토지공사가 보상한 면적 외에는 공장 등의 부수토지로 볼 수 있는지 여부

○○세무서장이 2000.2.7 결정고지한 1999년도 귀속분 양도소득세 69,260,027원(직권경청후 세액)의 부과처분은,

1. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 토지 462.37㎡는 조세특례제한법 제66조 제2항 의 규정에 의한 8년 이상 자경한 농지로 보고, 1세대 1주택의 부수토지 면적을 77.8㎡로 하여 과세표준과 세액을 결정하며,

2. 나머지 청구는 이를 기각합니다.

청구인은 1965.1.16 취득한 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 전 688㎡, 같은곳 ○○번지 전 462.37㎡, 같은곳 ○○번지 잡종지 1,276㎡(이하“쟁점토지”라 한다)를 1999.1.12과 1999.1.26 청구외 한국토지공사(이하 “토지공사”라 한다)에 양도하고 8년 이상 자경한 농지의 양도라 하여 양도소득세를 신고ㆍ납부하지 아니하였다. 처분청은 쟁점토지를 8년 이상 자경농지로 보지 아니하고 쟁점토지의 양도차익을 기준시가에 의하여 산정하고 공공사업용 토지의 양도로 보아 양도소득세를 25% 감면하여 1999년 귀속분 양도소득세 84,080,397원을 2000.2.7 청구인에게 결정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2000.4.11 심사청구하였다.

청구인은 쟁점토지중 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 전 688㎡는 대지 87㎡, 공장용지 8㎡ 및 고충민원에 의하여 자경농지로 인정받은 150㎡를 제외한 443㎡는 과수원의 영농자재보관 및 영농작업장으로 사용한 농지이며, ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 잡종지 1,276㎡는 공장용지 386.7㎡를 제외한 889.3㎡는 8년이상 자경한 농지(과수원)이므로 양도소득세가 면제되어야 한다.

양도당시 쟁점토지에 대한 셀제 이용상황이 감정평가서 등에 의하여 확인되고, 이를 토대로 토지공사가 실농보상한 면적을 제외하고는 공장 등의 부수토지로 보아 양도소득세를 과세한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지가 8년 이상 자경농지에 해당되는지의 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세 등의 면제】제1항 에서 『다음 각호의 1에 해당하는 자가 8년 이상 계속하여 직접 경작한 토지로서 농지세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수의 대상이 되는 토지를 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다.

1. 대통령령이 정하는 바에 따라 농지소재지에 거주하는 거주자

2. 농업생산을 주된 사업으로 영위하는 법인으로서 대통령이 정하는 법인 또는 영농조합법인』이라고 규정하고, 같은 법 시행령 제66조【자경농지에 대한 양도소득세 등의 면제】 에서 『① 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때부터 양도할 땎K지의 사이에 8년 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. 이 경우 상속받은 농지의 경작한 기간을 계산함에 있어서는 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.

1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시(지방자치법 제3조 제4항 의 규정에 의하여 설치된 도ㆍ농보갑형태의 시의 읍ㆍ면지역을 제외한다)에 있는 농지중 도시계획법에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지(단서생략)

2. (생략)

② 제1항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법시행령 제162조 의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 양도일 이전에 매매계약 조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준으로 한다.

④ 법 제69조 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 농지 소재지에 거주하는 거주자” 라 함은 8년 이상 다음 각호의 1에 해당하는 지역에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구 안의 지역 (이하 생략)』 이라고 규정하고 있고, 같은 법 제77조 【공공사업용토지 등에 대한 양도소득세 등의 감면】제1항 제1호 에서 『다음 각호의 1에 해당하는 소득으로서 당해 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2000년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 25(토지 등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 35)에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 공공용지등의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득』이라고 규정하고 있으며, 소득세법 시행령 제154조 【1세대 1주택의 범위】제3항, 제4항 및 제7항 에서 『③ 법 제89조 제3호의 규정을 적용함에 있어서 하나의 건물이 주택과 주택외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 부수되는 토지에 주택 외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 면적이 주택 외의 면적보다 적거나 같을 때에는 주택 외의 부분은 주택으로 보지 아니한다.

④ 제3항 단서의 경우에 주택의 부수되는 토지는 전체 토지면적에 주택부분의 면적이 건물면적에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한다.

⑦ 법 제89조 제3호에서 “지역별로 대통령이 정하는 배율” 이라 함은 다음의 배율을 말한다.

