아파트 토지의 기준시가 산정방법

○○세무서장이 “99.1.6 청구인에게 결정고지한 ‘96년 귀속 양도소득세 3,109,510원은 환지확정후 당해 아파트의 등기부상 초두에 기재된 토지(○○동 ○○번지)의 종전토지 중 가장 나중에 취득한 토지의 취득시기를 적용하고, 동 토지의 취득가액은 종전 토지의 전체 토지에 대한 필지별 기준시가를 적용하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

처분청은 청구인이 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○아파트 ○○호 아파트 84.66㎡, 대지권 30.83㎡(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 ‘96.6.10 양도하고 기준시가에 의하여 양도소득세를 신고납부하였으나, 토지를 먼저 취득하고 건물이 나중에 완성된 주택조합아파트로서 토지의 취득가액 계산에 오류가 있어 ’99.1.6. 청구인에게 ‘96년 귀속 양도소득세 3,106,510원을 결정 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 ‘99.2.23 이 건 심사청구를 제기하였다.

쟁점아파트는 조합아파트로서 수개의 필지위에 아파트가 건축되었고 쟁점아파트토지는 그 취득일이 필지별로 다르고 공시지가도 차이가 있는 공동주택에 부수되는 다수필지인 토지에 해당되므로 쟁점아파트 중 토지의 기준시가는 국세청예규(재일 01254-627, 91.3.11 외)에 따라 동 토지의 대표지번의 개별공시지가를 적용하여 이 건 양도소득세를 취소하여야 한다는 주장이다.

공동주택인 쟁점아파트에 부수되는 토지가 다수필지로서 그 토지취득일과 대표지번의 공시지가를 등기부상 면적이 가장 넓은 필지를 주된 필지로 적용하여 쟁점아파트 토지의 기준시가를 산정한 당초결정은 정당하다는 의견이다.

• 가. 쟁점 쟁점아파트의 토지의 기준시가 산정방법을 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 소득세법(94.12.22 법률제4803호 전문 개정된 것) 제99조【기준시가의 산정】제1항 제1호 다목에서 “건물에 부수되는 토지를 공유로하고 건물을 구분 소유하는 공동주택 또는 특수용도의 건물로서 대통령령이 정하는 지역안에 소재하는 주택 또는 건물의 경우에는 가목 및 나목의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 가액”으로 규정하고 있다. 같은법 시행령(94.12.31 대통령령 제14467호로 전문 개정된 후 대통령령 제14860호로 개정되기 전의 것) 제164조【토지ㆍ건물의 기준시가 산정】제4항에서 “대통령령이 정하는 지역이라 함은 국세청장이 지정하는 지역을 말한다”로, 같은 조 제8항에서는 “제4항의 규정에 의하여 국세청장이 지정하는 지역에 있는 자산으로서 취득당시에는 그 지역에 해당하지 아니하는 경우 취득당시의 기준시가는 다음 산식에 의하여 계산한 가액으로 한다. 국세청장이 당해자산에 대하여 최초로 고시한 기준시가 × 취득당시의 과세시가표준액 ／ 당해자산에 대하여 국세청장이 최초로 고시한 기준시가의 고시 당시 과세시가표준액(최초로 고시한 기준시가 고시당시의 과세시가표준액과 취득당시의 과세시가표준액이 동일한 경우에는 제7항의 규정을 준용한다.”로 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 먼저 이 건 사실관계를 보면, 쟁점아파트는 주택조합아파트로서 동 아파트의 토지는 토지구획정리사업 완료로 종전 ○○동 ○○번지외 17필지에서 ○○ ○○번지로 ‘95.5.15. 환지되었고 건물은 ’95.4.22 사용검사후 ‘95.5.31 보존등기된 사실이 쟁점아파트에 대한 등기부등본, 건축물대장, 토지대장에서 확인된다. 한편 처분청은 쟁점토지의 기준시가를 적용함에 있어 종전 토지 중 면적이 가장 큰 ○○동 ○○번지를 대표지번으로 보아 동 지번의 취득시기(‘90.5.11) 및 기준시가(720,000원/㎡)를 적용하였고 이에 대하여 청구인은 종전 토지 중 등기부상 제일 먼저 기재된 ○○동 ○○번지의 취득시기(’90.7.24) 및 기준시가(1,100,000원/㎡)를 적용하여야 한다는 주장인 바. 살피건데, 토지를 먼저 취득하고 건물을 나중에 완성한 주택건설촉진법 규정에 의한 조합 아파트를 조합원이 취득하여 양도하는 것에 대한 양도차익을 기준시가로 산정함에.있어 당해 아파트의 부속토지의 취득시기를 적용하는 경우, 그 부속토지가 토지구획정리사업법 규정에 의한 환지가 수반된 토지인 경우에는 환지확정 후 동 아파트의 등기부상 초두에 기재된 토지의 종전토지(종전토지가 수필지로 된 경우 맨 나중에 취득한 토지)에 대한 취득시기를 적용하는 것이나, 납세자가 등기부상의 모든 필지의 취득시기를 적용할 것을 요구할 때에는 각각의 필지별로 종전토지의 취득시기를 적용하는 것이므로(우리청 재일 46014-1924 97.8.13). 이 건의 경우와 같이 환지확정후 동 아파트의 등기부상 초두에 기재된 토지(○○동 ○○번지)의 종전토지가 수필지로 된 경우 쟁점토지의 취득시기는 종전토지 중 가장 나중에 취득한 토지의 취득시기를 적용하고, 당해 토지의 기준시가는 종전 토지의 전체 토지에 대한 필지별 기준시가를 적용함이 타당하다고 판단된다. 그렇다면, 처분청이 쟁점아파트의 토지에 대한 취득시기 및 기준시가를 환지 전 종전토지 중 면적이 가장 큰 지번으로 적용하여 이 건 양도소득세를 과세한 당초처분은 잘못된 처분으로 경정함이 타당하다고 판단된다. 따라서, 이 건 청구주장은 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 에 의거 주문과 같이 결정한다.