감면받은 양도소득세에 대하여 농어촌특별세를 부과한 처분의 당부

이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구인은 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지외 14필지 임야 22,725㎡(이하 “쟁점토지”라고 한다)를 95.2.13. 공공사업용 토지로 ○○군청에 협의양도한 것에 대하여 구 조세감면규제법(법률 제4665호로 93.12.31. 전면 개정된 것) 부칙 제16조 제8항의 규정에 따라 양도소득세에 대하여 70% 감면을 적용하고 감면된 양도소득세에 대한 농어촌특별세는 비과세 되는 것으로 보아 95.3.29. 처분청에 자산양도차익예정신고를 하고, 양도소득세 9,523,930원을 자진납부하였다. 처분청은 94.1.1. 현재 청구인이 15년 이전에 취득한 쟁점토지를 양도한 것에 대하여 구 조세감면규제법 부칙 제16조 제8항의 양도소득세 감면규정을 적용한 것은 타당하나, 지목이 임야인 쟁점토지의 양도소득세 감면세액에 대하여 농어촌특별세를 납부하지 아니한 것은 부당하다고 하여 99.1.2. 청구인에게 농어촌특별세 5,432,170원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 99.2.24. 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구인은 구 조세감면규제법(법률 제4666호, 93.12.31)부칙 제16조 규정의 “양도소득세 등에 관한 경과조치”에 따라 농어촌특별세를 부과하지 아니한다는 국세청의 예규(재일46014-3484, 94.12.30)에 의거 농특세를 납부하지 아니하였는데 처분청이 새로운 예규를 적용하여 청구인에게 농어촌특별세를 부과한것은 소급과세금지규정에 위배되는 처분이므로 이를 취소하여야 한다.

구 조세감면규제법 부칙 제16조 제8항의 ‘경과조치“의 규정이 적용되는 경우에도 조세감면규제법 제55조 제1항 제1호에 해당하는 자가 직접 경작한 농지세 과세대상이 되는 토지인 경우에만 농어촌특별세가 비과세되므로 청구인이 지목이 임야인 쟁점토지를 양도함에 따라 감면받은 세액에 대하여 농어촌특별세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구인이 임야를 공공사업용 토지로 양도함으로써 감면받은 양도소득세에 대하여 농어촌특별세를 부과한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 농어촌특별세법 제4조 【비과세】 제2호에 의하면 농어민 또는 농어민을 조합원으로 하는 단체에 대한 감면으로서 대통령령이 정하는 것을 농어촌특별세 비과세 대상으로 규정하고, 같은법시행령 제4조 제1항 제1호에서는 법 제4조 제2호 소정의 “대통령이 정하는 것”중의 하나로 조세감면규제법 제63조 〔조세감면규제법 제55조 제1항 제1호 또는 제2호에 해당하는 자가 직접 경작한 토지(8년 이상 경작 기간은 이를 적용하지 아니한다)로서 농지세 과세대상(비과세ㆍ가면 및 소액부징수의 대상이 되는 토지를 포함한다)이 되는 토지에 한한다〕 의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 감면을 들고 있으며, 같은령 제4조 제7항에서는 “법 또는 이 령에서 농어촌특별세 비과세 대상으로 규정된 조세감면규제법의 해당 규정과 같은 취지의 감면을 규정한 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률의 해당 규정에 대하여 동법 부칙 제13조 내지 제19조의 규정에 의한 경과조치 또는 특례가 적용되는 경우에 동 경과조치 또는 특례에 대하여서도 농어촌특별세를 부과하지 아니한다”라고 규정하고 있다. 한편 조세감면규제법(법률 제4666호, 93.12.31. 전면개정된 것) 부칙 제16조 제8항에서는 “이 법 시행(94.1.1) 당시 내국인이 15년 이전에 취득한 토지 등으로서 종전의 제57조 제1항 각호의 1에 해당하는 토지 등을 1995.12.31. 