 1990.12.5. 설계비

○○건축사 23,000,000 거래사실확인서무통장입금증

⑨ 1993.3.30 조경공사 이○○ 27,200,000 거래사실확인서

⑩ 1992.12.4. 도장공사외 오○○ 14,000,000 공사계약서 합계 216,536,000 내역

(2) 청구인은 부가가치세를 필요경비에서 제외한 것은 부당하고 쟁점공사그액 216,536,000원을 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. 첫째, 청구인이 쟁점건물 신축시 사업자등록을 하지 아니하였으며 이에 대한 부가가치세 매입세액을 공제받지 아니한 사실에는 청구인과 처분청간에 다툼이 없으며, 처분청은 쟁점건물의 공사금액으로 인정한 청구인과 처분청간에 다툼이 없으며, 처분청은 쟁점건물의 공사금액으로 인정한 금액에 포함된 부가가치세 46,619,939원을 필요경비로 인정하지 아니하였으나, 부동산을 취득하면서 부담한 부가가치세 중 매입세액으로 세액을 공제받지 아니한 부가가치세는 필요경비로 공제되는 것(재일46014-2694, 1995.10.16.)이므로 이를 쟁점건물의 취득가액으로 인정하지 아니한 것은 잘못되었다 할 것이고, 그러한 사실을 처분청도 시인하고 있음이 심사청구의견서에 의하여 확인된다. 둘째, 청구인이 제시한 잡기장노트(1권)에는 쟁점공사를 진행하면서 공사대금 지출내역이 일자별, 업체별로 청구인의 자필로 상세하게 기재되어 있고, 공사현장의 인부들을 위하여 지출한 담배값, 음료수대, 식대와 소모품비 등 사소한 경비까지 기재되어 있으며, 일부 지출된 금액이 청구인이 발행한 가계수표와 거래금액 및 거래일자가 일치되고 있는 점에 비추어 쟁점공사를 진행하면서 계속적으로 지출내역을 기록한 잡기장노트는 전혀 신빙성이 없는 것으로는 보여지지 아니한다. 셋째, 쟁점공사별로 청구인이 제시한 증빙서류는 쟁점공사①에 대하여 ○○공사의 견적서, 가계수표사본, 쟁점공사②는 도배공사 시공자인 청구외 이○○의 거래사실확인서 및 인감증명서, 쟁점공사③은 지하수공사 시공자인 청구외 이○○의 거래사실확인서 및 인감증명서, 쟁점공사④는 조명공사 시공자인 청구외 유○○의 거래사실확인서 및 인감증명서, 쟁점공사⑤는 문짝공사 시공자인 청구외 김○○의 거래사실확인서 및 인감증명서, 쟁점공사⑥은 방수공사 시공자인 청구외 김○○의 거래사실확인서 및 인감증명서, 쟁점공사⑦은 잡기장노트와 건설현장소장인 청구외 김○○의 거래사실확인서 및 인감증명서, 쟁점공사⑧은 조경공사 시공자인 이○○의 거래사실확인서 및 인감증명서, 쟁점공사⑨는 설계사무실 직원인 청구외 이○○, 심○○, 윤○○의 거래사실확인서 및 청구외 윤○○에게 일부 설계대금을 송금한 무통장입금증, 쟁점공사⑩은 도장 및 간판공사 시공자인 청구외 오○○과 체결한 공사계약서를 각각 제출하였으나, 증빙서류로 세금계산서 등은 제출하지 못하고 있다. 넷째, 청구인이 쟁점공사를 하면서 쟁점공사금액을 지급하였는지에 대하여보면, 쟁점공사①의 거래처에 대하여 청구인이 제시한 견적서, 가계당좌예금 거래내역명세서 및 은행에 회수되어 보관중인 가계수표 사본을 제시하였으나 처분청에서 당초 조사시 이 금액이 쟁점공사대금으로서 거래처에 지급되었는지에 대하여 거래처에 대한 실제 거래사실여부와 거래처의 입금계좌 및 가계수표의 이서내용에 대한 확인조사는 하지 아니하고 증빙서류가 불분명하다는 이유로 이를 인정하지 아니한 것은 사실조사를 소홀히 한 것으로 보여지고, 쟁점공사②,③,④,⑤,⑥,⑦,⑧,⑨ 및 쟁점공사⑩에 대하여 청구인이 제시한 쟁점공사 시공자의 거래확인서와 공사계약서 등에 의하면 청구인이 신고한 쟁점공사금액이 실제 쟁점건물의 신축비용으로 지금된 사실을 시공자 및 관련인들이 확인하고 있음에도 처분청은 거래처들의 사업자등록사항이 거래시기와 일치하지 아니하고 증빙서류가 불분명한다는 사유로 이를 인정하지 아니하였으나, 거래일자와 거래대금의 지급일자는 다를 수 있는 것이며, 거래처들의 매출누락에 대하여 과세 또는 과세자료로 활용하는 것은 변론으로 하더라도 처분청이 쟁점공사의 거래처에 대한 거래사실과 쟁점공사금액의 지급사실에 대하여 사실조사가 미흡하였던 것으로 판단된다. 위 관련법령과 사실관계를 종합하여 보면, 처분청은 부가가치세 46,69,939원을 쟁점건물의 필요경비로 인정하고, 청구인이 제시한 쟁점공사금액 216,536,000원에 대하여는 청구인의 자금거래내역 및 거래처에 대한 거래사실과 쟁점공사금액이 쟁점공사 또는 쟁점외 공사와 관련된 것인지의 여부를 구체적으로 재조사하여 그 결과에 따라 쟁점건물의 필요경비로 인정할 것인지를 판단하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 합당하다 할 것이다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장 이유있으므로 국세기본법 제65저 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.