양도가액을 토지수용 보상가액으로 결정한 처분의 당부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구인이 1983.07.21.취득한 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지 임야 39,967㎡가 1994.10.18. 같은리 ○○번지 37,704㎡로 분할된 후 37,695㎡9이하 "쟁점토지"라 한다)는 동일자로 한국토지개발공사에 수용되고, 나머지 9㎡는 1996.07.10. 수용에 따라 1996.08.28. 수용되었다. 청구인이 토지보상금에 대한 이의가 있어 보상금의 수령을 거부하자 한국토지개발공사는 1994.08.24. ○○지방법원에 보상금을 공탁한 후 1994.10.18. 소유권이전등기를 경료하였고, 이에 청구인은 행정소송을 제기하여 1996.04.26. 대법원의 확정판결에 따라 1996.11.05. 당초의 소유권이전등기가 말소되고, 1996.11.11. 공공용지의 협의취득에 따라 한국토지개발공사로 소유권이 다시 이전되었다. 처분청은 쟁점토지의 수용에 대하여 당초 쟁점토지의 분할전 토지의 1994년 기준시가에 의거 1996.12.16. 청구인에게 1994년 귀속분 양도소득세 및 농어촌특별세 590,584,830원을 결정고지하였고, 청구인은 이를 1996.12.31. 납부하였다. 그러나 대법원의 확정판결에 따라 당초의 소유권이전등기가 말소되고, 1996.11.11. 공공용지 협의취득으로 한국토지개발공사로 소유권이 이전되었다 하여 1999.01.05. 청구인에게 양도시기를 1996.11.11.로, 양도가액을 수용보상금액으로 하여 양도소득세 901,338,560원을 결정고지하고, 당초 고지한 양도소득세는 결정취소한 후 이를 1999.01.05. 고지한 양도소득세에 충당하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.04.08. 이 건 심사청구를 제기하였다.

(1) 쟁점토지가 1994.08.24. 수용되었으나 ○○토지수용위원회의 수용재결에 따른 수용대금의 총액 및 한국토지개발공사의 대금 지급방법에 이의가 있어 행정소송을 제기하였는 바, 그 청구내용을 보면 쟁점토지의 수용에 따른 손실보상금을 3,500,000,000원으로 하고, 이에 대한 이자의 지급을 청구하는 예비적 청구와 수용대가의 지급방법 및 공탁의 절차상 하자를 근거로 수용재결의 취소를 구하는 청구하는 주위적 청구로 되어 있고, 1995.10.13.의 고등법원 판결 및 1996.04.26. 대법원의 확정 승소판결 모두 공탁의 절차가 적법하지 아니하다는 이유를 근거로 주위적 청구를 인용하여 수용재결을 취소하는 판결을 하였으며, 이에 따라 당초의 소유권이전등기가 1996.11.05. 말소되었고 토지의 손실보상에 대하여 한국토지개발공사와 재차 협의하여 1996.10.30. 양도하였다. 이와 같이, 확정판결은 사실상 대금지급방법 및 공탁절차의 위법에 따른 ○○토지수용위원회의 수용재결에 대한 취소임에도 불구하고, 그 절차상 소유권이전에 대한 말소등기를 선행한 후 손실보상 및 지급방법에 대한 재차 협상을 통해 소유권이 다시 이전되는 형식을 취하게 된 것이다. 그러므로, 쟁점토지에 대한 손실보상금은 1차 수용 당시 손실보상금과 재차 협의한 손실보상금에는 차이가 없으며, 단지 그 지급 방법이 1차 수용 당시에는 수용금액 2,557,898,460원 중 채권 2,453,000,000원과 현금 104,898,460원으로 지급하기로 한 것을 재차 협의하여 결정한 손실보상금에 대하여는 2,563,260,000원 전액을 현금으로 지급하기로 한 것으로서 대금의 지급방법에만 실질적인 차이가 있는 것이다. 따라서, 대법원의 확정판결에 의하여 먼저 당초 수용에 따른 소유권이전등기를 말소하고 재차 협의하여 양도에 따른 소유권이전등기를 한 행위자체는 형식일 뿐이고 그 실질은 대금의 지급 방법에 따른 문제인 것이므로, 청구인의 쟁점토지 양도일은 당초 토지의 수용일인 1994.08.24.로 보아야 할 것이고, 이 경우 처분청이 1996.12.31.을 납부기한으로 부과 고지한 1994년도 귀속 양도에 대한 양도소득세 590,5874,830원은 이를 기한 내(1996.12.31. 농협 ○○지점)에 전액 납부하였으므로 처분청이 결정고지한 양도소득세는 이를 취소하여야 한다.

