신고기한 경과 후 세액감면신청서를 제출하였다는 이유로 양도세 감면을 거부한 처분의 당부

이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○ 임야 4,000㎡, 같은동 ○○ 임야 175㎡, 합계 4,175㎡중 청구인 지분(9,223분지 372.55㎡) 372.55㎡(이하 “쟁점토지”라고 한다)를 94.03.09. 청구외 ○○주택조합(이하 “○○주택조합”이라 한다)에 양도한 것에 대하여 94.04.28. 기준시가에 의하여 자산양도차익예정신고를 이행하고 양도소득세 127,298,692원을 자진납부하였으며, 처분청은 96.11.30. 청구인의 자산양도차익예정신고에 대하여 신고시인하여 시후결정하였으나 청구인에게 양도소득세의 결정에 관하여 통지한 바는 없다. 한편, 98.10.10 쟁점토지의 매수자인 ○○주택조합이 처분청에 국민주택건설용지에 대한 양도소득세 세액감면신청서를 제출하였으며, 같은날 청구인은 처분청에 양도소득세 감면세액 환급신청서를 제출하여 양도소득세 27,396,845원을 청구인에게 환급하여 줄 것을 요구한 바, 99.02.23. 처분청은 세액감면신청서 제출기간이 경과된 후에 세액감면신청서가 접수되었으므로 청구인에게 환급이 불가능하다고 통지하였다. 청구인은 이에 불복하여 99.03.04. 심사청구하였다.

당초 청구인은 국민주택건설용지라 할지라도 등록한 주택건설사업자에게 양도한 경우에만 감면받을 수 있은 것으로 알고서 쟁점토지를 양도한 것에 대하여 세액감면신청을 아니하고 자산양도차익예정신고시 기준시가에 의한 양도소득세를 전액 납부하였으나 그 후 처분청으로부터 자산양도차익예정신고에 대한 결정토지를 받지 못하였다. 그후 청구인은 국세청 및 대법원이 주택조합에 국민주택건설용지 양도한 토지에 대해서도 세액감면을 인정하는 결정과 판결을 내리고 있다는 사실을 알게 되어 98.10.10. 쟁점토지 매수자인 ○○주택조합이 처분청에 세액감면신청서를 제출하고, 같은날 청구인 역시 처분청에 양도소득세감면세액 환급신청서를 제출한 것에 대하여 처분청이 감면신청기간이 도과하였다는 이유로 세액감면을 거부한 것은 부당하다.

구 조세감면규제법시행령(94.12.31. 대통령령 제14475호로 개정되기 전의 것) 제63조 제9항의 규정에 따라 쟁점토지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고기한내에 세액감면신청서를 제출하지 아니하였으므로 양도소득세 감면을 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

○○주택조합이 과세표준신고기한이 경과된 후에 ○○주택조합이 세액감면신청서를 제출하였다는 이유로 처분청이 국민주택건설용지 등에 대한 양도소득세 감면을 거부한 처분의 당부를 가리는 데 있다.

• 나. 관련법령 구 조세감면규제법(94.12.22. 법률 제4806호로 개정되기 전의 것) 제66조 【국민주택건설용지 등에 대한 양도소득세 등의 감면】 제1항에서 『내국인이 다음 각로의 1에 해당하는 건설용지로 토지(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)를 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 30(양도일부터 소급하여 5년 이전에 취득한 토지를 양도하는 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자(이하 이 조에서 “주택건설등록업자”라 한다)가 건설하는 대통령령이 정하는 규모 이하의 주택(이하 “국민주택”이라 한다)의 건설용지

2. ~ 3호. (생략)』라고 규정하고, 같은법 시행령(94.12.31. 대통령령 제14475호로 개정되기 전의 것) 제63조 【국민주택건설용지 등에 대한 양도소득세 등의 감면】 제9항에서는 『법 제66조 제4항의 규정에 의하여 감면신청을 하고자 하는 주택건설등록업자ㆍ사원용 임대주택건설자 또는 기숙지건설자는 당해 토지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고기한내에 재무부령이 정하는 감면신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 양도자의 주소지 소관세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 주택건설업등록증사본 또는 사업자등록증사본

4. 제5항 제3호에 해당하는 경우에는 재무부량이 정하는 서류』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 먼저 사실관계를 살펴보면, 이 건 양도소득세 결정결의서 사본 등에 의하면, 청구인은 94.03.09. 쟁점토지를 ○○주택조합에 양도한 것에 대하여 94.04.28. 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하고 국민주택건설용지에 대한 양도소득세 감면을 적용하지 아니한 상태로 자산양도차익예정신고 및 자진납부 계산서를 처분청에 제출하고 양도소득세 127,298,692원을 자진납부한 것에 대하여, 처분청은 96.11.30. 청구인의 자산양도차익예정신고내용이 정당하다고 보아 사후결정하였으나 청구인에게 양도소득세의 결정에 관하여 통지한 바는 없었다. 한편, 98.10.10. 쟁점토지의 매수자인 ○○주택조합이 처분청에 국민주택건설용지에 대한 양도소득세 세액감면신청서를 제출하였으며, 같은날 청구인은 역시 처분청에 양도소득세 감면세액 환급신청서를 제출하여 양도소득세 27,396,845원을 청구인에게 환급하여 줄 것을 요구한 바, 99.02.23. 처분청은 세액감면신청서 제출기간이 경과된 후에 세액감면신청서가 접수되었으므로 청구인에게 환급이 불가능하다고 통지하였음이 처분청이 제출한 심리자료에 의하여 확인되고 있다. 살피건대, 청구인은 구 조세감면규제법시행령(94.12.31. 대통령령 제14475호로 개정된 것) 제63조 제9항의 단서 규정에 따라 과세표준신고기한내에 세액감면신청서를 제출하지 못한 경우에는 과세표준신고기간으로부터 1년이 되는 날 또는 과세표준 및 세액의 결정일 이전에 이를 제출할 수 있으며, 청구인의 경우 처분청으로부터 자산양도차익예정신고에 대한 결정통지를 받지 아니한 상태에서 98.10.10. 매수자인 ○○조합주택의 처분청에 세액감면신청서를 제출하였으므로 정당한 신청에 해당한다고 주장하고 있다. 그러나, 상기의 주세감면규제법시행령 제63조 제9항의 단서 규정은 94.12.31. 신설된 규정으로서 같은령 부칙 제5조 【양도소득세 등에 관한 적용례】의 규정에 따라 95.01.01 이후 양도하는 분부터 적용되는 것이므로, 94.03.09. 양도된 쟁점토지의 경우에는 ○○주택조합이 양도한 날이 속하는 과세표준신고기간내에 세액감면신청서를 당시 청구인의 주소지 관할세무서장에게 제출하여야 했으나 이를 이행하지 아니하였다. 국민주택건설용지 등에 대한 양도소득세 등의 감면규정의 입법취지가 국민주택의 건설에 필요한 토지를 원활하게 공급하여 국민주택의 건설을 촉진하고 지원하려는 데에 있기는 하나, 세법의 해석은 과세요건은 물론이고 납세자에게 혜택을 주는 감면도 엄격하게 해석하여야 할 것이므로, 청구인으로부터 쟁점토지를 매입한 ○○주택조합이 법정기한내에 세액감면신청서를 제출하지 아니하였는 바, 처분청이 쟁점토지의 양도소득세에 대하여 감면을 적용하지 아니한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 위와 같이 심리한 바, 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 에 의거 주문과 같이 결정한다.