정정된 개별공시지가에 의하여 양도차익의 재계산 여부

○○세무서장이 2000.12.01 청구인에게 경정고지한 1999년 과세연도 양도소득세 345,849,820원의 부과처분은,취득가액을 1,355,790,736원으로 하고, 합의금 70,000,000원과 취득세 및 등록세 지출액 10,645,300원을필요경비에 산입하여 과세표준과 세액을 경정합니다.

청구인은 1996.05.04 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리(이하 “쟁점토지”라 한다)외 2필지 토지 및 위 지상건물을 취득하여 비영리법인인 청구외 사회복지법인 ○○동산에게 1999.11.10 증여하였다. 처분청은 위 증여는 거짓이고 실제로는 청구외 ○○에게 실질적으로 양도한 것이라는 감사원의 감사지적(보건복지부 소관 사회복지수용시설 지원 및 운영실태 대한 감사)에 따라 양도차익을 실거래가액 (양도가액은 실거래가액, 취득가액은 환산취득가액)에 의하여 산정하여 2000.12.01 청구인에게 1999년 과세연도 양도소득세 345,849,820원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2000. 12. 09 심사청구하였다.

1. 양도가액은 실지거래가액으로, 취득가액은 양도가액에 양도당시 및 취득 당시의 기준시가에 의하여 환산한 가액으로 계산함에 있어서 공시지가가 잘못 계산되었는바, 즉 쟁점토지의 공시지가는 분할 전 모 번지인 ○○시 ○○면 ○○리 (공시지가 ㎡당2,990원) 및 산(공시지가 ㎡당 2,960원)의 공시지가를 그대로 적용하였으나, 쟁점토지가 1995.01.24 분할되면서 대지로 전환되어 분할 전 모번지와는 지목 및 이용 상황 등이 현격한 차이가 있어 2000.11.25 ○○시장에게 쟁점토지의 공시지가에 관하여 이의신청을 하였고, 그 결과 그 가액이 2000.01.01에 정정되었으므로 그 정정된 공시지가에 의하여 취득가액을 환산하여 양도차익을 재계산하여야 한다.

2. 쟁점토지 취득시 판결에 의한 소송비용(합의금) 70,000,000원과 취득세 및 등록세 10,645,300원의 합계액 80,645,300원(쟁점금액)의 지출이 확인되므로 이를 필요경비로 인정하여야 한다.

(1) 쟁점토지는 소득세법 시행령 제164조 제1항 제2호 에 의한 취득당시 개별공시지가가 없는 지적법에 의한 분할토지로서, 당초납세지 관할인 ○○세무서장은 쟁점토지의 개별공시지가 산정을 쟁점토지 관할인 ○○세무서장에게 의뢰하였고, ○○세무서장은한국감정원에 쟁점토지의 감정을 의뢰, 그 가액을 회보 받아 개별공시지가를 결정한 것으로서, 이 개별공시지가에 의하여 취득가액을 환산하여 양도차익을 산정한바, 이는 소득세법 제99조 및 같은 법 시행령 제164조 제1항 규정에 따른 적법한 처분이나,청구인이 쟁점토지의 취득당시 개별공시지가 산정에 대하여 2000.11.25 ○○시장에게 이의신청서를 제출하였으며, 이에 대한심리가 진행 중으로 그 결과에 따라 당초처분을 경정할 사안이다.

(2) 관련법령에 의하여 소송관련 화해비용은 양도소득의 필요경비에 해당되는 바, 판결문 등 관련증빙에 의하여 화해비용 및 취득세 등의 지출이 확인되므로 이를 필요경비로 인정하여야 한다.

• 가. 쟁 점

(1) 정정된 개별공시지가에 의하여 양도차익을 재계산하여야 하는 지

(2) 화해비용 및 취득세 등의 지출액을 필요경비로 인정할 수 있는 지를 가리는 데 있다.