(2) 처분청이 양도일로 적용한 재차 협의 양도일인 1996.11.11.에는 쟁점토지가 택지개발지구에 편입되어 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지로 가지번이 설정되었고, 이에 따라 개별공시지가는 공시되지 아니하였다. 이에 처분청은 양도당시의 개별공시지가가 없다는 이유로 그 손실보상금인 2,563,260,000원 전액을 양도가액으로 하고, 취득가액은 모번지인 ○○도 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○번지의 개별공시지가를 기준으로 환산하여 양도소득세를 결정하였다. 따라서 쟁점토지는 양도당시에 개별공시지가가 고시되지 아니하였고, 택지개발에 따른 환지 처분이 확정되지 아니한 상태에 있으므로, 당초 수용에 따른 양도소득세를 결정함에 있어서 적용하였던 쟁점토지의 모지번에 해당하는 ○○도 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○번지의 개별공시지가를 기준으로 양도가액 및 취득가액을 계산하여 양도소득세를 결정하여야 한다는 주장이다.

(1) 쟁점토지는 1994.10.18. 한국토지개발공사에 수용되었으나, ○○토지수용위원회의의 재결에 따라 행정소송을 제기 1996.05.06. 대법원확정판결(토지수용이의재결처분취소)에 따라 1996.11.05. 소유권이전 말소된 후 1996.11.11. 실제잔금지급일 및 등기접수일로 한국토지개발공사에 소유권이전되어 당초 결정은 정당하다.

(2) 쟁점토지는 1983.07.21. 취득 ○○도○○시 ○○구 ○○번지 1994.10.18. 동소 ○○번지로 분할되었고, 1994.12.26. ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 산 ○j○번지로, 행정구역 변경되어, 취득가액은 모번지인 ○○시 ○○구 ○○번지를 기준으로 하고, 양도가액은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지를 기준으로 결정(개별공시지가 1995년 220,000/㎡고시, 1996년 미고시되어 부동산 소재지 관할세무서인 ○○세무서에서 공시지가 결정 258,000원/㎡) 양도가액은 보상가액 2,563,872,000원(68,000원/㎡)으로 당초 결정은 정당하다는 의견이다.

• 가. 쟁점

(1) 양도시기를 1994.10.18. 볼 것인지, 1996.11.11. 볼 것인지 여부

(2) 양도가액을 토지수용 보상가액으로 결정한 처분의 당부를 가리는데 있다.

• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】에서 "자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다."라고 규정하고, 같은법 시행령 제162조 제1항에서 "법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로한다.라고 규정하고, 그 각호 1호에서 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일가지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다고 규정하고, 그 각호 2호에서 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일"이라고 규정하고 있다. (2) 소득세법 제96조 【양도가액】 및 제97조 【양도소득의 필요경비계산】에서 "양도가액 및 취득가액은 토지ㆍ건물의 경우에는 당해 자산의 양도당시 및 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산의 종류ㆍ보유기간ㆍ거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의한다."라고 규정하고 있다. 같은법 제99조 【기준시가의 산정】 제1항 가목에서 "토지의 경우 제96조와 제97조 제1항 제1호 및 제100조에 규정하는 기준시가는 개별공시및토지등의평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 가액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다."라고 규정하고, 같은법 시행령 제164조 【토지ㆍ건물의 기준시가 산정】 제1항에서 "법 제99조 제1항 제1호 가목 단서에서 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액이라함은 당해 토지와 지목ㆍ이용상황 등 지가형성요인이 유사한 인근토지의 개별공시지가를 기준으로 지고공시및토지등의평가에관한법률 제10조 제2항의 규정에 의한 비교표에 의하여 납세지 관할세무서장(납세지 관한세무서장과 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장이 다른 경우로서 납세지 관할세무서장의 요청이 있는 경우에는 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장)이 평가한 가액을 말한다. 이 경우 비교표를 적용함에 있어서는 당해 인근토지를 표준지로 본다."라고 규정하고, 같은 조 제11항 제1호에서 "공공용지의취득및손실보상에관한특례법이 적용되는 공공사업용으로 당해 공공사업의 시행자에게 양도되거나 토지수용법 기타법률에 의하여 수용되는 경우의 그 보상금액이 법 제99조 제1항 제1호 가목에 의한 가액보다 낮은 경우에는 그 초과하는 금액을 법 제99조 제1항 제1호 가목의 가액에서 차감하여 양도당시 기준시가를 계산한다."라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 쟁점(1)에 대하여 본다. 이 건의 다툼은 쟁점토지의 양도시기를 언제로 볼 것인지 여부를 가리는데 있다 할 것인 바, 먼저 등기부등본을 보면 1994.08.24. 토지수용을 원인으로 1994.10.18. 한국토지개발공사에 소유권이전되었으나, 1996.04.26. 확정판결을 원인으로 1996.11.05. 당초 소유권이 말소된 후, 1996.10.30. 공공용지협의취득을 원인으로 1996.11.11. 한국토지개발공사에 소유권이 이전되었음이 확인되고 있다. 이와 같은 사유는 처분내용에서 본 바와 같이 청구인이 ○○토지수용위원회의 재결에 이의가 있어 행정소송을 제기하고, 이에 대한 대법원의 확정판결에 의한 것임을 알 수 있다. 다음으로 토지수용의 경우 양도시기에 대하여 보면 토지수용법 기타법률의 규정에 의한 수용으로 양도되는 토지의 양도시기는 수용보상금에 대한 협의가 성립되었거나 재결보상금 및 공탁보상금을 이의없이 수령한 경우에는 재결보상금수령일 또는 공탁일이 되고, 재결에 불복하여 이의신청 또는 행정소송으로 변동된 토지보상금을 수령한 경우에는 변동보상금확정일과 소유권이전등기 접수일 중 빠른날이 되는 것이다(국세청 재일 46014-533, 1997.03.08. 같은 뜻임). 그렇다면 이 건의 경우 사실관계 및 전시 법 규정 등을 종합하여 볼 때, 처분청이 쟁점토지의 양도시기를 1996.11.11.로 보아 양도소득세를 결정고지한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단되므로, 양도시기를 1994.10.18.로 보아야 한다는 청구주장은 이를 받아들일 수 없다고 하겠다. 쟁점(2)에 대하여 본다. 이 건의 다툼은 쟁점토지의 양도가액을 토지수용 보상가액으로 결정한 처분의 당부를 가리는데 있다할 것인 바, 먼저 사실관계를 보면 쟁점토지는 청구인이 1983.07.21. 취득한 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지가 1994.10.18. 분할된 토지로, 1994.12.26. ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지로 행정구역 변경되고, 1996.11.11. 공공용지협의취득을 원인으로 한국토지개발공사에 소유권이 이전되었다. 다음으로 처분청의 양도차익 산정에 대하여 보면 양도차익을 기준시가로 산정함에 있어 취득가액은 모번지인 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지 기준시가로, 양도가액은 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지를 기준으로 하여 1995년도에는 개별공시지가가 200,000원/㎡으로 고시되었으나, 양도당시인 1996년도에는 개별공시지가가 미고시되어 토지 관할세무서장이 평가한 가액 258,000원/㎡과 수용 보상가액 68,000/㎡과의 낮은 금액을 양도가액으로 하여 양도차익을 산정하였다. 그렇다면 이 건의 경우 사실관계 및 전시 법 규정 등을 종합하여 볼 때, 쟁점토지는 양도당시에는 취득당시의 토지와 별개의 토지로 처분청이 양도차익을 산정함에 있어 양도당시의 기준시가를 개별공시지가와 수용보상가액과의 낮은 금액인 보상가액을 양도가액으로 하여 양도소득세를 결정고지한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.