자경농지에 대한 양도소득세 면제 규정 적용시 취득시기 및 양도시기 판정

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

처분청은 청구인이 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지 답 1,440㎡, 같은 곳 ○○번지 답 176㎡, 같은 곳 ○○번지 답 9㎡(이하 “쟁점농지”라 한다)를 96. 5. 17 대한주택공사에 협의양도한데 대하여 쟁점농지에 대한 자경기간이 8년미만이라는 이유로 98. 12. 17 청구인에게 양도소득세 40,566,520원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 99. 2. 9 이의신청(99.3.27 기각결정)을 거쳐 99. 6. 29 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구인은 쟁점농지에 대하여 96. 3. 22 청구외 정○○와 매매계약을 체결하고 96. 3. 30 잔금을 지급하였으나, 양도자의 개인 사정으로 이전등기절차가 지연되어 86. 6. 26 소유권이전등기를 하게 되었는 바, 잔금지급일인 86. 3. 30을 취득시기로 보아야 하고, 이 건에 대한 이의신청 결정시 쟁점농지에 대한 임대일자를 94. 4. 8로 인정하였으므로 자경기간이 96. 3. 30부터 94. 4. 7까지 8년을 초과하여 비과세 대상인데도 취득일을 등기접수일인 86. 6. 26로 보아 자경기간이 8년미만이라는 이유로 양도소득세를 과세한 당초 처분은 부당하다는 주장이다.

청구인은 쟁점농지의 취득일이 등기부등본상 86. 6. 26 임에도 86. 3. 20 계약하여 86. 3. 30 잔금을 청산하였다고 주장하면서 매매계약서 외에는 등기지연 사유 및 대금의 수수상황 등 객관적이고 구체적인 증빙서류를 제출하지 못하고 있으며, 임대기간도 94. 4. 8부터 96. 5. 17까지라고 주장하나, 쟁점농지의 임차인에 의하면 93. 12. 31부터 임대한 사실이 확인되는 바, 청구인의 쟁점농지에 대한 자경기간은 7년 9개월이므로 양도소득세를 과세한 당초 처분은 정당하다는 의견이다.

• 가. 쟁점 쟁점농지에 대한 청구인의 자경기간을 판정하는데 있다.
• 나. 관계법령 조세감면규제법 제55조【자경농지에 대한 양도소득세 등의 면제】제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 자가 8년 이상 계속하여 직접 경작한 토지로서 농지세의 과세대항(비과세ㆍ감면 및 소액부징수의 대상이 되는 토지를 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생되는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다.(각호 생략)”고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제54조【자경농지에 대한 양도소득세 등의 면제】제1항에서 ”법 제55조 제1항 본문에서 ‘대통령령이 정하는 토지’라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. 이 경우 농지의 경작한 기간을 계산함에 있어서는 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 경작한 기간으로 본다.(각호 생략)“고 규정하고 있다. 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】에서 “자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다”고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제162조【양도 또는 취득의 시기】제1항에서 “법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다.”고 규정하고, 제1호에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일. 다만, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다”고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 쟁점농지에 대한 청구인의 자경기간을 계산함에 있어 우선, 이 건에 대한 ○○지방국세청의 이의신청 결정시 쟁점농지를 94. 4. 8 청구외 김○○에게 임대하였다는 청구주장이 사실로 인정된 바 있으므로 이 부분에 대한 심리는 생략한다. 다음으로 쟁점토지의 취득시기를 살펴보면, 청구인은 쟁점농지에 대한 매매잔금을 86. 3. 30 지급하였다고 주장하면서 취득당시의 매매계약서 사본 및 양도자 등의 사실확인서 등을 제출하고 있으나, 일반적으로 부동산에 대한 매매계약 체결시 근저당권 등 소유권에 대한 제약사항을 말소하거나 계약서에 이에 관한 특약내용을 기재하는 것이 거래관행인데도 계약당시 쟁점농지에 설정된 근저당권에 대한 특약내용이 기재되어 있지 아니하고, 동 근저당권이 86. 4. 15 말소되었는 바, 동 근저당권이 말소되기 전인 86. 3. 30 잔금을 지급하였다는 청구주장은 신빙성이 없다 할 것이며, 또한 청구인은 잔금지급 후 양도자의 개인 사정으로 등기이전을 하지 못하였다고 주장하나, 일반적으로 잔금지급과 동시 등기이전에 관한 서류를 교부받는 것이 통례인 바, 잔금은 정상적을 지급하고 등기이전에 필요한 서류를 교부받지 못하였다는 청구주장은 사회통념상 납득하기 어려운 것으로서 인정할 수 없다 할 것이고, 달리 쟁점농지에 대한 매매잔금을 86. 3. 30 지급하였다는 청구주장을 뒷받침할 만한 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있으므로 매매대금을 청산한 날이 분명하지 아니하다 할 것인 바, 청구인이 제출한 매매계약서상의 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하므로 전시한 소득세법 제98조 및 같은시행령 제162조 제1항 제1호의 규정에 의하여 쟁점농지의 등기접수일인 86. 6. 26을 취득시기로 봄이 타당하다 할 것이며, 따라서 청구인이 쟁점농지를 자경한 기간은 취득일인 86. 6. 26부터 임대일 전일인 94. 4. 13까지로서 8년미만이므로 비과세 대상에 해당되지 아니하는 바, 쟁점농지에 대하여 양도소득세를 과세한 당초 처분은 달리 잘못이 없다는 것으로 판단된다. 이상과 같이 심리한 바, 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.