일반주식의 양도를 기타자산인 주식의 양도로 오인하여 세액을 과세관청이 시인결정한 처분의 당부

○○세무서장이 2000.9.21. 청구인에게 ‘97년 귀속 양도소득세 41,791,500원을 신고 시인하여 결정 통지한 처분은, 세율 20%을 적용하여 그 산출세액을 경정합니다.

처분청은 청구인이 ○○광역시 ○○동 ○○번지 청구외 ○○산업 ○○회사(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 주식 2,400주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 매매를 원인으로 ‘97.4.18. ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지 청구외 김○○에게 양도가액 126,000,000원(1주당 52,500원)에 양도하고, ’97.5.31. 양도세율 50%를 적용하여 양도소득세를 신고납부 하였으며, 처분청은 2000.8.18. 신고 시인 결정하여 세무조사결과 통지서를 통보하였다. 청구인은 이에 불복하여 2000.12.4. 심사청구를 하였다.

쟁점법인은 비상장법인으로서 소득세법제95조제1호(토지,건물) 및 제2호(부동산에 관한 권리)의 자산이 총 자산가액의 50%를 초과하는 법인이나 그 주주구성에 있어 주주1인과 그 외 국세기본법시행령제20조에 규정하는 친족, 기타 특수관계에 있는 자가 발행주식의 100분의 50이상을 보유한 법인이 아니므로, 청구인이 양도한 쟁점주식은 소득세법제104조제1항제4호규정에 해당하므로 100분의 20의 세율을 적용하여야 하나, 착오로 같은 법104조1항제1호에 규정한 서울 100분의 50을 적용하여 과다납부한 사실이 있는데도, 처분청은 경정하여 환급하지 아니하고 신고내용을 그대로 인정하여 결정한 처분은 부당하므로 19,956,000원을 제외한 금액을 환급하여야 한다.

청구인이 양도한 쟁점법인이 소유한 부동산은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대지 439.7㎡, 동 소 위 지상 건물 2,045.5㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)이며, 쟁점법인은 임대전업 법인으로서 청구인의 부친 청구외 이○○가 사망하기 전인 ‘95.11.4.에 각 주주들이 청구외 ○○대학교에 장학기금으로 기증하였으나, 기증 당시 주식명의 개서가 이루어지지 않아 쟁점부동산을 양도 후 양도차액을 기부하는 것으로 하였으며, ’95.11.4. 기증 후 쟁점부동산의 관리 및 처분은 청구외 ○○대학교가 주관한 것으로 확인되나, 장학회의 명칭을 ○○장학회로 기증자인 청구외 이○○의 호를 사용하고 있고, 기증증서에 기증자가 청구외 이○○로 되어 있는 점으로 보아 쟁점법인은 기증자인 청구외 이○○ 및 특수관계자가 100% 소유한 가족법인인 것으로 판단되며, 기타주주는 청구외 이○○의 친지로서 명의신탁한 주주임이 명백하므로 청구인이 50% 세율을 적용하여 신고한 것을 처분청이 청구인의 신고내용을 인정하여 결정한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점주식이 소득세법시행령제158조제1항제1호에 규정하는 기타자산의 양도에 해당하는 것으로 신고 시인하여 결정한 처분이 정당한지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 소득세법제94조 【양도소득세의 범위】본문에 『양도소득은 당해 연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.』이라 규정하고, 제1호에 『토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생한 소득』이라 규정하고, 제2호에 『대통령령이 정하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득』이라 규정하고, 제5호에 『제1호 내지 제4호외에 대통령령이 정하는 자산(이하 “기타자산”이라 한다0의 양도로 인하여 발생하는 소득』이라 규정하고있다. 같은 법시행령제158조 【기타자산의 범위】 제1항에 『법제94조 제5호에서 “기타자산”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.』이라 규정하고, 제1호에서 『다음 가목 및 나목에 해당하는 법인의 주주 또는 출자자1인(이하 “주주1인”이라 한다) 및 그와 국세기본법시행령제20조에 규정하는 친족 기타 특수관계 있는 자(이하 “기타 주주”라 한다)가 그 법인의 주식 또는 출자지분(이하 “주식등”이라 한다)의 합계액의 100분의50이상을 주주1인 및 기타 주주외의 자에게 양도하는 경우의 당해 주식 등』이라 규정하고, 가목에 “당해 법인의 자산총액 중 법제94조제1호 및 제2호의 자산가액의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50이상인 법인”이라 규정하고, 나목 “당해 법인의 주식 등의 합계액 중 주주1인과 기타주주가 소유하고 있는 주식 등의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50이상인 법인”이라고 규정하고 있다. 같은 법제104조 【양도소득세의세율】 제1항에 『거주자의 양도소득에 대한 소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다.』이라 규정하고, 제1호에 『제94조에 규정하는 자산 중 다음 제2호 내지 제4호에 기재된 것을 제외한 자산(이하 “누진세율의 적용대상자산”이라 한다)』이라 규정하고, 『<양도소득세 과세표준> <세율> 3천만원 이하 과세표준의 100분의30 3천만원 초과 900만원 * 3천만원초과하는 금액의 100분의40 6천만원 이하 6천만원 초과 2천100백만원 +6천만원을 초과하는 금액의 1000분의 50』로 규정하고, 제4호에 『제94조제4호의 규정에 의한 자산 양도소득과세표준의 100분의 20(대통령령이 정하는 중소기업의 주식 도는 출자지분의 경우는 100분의 10』이라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 기증자산은 쟁점법인의 발행주식이며, ‘95.11.4. 기증식을 하였으나, 청구인들은 기증자산이 주식이라면 주주명부에 명의개시가 있거나 주권을 교부한 사실이 있어야하나, 청구외 ○○대학교 명의로 주식명의 개서를 한 사실이 없음으로, 쟁점부동산을 양도하여 그 대금이 청구외 ○○대학교 명의의 예금통장에 입금시킨 것으로 확인되는 입금일을 증여일로 보는 것이 타당하므로 쟁점법인의 주식을 청구인이 양도한 것으로 보는 것이 타당하다고 판단되고,