1. 도시계획구역 안의 토지 5배

2. 도시계획구역 밖의 토지 10배』 라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이에 대하여 사실관계를 살펴본다. 첫째, 쟁점토지는 택지개발촉진법 제8조 의 규정에 의거 ○○도 고시 제 1997-167호(1997.8.14)로 승인된 ○○택지개발사업지구에 편입된 토지로서 청구인은 1999.1.12과 1999.1.26 토지공사에 각각 양도하고 아래와 같이 사업인정고시일 이후에 보상받았음이 청구인이 제시한 수용확인원 및 실농보상내역서에 의하여 확인된다. 구분 소재지 지목 전체면적(㎡) 실농보상면적 보상액(원 보상일시 (등기일) 현금 채권 합계 2,426.37 241.18 540,370,660

• 쟁점①

○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 전 688 150 143,146,800

• 1999.7.20 (1999.1.26) 쟁점② 같은곳 ○○번지 전 462.37 91.18 90,977,960

• 1999.7.20 (1999.1.26) 쟁점③ 같은곳 ○○번지 잡종지 1,276

• 306,242,900

• 1999.7.20 (1999.1.12) 둘째, 처분청은 쟁점토지를 8년 이상 자경농지로 보지 아니하고 쟁점토지의 양도차익을 기준시가에 의하여 산정하고 조세특례제한법 제77조 제1항 제1호 에 규정한 공공사업용 토지의 양도로 보아 양도소득세를 25% 감면하여 1999년 귀속분 양도소득세 84,080,397원을 2000.2.7 청구인에게 결정고지하였으나, 처분청은 쟁점② 토지(462.37㎡)중 145.17㎡에 대하여는 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의하여 1세대 1주택의 부수되는 토지로 보아 2000.2.26 양도소득세를 비과세하여 직권 경정하였고, 청구인이 2000.3.7 제기한 고충민원에 대하여 처분청은 쟁점 ① 토지중 토지공사로부터 실농보상을 받은 150㎡에 대하여 조세특례제한법 제69조 제1항 의 규정에 의하여 8년 이상 자경한 농지로 보아 양도소득세를 면제하고, 쟁점②토지중 사실상 도로로 이용한 123.4㎡에 대하여는 양도당시 개별공시지가를 ㎡당 64,000원(당초200,000)으로 하여 2000.3.27 재경정하였으나, 쟁점② 토지중 실농보상면적 91.18㎡에 대하여는 자경농지로 인정하지 않았음이 처분청이 제출한 고충처리자료전 및 경정결의서에 의하여 확인된다. 셋째, 청구인이 쟁점토지를 8년 이상 소유하고 쟁점토지 소재지에 거주하여 자경한 사실과 양도시기에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없으나 쟁점토지가 양도당시 농지세의 과세대상이 되는 농지였느냐 하는 사실관계에서 처분청과 청구인간에 다툼이 있다.

