공동소유자간에 합의가 안 이루어져 소유권이전등기 지연되었고 늦어도 매수인이 최초로 부동산임대를 시작한 ’86. 9.30. 이전에 소유권이 이전된 것으로 판단되므로 국세제척기간이 경과하여 이 건 부과처분은 취소함이 타당함
공동소유자간에 합의가 안 이루어져 소유권이전등기 지연되었고 늦어도 매수인이 최초로 부동산임대를 시작한 ’86. 9.30. 이전에 소유권이 이전된 것으로 판단되므로 국세제척기간이 경과하여 이 건 부과처분은 취소함이 타당함
○○세무서장이 2000. 5.16. 청구인에게 결정고지한 1999년 과세연도 양도소득세 99,096,350원은 이를 취소합니다.
청구인은 1964. 6. 5. 국가와 갱신매매계약을 체결하여 취득한 ○○시 ○○구 ○○가 ○○번지 대지 203㎡, 같은구 ○○동 ○○번지 대지 367.9㎡, 위 양지상 건물1동 벽돌조 스라브지붕 점포 및 사무실 1층 86.84㎡ 2층 86.84㎡, 같은구 ○○가 ○○번지 대지 43.3㎡, 같은구 ○○동 ○○번지 대지 56.5㎡의 소유지분 1000분지 138(이하 “쟁점부동산”이라한다)을 1972. 3.15. 매매를 원인으로 청구 외 김○○(이하 “매수인”이라 한다)에게 1999. 5.31. 등기이전 하였다. 처분청은 쟁점부동산의 매수인과 임차인에 대한 현지확인 조사결과에 의하여 양도시기를 등기접수일인 1999. 5.31.로 보아 2000. 5.16. 1999년 과세연도 양도소득세 99,096,350원을 결정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2000. 8. 3. 심사청구 하였다.
쟁점부동산은 1948년 국가에 귀속된 일본인의 재산으로 청구 외 7명이 1964. 6. 5. 국가와 귀속재산 생신매매계약을 체결하고, 같은해 6.30. 국가로부터 공동매입하여 사용하다가 매수인에게 1972. 3.15. 양도하였으나, 공유자간 협조가 잘 이루어지지 아니하여 공유자 전원의 명의로 소유권이전등기를 하지 못하고 있던 중 부동산실명법 유예기간 종료일인 1998. 6.30. 앞두고 국가를 상대로 부동산소유권이전등기 청구소송에 승소하여 1964. 6. 5. 매매를 원인으로 1999. 5.21. 소유권이전등기를 하였고, 이후 부동산등기 특별조치법에 따라 1972. 3.15. 매매를 원인으로 1999. 5.31. 매수인에게 소유권 이전된 사실이 매매대금 영수증 등에 의하여 확인됨에도, 처분청은 쟁점부동산에 대한 양도시기를 등기접수일인 1999. 5.31. 보아 양도소득세를 부과한 이 건은 부당하다.
청구인은 쟁점부동산을 1972. 3.15. 실지 양도하였다고 주장하나 매매사실을 입증할 수 있는 매매계약서를 제시하지 못하고 있으며, 1982년까지 청구인이 임차인과 직접 부동산임대차계약을 하였고, 1972~1986년까지 약 14년 동안 매수인이 쟁점부동산에 대한 권리행사를 한 사실이 전혀 없으며, 또한 매수인은 부동산임대사업자로 1987. 5. 1. 사업자 등록하는 등 쟁점부동산에 대한 양도일이 확인되지 아니하므로 소득세법 시행령 제162조 제1항 제1호 에 의하여 양도시기를 등기접수일인 1999. 5.31. 보아 과세한 당초 처분은 정당하다.