이내에 양도하는 경우 양도소득세 등의 감면 및 추징 등에 관하여는 종전의 제57조ㆍ제88조의 2 및 제88조의 3의 규정에 의한다”라고 규정하고 있으며, 구 조세감면규제법(법률 제4521호, 92.12.8)의 규정에 의하면 공공사업용 토지의 양도소득 또는 토지수용법 기타 법률에 의한 수용으로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 그 양도소득세의 일정비율을 감면하도록 하고, 같은법 제55조의 제1항의 규정에 의하면 당해 농지소재지에 거주하는 거주자 또는 농업생산을 주된 사업으로 영위하는 법인 등이 8년 이상 계속하여 직접 경작한 토지로서 일정한 요건이 해당하는 토지를 양도함으로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제하도록 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 먼저 사실관계를 본다., 청구인이 95.3.29. 처분청에 접수한 자산양도차익예정신고서에 의하면, 청구인은 95.2.13. 쟁점토지를 공공사업용 토지로 일금 488,285,000원에 ○○군청에 협의양도하였으며, 구 조세감면규제법(법률 제4666호, 93.12.31) 제16조 제8항의 “경과조치”의 규정에 따라 쟁점토지의 양도소득세 산출세액35,273,838원의 70%인 24,691,686원에 대하여는 감면을 적용하여 농어촌특별세는 농어촌특별세법 제4조 제7항 의 규정에 의하여 비과세대상으로 보아 자산양도차익예정신고하였음을 알 수 있다. 처분청은 조세감면규제법 제16조 제8항의 “경과조치”에 따라 쟁점토지양도소득세 산출세액의 70% 상당액인 24,691,686원에 대하여 감면결정였으나, 쟁점토지의 지목이 임야이므로 동 감면세액에 대한 농촌특별세는 비과세대상에 해당하지 아니니한다고 하여 99.1.2. 청구인에게 농어촌특별세 5,432,170원을 결정고지하였음이 결정결의서 등에 의하여 확인되고 있다. 살피건대, 전시한 조세감면규제법 제16조 제8항은 그 내용이 규정방식, 체제 등으로 보아 조세감면규제법 제63조의 제1항(구 조세감면규제법 제57조 제1항)의 규정에 의하여 감면되는 경우중 일정한 요건에 해당하는 경우에 있어서의 감면비율에 관한 적용례를 규정한 것으로서 근본적으로는 공공사업용 토지 등에 대한 양도소득세 등의 감면을 규정한 조세감면규제법 제63조 제1항의 규정에 의한 감면의 한 모습에 불과하고, 그것이 조세감면규제법 제63조 제1항 등과는 별개의 양도소득세 등의 면제에 관한·근거규정이 되는 것은 아니라 할 것인 바, 농어촌특별세법시행령 제4조 제1항 제1호 에서 조세감면규제법 제63조의 규정에 의한 감면에 대하여는 당해 농지 소재지에 거주하는 거주자 또는 농업생산을 주된 사업으로 영위하는 법인이 직접 경작한 농지세 과세대상이 되는 토지 즉 농지에 한하여 농어촌특별세를 비과세하도록 규정하고 있으므로, 결국 농어촌특별법시행령 제4조 제7항은 개정된 조세감면규제법을 적용하는 경우에 생기는 혼란을 염두에 둔 규정으로서 위 조감법부칙 제16조 제8항에 의한 양도소득세 감면의 경우에도 농어촌특별세법시행령 제4조 제1항 제1호 와 같은 취지의 감면에 한하여 농어촌특별세를 비과세하는 것이라고 풀이함이 상당하다(감심98-106, 98.4.28, 대법원97누5572, 97.10.24, 같은 뜻임) 따라서 청구인이 공공사업용 토지로 임야인 쟁점토지를 양주군청에 양도함으로써 감면받은 양도소득세에 대하여 처분청이 농어촌특별세를 과세한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 위와 같이 심리한 바, 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 국세기본법 제65조 제1항 제2호 에 의거 주문과 같이 결정한다.