공동사업에 토지를 현물출자한데 대하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

○○세무서장이 2000.05.16 청구인에게 결정고지한 1994과세연도 양도소득세 206,657,380원은 이를 취소한다.

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대지 582.9㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를, 청구외 문○○는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대지 624.1㎡를 각각 현물출자하고 1994.08.01 당시의 공시지가로 평가한 금액(청구인 토지 693,651천원, 청구외 문○○ 토지 636,582천원)의 비율(청구인 지분 52.1％, 청구외 문○○ 지분 47.9％)로 동업계약을 체결하여 ○○빌리지라는 주택(이하 “○○빌라”라 한다)을 신축분양하고 청구인 등이 당초 취득할 당시의 토지가액을 필요경비로 하여 산정한 소득금액을 지분비율로 분배하여 종합소득세를 신고납부하였다.

○○세무서장은 ○○빌라의 분양수입에 대한 소득금액을 계산함에 있어서 공동사업에 출자할 당시의 토지가액을 필요경비로 하여 1996귀속 종합소득세 52,493,934원, 1997귀속 종합소득세 6,167,850원을 감액결정하고, 쟁점토지를 공동사업에 출자한 1994.08.01 유상양도한 것으로 보아 2000.05.16 청구인에게 1994과세연도 양도소득세 206,657,380원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2000.07.06 심사청구하였다.

국세청은 쟁점토지를 현물로 출자한 1994.08.01 당시까지는 공동사업에 토지를 출자한 경우 자기지분 감소분만 양도소득세 과세대상이고, 인접토지의 소유자들이 각자의 소유하던 토지를 공동으로 출자하여 연립주택을 신축분양하는 경우 구성원들이 당초 취득당시의 토지가액 상당액을 필요경비로 하는 것이라고 행정해석(재일 46014-1300, 1995.05.30, 소득 46011-458, 1995.02.21)을 해왔으며, 또한 통상적으로 위 해석에 따라 집행해 왔으므로 동 행정해석에 따라 종합소득세를 신고한 것은 정당하며, 본건 양도소득세 성립일 이후인 1996.03.05일자로 공동사업에 현물출자한 때에는 유상양도에 해당한다고 행정해석(예규)을 변경하고 변경된 행정해석에 따라 쟁점토지를 현물출자한 1994.08.01 유상양도한 것으로 보아 양도소득세를 과세하는 것은 소급과세금지원칙에 위배되므로 취소되어야 한다.

국세청은 청구인이 쟁점토지를 현물출자할 당시에도 공동사업에 토지를 현물출자함으로써 자산이 사실상 유상으로 이전되는 경우에는 양도소득세 과세대상이라고 해석(재일 46014-452, 1994.02.16)하고 있었으며, 국세심판원도 대지를 공동으로 출자하여 다세대주택을 공동으로 신축분양할 경우 필요경비는 토지를 공동사업에 출자할 당시의 가액을 기준으로 하는 것(98서 1762, 1999.06.17)이라고 결정한 사실이 있으므로 쟁점토지를 공동사업에 출자한 것을 양도로 보아 양도소득세를 과세한 것은 소급과세금지원칙에 위배되지 아니한다.

• 가. 쟁점 1994.08.01 공동사업에 토지를 현물출자한데 대하여 양도소득세를 과세한 것이 소급과세금지원칙에 위배되는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 국세기본법 제18조 【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】 제2항에서 『국세를 납부할 의무가 성립한 소득ㆍ수익ㆍ재산행위 또는 거래에 대하여는 그 성립후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다』고 규정하고, 제3항에서 『세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다』라고 규정하고 있다. 구 소득세법(1994.12.22 법률 제4803호로 개정되기 전의 것) 제4조 【소득의 구분】 제3항에서 『“양도”라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도ㆍ교환·법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다』라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 청구인이 청구외 문○○와 체결한 동업계약서에 의하면 지분비율은 각자 출자한 토지를 사업개시일(1994.08.01) 현재의 공사지가로 산정한 금액의 비율인 청구인 52.1％, 문○○ 47.9％로 하고, 사업을 경영하면서 소요되는 자금의 투자 및 이익금의 배분을 위 지분비율로 한다고 약정하고 있으며, 청구인은 1996귀속 및 1997귀속 종합소득에 신고서 위 ○○빌라 분양에 대한 사업소득금액을 산정함에 있어서 토지가액은 청구인 등이 취득할 당시의 기준시가로 평가한 금액을 필요경비로 하고, 소득금액은 동업계약서에 명시된 지분비율(청구인 52.1％, 문○○ 47.9％)로 배분한 사실이 공동사업자별 소득금액 등 분배명세서에 의하여 확인되는 바, 공동사업으로 인한 청구인 등의 지분비율 변동은 없다고 하겠다. 공동사업에 토지를 출자한 경우에 양도소득세 및 사업소득의 소득금액 산정시 필요경비에 산입하는 토지가액에 대한 행정해석의 변경과정을 보면,

(1) 공동사업에 출자한 경우 양도에 해당하는지에 대하여 국세청은 『토지를 공동사업에 현물출자시 지분변동이 없으면 양도가 아니다(재일 46014-4390, 1993.12.10)』, 『붙어있는 두 필지 각각의 토지소유자 2인이 공동사업장에 그 토지를 현물출자시 자기지분 감소분은 양도소득세 과세대상이다(재일 46014-1300호, 1995.05.30)』라고 해석해 오다가, 1996.03.15 『공동사업을 위하여 현물출자하는 경우 현물출자자산 전체가 양도소득세 과세대상이다(재일 46014-707)』라고 해석을 변경하였으며, 재정경제부에서도 1996.10.08 공동사업을 위하여 토지를 현물출자한 경우 양도소득세 과세대상이라고 해석(재산 46014-328)하였다.

(2) 공동사업에 토지를 출자한 경우 필요경비에 산입할 토지가액에 대하여 국세청은 1996년도에 발행한 소득세법령 해석사례집에 『재건축조합의 일반분양수입금액에 대한 필요경비 중 토지가액은 조합원들의 당초 취득시의 토지가액으로 한다』는 예규(소득 46011-1041호, 1994.04.11)를 수록해 놓고 있으며, 『인접토지의 소유자들이 각자의 소유하던 토지를 공동으로 출자하여 연립주택을 신축분양하는 경우 구성원들이 당초 취득시의 토지가액 상당액을 필요경비로 한다(소득 46011-458, 1995.02.21) 라고 해석해 오다가, 1997.07.30 『토지출자자와 자금출자자가 공동으로 사업을 할 경우 필요경비에 산입할 토지가액은 출자당시의 시가로 평가한 가액으로 한다(소득 46011-2104)』고 해석을 변경하였다. 위와 같이 쟁점토지의 현물출자로 인한 양도소득세 및 종합소득세 성립일이 속하는 1994년도까지는 공동사업에 출자한 토지에 대하여 지분변동이 없으면 양도소득세 과세대상이 아니며, 사업소득금액 산정시 토지가액은 출자자 등이 당초 취득시의 토지가액으로 한다고 해석해 왔으며, 또한 통상적으로 위 예규대로 집행해 왔으므로 쟁점토지를 현물출자할 당시에는 공동사업에 토지를 출자하는 경우 양도소득세 과세대상이 아니라는 해석 및 관행이 일반적으로 납세자들에게 받아들여졌다고 할 것인 바, 납세의무 성립일 이후인 1996년도의 새로운 해석에 의하여 양도소득세를 과세한 소급과세금지원칙에 위배(같은 뜻 심사 양도 99-291, 1999.10.08)되어 취소되어야 한다고 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.