공장을 지방으로 이전함에 있어 공장의 일부를 먼저 양도시 적용할 감면비율

○○세무서장이 1999.02.03 청구인에게 결정고지하였다가 이의신청결정에 따라 1999.04.28 감액경정한 1994년 과세연도 양도소득세 37,900,830원 및 1995년 과세연도 양도소득세 454,897,140원의 부과처분은,신공장(○○시 ○○면 ○○리 ○○번지)의 가액이 구공장(○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 6필지)의 가액에서 차지하는 비율을 감면비율로하여 양도소득세를 감면하되, 구공장가액은 "신공장이전일인 1996.03.08 현재 구공장 중 양도가 완료된 공장용지 7,989㎡ 및 공장건물ㆍ기계장치의 실지양도가액(5,069,354,005원) 양도되지 아니한 공장용지 5,012㎡의 장부가액의합계액"으로 하여, 그 세액을 경정한다.

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지의 6필지 공장용지 13,001㎡ 석재제조 공장(이하 "구공장"이라 한다)을 운영하다1994.11.08∼1995.12.30에 ○○시 동부교육청 등에 공장용지 7,989㎡9이하 "쟁점①토지"라 한다)와공장건물ㆍ기계를 양도한후, 1996.03.08 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지에 새로운 공장(이하 "신공장"이라 한다)을 준공하여 이전하고, 구공장용지의 잔여토지 중 948㎡(이하 "쟁점②토지"라 한다)를 1996.07.09 및 1997.04.09 ○○시 ○○구청에 양도하였으며, 구 조세감면규제법(1993.12.31 개정 전의 것) 제42조【공장양도차익에 대한 법인세 등의 감면】의 규정에의하여 양도소득세 감면(이하 "공장이전 감면"이라 한다)을 신청하였다. 처분청은 청구인이 구공장을 분할 양도한 것으로 보아 구 조세감면규제법 제42조 규정에 의한 감면을 배제하고, 공공사업용토지 등에대한 양도소득세 감면규정을 적용하여 199.02.03 청구인에게 1994년 과세연도 양도소득세 53,891,270원, 1995년 과세연도 양도소득세 990,031,950원, 1996년 과세연도 양도소득세 54,891,270원, 1995년 과세연도 양도소득세 990,031,950원, 1996년 과세연도 양도소득세 54,294,360원, 합계 1,098,2217,580원을 결정고지하였다가, 이의신청 결정에 따라 쟁점①토지의 양도에 대하여 공장이전 감면을 적용하여(감면비율 57.8%), 고지세액을 1994년도는 37,900,830원으로, 1995년도는 454,897,140원으로 각각 감액 경정하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.05.21 심상청구하였다.

공장이전 감면에 있어 적용할 감면비율은 신공장의 가액이 구공장의 가액에서 차지하는 비율로서, 구공장가액은 양도한 자산의 실지양도가액, 이전보상금 및 양도하지 아니하는 자산의 이전완료일 현재의 장부가액의 합계액을 말하는 것이므로, 쟁점①토지의 양도에대한 감면비율을 계산함에 있어 구공장가액은 신공장 이전일 현재 양도된 쟁점①토지의 실지양도가액과 신공장 이전일 현재 양도 되지아니한 쟁점②토지 및 잔여토지의 장부가액의 합계액을 적용하여 산출된 감면비율에 따라 양도소득세를 감면하여 달라는 주장이다.

