과수원의 소유권이전등기를 한 때를 양도시기로 보아 과세한 처분의 당부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구인은 77.1.26 취득한 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지, 임야 8,364㎡(이하“쟁점토지”라 한다)의 소유권 등기를 96.8.21 청구외 조○○에게 이전하고 이에 대한 양도소득세 신고서를 제출하지 아니하여 처분청은 98.8.10 기준시가에 의한 양도소득세 5,712,570원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 98.10.1 이의신청을 제기하였고, 처분청은 그 이의신청의 결정서에 의하여 쟁점토지의 일부가 농지인지 여부를 제조사하여 쟁점토지 중 991㎡를 자경농지로 인정하여 98.11.30 양도소득세를 5,033,510원으로 경정결정하였다. 청구인은 이에 불복하여 99.1.16 본 심사청구를 제기하였다.

청구인은 쟁점토지를 포함하여 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지 과수원 182㎡, 동소 ○○번지 과수원 2,374㎡, 동소 ○○번지 과수원 655㎡, 동소 ○○번지 답 271㎡(이하“쟁점토지”라 한다)를 1990.12.20일 청구외 이○○에게 26,500,000원에 일괄 양도하였는데, 매수인이 쟁점외 토지의 등기는 이전받고 나머지 쟁점토지는 쓸모없는 하천부지라 하여 등기이전을 게을리 하였으며, 그 이후 96.8.21일 쟁점토지 및 쟁점외 토지를 매수한 청구외 조○○가 쟁점토지의 등기이전을 요청하여 청구외 이○○의 등기를 생략하고 직접 등기이전한 건에 대하여 처분청이 이 때를 양도시기로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 실질과세원칙에 위배되는 처분으로 부당하다.

청구인은 쟁점토지의 양도에 대하여 과세적부심사청구에서 등기접수일을 양도시기로 하여 실지거래가액에 의한 양도소득세의 결정을 주장하였으나, 본 심사청구에서는 이를 번복하여 90.12.20 청구외 이○○에게 미등기로 매매하여 국세부과제척기간이 신뢰할 수 없으므로 등기부등본상 등기접수일을 양도시기로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지의 양도시기를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】에서 『자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.』라고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제162조【양도 또는 취득의 시기】제1항에서 『법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일. 다만, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1원을 초과하는 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다(이하 생략)』라고 규정하고 있고, 국세기본법 제3조 【세법 등과의 관계】제1항에서 『이 법은 세법에 우선하여 적용한다. 다만, 세법이 이 법 제2장 제1절, 제3장 제2절ㆍ제3절 및 제5절, 제5장 제1절, 제6장 제51조와 제8장에 대한 특례규정을 두고 있는 경우에는 그 세법이 정하는 바에 의한다』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 청구인은 쟁점토지의 소유권등기를 96.8.21 청구외 조○○에게 이전하였고, 처분청이 이를 근거로 하여 이 때를 양도시기로 보아 기준시가에 의하여 양도소득세를 부과하였으나 그 거래의 실질내용은 90.12.20 쟁점토지를 쟁점외 토지와 일괄하여 청구외 이○○에게 26,500,000원에 양도하였는데 토지매수인이 쟁점외 토지만 등기를 이전받고 쟁점토지는 대부분이 하천부지로 쓸모없는 토지라고 하여 등기이전을 게을리 하여 부득이 그 이후 매수자인 청구외 조○○에게 등기를 이전하였으나 양도소득세는 국세기본법상 실질과세원칙에 따라 부과되어야 한다고 주장하고 있다. 청구인이 거래증빙으로 제시한 매매계약서와 매수인이 확인한 매매확인서는 사인간에 작성된 거래증빙으로 객관성을 부여할 수 없으며 그 거래대금의 수수증빙이 첨부되지 아니하여 대금청산일을 확인할 수 없고, 또 쟁점토지의 일부는 양도당시 과수원으로 이용되어 재산적가치가 있음에도 매수인이 쟁점외 토지의 소유권은 이전받으면서 유독 쟁점토지의 소유권등기만 이전받지 아니하였다는 것은 일반적인 관행에 비추어 이를 신뢰하기 어렵다. 또 청구외 이○○ 및 청구외 윤○○가 확인한 토지거래확인서는 쟁점토지의 양도당시 양도소득세를 신고하지 아니하고 국세부과제척기간에 도과하여 미등기매매 사실을 확인한 것으로 이를 지실된 내용으로 받아들이기 어렵다. 한편, 쟁점토지의 양도가액을 360만원으로 하여 실지거래가액에 의하여 자산양도차익을 결정하여야 한다는 청구인의 주장에 대하여 보면, 자산양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액으로 계산한 경우 취득가액도 실지거래가액을 적용하여야 하는데 쟁점토지는 취득가액에 대한 실지거래가액이 확인되지 아니하여 청구인의 주장을 받아들이기 어렵다. 관계법령과 사실관계를 종합하여 보면, 국세기본법은 원칙적으로 개별세법에 우선하여 적용되나 국세기본법 제14조 의 실질과세원칙은 국세부과원으로 개별세법에 특례규정을 두고 있는 경우 그 세법을 우선 적용하는 것이므로 처분청이 소득세법 제98조 및 같은법 시행령 제162조를 적용하여 처분청이 쟁점토지의 대금청산일이 확인되지 아니한 것으로 보아 등기접수일을 양도시기로 보고 기준시가를 적용하여 양도소득세를 과세한 처분에 잘못이 없는 것으로 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.