신고한 실지거래가액을 부인하고 기준시가로 과세여부

1. ○○세무서장이 청구인(이○○, 하○○)에게 1999.05.10 결정고지한 1997년 과세연도 양도소득세 27,688,020원(이○○ 13,939,530원, 하○○ 13,748,490원)의 부과처분은, 이 건 과세대상 부동산 중 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 291㎡, 같은 곳 ○○번지 15㎡, 같은 곳 ○○번지 119㎡의 양도차익을 실지거래가액(청구인 각각 2분지 1지분)에 의하여 산정하여 경정합니다.

2. 나머지 청구는 기각합니다.

청구인(이○○, 하○○)은 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 전 400㎡와 같은 곳 ○○번지 전 159㎡, 합계 559㎡(이하 “쟁점토지”라고함)를 각각 2분지 1의 소유지분으로 1993.01.12 청구외 천○○으로부터 매매를 원인으로 취득하고, 같은 곳 ○○번지 대지 119㎡, 건물 48.4㎡(이하 “쟁점1부동산”이라함)를 토지ㆍ건물가액 구분없이 일괄하여 각각 2분지 1의 소유지분으로 1994.09.12 청구외 임○으로부터 취득하여 옛 건물을 멸실하고 위 지상에 234.58㎡(이하 “신축건물”이라함)의 건물을 1996.10.07 신축한 후 분할과 합병을 거쳐, 같은 곳 ○○번지 전 291㎡, 같은 곳 ○○번지 도로 15㎡, 같은 곳 ○○번지 대지 119㎡, 건물 234.58㎡(이하 “쟁점부동산”이라함)를 토지ㆍ건물가액 구분없이 일괄하여 청구외 정○○에게 매매를 원인으로 1997.05.15 양도하고, 각각 실지거래가액으로 양도차익 △5,568,149원을 산정하여 1997.05.23 양도소득세 과세표준 확정신고서를 제출하였다. 처분청은 쟁점부동산의 취득가액이 불분명하다고 보아 공정과세협의회의 자문을 거쳐 청구인이 신고한 시지거래가액을 부인하고 기준시가에 의거 양도차익을 산정하여 1997년 과세연도 양도소득세 27,688,020원(하○○ 13,748,490원, 이○○ 13,939,530원)을 1999.05.10 청구인에게 각각 결정 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.07.19 이의신청을 거쳐 1999.11.01 이 건 심사청구하였다

쟁점토지의 취득가액에 대하여 전소유자 청구외 천○○의 각서, 이종산촌 동생 청구외 천○○, 외사촌 동생 박○○의 자필 확인서, 청구인 중 이○○이 대금결제시 인출한 출금원장에 의하여 실지 취득가액이 확인되며, 신축건물의 취득가액은 소득세법 제100조 제2항 에 의거 기준시가에 비례하여 안분계산하여 실지거래가액을 확인할 수 있으며, 청구외 천○○의 각서에 기재된 주민등록번호가 실지 생년월일과 상이하게 기재된 것은 토지거래계약 신고필증과 구 토지대장에 잘못 등재된 것을 부동산 중개인이 잘못 기재하였으며, 청구외 천○○이 이를 모르고 서명날인한 것으로 이는 필체에서도 확인되는 등 쟁점토지의 실지 취득가액이 확인되므로 당초 실지거래가액으로 신고한 청구인이 양도차익을 부인하고 기준시가를 적용하여 결정한 당초 처분은 부당하다.

