토지양도시 장기보유특별공제 적용여부

○○세무서장이 1999.03.13 청구인에게 결정고지한 1993년 귀속분 양도소득세 41,226,100원은

1. ○○광역시 ○○구 ○○동 ○○번지의 대지 1,426㎡를 장기보유특별공제대상이 되는 토지로 보아 장기보유특별공제를 적용하여 이를 경정하고,

2. 나머지 청구는 기각한다.

청구인은 1986.12.18 취득한 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지의 대지 1,426㎡(이하 “쟁점토지” 라 한다)와 1990.02.28 취득한 같은동 ○○번지의 대지 3,919㎡(이하 “쟁점토지” 라 한다)를 1993.12.28 청구외 주식회사 ○○에게 양도하고 쟁점 1토지에 대하여 장기보유특별공제를 적용하여 1994.01월 자산양도차익 예정신고를 하였다. 처분청은 쟁점1토지를 나대지로 보아 장기보유특별공제를 배제하여 양도소득세 41,226,100원을 1999.03.13 결정고지하였다. 청구인들은 이에 불복하여 1999.06.04 심사청구를 제기하였다.

쟁점1토지 및 쟁점2토지는 토지초과이득세가 과세되지 아니한 건축물의 소재하고 있었던 토지로서 장기보유특별공제를 배제함은 부당하다.

쟁점1,2토지는 지가상승율이 전국평균상승율에 미달하여 토지초과이득세가 과세되지 아니하였을 뿐 쟁점1토지는 양도당시 건축물이 없었음이 매매계약서에 의해 인정되고, 쟁점2토지는 보유기간이 5년 미만으로 장기보유특별공제 대상에서 제외되므로 장기보유특별공제를 배제한 당초 결정은 정당핟.

• 가. 쟁점 처분청이 쟁점1,2토지에 대한 장기보유특별공제를 부인하고 양도소득세를 과세한 처분이 정당한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 이 건 양도 당시 소득세법 제23조 제2항 에는 “양도소득금액은 당해 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 ‘양도가액’ 이라 한다)에서 제45조의 규정에 의한 필요경비를 공제한 금액(이하 ‘양도차익’ 이라 한다)에서 다시 다음 각호의 금액을 순차로 공제한 금액으로 한다. 다만, 제1항 제1호 및 제2호에 규정하는 자산으로서 그 자산의 보유기간이 2년 미만인 것과 제70조 제7항에 규정하는 미등기 양도자산에 대하여는 다음 각호의 금액을 공제하지 아니한 금액으로 한다”로 규정하고, 그 제2호에서 “제1항 제1호에 규정하는 자산(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 5년 이상인 것에 대하여는 다음 각목의 구분에 따라 계산한 금액(이하 ‘장기보유특별공제액’이라 한다-이하 생략)”이라 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제46조의3【장기보유특별공제 대상에서 제외되는 토지】에서는 “법 제23조 제2항 제2호에서 ‘대통령령이 정하는 토지’라 함은 나대지(재무부령이 정하는 무허가건축물이 정착되어 있는 것을 포함한다)와 건축물에 부수되는 토지로서 당해 건축물의 바닥면적에 제15조 제9항의 규정에 의한 배율을 곱하여 산정한 면적(당해 건축물의 연면적을 건축법에 의한 당해 지역의 용적율로 나눈 면적의 100분의 120에 해당하는 면적이 제15조 제9항의 규정에 의한 배율을 곱하여 산정한 면적보다 클 때에는 이를 기준으로 한 면적)을 초과하는 경우의 그 초과하는 부분의 토지를 말한다. 다만, 양도일 현재 토지초과이득세법 제8조 의 규정에 의한 유휴토지 등에 해당하지 아니하는 토지는 그러하지 아니하다.”고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 위 관계법령에서 살핀바와 같이 양도소득금액을 산정함에 있어서 장기보유특별공제대상에서 제외되는 구 소득세법 시행령(1994.12.31 대통령령 제14467호로 전문 개정되기 이전의 것) 제46조의3 소정의 “나대지”라 함은 공부상의 지목과 관계없이 실질적으로 건축이 가능한 토지로서 건축물이 정착되지 아니한 토지를 가리키고(대법94누15806, 1995.04.11, 대법96누19765, 1997.04.11), 이러한 나대지에 해당하는지 여부는 양도 당시를 기준으로 필지단위별로 판단하여야 하는 것(대법92누4291, 1992.06.26, 대법92누19613, 1993.07.27)이며, 장기보유특별공제의 대상에서 제외되는 토지는 양도일 현재 나대지 이거나 건축물에 부수되는 토지로서 당해 건축물의 바닥면적에 일정한 배율로 곱하여 산정한 면적을 초과하는 부분의 토지일 뿐만 아니라 토지초과이득세법 제8조 의 규정에 의한 유휴토지 등에 해당하여야 할 것이므로 쟁점1,2토지가 이에 해당하는지를 살펴본다.