(2) 양도당시 쟁정법인의 주주명부상 주식소유현황은 신고된 주식변동상황 명세서에 의하여 아래 표와 같이 확인된다. (단위:주, 천원,%) 주주명 주식수 총금액 지분율 관계 비고 합 계 10,000 50,000 100 이○○ 1,000 5,000 10 본인 특수관계인 44% 강○○ 1,000 5,000 10 처 이○○ 2,400 12,000 24 자 송○○ 4,000 20,000 40 기타 이○○ 1,600 8,000 16 기타

(3) 처분청은 장학회의 명칭을 기증자인 청구외 이○○의 호를 사용하고 있고, 기타주주는 청구외 이○○의 친지로서 명의신탁한 주식이라고 주장하나, 세대전세무서장이 청구외 ○○대학교에 쟁점법인의 기증 자산에 대한 자료제출요구에의거 2000.9.30. 청구외 ○○대학교에서 제출한 자료에 의하면 각 주주별 기증서를 제출한 것으로 확인되고, 심리자료로 제출한 호적등본 등에 의하여 친지 등 특수관계가 확인되지 않으므로 처분청이 주장하는 100% 가족법인이라는 주장은 사실과 다른 것으로 확인된다.

(4) 주주인 청구외 송○○의 호가인서에 의하면 각 주주의 동의 하에 청구외 ○○대학교에 기증하였고, 쟁점부동산의 양도대금 관련 업무 및 채무변제 등도 청구외 ○○대학교에서 주도적으로 행사한 것으로 알고 있으며, 쟁점법인의 대표이사 청구인이 양도자로 참여한 것으로만 알고 있다고 확인서를 제출하고 있다.

(5) 쟁점법인의 주주인 청구외 이○○, 청○○ 송○○, 청○○ 강○○ 등이 쟁점법인주식 양도와 관련한 양도소득세율 적용 착오에 대하여 고충을 신청하여 세대전세무서장이 2000.11.15. 경정결정한 사실이 심리시 시대전세무서에 확인한 고충처리결정서 등에 의하여 확인된다.

(6) 관계법령 및 사실관계를 모두어 보면, 청구인등이 ‘97.3.18. 쟁점법인의 발행주식을 양도한 후 양도소득세 신고시 당해 법인의 자산총액 중 토지・건물 및 부동산에 관한 권리의 자산가액의 합계액이 차지하는 비율이 50이상인 법인에 해당하므로 양도주식이 기타자산에 해당되는 것으로 보아 50%의 세율을 적용하였으나, 기타자산 등에 해당되는 요건은 첫째, 당해 법인의 자산총액 중 토지・건물 및 부동산에 관한 권리의 자산가액의 합계액이 차지하는 비율이 50이상인 법인과 둘째, 당해 법인의 주식 등의 합계액 중 주주1인과 기타 특수관례 있는 주주가 소유하고 있는 주식 등의 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인으로 규정하고 있으나, 쟁점법인의 경우에는 과점주주소유의 주식 등이 소득세법시행령제158조제1항나목에 해당되지 않으므로 기타자산으로 볼 수 없음으로, 청구인이 양도한 주식은 소득세법제104조제1항제4호의 규저어에 의거 20%의 세율을 적용하는 것이 타당하므로 청구인의 청구주장은 이유 있는 것으로 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.