기준시가에 의한 양도차익이 실지로 거래된 양도가액을 초과할 수 있는지 여부

○○세무서장이 1998.12.02.자로 청구인에게 결정ㆍ고지한 1996년 귀속분 양도소득세 5,612,380원은, 청구인이 1996.02.27 양도한 ○○도 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○번지 축사 1,085,63m 2 및 국유지 사용권리에 대한 양도차익을 10,000,000원으로 하여, 장기보유특별공제는 양도차익을 기준으로 공제하고, 양도소득세특별공제는 기준시가에 의한 취득가액을 기준으로 공제하여, 그 과세표준과 세액을 경정한다.

청구인은 ○○도 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○번지 축사 1,085,63m 2 와 국유지 사용권리(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 1990.10.28 취득하여 1996.02.27 양도하고, 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이전인 1996.12.12 증빙서류를 갖추어 실지거래가액으로 신고 납부하였다. 처분청은 위 신고에 대하여 취득시 가액을 증빙할 서류의 제출이 없다하여 실지거래가액을 부인하고, 양도차익을 기준시가로 계산하여 1998.12.02 청구인에게 1996년 귀속분 양도소득세 5,612,380원을 결정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.01.15. 이 건 심사청구를 제기하였다.

(1) 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물을 함께 취득하거나 양도하는 경우에는 이를 각각 구분하여 산정해야 된다는 구 소득세법 제100조 제2항 의 규정에 위배된 것으로, 권리금의 취득계약서가 미제출되었다는 이유로 취득가액이 없는 건물부분도 기준시가로 과세한 처분은 부당하다.

(2) 양도소득세를 실지거래가액에 의하여 신고한 경우로서 실지거래가액의 적용을 제외할 경우에는 법 규정에 의거 공정과세위원회의 자문을 거쳐 실지거래가액에서 제외하여야 하나 기준시가 결정시 조사나 확인없이 또한 공제과세위원회의 자문없이 기준시가로 결정한 처분은 위법하다.

(3) 기준시가로 결정시 기준시가의 양도차익이 실지양도가액을 초과하는 경우 양도차익의 산정은 실지양도가액을 기준시가에 의한 양도차익으로 결정하여야 함에도 기준시가에 의하여 양도소득세를 계산한 처분은 부당하다. 따라서 양도차익을 기준시가로 산정하여 결정고지한 처분은 이를 취소하여야 한다는 주장이다.

실지거래가액에 의하여 신고납부하였으나, 취득시 가액을 증빙할 서류의 제출이 없으므로, 실지거래가액을 부인하고 기준시가로 결정한 처분은 정당하다는 의견이다.

• 가. 쟁점 양도소득세를 기준시가에 의하여 결정시 기준시가에 의한 양도차익이 실지 양도가액을 초과한 경우 양도소득세 결정 방법을 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제96조 【양도가액】 및 제97조 【양도소득의 필요경비계산】에서 양도가액 및 취득가액은 토지ㆍ건물의 경우에는 당해 자산의 양도당시 및 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산의 종류ㆍ보유기간ㆍ거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의한다고 규정하고 있다. (2) 같은 법 시행령 제166조 【양도차익의 계산】 제4항 제3호 규정에 의하면 법 제96조 제1호 단서 및 법 제97조 제1항 제1호 가목 단서에서 당해 자산의 종류ㆍ보유기간ㆍ거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우라 함은 양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고한 경우라고 규정하고 있다. (3) 국세기본법 제81조 의 5【납세자의 성실성 추정 등】 제1항에서 세무공무원은 납세자가 세법이 정하는 신고 등의 납세협력의무를 이행하지 아니하였거나 납세자에 대한 구체적인 탈세정보가 있는 경우 등 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 납세자가 성실하며 납세자가 제출한 신고서 등이 진실한 것으로 추정하여야 한다라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계를 본다. (가) 청구인은 쟁점부동산을 양도하고 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이전에 취득계약서 없이 양도계약서만을 갖추어 축사에 대한 양도가액은 7,000,000원, 취득가액은 0원으로, 국유지 사용권리금에 대한 양도가액은 3,000,000원, 취득가액은 3,000,000원으로 하여 양도소득세 1,050,000원을 신고납부하였다. (나) 처분청은 취득가액을 입증할 수 있는 취득계약서 등의 제출이 없다 하여 실지거래가액을 부인하고 기준시가에 의하여 양도가액을 30,397,640원. 취득가액을 4,342,520원, 필요경비를 477,675원으로 하여 양도차익을 25,577,445원으로 결정 하였다. (다) 부동산 거래가액을 부인하는 경우의 입증책임은 과세관청에 있음에도(대법원 80누 429, 1980.11.11. 같은 뜻임), 처분청은 청구인이 신고한 실지양도가액에 대하여 실지거래가액 조사나 확인을 하지 아니하고, 또한 청구인이 신고한 양도가액이 실지거래가액이 아니라는 반증의 제시도 없다.

(2) 위 내용들을 종합하여 본다. 이 건의 경우는 기준시가에 의해 양도소득세를 산정한 경우로서 기준시가에 의한 양도차익이 실지로 거래된 양도가액을 초과한 경우에 해당되는 바, 이에 대하여 보면 기준시가에 의해 양도소득세를 산정하는 경우로서 기준시가에 의한 양도차익이 실지로 거래된 양도가액을 초과할 수는 없는 것이다. 따라서 기준시가에 의한 양도차익이 실지양도가액을 초과하는 경우에는 실지양도가액을 양도차익으로 하되 장기보유특별공제는 양도차익을 기준으로 하여 공제하고, 양도소득세특별공제는 기준시가에 의한 취득가액을 기준으로 공제하여 양도소득세를 산정하는 것이며, 자산의 양도대가로 지급받은 재산세, 소송비용, 보상비 등은 실지양도가액에 산입하는 것이다(국세청 재일 012543474, 1991.11.08. 같은 뜻임). 그렇다면 기준시가로 결정시 기준시가의 양도차익이 실지양도가액을 초과하는 경우 양도차익의 산정은 실지양도가액을 기준시가에 의한 양도차익으로 결정하여야 한다는 청구주장은 이유있는 것으로 판단된다.

(4) 한편, 청구인은 이 건과 관련하여 불복과정에서 취득당시 계약서를 제시하고 있으나, 이는 처분청에서 양도소득세 과세표준 및 세액을 결정한 후에 실지거래가액이 확인되더라도 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정할 수 없는 것이므로(대법원 95누 580, 1995.06.13. 등 다수 같은 뜻임), 청구인이 이 건 불복청구시 제시한 취득가액은 이를 인정할 수 없다 할 것이다.

(5) 그리고 청구인의 다른 주장은 기준시가로 결정시 기준시가의 양도차익이 실지양도가액을 초과하는 경우 양도차익의 산정은 실지양도가액을 기준시가에 의한 양도차익으로 결정하여야 한다는 청구주장이 받아 들여져 청구인의 다른 주장은 심리에 대한 실익이 없으므로 이에 대한 심리를 생략한다. 따라서, 청구주장은 이유있다고 인정되어 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.