건물신축시 부가가치세 상당액을 건물취득가액에서 제외한 것이 정당한지 여부

○○세무서장이 1999.4.9. 청구인에게 결정고지한 1996과세연도 양도소득세 132,079,180원의 부과처분은,

1. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대지 875㎡ 및 건물 4,007.07㎡에 대한 양도차익을 실지거래가액에 의하여 산정함에 있어서 당초 결정시 청구인 지분에 대한 건물취득가액에서 제외하였던 부가가치세 상당액 50,205,482원(전세59,065,273원 X 85/100)을 건축취득가액에 포함하여 그 과세표준과 세액을 경정합니다.

2. 나머지 청구주장은 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구인은 청구외 김○○과 공동으로 소유하고 있던 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대지 875㎡ 및 건물 4,007.07㎡(이하"쟁점부동산"이라 한다. 청구인의 지분은 토지ㆍ건물 각각 85/100임)를 1996.03.12 청구외 김○○에게 양도한 것에 대하여 1996.04.30. 실지거래가액에 의하여 쟁점부동산의 양도가액을 4,100,000,000원으로 하고, 취득가액은 2,635,793,310원으로 하여 처분청에 자산양도차익예정신고를 하였다.

○○지방국세청장은 1997.4 ~ 6월 청구인이 신고한 쟁점부동산의 거래가액에 대하여 실지조사를 실시하여 양도가액과 토지취득가액은 정당하게 신고한 것으로 인정하였으나, 건물취득가액 중 일부 건물신축공사비에 대한 부가가치세 상당액 및 증빙불비한 공사비 등 총 259,347,273원은 취득가액에서 제외하여 1997.10.2. 처분청으로 관련 과세자료를 통보하였다. 이에 따라 처분청은 1999.4.9. 청구인에게 1996과세연도 양도소득세 132,079,180원을 결정고지하였다. 청구인은 위 양도소득세 부과처분에 불복하여 1999.06.11. 심사청구하였다.

(1) 쟁점부동산의 건물신축공사와 관련하여 ○○종합건설(주)로부터 노임 및 공조공사비 명목으로 교부받은 매입세금계산서 850,000,000원에 대한 부가가치세는 동 법인이 건설업면허 대여업체로 판명됨으로써 전액 추징되었음에도 불구하고, 양도소득세를 실지조사하여 청구인이 동 건물의 노임 및 공조공사비로 지출한 비용 873,118,806원 중649,718,000원만을 사실거래분로 인정하면서 이에 대한 부가가치세 상당액 59,065,273원(청구인지분 상당액은50,205,482원)을 건물취득가액에서 제외한 것은 부당하다.

(2) 처분청이 증빙미비 및 거래사실을 부인한다는 사유로 건물취득가액에서 제외한 223,400,000원은 근재보험료, 산재보험료, 공과잡비 등으로 노임 및 골조공사에 필수적인 비용이므로 건물취득가액에 포함시켜야 한다.

<청구(1)에 대하여> 청구인의 귀책사유로 인하여 부가가치세 매입세액이 불공제되었으므로 당해 부가가치세를 취득가액에 포함하지 아니한 것은 정당하다. <청구(2)에 대하여> 청구인이 건물신축공사에 필수적인 비용이라고 주장하는 산재보험료 등 223,400,000워는 ○○지방국세청의 실지조사시 증빙이 불비하거나 거래 상대방이 거래사실을 부인하여 이를 취득가액에서 제외한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

(1) 건물신축공사와 관련하여 지출된 것으로 확인된 비용에 대하여 부가가치세를 공제받지 아니하였음에도 불구하고 동 부가가치세 상당액을 건물취득가액에서 제외한 것이 정당한지 여부를 가리는 데 있다.

(2) 증빙불비 및 거래상대방이 거래사실을 부인한 신축공사비를 건물취득가액에 포함할 것인지 여부를 가리는데 있다.

• 나. 관련법령 소득세법(1995.12.29. 법률 제503호로 개정된 것) 제97조 【양도소득의 필요경비계산】제1항에서 『거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정한 것으로 본다.

• 가. 제94조 제1호ㆍ제2호 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의기준시가. 다만, 당해 자산의 경우에는 당해 자산의 종류ㆍ보유기간ㆍ거래기간ㆍ거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의한다.
• 나. 가목외의 자산의 경우에는 당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 그 자산의 취득당시의 기준시가에 의한다.

2. 대통령령이 정하는 설비비와 개량비

3. 대통령령이 정하는 자본적지출액

4. 대통령령이 정하는 양도비』라고 규정하고, 같은법 제100조 【양도차익의 산정】제1항에서는 『양도차익을 산정함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나를 실지거래가액에 의하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여야 하고, 어느 하나를 기준시가에 의하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하여야 한다.(단서 생략)』라고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제166조 【양도차익의 산정】제4항 제3호에서는 "양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도 당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지관할세무서장에게 신고한 경우』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 먼저, 사실관계를 살펴본다.

