양도당시 등기이전하지 못하고 추후 형식상의 매매절차를 갖춘 경우 토지의 양도시기

○○세무서장이 99.03.03. 청구인에게 결정 고지한 98과세연도 양도소득세 249,965,710원은 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지 전 3,425㎡와 동소 666-2 전1,954㎡의 잔금청산일이 1989.12.13.로서 이 건 국세의부과제척기간이 경과하였으므로 그 부과처분을 취소한다.

청구인이 1981.08.06. 취득한 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지 전 3,425㎡와 동소 666-2 전 1,954㎡(이하“쟁점 토지”라 한다)를 양도하고 양도일을 1989.12.13.로 보아 양도소득세 부과제척기간이 경과하였다고 하여 양도소득세를 신고납부하지 아니한데 대하여 처분청은 쟁점토지의 양도일을 검인계약서의 잔금약정일인 1998.06.01.로 보고 양도차익을 기준시가로 산정하여 1999.03.03. 98과세연도 양도소득세 249,965,710원을 결정 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.05.28 이 건 심사청구를 제기하였다.

쟁점 토지를 포함한 10필지의 토지를 1989.12.13. 청구 외 공○○(이하 “매수인”이라 한다)에게 양도하고 쟁점 토지를 제외한 나머지 8필지 토지는 등기 이전하였으나 쟁점 토지는 농지에 해당하여 매수인이 농지소재지에 거주하고 있지 아니하였으므로 양도당시등기이전하지 못하고 소유권이전청구권 가등기만 하였던 것이며, 매매계약서와 금융기관에 의한 대금수수사실 및 잔금수령영수증에 의하여 실지 양도일이 확인되고 있고, 또한 쟁점토지에 대한 1996년과 1997년도 분 종합토지세 납부사실로 보아도 쟁점 토지가 매수인 소유임을 알 수 있으나 처분청이 이를 인정하지 아니하고 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.

청구인이 주장하는 잔금청산일이 1989.12.13은 50,000,000원에 대한 영수증사본 외에는 달리 잔금내역과 잔금청산 일을 확인할 증빙이 없고, 청구인이 제시한 농지원부에 쟁점 토지는 청구인 소유로 자경한 것이 확인되는 바, 양도시기를 검인계약서와 잔금약정일인 1998.06.01로 보고 양도소득세를 결정 고지한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지의 양도에 대한 잔금청산 일을 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 소득세법 제98조 (구 소득세 법 제27조) 【양도 또는 취득의 시기】에서 『자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.』라고 규정하고 있고 같은 법 시행령 제98조(구 소득세법시행령 제53조) 【양도 또는 취득의 시기】에서 제1항 『법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도 시기는 다음 각 호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 않은 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일. 다만, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수 일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다.

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부에 기재된 등기접수일』 이라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 사실관계를 살펴본다. 청구인이 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지 임야 1,147㎡외 9필지를 【표】와 같이 양도한 사실이 등기부등본에 의하여 확인된다. 【표】 번호 소재지 지목 면적 취득일 청구주장양도일 등기부상양도일 매수인 비고 1

