소유권이전된 토지에 대하여 기준시가에 의해 양도소득세를 과세한 처분의 당부

금정세무서장이 2000. 07. 01. 청구인에게 결정고지한 1999년 귀속분 양도소득세 168,990,560원의 부과처분은

1. ○○시 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○번지 도로 66㎡와 같은 리 ○○번지 도로 337㎡의 양도가액 및 취득가액을 소득세법 제99조 제1항 제1호 가목 및 같은법시행령 제164조 제1항의 규정에 의거 평가한 기준시가에 따라 계산하여 그 양도차익 및 세액을 경정하고,

2. 나머지 청구는 기각한다.

청구인은 1999. 03. 30 ○○시 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○번지 소재 도로 66㎡와 같은 리 ○○번지 소재 도로 337㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 청구외 김○○에게 양도하고, 1999. 05. 31 처분청에 기준시가에 의해 양도차익을 산정하여 자산양도차익 예정신고를 하였다. 한편 처분청은 청구인이 자산양도차익 예정신고는 하였으나 이에 대한 양도소득세를 납부하지 않자 2000. 07. 01 1999년 귀속 양도소득세 168,990,560원을 청구인에게 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2000. 08. 19 본 심사청구를 제기하였다.

청구인은 만 95세가 넘은 고령자이고 매수인인 청구외 김○○은 외손녀의 남편인 자로, 청구인은 청구외 김○○에게 쟁점토지를 양도한 사실이 없음에도 청구외 김○○은 마치 청구인이 쟁점토지를 자신에게 5,000,000원에 양도한 것처럼 매매계약서를 위조하여 소유권을 이전하였는 바, 이는 양도가 아니며, 설사 청구외 ○○○ 명의의 소유권이전등기가 정당하다 하더라도 쟁점토지의 매매대금은 5,000,000원에 불과하므로 이건의 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.

청구인은 청구외 김○○에게 명의이전한 소유권이전등기가 무효라고 주장하나, 쟁점토지에 대한 등기부등본과 청구인이 제출한 양도소득세 예정신고서와 같이 소유권이전 사실이 명백하므로 법원의 원인무효에 의한 소유권 환원판결로 쟁점토지에 대한 말소등기가 이루어지지 않는 한 청구외 ○○○에게 그 등기의 효력이 지속되므로 이에 대하여 양도소득세를 과세한 처분은 정당하며, 기준시가로 결정한 양도소득세의 산출세액이 실지거래가액을 초과하여 부당하다는 주장에 대하여는, 청구인이 이건의 양도소득세 결정일까지도 실지양도가액을 신고하지 않았으므로 기준시가로 결정한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점토지가 매매를 원인으로 소유권이전된 사실에 대하여 양도소득세를 과세한 처분이 정당한지의 여부와 기준시가에 의해 양도소득세를 과세한 처분이 정당한지의 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관계법령 소득세법 제88조 【양도의 정의】 제1항에서(이건 양도당시의 법률, 이하 같다) 『제4조 제3호 및 이 장에서 “양도”라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. (이하 생략)』이라고 규정하고 있고 같은법 제99조【기준시가의 산정】 제1항에서 『제96조와 제97조 제1항 제1호 및 제100조에 규정하는 기준시가는 다음 각호에서 정하는 바에 의한다.

1. 제94조 제1호의 자산

• 가. 토지 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다』고 규정하고 있으며 같은법시행령 제164조【토지ㆍ건물의 기준시가 산정】 제1항에서 『법 제99조 제1항 제1호 가목 단서에서 “대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 개별공시지가가 없는 토지와 지목ㆍ이용상황 등 지가형성요인이 유사한 인근 토지를 표준지로 보고 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률 제10조 제2항의 규정에 의한 비교표에 의하여 납세지 관할세무서장(납세지 관할세무서장과 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장이 서로 다른 경우로서 납세지 관할세무서장의 요청이 있는 경우에는 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장)이 평가한 가액을 말한다. 이 경우 납세지 관할세무서장은 2 이상의 감정평가기관에 의뢰하여 당해 토지에 대한 감정평가기관의 감정가액을 참작하여 평가할 수 있다』고 규정하고 있으며 같은법 제105조【자산양도차익의 예정신고】 제1항에서 『제94조 각호에 규정하는 자산을 양도한 거주자(제165조의 규정에 의한 부동산양도신고를 한 거주자를 제외한다)는 제95조 제1항의 규정에 의하여 계산한 양도차익을 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2월 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다』고 규정하고 있으며 같은법 제109조【자산양도차익의 결정】 제1항에서 『거주자가 자산양도차익 예정신고 또는 자산양도차익 예정신고 자진납부를 하지 아니하였거나 그 신고한 양도차익이나 납부한 세액에 탈루 또는 오류가 있는 때에는 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 즉시 양도차익 또는 세액을 결정하거나 경정하고 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 거주자에게 통지하여야 한다』고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저 사실관계에 대하여 살펴보면, 첫째, 쟁점토지가 1999. 03. 30 청구외 김○○에게 소유권이 이전된 데 대하여 청구인은 쟁점토지의 지목이 ‘도로’로 개별공시지가가 고시되어 있지 않자 인근 토지의 공시지가를 평균하여 양도가액을 683,144,400원(○○번지는 ㎡당 853,400원, ○○번지는 ㎡당 1,860,000원으로 산정)으로 하고 취득가액은 0(청구인은 쟁점토지의 1990. 01. 01을 기준으로 한 공시가에 대하여 ○○번지는 ㎡당 625,000원, ○○번지는 ㎡당 690,000원으로 산정하였으나 취득가액은 0으로 신고하였음)으로 하여 자산양도차익 예정신고를 하였고, 처분청은 청구인이 자산양도차익 예정신고는 하였으나 이에 대한 양도소득세를 납부하지 않자 청구인이 기준시가에 의해 신고한 내용에 따라 이건의 양도소득세를 과세(청구인이 취득가액을 0으로 신고한 것에 대하여 처분청은 청구인이 산정한 쟁점토지의 1990. 01. 01을 기준으로 한 공시지가 금액에 의해 취득가액을 95,882,964원으로 결정하였음)하였음이 처분청의 심리자료에 의해 확인된다. 둘째, 한편 청구인은 청구외 김○○에게 쟁점토지를 양도한 사실이 없음에도 청구외 김○○은 마치 청구인이 쟁점토지를 자신에게 5,000,000원에 양도한 것처럼 매매계약서를 위조하여 소유권을 이전하였다 하여 2000. 09. 21 ○○지방법원 ○○지원에 ‘원인무효에 의한 소유권이전등기 말소’를 구하는 소송을 제기하여 현재 소송이 계류 중에 있다.