(1) 쟁점1토지에 대하여 살펴보면, 청구인은 쟁점1토지를 양도한 후 1994.01월 장기보유특별공제를 적용한 양도소득세 신고를 하였으며, 처분청은 쟁점1토지의 양도당시 공부상 건축물이 없고 매매계약서에 건축물이 기재되지 않은 점을 이유로 청구인이 신고한 장기보유특별공제를 배제하고 이건 양도소득세를 과세하자 청구인은 쟁점1토지상에 건축물이 소재하고 있었고, 당초 같은동 ○○번지의 토지였으나 연접한 타인들 소유의 담장이 설치되어 있어 양도 및 소송상의 필요에 의해 분할하여 양도한 토지이므로 장기보유특별공제를 배제한 처분은 부당하다는 주장이므로 제시된 심리자료(등기분 등본, 토지대장, 사업자등록증 사본, ○○지방법원의 판결문-91가단 19217,199206.04, 지적도, 매매계약서 등)에 의하여 이를 살펴보면, 청구인은 1977.02.20부터 『○○전자공업사』라는 상호로 제조업을 영위하는 사업자로 1986.12.18 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대지 2,684㎡ 및 위 지상 공장건물2동과 수위실 1동 236.03평(780.26㎡)을 취득한 후 1993.11.15 ○○시 ○○구 ○○동 ○○공단으로 세적을 이전할 때까지 계속하여 제조업을 영위한 사실, 1992.09.24 위 토지중 1,517㎡는 쟁점1토지로 분할되었고 위 지상건물은 지번정정은 없었으나, 1993.06.07 교부된 사업자등록증상 사업장소재지가 ○○시 ○○구 ○○동 ○○로 기재된 사실, 쟁점1토지의 분할 1개월만인 1992.10월 건설업체인 주식회사 청구에게 쟁점1토지 1,517㎡, 쟁점2토지 3,919㎡ 및 같은동 ○○번지의 토지 1,220㎡ 합계 6,656㎡를 일괄하여 양도하는 매매계약을 체결하였고, 1993.12.15 당초 계약면적보다 91㎡가 줄어든 약정서를 작성한 사실 및 ○○지방법원판결문(91가단19217,1992.06.04)및 화해조서에 의하여 1993.12.28 쟁점1토지중 91㎡를 같은동 ○○번지 내지 ○○번지로 분할하여 청구외 이○○, 김○○, 정○○에게 이전등기한 사실등이 확인된다. 위 관계법령 및 확인되는 사실을 종합하여 판단하여 보면 쟁점토지 및 같은 동 ○○번지의 토지는 적어도 건물이 신축된 1972.10.30부터 분할되기 전까지는 전체가 청구인의 사업용 공장건물에 부속된 1필의 토지였으며, 분할 후에 위 공장 건물이 2필지에 나뉘어 소재하고 있었는지는 분명하지 아니하나 1993.11.05 청구인이 사업장을 ○○시 ○○구 ○○동 ○○공단으로 이전할 때까지는 사업자등록증상 청구인의 사업장 소재지가 쟁점1토지 소재지인 ○○시 ○○구 ○○동 ○○로 기재되어 있는 점을 미루어 볼 때 쟁점1토지 및 같은동 ○○번지의 토지는 사실상 1필의 토지로서 청구인의 사업용 공장건물의 부수토지로 사용되었음이 인정되고, 청구외 주식회사 ○○에게 쟁점1토지 및 같은동 ○○번지의 토지를 일괄하여 양도한 사실 등을 종합해 볼 때 위 토지들은 비록 지번이 상이한 2필의 토지라 GEKJ라도 토지 전체를 1필의 토지로 보아 장기보유특별공제 대상토지의 범위를 정하는 것이 타당하다고 판단된다. 그렇다면, 위 토지면적은 2,646㎡로서 건축물의 바닥면적 780.26㎡의 5배의 배율을 적용한 기준면적 3,901.3㎡ 내의 토지이므로 전체면적이 장기보유특별공제 대상에 해당된다.

(2) 쟁점2토지에 대하여 살피면, 관련공부(등기부 등본, 토지대장등)에 의하면 쟁점2토지는 청구인이 1990.02.28 청구외 주식회사○○로부터 취득하여 3년 10개월 보유하다가 1993.12.28 청구외 주식회시 ○○에게 양도하였음이 확인되고 이에 대하여는 처분청과 청구인간에 서로 다툼이 없는 사실이다. 그렇다면 쟁점2토지는 위 관계법령에서 규정하는 장기보유특별공제대상이 되는 보유기간 5년 이상의 조건을 충족하지 못하므로 공제대상이 되는 토지가 될 수 없다.

이상과 같이 심리한 바 이건 심사청구는 청구주장이 일부 이유가 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호 규정에 따라 주문과 같이 결정합니다.