청구인이 제시하는 쟁점토지의 부동산 매매계약서를 보면 양도가액 250,100천원을 계약서 일시불로 지불한 것으로 되어 있는데, 이는 검인계약서의 계약일자, 대금결제 방법과 서로 다르고, 재외국민인 청구외 천○○에게 매매계약과 동시에 일시불로 고액을 지불하였다고 주장하다 대금지불 방법이나 수단에 대한 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있으며, 청구외 천○○이 양도가액을 일본으로 송금한 사실도 제시하지 못하는 점을 모아보면 취득가액을 일시불로 지불하였다는 쟁점토지의 부동산 매매계약서는 허위 계약서임이 분명하므로 공정과세협의회의 자문을 거쳐 청구인의 실지거래가액 신고를 부인하고 기준시가로 양도차익을 산정하여 결정한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점부동산의 취득가액이 증빙에 의하여 확인되는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】 제1호에서 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득을 양도소득으로 규정하고, 같은 법 제99조 【기준시가의 산정】 제1항 제1호에서 「제100조에 규정하는 기준시가는 다음 각목에서 정하는 바에 의한다.
• 가. 토지는 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가. 다만, (이하생략)
• 나. 건물은 다목의 경우를 제외하고는 대통령령이 정하는 과세시가표준액에 의한 가액」으로 규정하고, 같은 법 제100조 【양도차익의 산정】 제1항에서 양도차익을 산정함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나를 실지거래가액에 의하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여야 하고, 어느 하나를 기준시가에 의하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우로서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나만의 실지거래가액을 확인할 수 있는 때에는 실지거래가액을 확인할 수 있는 것은 실지거래가액에 의하여야 하고, 실지거래가액을 확인할 수 없는 다른 하나는 대통령령이 정하는 방벙에 의하여 환산한 가액에 의하여야 한다고 규정하고, 같은 조 제2항에서 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되, 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다고 규정하고, 같은 법 시행령 제166조 【양도차익의 산정】 제1항에서 법 제100조 제1항 단서에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 제3항 각호 및 제157조 제5항에 규정된 자산을 양도하는 경우 또는 제4항 각호의 1(제3호의 경우에는 상속 또는 증여받은 자산의 경우에 한한다)의 경우를 말한다고 규정하고, 같은 조 제4항 제3호에서 양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에세 신고하는 경우라고 규정하고, 같은 조 제5항에서 제4항의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제6항의 자문을 거쳐 실지거래가액의 적용대상에서 제외할 수 있다고 규정하고, 그 제2호에서 제4항 제3호의 경우 신고한 실지거래가액이 거래증빙 등에 의하여 확인되지 아니하는 경우라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 1993.01.12 청구외 천○○한 쟁점토지(전559㎡)중 214㎡는 1993.09.08 공공용지로 ○○시에 수용되고, 39㎡는 1996.12.27 분할되었으며, 1994.09.12 청구외 임○○으로부터 취득한 쟁점1부동산(대지 119㎡, 건물 48.4㎡)중 건물을 멸실하고 1996.10.07 건물 234.58㎡를 신축하여, 쟁점토지 중 306㎡(같은 곳 ○○번지 291㎡, 같은 곳 ○○번지 15㎡)와 쟁점1부동산 대지 119㎡ 및 신축건물 234.58㎡를 1997.05.15 청구외 정○○에게 토지ㆍ건물가액 구분없이 일괄하여 양도한 사실이 등기부등본, 토지대장, 이의신청 결정문 등에 의하여 확인된다.

(2) 청구인은 부동산 매매계약서, 청구외 천○○의 각서, 청구외 천○○, 청구외 박○○의 매매사실확인서 등을 첨부하여 각 지분(1/2)에 대하여 실지거래가액 [양도가액 125,000천원, 취득가액 119,097천원, 필요경비 11,470천원]으로 양도차익을 산정하여 1997.05.23 양도소득세 과세표준 확정신고서를 처분청에 제출하였으나, 처분청은 청구인이 신고한 실지거래가액 중 청구외 정○○에게 양도한 양도가액 250,000천원과 청구외 임○○으로부터 취득한 쟁점1부동산의 취득가액 108,000천원은 실지거래가액으로 인정되나, 쟁점토지의 경우 당초 취득가액 250,100천원이 불분명할 뿐 아니라 일부가 ○○시에 수용되어 이 건 양도는 부분양도로서 당초 취득가액을 안분계산하여야 하나 취득가액 안분계산 근거도 불분명하며, 신축건물의 경우 신축관련 공사비 등 증빙서류가 첨부되지 아니하여 건물 취득가액도 증빙서류에 의하여 확인되지 아니한다고 보아 공정과세협의회의 자문을 거쳐 청구인이 신고한 쟁점부동산의 실지거래가액을 부인하고 쟁점부동산 전체를 기준시가에 의거 양도차익을 산정하여 이 건 과세하였음이 조사복명서, 결정결의서 등 관계 증빙서류에 의하여 확인된다.