공장이전 감면에 있어 적용할 감면비율을 계산함에 있어 구공장가액은 구공장 전체금액으로 하는 것으로서, 실지 양도가액을 원칙으로 하되, 양도하지 아니하는 자산에 한하여 장부가액을 적용하는 것이므로, 양도가액이 확인되는 쟁점①ㆍ②토지의 실지양도가액과 잔여토지의 장부가액의 합계액을 구공장가액으로 하여 계산한 감면비율(57.%)에 따라 양도소득세를 감면한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 대도시 공장을 지방으로 이전함에 있어 공장의 일부를 먼저 양도한 후 신공장으로 이전하고 잔여토지를 신공장 이전후에 양도한 경우 적용할 감면비율
• 나. 관련법령 1993.12.31 법률 제4666호로 개정된 구 조세감면규제법 제43조에서 "공장의 지방이전에 대한 양도소득세 등의 감면"을 규정하면서, 같은 법 부칙 제16조 제7항에는 『이 법 시행당시 대도시 안에 공장시설을 갖추고 사업을영위하는 내국인이 이 법 시행일부터1995년 12월 31일까지 종전의 제42조의 규정에 적합하게 그 공장을 지방으로 이전하여 사업을 개시하거나 이 법 시행일부터 1995년 12월 31일까지 그 공장을 양도하는 경우 양도소득세 등의 감면 및 추징 등에 관하여는 종전의 제42조의 규정에의한다』라고 규정하고 있다. 한편, 1993.12.31 개정 전 조세감면규제법 제42조 제2항에는 『대도시 안에 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국인이 그 공장을 지방으로 이전하기 위하여 당해 공장 대지와 건물을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는바에 의하여 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다』라고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제36조 제1항에는 『법 제42조의 규정에 의하여 면제하는 세액은 감면대상 소득에 대한 산출세액에 이전후의공장(이하 "신공장"이라 한다)의 가액이 이전전의 공장(이하 "구공장"이라 한다)의 가액에서 차지하는 비율(100분의 100을초과하는 경우에는 100분의 100으로 한다)을 곱하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 구공장의 가액은 구공장의 토지ㆍ건물 및 기계장치의 양도가액(양도하지 아니하는 자산이 있는 경우에는 장부가액을 말한다)과 공장의 이전과 관련하여 국가 또는 지방자치단체로부터 지급받는 이전보상금의 합계액으로 하고, 신공장의 가액은 그 공장 시설의 이전비용과 토지ㆍ건물 및 기계장치의 장부가액의 합계액으로 한다』라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 제시된 심리자료 및 청구인과 처분청간에 서로 다툼이 없는 인정사실에 의하면, 첫째, 청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지외 6필지 공장용지 13,001㎡에서 석재 제조 공장을 운영하다 1994.11.08∼1995.12.30에 그 일부인 쟁점①토지 7,989㎡와 공장건물ㆍ기계를 ○○시 동부교육청 등에5,069,354,005원에 양도하였다. 둘째, 청구인은 1996.03.08 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지에 신공장을 준공(취득가액 3,274,616,603원)하여 이전하였다. 셋째, 위 신공장 이전후인 1996.07.09 및 1997.04.09 청구인은 구공장용지의 잔여토지중 일부인 쟁점②토지 948㎡를 ○○시 ○○구청에 양도하고 보상금으로 573,540,000원을 수령하였다. 넷째, 청구인이 쟁점①ㆍ②토지에 대하여 구 조세감면규제법 (1993.12.31 개정 전의 것) 제42조 【공장양도차익에 대한법인세 등의 감면】의 규정에 의하여 양도소득세 감면을 신청한데 대하여 처분청은 당초 청구인이 구공장을 분할 양도한 것으로 보아구 조세감면규제법 제42조 규정에 의한 감면을 배제하였다가, 이의신청 결정에 따라 쟁점①토지의 양도에 대하여 공장이전 감면을 적용하였다. 다섯째, 청구인이 쟁점①토지를 양도한 후 3년 이내에 지방에 소재한 공장으로 이전하여 사업을 개시함으로써 쟁점①토지에 대하여는1993.12.31 개정 전 조세감면 규제법 제42조 제2항의 규정에 따라 양도소득세 감면대상이며, 감면비율은"신공장가액/구공장가액"임을 알 수 있다.

(2) 앞에서 살펴본바에 의하면, 쟁점①토지의 양도에 대한 산출세액에 "신공장가액/구공장가액"의 비율을 곱하여 계산한 금액을 감면하는 것에 대하여는 다툼이 없으나, 구공장가액에 대하여 다툼이 있으므로, 이를 살펴보면, 구공장의 가액은 "구공장의 토지ㆍ건물 및 기계장치의 양도가액(양도하지 아니하는 자신이 있는 경우에는 장부가액을 말한다)과 공장의 이전과 관련하여 국가 또는 지방자치단체로부터 지급받는 이전보상금의 합계액"으로 하도록 구 조세감면규제법 시행령 제36조 제1항에서 규정하고 있는 바, 구공장을 양도한 가액 중 신공장에 투자한 비율에 다라 양도소득세 등을 감면하겠다는 취지로서, 신공장으로 이전한 날을 기준으로 동기간내에 양도한 가액만을 구공장가액으로 하여 감면세액을 계산함이 타당하다 할 것(같은 뜻, 소득 46014-320, 1996.10.01)이므로, 이 건의 경우 신공장 이전일인 1996.03.08 현재 양도된 "쟁점①토지의 실지양도가액과 양도되지 아니한 쟁점②토지 및 잔여토지의 장부가액의 합계액"을 구공장가액으로 하여 감면비율을 계산하고, 쟁점①토지의 양도소득에 대한 산출세액에 위 감면비율을 적용하여 양도소득세를 감면함이 타당하다고 판단된다 위와 같이 심리한 바, 이 건 심사청구는 청구주장을 받아 들여 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.