(1) 처분청에서 쟁점부동산의 매수인과 임차인에 대한 현지확인 조사 시 매수인은 청구인이 매매대금 12,000,000원을 수령하였다는 대금영수증을 제시하면서 쟁점부동산을 1972. 3.15. 실지 매수하였다고 주장하고 있으나 매매사실을 입증할 수 있는 매매계약서를 제시하지 못하고 부동산임대사업자로 1987. 5. 1. 사업자 등록한 사실과, 청구인이 쟁점부동산에 대한 부동산임대차계약은 1982년까지 임차인과 직접 체결하고 매수인은 1972~1986년까지 약 14년 동안 쟁점부동산에 대한 권리행사를 전혀 하지 않았다는 사실을 임차인 김○○․신○○(이하 “임차인”이라 한다)으로부터 확인하였음이 처분청의 조사복명서에 의하여 알 수 있으며,
(2) 처분청은 위와 같이 확인된 사실을 과세근거로 쟁점부동산의 양도시기를 등기접수일인 1999. 5.31. 보아 양도차익을 기준시가로 산정하여 2000. 5.16. 1999년 과세연도 양도소득세 99,096,350원을 결정고지 하였음이 양도소득세결정결의서에 의하여 확인된다.
(3) 청구인은 쟁점부동산을 매수인에게 1972. 3.15. 실지 양도하였음에도 처분청에서 양도시기를 등기접수일로 보아 양도소득세를 과세한 처분이 부당하다고 주장하면서 매매대금 영수증, 건물 임대차계약서, 전기요금 납부독촉 공문, 사업자등록증 및 부가세납부영수증, ○○고등법원 판결문, ○○지방법원 결정문 및 통장사본 등을 그 증거서류로 제시하므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 청구인이 매수인에게 쟁점부동산을 양도하고 매매대금 12,000,000원을 수령하였으며, 등기이전에 관한 것은 그 절차가 완료될 때까지 시한을 두지 않고 적극 협조하기로 하였음이 1972. 3.15. 작성된 영수증에 의하여 확인되고, (나) 청구인은 쟁점부동산에 대한 소유권을 매수인에게 이전하고자 1985. 4. 8. 청구인의 인감증명서와 주민등록등본을 발급받아 넘겨준 사실이 있으며 (다) 매수인은 청구인을 원고로, 국가를 피고로 ○○지방법원에 부동산 소유권 이전등기(사건번호○○○○) 소송을 제기하여 1999. 4.13. 승소하였으며, 이 건 소송비용 7,384,346원을 ○○고등법원에서 매수인의 ○○은행계좌(000-00-000000)로 입금된 사실이 판결문 및 통장사본에 의하여 확인되는 것으로 보아 매수인이 쟁점부동산에 대한 소유권을 이전하고자 소송에 관한 모든 행위를 한 것으로 판단되고 (라) 청구인은 국가를 상대로 쟁점부동산에 대한 소유권이전등기 소송에서 승소하여 1964. 6. 5. 매매를 원인으로 1999. 5.21. 소유권이전등기 한 후 다시 1999. 5. 31. 매수인에게 1972. 3.15. 매매를 원인으로 소유권이전된 사실이 등기부등본에 의해 확인되고 있으며 (마) 처분청은 임차인에 대한 현지확인 조사 시, 김○○은 매수인이 1986년경 쟁점부동산을 매입한 것으로, 신○○은 청구인과 직접 임대차계약을 하고 임대료도 김○○에게 지급하여 매수인은 전혀 모른다고 진술한 사실을 가지고 처분청은 청구인이 주장하는 양도일을 인정하지 않고 있으나, 이는 쟁점부동산의 양도․양수 당사자가 아닌 제3자인 임차인의 부정확한 임의진술에 불과하여 본 건 과세에 대한 거증자료로 채택하기는 어렵다고 보인다.
(3) 위 사실관계를 모두어 보면, 청구인은 쟁점부동산의 공동소유자인 청구 외 7명의 합의가 잘 이루어지지 않아 매수인에게 소유권이전등기가 지연되었을 뿐 늦어도 매수인이 최초로 부동산임대를 시작한 1986. 9.30. 이전에 소유권이 이전된 것으로 판단되고, 양도일을 1986년으로 볼 경우에도 국세부과 제척기간이 경과하였으므로, 처분청에서 쟁점부동산의 양도시기를 등기접수일로 보아 과세한 이 건은 취소함이 타당하다고 판단된다.
결정내용은 붙임과 같습니다.