(3) 이 건의 쟁점은 토지ㆍ건물의 양도차익을 각 자산별로 구분하여 기준시가 또는 실지거래가액으로 산정할 수 있는지의 여부와, 쟁점토지 및 신축건물의 취득가액이 증빙서류에 의하여 확인되는지 여부를 가리는데 있는 바, 첫째, 토지 등의 양도차익 산정방법에 대하여 전시한 법령을 모아보면, 토지ㆍ건물 등의 양도차익 산정은 각 자산별로 산정하되 원칙적으로 기준시가에 의하고, 양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하나, 이 경우에도 신고한 실지거래가액이 거래증빙 등에 의하여 확인되지 아니하는 경우에는 공정과세협의회의 자문을 거쳐 취득 및 양도가액 모두를 기준시가에 의하여 산정하는 것이며, 양도자가 토지와 건물 등 수개의 부동산을 일괄거래한 경우에 전체의 실지거래가액은 확인되지만 각각의 실지거래가액에 대한 구분이 불가능한 때에는 소득세법 제100조 제2항 의 규정에 의하여 양도자산별 기준시가에 비례하여 안분계산하는 방법으로 각각의 실지거래가액을 계산하는 것임을 알 수 있다. 둘째, 쟁점부동산을 토지ㆍ건물가액 구분없이 일괄하여 청구외 정○○에게 1997.05.15 250,000천원에 양도한 사실과 쟁점1부동산(대지 119㎡, 건물 48.4㎡)을 토지ㆍ건물가액 구분없이 일괄하여 청구외 임○○으로부터 108,000천원에 취득한 사실에 대하여는 청구인과 처분청 사이에 실지거래가액이 확인되는 것으로 인정하여 서로 다툼이 없으나, 쟁점토지와 신축건물의 취득가액에 대하여는 서로 다툼이 있어 이를 살펴보면,

