목사 명의의 부동산 양도에 대해 양도소득세를 과세한 처분의 당부

○○세무서장이 2000.7.3 청구인에게 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○ 소재 대지 230㎡ 및 건물 494.61㎡의 양도에 대하여 결정 고지한 1997년 귀속 양도소득세 1,622,280원은 이를 취소한다.

청구인은 ○○예수교장로회 ○○교회(이하 “쟁점교회”라 한다)의 목사로서, ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대지 230㎡ 및 건물 494.61㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 1993.4.22 설○○으로부터 350,000,000원에 취득하여 1997.8.11 김○○에게 370,000,000원에 양도하고 1997.9.6 실지거래금액으로 자산양도차익 예정신고를 하였다. 처분청은 쟁점부동산에 대한 양도차익을 실지거래금액으로 산정하여 2000.7.3 청구인에게 1997년 귀속 양도소득세 1,622,280원을 결정 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2000.7.26 이 건 심사청구를 하였다.

청구인은 쟁점부동산은 청구인 소유가 아니라 쟁점교회의 소유재산으로 당초 취득시 은행대출을 용이하게 하기 위하여 목사 개인명의로 취득하였을 뿐이며, 지층과 1층은 임대였으나 2층(교육관) 및 3층(목사관, 교인식당)은 종교용도로 사용한 것이므로 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다고 주장한다.

위의 청구주장에 대하여 처분청은 종교단체가 법인이거나 법인으로 보는 단체인 경우에는 종교목적으로 3년 이상 사용하던 교회용 부동산을 양도하고 그 양도금액을 3년 이내에 고유목적사업에 전액 사용한 경우에는 면제받을 수 있으나, 법인이 아닌 단체로서 거주자의 지위를 갖춘 교회의 경우에는 감면이 적용되지 아니하므로 청구인에게 양도소득세를 과세한 당초 처분은 정당하다는 의견이다.

• 가. 쟁점 이 건 심사청구의 쟁점은 목사 명의의 쟁점부동산 양도에 대해 양도소득세를 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 이 건 심사청구와 관련한 법령을 살펴보면 다음과 같다.

○ 국세기본법 제13조 (법인으로 보는 단체)

① 법인격이 없는 사단ㆍ재단 기타 단체(이하 “법인격이 없는 단체” 라 한다) 중 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대하여는 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. (1997. 12. 22 개정)

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단ㆍ재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

○ 구 조세감면규제법(1996.12.30 개정) 제74조 (사회복지법인 등에 대한 특별부가세의 면제)

① 다음 각호의 1에 해당하는 토지 등을 당해 법인의 고유목적사업에 사용하기 위하여 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 특별부가세를 면제한다.

2. 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 법인이 그 고유목적에 3년 이상 직접 사용한 토지 등

○ 구 조세감면규제법시행령 제71조 (사회복지법인 및 종교법인의 업무용 토지 등에 대한 특별부가세의 면제)

① 법 제74조 제1항의 규정에 의한 특별부가세의 면제는 그 면제신청서류에 의하여 고유목적사업에 사용할 목적으로 토지 등을 양도하는 것이 확인되는 경우에 한한다.

• 다. 사실관계 및 판단

① 청구인은 쟁점부동산을 1993.4.22 설○○으로부터 350,000,000원에 취득하여 1997.8.11 김○○에게 370,000,000원에 양도하였음이 등기부등본 및 처분청의 조사복명서에 의하여 확인된다.

② 또한 위 쟁점부동산의 양도에 대하여 청구인이 1997.9.6 실지거래금액으로 자산양도차익 예정신고를 하였음이 자산양도차익예정신고서와 처분청의 조사복명서에 의하여 확인되고 있다.

③ 처분청은 청구인에 대한 양도소득세 실지조사에서 청구인의 신고금액을 시인하여 무납부에 따른 양도소득세를 결정고지하였음이 처분청의 조사복명서 및 양도소득세 결정결의서에 의하여 확인되고 있다.

④ 이에 대하여 청구인은 쟁점부동산은 청구인 소유가 아니라 쟁점교회의 소유재산으로서 쟁점교회에서 사용하였으므로 청구인에게 부과한 양도소득세를 취소하여야 한다고 주장하고 있다.

⑤ 구 조세간면규제법 제74조 및 같은법 시행령 제71조에 의하면 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 법인이 그 고유목적에 3년 이상 직접 사용한 토지 등을 고유목적사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 이에 따른 특별부가세를 면제한다고 규정하고 있고, 국세기본법 제13조 제1항 제2호 에서는 법인격이 없는 단체 중 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것은 이를 법인으로 보아 세법을 적용한다고 규정하고 있으므로 청구인에 대한 양도소득세를 취소하려면 쟁점부동산이 청구인의 소유가 아니라 쟁점교회의 소유재산이어야 하고, 또한 쟁점교회가 법인으로 보는 단체에 해당하여야 할 것이다.