○○지방국세청의 조사종결보고에 의하면, 청구인은 1988.8.25. 청구외 김○○과 공동으로 취득한 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대지 875㎡의 지상에 1993.3.30. 건물 4,007.07㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 신축하여 보유하다 1996.03.12. 청구외 김○○에게 양도한 것에 대하여 실지거래가액에 의하여 양도가액에 4,100,000,000원, 취득가액 2,635,793,310원으로 1996.4.30. 자산양도차익예정신고를 하였으며,

○○지방국세청장은 청구인이 신고한 취득ㆍ양도가액에 대하여 실지조사를 실시하여 쟁점부동산의 양도가액 4,100,000,000원과 토지취득가액 1,008,000,000원은 정당하게 신고한 것으로 인정되었다. 그러나 청구인이 ○○종합건설주식회사(이하 "○○건설(주)"라고 한다)와의 노임 및 골조공사 도급금액 850,000,000원과 자재비 및 부대시설공사비 777,793,310원을 합한 금액인 1,627,793,310원을 쟁점건물의 취득가액으로 신고한 것에 대하는 자재비 및 부대시설 공사비 777,793,310원은 정당하게 지출된 것으로 인정하였으나,

○○건설(주)의 도급금액 850,000,000원은 동 법인이 건설업 면허대여업체에 불과하고 사실상 청구인이 골조공사비 등을 위장거래한 것으로 확인되었다는 (○○지방국세청 부가세과의 건설업면허 대여업체 조사에 의하여 동 법인 명의로 교부받은 매입세금계산서에 대한 부가가치세는 1997.3.4.전액 추징되었음) 이유로 이를 취득원가로 인정하지 아니하자, 1997.05.15. 청구인이 쟁점건물의 노임 및 골조공사비로 실제 873,118,000원을 지출하였다고 관련 증빙서류를 ○○지방국세청장에게 제출함에 따라 ○○지방국세청장은 각 거래처별 거래내역을 직접 확인하여 그 중 649,718,000원만을 사실거래로 인정하면서 이에 대한 부가가치세 상당액인 59,065,273원을 쟁점건물의 취득 가액에서 제외하였고, 나머지 223,400,000원은 증빙이 미비하고 거래상대방이 거래사실을 부인하여 건물취득가액으로 인정하지 아니하였음을 알 수 있다. 다음으로 청구인의 주장에 대하여 살펴본다. <청구(1)>에 대하여 처분청은 ○○지방국세청의 실지조사에 의하여 사실거래로 확인된 쟁점건물의 노임 및 골조공사비 649,718,000원을 전액을 건물의 취득가액으로 인정하지 아니하고 동 금액에서 부가가치세 상당액인 59,065,273원을 취득가액에서 제외하였으나,

(1) 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 자산의 취득과 관련하여 부담한 부가가치세 중 부가가치세법 규정에 의하여 공제받지 못한 매입세액은 취득가액에 포함하는 것이므로(국세청 재일46014-754, 1997.3.29, 재일46014-3201,1995.12.13. 같은 뜻임)

(2) ○○지방국세청의 조사에 의하여 사실거래로 확인된 쟁점건물의 노임 및 공조공사비 649,718,000원은 ○○건설(주)로 위장거래한 것이고, 청구인이 쟁점건물 신축과 관련하여 동 법인 명의로 세금계산서를 교부받아 매입세액으로 공제한 부가가치세가1997.3.4. 전액 추정되었음에도 불구하고

(3) 처분청이 사실거래로 확인된 649,718,000원에 대한 부가가치세 상당액인 59,065,273원을 쟁점건물의 취득가액에서 제외하여 양도차익을 산정한 것은 부당하다고 판단된다. <쟁점(2)>에 대하여

○○지방국세청이 청구인이 쟁점건물의 노임과 골조공사비로 지출하였다고 주장한 873,118,000원에 대하여 각 거래처별로 거래내용을 직접 확인한 결과 거래증빙이 불비하거나 거래상대방이 거래사실을 부인한 223,400,000원을 쟁점건물의 취득가액에서 제외한 것에 대하여

(1) 청구인은 동 비용이 근로자재해보상보험료, 산업재해보상보험료, 공과잡비 등으로 노임 및 골조공사에 필수적인 것이라고 주장할 뿐 지출사실을 입증할 수 있는 구체적인 증빙자료를 제출한 바 없고,

(2) 청구인이 동 비용에 대한 증빙 및 당해 경비의 수급자를 확인할 수 없어 필요경비 부인대상이라고 ○○지방국세청의 조사공무원에게 확인서를 작성하여 주었을 뿐만 아니라,

(3) 이 건 청구시에도 관련자료를 전혀 제출하지 아니한 점 등에 비추어 처분청이 지출사실이 불분명한 동 비용을 쟁점건물의 취득가액에서 제외하여 양도소득세를 과세한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 다음과 주문과 같이 결정한다.