① 쟁점토지(559㎡)의 경우, 청구인은 부동산 매매계약서, 전소유자 청구외 천○○의 각서, 청구외 천○○, 청구외 박○○의 매매사실확인서(인감증명서 첨부), 청구인 중 이○○이 대금결제시 인출한 출금원장에 의하여 실지 취득가액 250,100천원이 확인된다고 주장하여 이를 살펴보면, 부동산 매매계약서의 경우, 쟁점토지의 총 매매가액 250,100천원을 계약당일(1992.12.30) 지불하고, 특약사항 1)항에 “소유권 이전에 필요한 검인계약서는 토지거래 계약신고필증과 같이 현 정부 공시지가대로 금액 작성한다”고 약정하였는데, 실지로 소유권 이전등기시 작성한 검인계약서(같은 곳 ○○번지 전 400㎡)를 보면 그 대금이 144,000천원으로 표시되어 있고 이는 1992.12.30 ○○시장이 교부한 토지 등 거래계약 신고필증(제96호)에 표시된 예정금액 144,000천원, 개별공시지가 144,400천원과 일치(400천원은 오기로 판단됨)하고, 계약서에 날인한 청구외 천○○의 인장은 인감임이 ○○도 ○○시 ○○면장의 확인서(1999.08.06)에 의하여 확인되며, 쟁점토지의 개별공시지가를 보면, 같은 곳 ○○번지 400㎡는 144,400천원(ⓐ 1992년 361천원), 같은 곳 ○○번지 159㎡는 60,420천원(ⓐ 1992년 380천원) 합계 204,820천원으로 청구인이 주장하는 취득가액 250,100천원은 개별공시지가 대비 122%이고, 이 중 214㎡가 1993.09.08 ○○시에 공공용지로 수용됨에 따라 보상금111,170천원(청구인 각각 55,585천원)을 수령하였는데 이는 ㎡당 519천원이며, 청구인이 주장하는 취득가액 250,100천원(1992.12.30 취득, 면적 559㎡)은 ㎡당 447천원임을 알 수 있는 바, 통상 부동산의 경우 실지거래가액이 개별공시지가보다는 높게 형성되는 것이 현실인 점과, ㎡당 보상가액과 취득가액이 시간 경과(취득일부터 약 8개월)을 감안하면 서로 비슷한 점으로 보아 청구인이 주장하는 취득가액이 특별히 시가를 초과하였다고는 보여지지 아니하며, 청구인이 제시한 전소유자 청구외 천○○의 각서를 보면 청구외 천○○은 쟁점토지의 매매대금 전액을 수령하였다고 1992.12.30 인정한 사실을 알 수 있고, 생년월일이 1931.05.25임에도 주민등로번호가 “000000-0000000”으로 표시되어 있어 청우외 천○○이 위 각서에 직접 서명날인 하였는지 여부가 불분명하다고 하나, 이는 토지대장 및 토지거래 계약신고필증에 청구외 천○○의 주민등록번호가 잘못 기재된 것을 부동산 중개인이 이를 믿고 작성하였고, 청구외 천○○은 이를 확인하지 아니하고 단지 이에 서명(서명한 필체와 내용의 필체가 상이함) 날인한 것이라는 청구주장은 위 토지대장 등에 실지 청구외 천○○의 주민등록번호가 잘못 기재된 점이 확인되므로 신빙성이 있어 보이고, 청구외 천○○의 외사촌 동생으로 이 건 매매 당시 입회하였기 때문에 당시 현황을 알고 있다면서 사실확인서를 제출한 청구외 박○○에게 사실확인서 작성 경위를 전화(2000.01.21)로 문의한 바, “본인은 이 건 매매계약 당시 현장에 입회하였으며, 정확한 매매가액은 기억이 없으나 청구인이 제시하는 이 건 부동산 매매계약서를 보니 그 당시의 계약서임을 알 수 있어 확인서에 서명날인하였으며, 이 후 청구외 천○○은 많은 현금을 소지하고 김해공항을 통하여 일본으로 돌아가려는 중 공항에서 현금과다소지가 문제가 되어 당일 출국하지 못하고 일부 현금을 친척들에게 나누어 준 사실이 있었으며, 청구외 천○○은 약 5~^년전에 일본에서 사망하였다”고 구체적으로 확인하는 점과, 청구외 천○○은 청구인이 이 건 양도당시(1997.05.15)이전인 약 5~6년 전(약 1995년경)에 사망한 점을 감안하면 위 부동산 매매계약서는 1995년 이전에 작성되었으며 청구인의 양도소득세 부담을 감안하여 청구인의 양도시점(1997.05.15)을 전후하여 소급작성된 것으로는 보여지지 아니하며, 청구인이 제시한 부동산 매매계약서, 각서, 매매사실확인서 등의 원본을 보면 위 서류의 보관상태, 저질 등으로 보아 최근에 작성한 것으로 보여지지 아니하는 점 등을 모아보면, 위 부동산 매매계약서는 실지 계약서로 인정되고, 따라서 쟁점토지의 취득가액이 250,100천원으로 인정됨에도, 단지 취득시 결제대금 중 일부만이 금융자료에 의하여 확인되고 나머지는 확인되지 아니한다는 사유로 다른 입증서류에 대하여 구체적인 확인없이 이를 배척하여 쟁점토지으 취득가액이 증빙에 의하여 확인되지 아니한 것으로 본 것은 잘못이라고 판단된다.