⑥ 먼저 쟁점부동산이 쟁점교회 소유의 재산인지 여부에 대하여 살펴본다. ㉠ 청구인은 쟁점부동산 취득시 은행대출을 용이하게 하기 위하여 청구인 개인 명의로 등기하였으며, 취득자금은 은행대출금 225,000,000원(교회집사들을 채무자로 하여 대출한 차입금으로서 조○○ 120,000,000원, 이○○ 20,000,000원, 김○○ 20,000,000원, 양○○ 15,000,000원과 전 소유자 설○○의 차입금 50,000,000원)과 성도들이 모금한 건축헌금 55,000,000원, 쟁점부동산의 임대보증금 70,000,000원 합계 350,000,000원이라고 주장하면서 대출채무자인 집사들이 확인한 서명자료와 등기부등본 및 쟁점교회의 회계장부를 제출하고 있다. ㉡ 쟁점부동산의 등기부등본에는 1992.12.5 ○○금고가 설○○(전소유자)을 채무자로 하여 채권최고액 70,000,000원으로 근저당권 설정한 사실과 1993.1.28 ○○상호신용금고가 채무자를 조○○(집사)으로 하여 채권최고액 150,000,000원으로 근저당권 설정한 사실이 확인되며, 이○○ 소유의 ○○시 ○○동 ○○번지 ○○아파트 ○동 ○호의 등기부등본에는 1992.9.25 ○○은행 ○○지점이 채무자를 이○○로 하여 채권최고액 26,000,000원으로 근저당권 설정한 사실, 김○○ 소유의 ○○시 ○○동 ○○번지 ○○타운 ○동 ○호의 등기부등본에는 같은 날 ○○은행 ○○지점이 채무자를 김○○으로 하여 채권최고액 26,000,000원으로 근저당권 설정한 사실, 양○○ 소유의 ○○시 ○○동 ○○번지 ○○빌라 지층 ○호의 등기부등본에는 1992.10.6 ○○은행 ○○지점이 채무자를 양○○으로 하여 채권최고액 19,500,000원으로 근저당권 설정한 사실, 조○○ 소유의 ○○시 ○○동 ○○번지 ○○아파트 ○동 ○호의 등기부등본에는 1992.10.15 통조림제조 ○○은행이 채무자를 조○○으로 하여 채권최고액 26,000,000원으로 근저당권 설정한 사실이 확인되고 있다. ㉢ 또한, 청구인이 제시한 쟁점부동산 취득당시의 교회의 회계장부에는 위 이○○ 대출금 20,000,000원, 김○○ 대출금 20,000,000원, 양○○ 대출금 15,000,000원, 조○○ 대출금 20,000,000원 등이 수입란에 기록되어 있고 이에 대한 대출비용과 대출이자 등을 지급한 사실이 지출란에 기록되어 있어 위 은행차입금이 채무자들 개인적인 목적으로 대출된 것이 아니라 쟁점교회가 쟁점부동산의 취득을 위하여 차입한 사실이 확인되고 있으며, 쟁점부동산에 대한 계약금, 1ㆍ2차 중도금 및 잔금을 쟁점교회가 지급한 사실과 쟁점부동산의 지층과 1층에 대한 임대료를 쟁점교회가 수령한 사실이 위 회계장부에 의하여 확인되고 있으므로 쟁점부동산이 청구인 개인소유가 아니라 쟁점교회의 소유재산이라는 청구주장이 신빙성이 있다고 보여진다. ㉣ 한편, 쟁점부동산의 지층 및 1층은 임대사업에 사용하였으나 2층 및 3층은 쟁점교회의 교육관 및 목사관과 교인식당으로 사용하여 종교의 고유목적사업에 사용된 사실이 처분청이 제시한 조사복명서 및 과세전적부심사결정서 등 심리자료에 의하여 확인되고 있으며 이에 대하여는 청구인과 처분청간에 별도의 다툼이 없다. ㉤ 따라서, 쟁점부동산은 비록 쟁점교회의 목사인 청구인 개인명의로 등기되어 있지만 쟁점교회의 소유재산으로 쟁점교회가 취득하여 양도한 것이라고 판단된다.

⑦ 다음으로 쟁점교회가 법인으로 보는 단체에 해당하는지 여부에 대하여 살펴본다. ㉠ 쟁점교회는 1991.12.12 민법 제32조 의 규정에 의하여 법인설립허가를 받아 설립된 사단법인 ○○기독교총연합회 가맹교단인 ○○예수교장로회총회 산하 ○○회에 소속되어 종교활동을 하여온 사실이 법인설립허가서, 가맹교단증명서 및 소속증명서 등에 의하여 확인되고 있다. ㉡ 또한, 쟁점교회는 부동산등기법 제41조 의 2의 규정에 의하여 ○○시○○구청에 종교단체로 등록(등록번호: 00000-00000)된 사실이 ○○시○○구청장이 발행한 등록번호등록증명서에 의하여 확인되고 있다. ㉢ 따라서, 쟁점교회 개별교회를 주무관청의 허가를 받아 설립된 단체나 주무관청에 등록된 단체로 보기는 어렵지만 교회가 그 본래의 목적을 달성하기 위하여 신도가 출연한 헌금으로 취득한 부동산이 있을 경우 이를 공익을 목적으로 출연한 기본재산이 있는 단체로 봄이 타당하다(같은 뜻: 국심 96서 3459, 1997.1.23: 심사 양도98-4263, 1998.5.8 외 다수)할 것이므로 쟁점교회는 국세기본법 제13조 제1항 제2호 의 규정에 의한 법인으로 보는 단체에 해당한다고 판단된다.

⑧ 위의 사실관계를 종합하여 볼 때, 쟁점부동산은 등기상 목사 개인명의로 취득ㆍ양도하였으나 실제는 쟁점교회의 소유재산으로 쟁점교회가 고유목적사업에 사용하다 양도한 것으로 확인되고, 쟁점교회는 법인으로 보는 법인격 없는 단체로 인정되므로 쟁점부동산 중 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 부분의 양도차익에 대하여 특별부가세를 과세하는 것은 별론으로 하더라도 쟁점부동산을 청구인 개인재산으로 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다고 판단된다. 앞에서 살펴 본 바와 같이 이 건 심사청구는 청구인의 주장이 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.