국민주택건설용지로 양도된 토지에 대한 양도소득세 감면세액계산이 적정 여부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구인은 95.12.7. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 답 182㎡중 182분의 8 및 같은동 ○○번지 답 1,809㎡ 합계 1,817㎡(이하 “쟁점토지”라고 한다)를 청구외 (주)○○(이하 “청구외법인”이라 한다)에 양도한 것에 대하여 96.1.30. 기준시가에 의하여 자산양도차익예정신고를 이행하였고, 같은날 청구외법인은 국민주택건설용지등에 대한 세액감면신청서를 당시 청구인의 주소지관할 ○○세무서장에게 제출하였다. 처분청은 청구인이 자산양도차익예정신고시 국민주택건설용지등에 대한 감면비율 잘못 적용함으로써 양도소득세 산출세액에서 감면세액을 과다하게 차감하여 신고하였다는 이유로 99.1.5. 청구인에게 95과세연도 양도소득세 23,352,890원을 결정고지하고, 과다납부된 농어촌특별세 6,244,830원을 환급결정하였다. 청구인은 이에 불복하여 99.3.4. 심사청구하였다.

청구인이 자산양도차익예정신고시 산출세액의 50%에 상당하는 세액을 국민주택건설용지등에 대한 감면세액으로 계산한 것은 정당하다.

국민주택건설용지 등에 대한 양도소득세 감면세액을 계산함에 있어서 공공시설용지비율에 의하여 계산한 면적과 국민주택비율에 의하여 계산한 면적을 합한 면적만이 감면대상이 되는 것이므로 청구인이 면적비율을 감안하지 아니하고 산출세액에 직접 감면율을 곱하여 계산한 것에 대하여 양도소득세틀 결정한 것은 정당하다.

• 가. 쟁점 국민주택건설용지로 양도된 쟁점토지에 대한 양도소득세 감면세액계산이 걱정한지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 구 조세감면규제법(95.12.30. 법률 제5195호로 개정되기 전의 것) 제65조【국민주택건설용지 등에 대한 양도소득세 등의 감면】제1항에서 『내국인이 다음 각호의 1에 해당하는 건설용지로 토지(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)를 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 30(양도일부터 소급하여 5년 이전에 취득한 토지를 양도하는 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자(이하 이 조에서 “주택건설등록업자”라 한다)가 건설하는 대통령령이 정하는 규모 이하의 주택(이하 “국민주택”이라 한다)의 건설용지

2. ~ 3호. (생략)』라고 규정하고, 같은조 제4항에서는 『제1항의 규정은 대통령령이 정하는 바에 따라 주택건설등록업자ㆍ사원용임대주택건설자 또는 기숙사건설자가 감면신청서을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다.』라고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제63조【국민주택건설용지 등에 대한 양도소득세 등의 감면】제8항에서는『주택건설등록업자ㆍ사원용임대주택건설자 또는 기숙자건절자가 국민주택 또는 기숙사와 그외의 건물을 함께 건설하는 경우의 감면세액의 계산에 관하여는 총리령으로 정한다』라고 규정하고, 같은법 시행규칙 제31조【국민주택건설용지 등에 대한 감면세액의 계산】제1항, 제2항 본문 및 같은항 제1호 제6항에서는『① 영 제63조 제8항에 규정된 감면세액의 계산은 다음 산식에 의한다. 산출세액 x 국민주택건설용지 등의 면적 x 감면율 양도토지면적

② 제1항의 산식에 규정된 국민주택건설용지 등의 면적은 다음 각호에 위하여 계산한 면적으로 한다.

1. 아파트인 국민주택을 건설하는 경우에는 다음 각호의 면적을 향한 면적

• 가. 당해 양도토지 면적에 아파트 총 대지면적에 대한 공공시설 용지면적의 비율(이하 이 조에서 “공공시설용지비율”이라 한다)을 곱하여 계산한 면적
• 나. 당해 양도토지면적중 가목의 규정에 의한 면적을 제외한 잔여토지면적에 국민주택 및 그외의 건물의 건물총면적의 비율(이하 이 조에서 “국민주택비율”이라 한다)을 곱하여 계산한 면적

⑥ 제4항의 경우에 있어서 공공시설용지비율은 100분의 25를 한도로 한다』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 먼저 사실관계를 살펴본다. 청구인은 73.5.11. 쟁점토지를 취득하여 95.12.7. 청구외법인에게 양도한 것에 대하여 96.1.30. 자산양도차익예정신고를 하면서 산출세액 115,732,386원의 30%에 상당하는 세액인 57,866,193원을 국민주택건설용지 등에 대한 감면세액으로 계산하여 동 금액을 산출세액에서 차감하였음이 자산양도차익예정신고서에 의하여 확인되며, 청구외법인이 96.1.30. 당시 청구인의 주소지 관할세무서장인 ○○세무서장에게 제출한 세액감면신청서 및 첨부서류에 의하면, 청구외법인은 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설업자로서 세액감면신청서에 공공용지비율은 25%, 국민주택비율은 35%로 각각 기재하여 신고하였음을 알 수 있다. 다음으로 쟁점토지 전부가 감면대상이므로 산출세액에 감면율(50%)을 직접 곱하여 감면세액을 계산하여야 한다는 청구인의 주장에 대하여 살펴본다. 처분청은 쟁점토지에 대한 국민주택건설용지 등에 대한 감면세액을 계산함에 있어서, 전시한 구 조세감면규제법시행규칙 제31조 제1항 및 제2항의 규정에 따라

(1) 먼저 쟁점토지 면적 1,817㎡를 공공시설용지비율 25%를 곱하여 계산한 면적 454.25㎡와

(2) 쟁점토지면적중 위 454.25㎡를 제외한 잔여토지 면적 1,362.75㎡에 국민주택 및 그외의 건물의 총면적에 대한 국민주택건물총면적의 비율인 35%를 곱하여 계산한 면적 476.96㎡을 합산하여 국민주택건설용지 등의 면적 931.21㎡를 계산한 다음

(3) 산출세액인 103,968,968에 쟁점토지면적 1,817㎡에 대한 국민주택건설용지 등의 면적 931.21㎡을 곱하고,

(4) 다시 양도일로부터 소급하여 5년 이전에 취득한 쟁점토지에 대한 감면율 50%를 곱하여 계산한 26,642,033원을 쟁점토지에 대한 감면세액으로 결정하였다. 따라서, 처분청이 계산한 쟁점토지에 대한 양도소득세 감면세액은 달리 잘못이 없는 반면에, 청구인은 감면세액을 계산함에 있어 면적비율을 적용하지 아니함으로써 감면세액을 과다하게 계산하여 신고하였던 것으로 판단된다. 위와 같이 심리한 바, 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 에 의거 주문과 같이 결정한다.