② 신축건물의 경우, 청구인은 신축건물의 취득가액을 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】제2항에 의거 기준시가에 비례하여 안분계산할 수 있다고 주장하나, 소득세법 제100조 제2항 의 안분계산 규정은 토지ㆍ건물 등의 양도차익은 각 자산별로 산정하여야 하므로 실지거래가액에 의하여 양도소득금액을 산정하는 경우, 토지와 건물 등 수개의 부동산을 일괄거래한 경우에 전체의 실지거래가액은 확인되지만 각각의 실지거래가액에 대한 구분이 불가능한 때에 양도자산별 기준시가에 비례하여 각각의 실지거래가액을 계산하는 것을 규정한 것이므로, 이 건과 같이 신축한 건물의 취득가액을 기준시가에 비례하여 실지거래가액을 계산하는 것은 아니며, 이 건과 같은 신축건물의 실지거래가액은 신축에 따른 원재료비ㆍ노무비ㆍ운임 등 경비 및 기타부대비용의 합계액을 뜻하는 것인 바 청구인은 이에 대한 증빙서류를 제시하지 못하고 있어 신축건물의 취득가액은 증빙에 의하여 확인되지 아니한다 할 것이다.

(3) 위의 사실관계와 관계법령을 모아보면, 청구인은 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액에 의하여 양도차익을 납세지 관할세무서장에게 신고하였으며, 위에서 살펴본 바와 같이 쟁점부동산(전 291㎡, 도로 15㎡, 대지 119㎡. 건물 234.58㎡)은 토지ㆍ건물 구분없이 일괄 양도한 양도가액 250,000천원과, 취득가액 중 청구외 임○○으로부터 토지ㆍ건물 구분없이 일괄 취득한 쟁점1부동산(대지 119㎡, 건물 48.4㎡)의 취득가액 108,000천원, 취득가액 중 청구외 천○○으로부터 취득한 토지(수용 214㎡와 분할 39㎡를 포함한 559㎡)의 취득가액 250,100천원은 실지거래가액이 확인되나, 신축건물(234.58㎡)의 취득가액은 증비에 의하여 확인되지 아니함을 알 수 있다. 그렇다면, 토지와 건물은 별개의 부동산으로서 각각 양도소득세 부과처분의 대상이 되고, 토지와 건물을 함께 취득하거나 양도하더라도 각각 별개의 방법에 의하여 그 양도차익을 산정할 수 있는 것으로 반드시 동일한 기준에 의하여 그 양도차익을 산정하여야 하는 것은 아니라고 할 것이며(대법97누 11829, 1997.12.26), 일괄양도하는 자산이 토지와 건물로 그 가액의 구분이 불분명한 경우에는 취득 또는 양도당시의 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분계산하는 것이므로(재일46014-663, 1999.04.30) 각 자산별로 취득 및 양도당시의 실지거래가액이 모두 확인되는 자산은 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하고, 어느 하나라도 실지거래가액이 확인되지 아니하는 자산을 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하되, 일괄 취득 또는 양도함으로써 토지와 건물 가액의 구분이 불분명한 경우에는 취득 또는 양도당시의 기준시가에 의하여 안분계산하는 것임을 알 수 있는 바, 이 건의 경우 토지의 양도차익은,

① 실지거래가액이 확인된 쟁점부동산(전 291㎡, 도로 15㎡. 대지119㎡, 건물234.58㎡) 양도가액(250,000천원)은 양도당시의 토지ㆍ건물의 기준시가에 의하여 안분계산하여 같은 곳 ○○번지 291㎡, 같은 곳 ○○번지 15㎡, 같은 곳 ○○번지 119㎡의 각 필지별 토지 실지 양도가액을 산정하고,

② 취득가액은 실지거래가액이 확인된 쟁점토지(559㎡)중 양도면적(306㎡)에 대응하는 토지의 취득가액은 전체 취득가액(250,100천원)을 면적비례에 의하여 전 291㎡, 도로 15㎡(취득당시는 전이었음)의 실지 취득가액을 산정하고, 쟁점1부동산(대지 119㎡, 건물 48.4㎡)은 취득당시의 토지ㆍ건물의 기준시가에 의하여 안분계산하여 대지 119㎡의 실지 취득가액을 산정하여 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하고, 건물(234.5㎡)의 경우, 양도가액은 실지거래가액이 확인되나 취득가액이 증빙에 의하여 확인되지 아니하므로 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여야 함에도, 토지ㆍ건물 모두 기준시가에 의하여 양도차익을 산정한 당초 처분청의 이 건 과세처분은 잘못이라고 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.