과다하게 환급된 양도소득세를 양도소득세 고지처분에 의해 추징한 처분의 당부

1. 동대구세무서장이 2000. 03. 08 청구인의 1994년 귀속 양도소득세를 결정하면서 55,721,470원을 환급결정한 처분은 양도소득세를 전액 면제하는 것으로 하여 환급세액을 경정하고,

2. 나머지 청구는 기각한다.

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 임야 2,200㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)가 1994. 01. 13 서울특별시 ○○구청에 수용되자 1995. 05. 30 ○○세무서에 양도소득세과세표준 확정신고를 하였고, ○○세무서장은 1996. 04. 16 쟁점토지의 양도에 따른 청구인의 양도소득세를 결정하면서 417,698,210원을 고지하였다가 4번에 걸쳐 경정하는 과정에서 양도소득세 39,104,230원이 과다환급되었음을 발견하고 1999. 07. 13 처분청에 이를 추징하도록 과세자료를 통보하였으며, 처분청은 상기의 과세자료에 따라 과다환급된 양도소득세를 추징하기 위하여 2000. 03. 01 1994년 귀속 양도소득세 39,104,230원을 청구인에게 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2000. 06. 09 본 심사청구를 제기하였다.

쟁점토지의 양도에 대하여 강남세무서장이 1996. 04. 16 청구인에게 양도소득세를 과세하였으나 청구인은 이에 불복하여 1997. 01. 16 국세심판소로부터 그 과세표준과 세액을 감액하도록 하는 결정을 받았는 바, 처분청에서 2000. 3. 1 이건의 양도소득세를 고지한 처분은 ○○세무서장이 이미 과세한 처분에 대하여 다시 과세한 처분이므로 위법ㆍ부당하다.

청구인은 이건의 양도소득세 고지가 중복결정으로 부당하다 주장하나 이는 청구인이 과다환급받은 양도소득세를 추징하는 것에 불과할 뿐 중복결정이 아니며, 또한 ○○세무서장은 쟁점토지에 대하여 결정된 양도소득세를 전부 결정취소하고 부동산매매업에 의한 사업소득으로 과세하도록 자료를 통보하였으나, 검토결과 양도소득세과세함이 타당하다고 판단되어 처분청에서는 1997. 01. 16 자 국세심판소의 감액결정 내용을 반영하여 2000. 03. 08 쟁점토지의 양도에 대한 양도소득세 55,721,470원(본세 기준임)을 환급하도록 결정하였는 바, 처분청이 2000. 03. 01 청구인에게 이건의 양도소득세를 고지하여 과다환급된 양도소득세를 추징한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 이건의 양도소득세 고지가 중복결정에 해당하는지의 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 소득세법 제114조 【양도소득세과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지】 제I항 및 제2항에서 『① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득세의 과세표준과세액을 제110조의 규정에 의한 거주자의 신고에 의하여 결정한다. 다만, 거주자가 양도소득세과세표준 확정신고 또는 양도소득세 확정신고 자진납부를 하지 아니하였거나 그 신고한 과세표준이나 납부한 세액에 탈루 또는 오류가 있는 때에는 그 과세표준과 세액을 조사하여 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항의 규정에 의하여 과세표준과 세액을 결정할 수 없거나 결정 후 그 탈루 또는 오류가 있는 것을 발견한 때에는 즉시 그 과세표준과 세액을 조사하여 결정 또는 경정한다』고 규정하고 있고 구 조세감면규제법 제63조【공공사업용 토지 등에 대한 양도소득세 등의 감면】 제1항에서 『다음 각호의 1에 해당하는 토지 또는 건물(이하 “토지 등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 30(토지 등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 45)에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 5년 이전에 취득한 것의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50(토지 등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 75)에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지 등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

2. 도시재개발법에 의한 재개발구역(공공시설을 수반하지 아니하는 재개발구역을 제외한다)안의 토지 등을 동법 제10조 또는 제11조의 규정에 의하여 지정된 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

3. 토지수용법 기타 법률에 의한 수용으로 인하여 발생하는 소득』이라고 규정하고 있으며 같은법 부칙(1993. 12. 31 법률 제4666호) 제16조【양도소득세 등에 관한 경과조치】 제3항에서 『1992년 12월 31일 이전에 토지수용법 기타 법률에 의하여 사업인정고시된 사업지역안에 있는 토지 등의 양도로 인하여 발생한 소득에 대하여는 제63조 및 제78조의 개정규정에 불구하고 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다』고 규정하고 있으며 국세기본법 제51조 【국세환급금의 충당과 환급】 제7항에서 『세무서장이 국세환급금의 결정이 취소됨에 따라 이미 충당 또는 지급된 금액의 반환을 청구함에 있어서는 국세징수법의 고지ㆍ독촉 및 체납처분의 규정을 준용한다』고 규정하고 있으며 국세징수법 제9조 【납세의 고지】 제1항에서 『세무서장 또는 시장ㆍ군수가 국세를 징수하고자 할 때에는 납세자에게 그 국세의 과세연도ㆍ세목ㆍ세액 및 그 산출근거ㆍ납부기한과 납부장소를 명시한 고지서를 발부하여야 한다』고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저 사실관계에 대하여 살펴본다. 첫째, 청구인은 1994. 01 13 쟁점토지가 ○○시 ○○구청에 수용되자 1995. 05. 30 ○○세무서에 양도소득세과세표준 확정신고를 하면서 88,084,460원을 자진납부하였고, ○○세무서장은 청구인의 양도소득세를 아래의 【표1】과 같이 결정 및 경정한 사실이 있음이 처분청이 제시한 심리자료에 의해 확인된다. 【표1】 양도소득세 결정 및 경정내역 (단위: 원, 본세 기준임) 결정일자 결정내용 비고