• 나. 관계법령 소득세법 제4조 【소득의 구분】제1항에 『거주자의 소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.』라고 규정하면서, 그 3호에 『자산의 양도로 인하여 발생한 소득을 양도 소득』으로 규정하고 있고 같은 법 제94조 【양도소득의 범위】『양도소득은 당해연도의 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다』라고 규정하면서, 그 1호에 『토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 생략)』으로 규정하고 있으며 같은 법 제96조 【양도가액】『양도가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.』라고 규정하면서, 그 1호에 『제94조 제1호·제2호 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 양도당시의 기준시가. 다만, 당해 자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령인 정하는 경우에는 실거래가액에 의한다.』라고 규정하고 있으며, 같은 법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】제1항에 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다라고 규정하면서, 그 1호 『취득가』 가목에서 『제94조 제1호 및 동조 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.』라고 규정하고 있고 제100조 【양도차익의 산정】제2항에 『양도차익을 산정함에 있어서 양도가액을 또는 취득가액 중 어느 하나를 실지거래가액에 의하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여야 하고, 어느 하나를 기준시가에 의하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우로서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나만의 실지거래가액을 확인할 수 있는 때에는 실지거래가액을 확인할 수 있는 것은 실지거래가액에 의하여야 하고, 실지거래가액을 확인할 수 없는 다른 하나는 대통령령이 정하는 방법에 의하며 환산한 가액에 의하여야 한다.』라고 규정하고 있으며 같은 법 시행령 제166조 제2항에서 『법 제100조 제1항 단서에서 “대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 가액”이라 함은 다음 각 호의 방법에 의하여 환산한 가액을 말한다.』라고 규정하면서, 그 2호에 『제4항 제1호·제2호 및 제4호의 경우에는 다음 각목에 의하여 계산한 가액
• 가. 양도당시의 실지거래가액만 확인되는 경우의 취득가액은 양도 당시의 실지거래가액『취득당시의 기준시가/양도당시의 기준시가(후단생략)』으로 규정하고 있고 제163조 【양도자산의 필요경비】 제1항에 법 제97조 제1항 제1호 가목 단서 및 나목 본문에서 “취득에 소요된 실지. 거래가액” 이라 함은 다음 각호의 금액을 합한 것을 말한다.라고 규정하면서, 그 2호에 「취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권 등을 화보하기 위하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액』으로 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 (가) 청구주장 1)에 대하여 개별공시지가 이의신청 결과 공시지가가 정정되었으므로 이에 따라 청구인에게 과세된 양도소득세는 경정되어야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

1. 쟁점토지 외 2필지 및 쟁점토지 위 건물 소유권이전에 대한 양도소득세가 과세되는 것에 대하여는 청구인과 처분청사이에 다툼이 없으나, 처분청이 쟁점토지의 개별공시지가에 관하여 쟁점토지가 분할되기 전 모 번지(산 125 공시지가 ㎡당 2,990원 및 산124-1. 공시지가 ㎡당 2,960원)의 개별공시지가를 그대로 적용하였으나, 쟁점토지가 1995.01.24. 분할되면서 대지로 전환되어 분할 전 모 번지와는 지목 및 이용 상황 등으로 보아 개별공시지가가 현격한 가격차이가 있어 개별공시지가이의신청서를 2000.11.25. ○○시장에게 제기한 결과 ○○시토지평가위원회 심의에 의하여 쟁점토지의 개별공시지가가 정정되었음을 알 수 있다.

2. 2001.2.27. 당심에서 개별공시지가 정정에 대한 사실여부를 ○○시장에게 조회한바, 지번과 지목이 변경되었으며 그 공시지가도 정정되었다고 하면서 ○○시토지평가위원회 심의결과와 쟁점토지의 개별공시지가 확인서를 회신하였다.

3. 개별토지가격이 지가산정에 명백한 잘못이 있어 경정결정 공고되었다면 당초에 결정 공고된 개별토지가격은 그 효력을 상실하고 경정결정된 새로운 개별토지가격이 공시기준일에 소급하여 그 효력을 발생하는 것 (대법93누15588,1994.10.07 외 다수, 재일 46014-259,1997.02.16 같은 뜻)이라고 할 것이므로 이 건 부과처분은 별지 경정된 개별공시지가에 의하여 양도차익을 재계산하여 경정함이 타당하다고 판단된다.(쟁점토지 지번분할내역 및 공시지가 정정내역과 취득 및 양도가액 산출내역(경정분)) (나) 청구주장 2)에 대하여 청구인은 양도부동산 취득에 소요된 쟁점금액의 지출이 확인되므로 이를 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

(1) 서울민사지부 제18부 민사부 화해조서(사건00가합00000호)의 소유권이전등기 판결에 의하여 청구인은 양도부동산을 취득하기위하여 청구외 ○○ 외 5인에게 합의금 70,000,000원을 지불하였음이 판결문과 합의금 지불영수증에 의하여 확인된다.

(2) 또한, ○○도 ○○시장이 2001.02,22.발행한 지방세 세목별 과세증명서에 의하면 양도부동산 취득에 따른 취득세 및 등록세 10,645,300원을 납부하였음을 알 수 있다. 이상의 관련법령 및 사실관계에서 쟁점금액을 필요경비로 인정하여 양도차익을 산정하여야 한다고 판단된다.

• 라. 결 론 이건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.