(2) 청구인은 쟁점① 토지면적 688㎡중에 대지(87㎡), 공장용지(8㎡) 및 고충민원에 의하여 자경농지로 인정받은 150㎡를 제외한 443㎡도 과수원의 영농자재보관 및 영농작업장으로 사용한 농지이므로 양도소득세를 면제하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. 이건 ○○시 ○○청에서 쟁점토지에 대하여 토지공사에 실농보상내역에 대한 사실확인을 조회한 바, 『쟁점토지의 수용당시 청구인이 토지공사에 농지위원과 통장으로부터 경작사실확인서를 징취하여 실농보상금청구서를 제출하였고 청구외 토지공사는 이를 확인하고 청구인의 신청대로 쟁점① 토지 150㎡, 쟁점② 토지 91.18㎡에 대하여 각각 양도당시 농지로서 실농보상하였음을 회신(○○(용)5131-0000, 2000.6.23.)』하고 있고, 쟁점토지의 양도당시 토지공사가 한국 감정원에 의뢰하여 작성한 쟁점① 토지의 지상물에 대한 감정평가서상에 가건물공장 및 창고(174.3㎡)가 있었던 것으로 감정하였으므로 실농보상을 받은 면적외에는 사실상 공장용지로 이용되었다고 보여지며, 또한 청구인은 쟁점① 토지중 실농보상 면적 150㎡를 제외하고 나머지 면적(538㎡)에 대하여 양도일 현재 농지로 보지 아니하고 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(3) 청구인은 쟁점③ 토지 1,276㎡중에 공장용지 386.7㎡를 제외한 889.3㎡는 8년이상 자경한 농지(과수원)이므로 양도소득세를 면제하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. 쟁점토지의 수용당시 청구인이 토지공사에 농지위원과 통장으로부터 경작사실확인서를 징취하여 실농보상금청구서를 제출하였고 토지공사는 이를 확인하고 청구인의 신청대로 쟁점① 토지 150㎡, 쟁점② 토지 91.18㎡에 대하여 각각 양도당시 농지로서 실농보상하였음이 확인되고 있으나 쟁점③ 토지에 대하여는 청구인이 농지보상을 신청하지 아니하였고 토지공사도 농지로 인정하지 아니하였음이 확인되고, 쟁점토지의 양도 당시 토지공사의 의뢰에 의하여 한국감정원 등이 감정평가한 지상물에 대한 감정평가서상에 쟁점③ 토지 1,276㎡의 지상에는 무허가 및 가건물의 공장이 1,240.1㎡, 사무실 및 창고가 25.52㎡, 나머지는 울타리 등의 면적임이 확인되므로 양도 당시 실제 이용상황은 공장부지로 이용된 토지라 할 것이므로 처분청이 쟁점③ 토지 전체를 농지로 보지 아니하고 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(4) 처분청은 쟁점② 토지(462.37㎡) 중에 145.17㎡를 직권으로 1세대 1주택의 주택에 부수되는 토지로 비과세 처분하고 그 후 청구인이 제기한 고충민원에 의하여 사실상 도로로 사용한 123.4㎡에 대하여 개별공시지가를 ㎡당 64,000원(당초 200,000원)으로 하여 재경정하였으나, 쟁점② 토지 중 실농보상면적 91.18㎡에 대하여는 주택에 부수되는 토지로 인정한 면적과 중복되는 것으로 판단하여 양도소득세를 감면하지 아니하였으므로 이에 대하여 살펴본다. 첫째, 처분청의 결정결의서, 토지감정평가서 및 실농보상내역에 의하면 쟁점② 토지(462.37㎡)는 주택(48.72㎡)과 창고건물(106.45㎡), 도로(123.4㎡)와 실농보상받은 토지(91.18㎡)를 제외한 나머지 토지가 92.62㎡가 있는데도 주택에 부수되는 토지(145.17㎡)가 실농보상면적(91.18㎡) 보다 크다는 사유로 실농보상면적을 주택에 부수되는 토지와 중복된다고 판단하여 쟁점② 토지 중 8년 이상 자경농지는 없는 것으로 본 것은 잘못되었다고 할 것이므로 실농보상면적과 주택에 부수되는 토지는 구분하여 판단하여야 할 것이다. 따라서, 처분청은 토지감정평가서와 실농보상내역에 의하여 쟁점① 토지 150㎡를 양도 당시 농지로 인정하였으므로 쟁점② 토지 중 실농보상면적인 91.18㎡도 같은 사유로 8년 이상 자경농지로 보는 것이 합리적이라 할 것이다. 둘째, 처분청은 주택에 부수되는 토지를 쟁점② 토지의 전체면적(4652.37㎡)을 기준으로 산정(145.17㎡)하였으나, 쟁점② 토지에서 양도소득세가 비과세되는 주택에 부수되는 토지면적은 전체면적(462.37㎡)에서 농지(91.18㎡)와 도로(1234.45㎡)면적이 크므로 소득세법 시행령 제154조 제3항, 제4항 및 소득세법 기본통칙 89-18의 규정에 의하여 아래와 같이 1세대 1주택에 부수되는 토지의 면적을 산정하는 것이 타당할 것이다. ㉮ 주택의 정착면적의 5배: 48.72㎡ × 5배 = 243.6㎡ ㉯ 주택에 부수되는 토지면적: 247.74㎡(총면적462.37㎡ － 농지91.18㎡ - 도로123.45㎡)×48.72(주택의 정착면적)/155.17(주택 정착면적＋창고 정착면적) = 77.8㎡ ㉰ 주택에 부수되는 토지면적: 77.8㎡(㉮면적의 한도내에서 ㉯면적) 위의 내용을 종합해 볼 때, 쟁점① 토지와 쟁점③ 토지는 토지공사에서 청구인으로부터 취득(수용)당시 농지에 대하여 별도로 확인하여 보상하였고, 감정평가서상에도 쟁점토지의 실제 이용현황이 확인되는 반면 청구인은 양도 당시 농지였다는 사실을 입증할 수 있는 객관적인 증빙서류를 제시하지 못하고 있으므로 처분청이 쟁점① 토지와 쟁점③ 토지에 대하여 토지공사에서 실농보상면적에 대하여 8년 이상 자경한 농지로 보아 양도소득세를 면제하고 나머지는 공장 등의 부수토지로 이용한 것으로 본 것은 달리 잘못이 없다고 할 것이나, 쟁점② 토지 중 91.18㎡를 8년 이상 자경한 농지로 보지 아니하고 주택에 부수되는 토지를 145.17㎡(정당 77.8㎡)로 산정한 것은 잘못되었다고 판단된다. 따라서, 이건 심사청구는 청구주장 일부 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 에 의하여 주문과 같이 결정한다.