교환토지의 개별공시지가 없는 경우 양도차익 산정방법 등

○○세무서장이 99.3.3. 청구인에게 결정고지한 양도소득세 4,604,546원 및 농어촌 특별세 920,909원(99.4월 양도소득세 1,266,111원 및 농어촌특별세 253,223원 감액 결정)의 부과처분은 교환부동산의 ○○도 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○번지 도로 87㎡의 양도가액 및 취득가액을 소득세법 시행령 제164조 제1항 에서 규정한 방법에 의하여 재조사하여 경정결정한다.

청구인이 청구인은 소유의 ○○도 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○번지 소재 대지 87㎡(이하 “종전토지” 라 한다)와 ○○군청 소유 같은 곳 ○○번지 소재 페도 71㎡(이하 “신토지” 라 한다)를 96.6.22. 서로 교환한데 대하여 처분청은 위 쟁점교환양도토지를 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 99.3.3. 청구인에게 양도소득세 4,604,540원 및 농어촌특별세 920,900원을 결정고지하였다가 99.4.15. 이의결정에 따라 양도가액을 토지수용가 34,278,000원으로하여 양도소득세 3,338,430원 및 농어촌특별세 667,680원으로 감액결정하였다. 청구인은 이에 불복하여 99.3.25. 이의신청(99.4.15. 일부경정)을 거쳐 99.7.1. 이 건 심사청구를 제기하였다.

종전토지는 83.10.27.부터 지목이 도로로 변경된 토지로서 연도 미상 옛날부터 ○○군에서 도로로 토지 사용료 및 일체의 보상도 하지 않은채 무단 사용하여 오다가 청구인이 점유하면서 점유에 따른 사용료를 납부하던 ○○군 소유 신토지의 사용료를 대신 면제하였으며, ○○군은 위 종전토지와 신토지를 서로 교환하되 교환차입금 725,000원만 ○○군에 납부하면 차후 양도소득세 및 취득세 등 일체의 모든 세금을 면제하여 준다는 조건을 제시함에 따라 서로 교환하였을 뿐 양도차익이 없음에도 이 건 양도소득세를 과세함은 부당하다는 주장이다.

종전토지는 국유지인 신토지와 교환되었으므로 소득세법 제88조 의 규정에 의하여 양도소득세 과세대상이며, 다만, 공공용지의 협의매수에 해당하므로 조세감면규제법 제63조의 규정에 의하여 50%를 감면하여 결정한 당초처분은 정당하다는 의견이다.

• 가. 쟁점 교환토지의 양도차익 산정방법 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 소득세법 제88조 제1항 에서 “양도라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다.(이하 단서 생략”) 라고 규정하고 있고, 같은 법 제96조 제1호 및 제97조 제1항 제1조 (가)목에서 “제94조 제1호ㆍ제2호 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 양도가액 및 취득가액은 당해 자산의 취득 및 양도당시의 기준시가. 다만, 당해 자산의 종류ㆍ보유기간ㆍ거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의한다.” 라고 규정하고 있으며, 같은 법 제99조 제1항에서 “제96조와 제97조 제1항 제1호 및 제100조에 규정하는 기준시가는 다음 각호에서 정하는 바에 의한다.

1. 제94조 제1호의 자산”

• 가. 토지 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가(이하“개별공시지가” 라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장에 인근유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가할 가액으로 한다.” 라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제164조 제1항에서 “법 제99조 제1항 제1호 가목 단서에서 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액이라 함은 당해 토지와 지목ㆍ이용상황 등 지가형성요인이 유사한 인근토지의 개별공시지가를 기준으로 지가공시 및 평가에 관한 법률 제10조 제2항의 규정에 의한 비교표에 의하여 납세지 관할세무서장(괄호 생략)이 평가한 가액을 말한다. 이 경우 비교표를 적용함에 있어서는 당해 인근토지를 표준지로 본다.” 라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 부동산의 교환도 양도에 해당되며, 이 경우 교환되는 토지가 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법에 의건 토지수용법 제3조에 규정하는 공익사업에 필요하여 국가 또는 지방자치단체에 양도하는 경우에는 조세감면규제법 제57조 제1항에 의거 양도소득세의 100분의 50(채권으로 지급받는 경우에는 100분의 80)을 감면하는 것(같은 뜻: 국세청 재일 46014-1123, 93.4.29)이며, 토지 등을 교환하는 경우에 양도하는 자산의 취득가액은 당초 취득당시의 기준시가 또는 실지거래액에 의하며, 그 양도하는 자산의 양도가액은 양도당시의 기준시가 또는 실지거래가엑의 의하는 것(같은 뜻: 재경부 재산 22601-136, 92.4.7)인 바, 청구인이 소유하던 종전토지와 ○○군이 소유하던 신토지의 교환은 소득세법 제88조 의 규정에 의하여 양도소득세 과세대상이 된다 할 것이나 모지번인 ○○번지는 양도일 현재는 물론 의제취득일 현재 지목이 대지로 되어 있는 반면, 종전토지는 83.10.27. 모지번에서 분할됨에 동시에 도로로 지목이 변경된 사실이 토지대장에 의하여 확인됨에도 처분청은 종전토지의 양도차익을 산정함에 있어 당초 개별공시지가가 고시되어 있지 않은 종전토지의 양도 및 취득가액을 분할전 모지번인 ○○번지의 개별공시지가로 평가하였다가 이의결정에 따라 양도가액을 ○○군수가 ○○감정평가법인과 ○○감정평가법인의 감정가액을 평정하여 교환가격으로 본 34,278,000원을 양도가액으로하여 경정결정한 사실이 확인된다. 그렇다면, 개별공시지가가 고시되어 있지 않는 종전토지의 경우, 전시한 소득세법 제99조 제1항 제1호 가목 및 같은 법 시행령 제164조 제1항의 규정에 의하여 평가한 가액으로 양도가액 및 취득가액을 계산하여 양도차익을 산정하여야 함에도 처분청이 이 건 당해 토지와 지목ㆍ이용상황 등 지가형성요인이 전혀 다른 모지번(지목 대지)개별공시지가에 의하여 양도가액 및 취득가액을 계산한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장에 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.