(2) 청구인이 청구외 김○○에게 쟁점토지를 양도한 사실이 없으므로 처분청이 이건의 양도소득세를 과세한 처분이 부당하다 주장하는 바, 이에 대하여 보면, 첫째, 쟁점토지의 소유권이전과 관련하여 청구인은 주민등록등본과 부동산매도용 인감증명서를 발급받은 사실이 있고, 법무사 김○○이 작성한 확인서면에는 우무인까지 찍은 사실에 비추어 보아 청구인은 쟁점토지의 양도사실을 사전에 알았던 것으로 보이며, 김○○이 쟁점토지를 5,000,000원에 매수하는 내용으로 매매계약서를 위조하였다고 주장하는 것에 대하여도, 쟁점토지의 소유권이전등기 신청시 제출된 검인계약서에는 매매대금이 60,000,000원으로 기재되어 있고, 청구외 김○○이 쟁점토지를 2000. 06. 12 부산광역시 ○○군청에 양도하고 신고한 자산양도차익 예정신고서에는 쟁점토지의 취득가액이 210,000,000원으로 기재되어 있는 등 청구인의 주장은 신빙성이 없다고 판단된다. 둘째, 민법상 원인무효의 소에 의하여 매매사실이 법원에 의하여 원인무효로 판시되어 소유권이전되는 경우에는 제한적으로 이를 양도로 보지 아니하나, 소송계류 중이더라도 법원판결에 의하여 소유권변동이 있기 전에는 등기효력에 영향을 미치지 아니하므로 소유권이전등기를 원인으로 하여 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다 할 것인 바, 이건의 경우에 청구인은 쟁점토지를 양도하지 않았다고 주장만 할 뿐 그 사실을 입증하지 못하고 있고, ‘원인무효에 의한 소유권이전등기 말소’를 구하는 소송도 현재 소송진행 중에 있어 원인무효 여부가 확정되지 않았으므로, 처분청이 쟁점토지가 청구외 김○○에게 매매를 원인으로 소유권이 이전된 사실에 대하여 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. (국심 98전 506, 1998. 07. 06 같은 뜻임)

(3) 다만, 처분청이 쟁점토지의 양도에 대하여 기준시가를 적용하여 이건의 양도소득세를 과세한 처분에 대하여 보면, 처분청은 청구인이 자산양도차익 예정신고후 양도소득세를 무납부함에 따라 청구인이 산정한 쟁점토지의 공시지가를 그대로 적용하여 이건의 양도소득세를 과세하였으나, 개별공시지가 없는 토지는 지목ㆍ이용상황 등 지가형성요인이 유사한 인근 토지를 표준지로 보고 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률 제10조 제2항의 규정에 의한 비교표에 의하여 평가한 가액으로 하는 것인바, 쟁점토지의 지적도등본 및 토지이용계획확인서에 의하면 쟁점토지의 지목은 ‘도로’이나 청구인이 쟁점토지의 공시지가를 산정함에 있어 적용한 인근 토지의 지목은 ‘대지’로 쟁점토지와는 지목 및 이용상황이 현저히 다르므로, 청구인이 임의로 산정한 쟁점토지의 공시지가는 적정하게 평가한 가액이라고 볼 수 없고, 따라서 처분청은 이건의 양도소득세를 과세함에 있어 청구인이 산정한 쟁점토지의 공시지가를 그대로 적용할 것이 아니라 소득세법 제99조 제1항 및 같은법시행령 제164조 제1항의 규정에 의해 쟁점토지의 공시지가를 다시 산정하여 이건의 양도소득세를 과세하였어야 함에도 청구인이 잘못 산정한 쟁점토지의 공시지가를 그대로 적용하여 이건의 양도소득세를 과세하였으므로 이에 대하여는 잘못이 있다고 판단된다. 따라서, 이건 심사청구는 청구인의 주장이 일부 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.