1996. 04. 16 기준시가에 의해 양도소득세를 결정(장기보유특별공제를 배제하고 417,698,210원 고지) ㆍ100,000,000원 납부 (1996. 04. 30)

1996. 07. 15 기준시가에 의한 양도가액을 보상가액으로 변경하면서 139,104,230원 환급발생[납부할 세액이 48,980,220원으로 결정되었으나 기납부 세액은 188,084,460원(신고납부세액 88,084,460원과 고지납부세액 100,000,000원)으로 환급발생] ㆍ139,104,230원 환급 (1996. 07. 15) ㆍ100,000,000원 환급 (1996, 07, 31, 부과통보오류로 인한 과다환급 발생) 1997, 09, 01 과다환급된 100,000,000원 고지 ㆍ70,000,000원 납부 (1997, 09, 29) ㆍ30,000,000원 납부 (1997, 10, 31) 1997, 11, 06 양도소득세를 취소하고 부동산매매업에 의한 종합소득세를 과세토록 자료통보(기 환급된 39,104,230원 고지) ㆍ13,044,790원 납부 (1997, 12, 31) ㆍ26,059,440원 납부 (1998. 03. 30)

1998. 07. 31 기 환급된 39,104,230원을 양도소득세로 고지한 것은 잘못이라 하여 다시 결정취소 ㆍ13,044,790원 환급 (1998. 08. 07) ㆍ26.059.440원 환급 (1998. 08. 07) ㆍ39.104.230원 과다환급 발생 둘째, 1999. 07. 13 ○○세무서장은 청구인의 진정서를 처리하는 과정에서 상기 【표1】에서와 같이 양도소득세 39,104,230원이 과다환급되었음을 발견하고 처분청에 이를 추징하도록 과세자료를 통보(○○세무서 재산 00000-000, 1999. 07. 13) 하였고, 처분청은 이에 따라 2000. 03. 01 청구인에게 양도소득세 39,104,230원을 고지하였음이 처분청의 결정결의서에 의해 확인된다. 셋째, 한편, 처분청은 ○○세무서장이 쟁점토지의 양도가 부동산매매업에 해당한다하여 사업소득에 의한 종합소득세를 과세토록 자료통보한데 대하여 청구인의 양도자료를 검토한 결과 쟁점토지의 양도가 부동산매매업에 해당하지 않는 것으로 판단하여 2000. 03. 08 쟁점토지의 양도에 대한 양도소득세를 결정하면서 55,721,470원(환급가산금을 포함하여 환급할 세액은 83,972,250원임)을 환급하도록 결정하였고, 이에 의해 2000. 03. 01 고지한 양도소득세 39,104,230원을 2000. 03. 16 환급충당하고 나머지 잔액 44,868,020원을 청구인에게 환급하였음이 처분청의 양도소득세 결정결의서 및 환급상세조회서에 의해 확인된다.

(2) 전시한 법령에 의하면 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득세의 과세표준과 세액을 소득세법 제110조 의 규정에 의한 거주자의 신고에 의하여 결정하도록 하면서 거주자의 신고에 의하여 과세표준과 세액을 결정할 수 없거나 결정 후 그 탈루 또는 오류가 있는 것을 발견한 때에는 즉시 그 과세표준과 세액을 조사하여 결정 또는 경정하도록 규정하고 있고, 세무서장이 국세환급금의 결정이 취소됨에 따라 이미 충당 또는 지급된 금액의 반환을 청구함에 있어서는 국세징수법의 고지ㆍ독촉 및 체납처분의 규정을 준용하도록 규정하고 있는 바, 처분청이 2000. 03. 01 과다환급된 양도소득세의 반환을 청구함에 있어 양도소득세의 고지에 의하여 이를 추징한 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단(징세 46101-1495, 1995. 06. 05, 같은 뜻임)되고, ○○세무서장은 쟁점토지의 양도에 대한 양도소득세 결정을 전부 결정취소한 상태에서 과다환급된 양도소득세를 추징하도록 처분청에 과세자료를 통보한 것이고 처분청은 이에 따라 과다환급된 양도소득세를 고지에 의하여 추징한 것에 불과할 뿐이므로, 청구인의 주장처럼 ○○세무서장이 이미 양도소득세를 결정하여 종결된 처분에 대하여 처분청이 중복하여 양도소득세를 결정하였다 함은 사실관계를 오인한 잘못된 주장이라 판단된다.

(3) 처분청이 2000. 03. 08 쟁점토지의 양도에 대하여 양도소득세를 결정한 내용에 대하여 직권으로 심리한다. 처분청은 1997. 01. 16 자 국세심판소의 감액결정 내용을 받아들여 장기보유 특별공제를 적용하고 공공사업용 토지의 양도에 따른 감면세액을 산출세액의 70％로 계산하여 양도소득세 55,721,470원을 환급하도록 결정하였으나, 소득세법 부칙(법률 제4666호, 1993. 12. 31) 제16조 제3항에 의거 1992. 12. 31 이전에 사업인정고시된 사업지역 안에 있는 토지 등을 양도한 경우에는 양도소득세가 전액 면제되는 것인 바, 쟁점토지는 서울특별시 ○○구청장의 확인(○○구청 공녹 00000-0000, 2000. 07. 12)과 같이 1991. 12. 12 ○○구 ○○시 ○○호로 도시계획사업(공원)실시계획인가가 되었음이 확인되므로 양도소득세를 100％ 감면하여야 함에도 처분청은 산출세액의 70％만을 감면하였으므로 이에 대하여는 법 적용을 소홀히 한 잘못이 있다고 인정된다. 따라서, 이건 심사청구는 청구주장이 일부 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.