○○구○○면○○리○○-○○ 전 3,425 81.08.06 89.12.13 98.06.26 공○○ 쟁점토지 2 〃

○○-○○ 전 1,954 〃 〃 〃 〃 3 〃

○○-○○ 임야 1,147 〃 〃 〃 4 〃

○○-○○ 하천 4,089 80.04.24 〃 〃 〃 5 〃

○○-○○ 하천 6,261 〃 〃 〃 〃 6 〃

○○-○○ 임야 6,962 〃 〃 〃 〃 7 〃

○○-○○ 유지 1,514 〃 〃 〃 〃 8 〃

○○-○○ 유지 2,522 〃 〃 〃 〃 9 〃

○○-○○ 하천 797 〃 〃 〃 〃 10 〃

○○-○○ 임야 8,267 〃 〃 〃 〃 청구인은 쟁점토지의 양도에 대하여 양도소득세를 신고납부하지 아니하였고 처분청은 쟁점토지의 양도일을 검인계약서의 잔금 약정일인 98.06.01.로 보고양도차익을 기준시가로 산정하여 양도소득세를 결정 고지하였음이 결의서에 의하여 확인된다. 청구인은 위 청구주장과 같이 1989.12.13 쟁점 토지를 양도하였으나 등기이전하지 못하고 있다가 부동산실명제 적용시한이 임박한 1998.06.26. 형식상의 매매절차를 갖추어 등기 이전한 것일 뿐 실지양도는 1989년에 이루어졌으므로 이 건 국세부과제척기간이 경과된 것 이라고 주장하고 있다. 청구주장과 사실관계를 종합하여 심리 판단한다. 첫째, 전시한 법령에 의하면, 자산의 양도 시기는 대금을 청산한 날이라고 규정하고 있는 바, 대금수수사실의 경우, 양도대금총액1,350,000,000원 중 계약금과 중도금을 포함한 1,223,000,000원을 89.07.20부터 89.11.13까지 매수인이 수표를 발행하여 지급하고, 청구인이 이를 수령하여 청구인의 계좌에 입금된 사실이 ○○신탁 ○○역 지점과 ○○은행○○동지점의 확인서에 의하여 양도대금 대부분이 금융기관자료에 의하여 대금수수사실이 확인되고 있고, 둘째, 잔금청산의 경우, 처분청은 쟁점토지의 잔금을 청산한 날이 불분명하다 하여 잔금청산 일을 검인계약서의 잔금약정일인 1998.06.01.로 조사하였으나 89.07.19. 쟁점토지에 대한 매매계약이후 대금의 대부분이 지급된 상태에서 소유권분쟁 등 특수한 사유 없이 1998년까지 지급하지 아니하였다는 것은 사회통념과도 부합되지 아니하므로 청구인이 잔금이라고 주장하는 1989.12.13자영수증은 신빙성이 있어 보인다. 셋째, 청구인이 1989.07.05. 체결한 매매계약서에 쟁점 토지를 포함한 10필지를 양도한 후 쟁점 토지를 제외한 8필지는 1989.11.18. 소유권이전등기하고, 쟁점 토지는 매매예약에 의한 소유권이전 청구권 가등기하였음을 볼 때, 등기이전이 가능한 임야, 하천, 유지 등은 소유권이전등기 하였으나 쟁점토지인 농지는 매수인이 농지소재지에 일정기간 거주하지 못하여 등기이전을 할 수 없기 때문에 소유권을 담보하기 위하여 가등기한 것일 뿐 다른 이유가 없다고 보여지므로 이때에 쟁점 토지 외 다른 8필지 토지와 함께 양도되었다고 판단된다. 넷째, 쟁점토지에 대한 96, 97년도 분 종합토지세 납부영수증을 확인한 바, 납부 장소인 ○○중앙회 ○○동 지점은 실지매수자인 공○○가 대표이사로 재직 중인 청구 외 ○○주식회사가 소재하는 ○○구 ○○동 ○○번지내의 건물에 있는 금융기관임을 볼 때 ○○시 ○○구 ○○동에서 거주하는 청구인이 종합토지세를 납부하였다기보다는 쟁점토지소유자가 청구인으로부터 고지서를 전달받고 납부하였다고 보는 것이 타당하다 하겠다. 위 사실을 종합하여 보면, 청구인은 쟁점 토지를 포함하여 10필지를 매수인인 공○○에게 【표】와 같이 매매하고 대금을 수수한 사실이 확인되므로 잔금청산일인 1989.12.13을 양도시기로 보게 되어 이 건 양도소득세는 부과일 현재 부과제척기간이 경과한 것으로서 처분청이 1998.06.01.을 양도시기로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 잘못되었다고 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.