양도세 결정시 기납부세액이 적정하게 공제되었는지 여부

이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

처분청은 청구인이 1992.10.07. 취득한 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○아파트 ○동 ○호(이하 “쟁점 아파트”라 한다)를 1993.01.29. 양도한 후 1993.02.20. 실지거래가액으로 자산양도차익 예정신고를 하였으며 1993.05.27. 수정신고를 한데 대하여 신고 내용대로 양도차익을 결정하고 예정신고 자진납부세액 15,200,000원을 결정세액에서 차감하여 1998.12.15. 청구인에게 1993년도분 양도소득세 24,425,430원을 결정 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.01.11. 이 건 심사청구를 제기하였다. (처분청에서는 이 건 심사청구가 제기된 이후 예정신고 납부세액 10,984,440원을 기납부세액을 추가 공제하여 1999.01.20. 양도소득세를 11,000,000원으로 재경정하였다)

청구인은 쟁점 아파트의 양도에 대하여 1993.02.20. 자산양도차익 예정신고후 10,984,440원을 자진 납부하였으며 1993.05.27. 과세표준 확정신고후 납부할 세액 25,200,000원 중 1993.05.29. 15,200,000원을 납부하였으며 한달 뒤 분납세액 10,000,000원을 납부한 사실이 있음에도 불구하고 처분청에서는 청구인이 신고 납부한 날로부터 5년이 지난 시점에 양도소득세를 결정하면서 1993.05.29. 자진 납부한 15,200,000원만을 기납부세액으로 공제함으로써 24,425,430원을 추가로 납부하라고 고지한 처분은 부당하다는 주장이다.

청구인이 1993.02.20. 예정 신고한 세액 10,984,440원에 대한 납부 사실이 확인되므로 이를 기납부세액으로 공제하여 다시 결정하였으며 1993.05.27. 수정신고시 분납신청한 세액 10,000,000원은 그 납부 사실이 확인되지 아니하므로 이를 기납부세액으로 공제할 수 없다는 의견이다.

• 가. 쟁점 양도세 결정시 기납부세액이 적정하게 공제되었는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 소득세법 제16【세액계산의 순서】에서 “거주자에 대하여 부과하는 소득세는 이 법에 특별한 구정이 있는 경우를 제외하고는 다음 각호의 규정에 의하여 계산한다.
• 가. 과세표준에 기본세율을 적용하여 산출세액을 계산한다.
• 나. 산출세액에서 세액공제를 하여 결정세액을 계산한다.
• 다. 2호의 계산에 있어서 감면되는 세액이 있는 때에는 이를 공제하여 결정세액을 계산한다.
• 라. 결정세액에 가산세를 가산하여 총결정세액을 계산한다.”고 규정하고 있으며 자산양도차익 예정신고를 한 경우에는 위 총결정세액에서 자진 납부세액을 차감하여 납부할 세액을 계산하여 고지하도록 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 청구인은 쟁점 아파트의 양도에 대하여 1993.02.20. 자산양도차익 예정 신고시 10,984,440원을 자진 납부하였으며 1993.05.27. 추가 신고를 하면서 25,200,000원을 자진납부한 사실이 있음에도 처분청에서 이 건 양도소득세를 결정하면서 기납부세액으로서 15,200,000원만을 결정세액에서 차감하고 이 건 양도소득세를 고지한 처분(처분청에서는 이 건 심사청구가 제기된 이후 위의 예정신고납부세액 10,984,440원을 결정세액에서 기납부세액으로 차감하여 1999.01.20. 양도소득세를 11,000.000원으로 경정하였슴)은 부당하다는 주장인 바, 청구인의 양도소득세 신고 및 자진납부 사실을 살펴보면, 청구인은 1992.10.07. 쟁점아파트를 취득하여 1998.01.29. 양도하였으며 1993.02.20. 실지거래가액으로 양도차익 예정신고를 하면서 양도소득세 10,984,440원을 자진 납부한 사실이 자산양도차익 예정신고서 및 세입금 영수내역서에 의하여 확인된다. 또한, 1993.05.27. 쟁점아파트의 양도에 대하여 추가 신고를 하면서 자진 납부할 세액 25,200,000원 중에서 15,200,000원은 1993.05.29. ○○은행 ○○동지점에 납부한 사실이 양도소득세 신고서 및 납부서원부, 세입금 영수내역서에 의하여 확인되나, 분납신청 세액 10,000,000원에 대한 자진납부 사실이 확인되지 아니하고 있는 바, 당심에서 이를 확인하기 위하여 당초 신고관서인 ○○세무서에 납부사실 여부를 확인 요청(국세청 심이 46820-5563, 1999.02.25.)하였으며

○○세무서장이 재산세과에 비치하고 있는 1993년도 사후결의 대장 및 총무과의 세입금 영수내역서(국고수납대리점인 ○○은행 ○○지점에서 매달 작성하여 세무관서에 통보하는 세금납부 내역서임) 및 영수필통지서, 일계전 등 관련서류를 재차 확인한 후 청구인은 위 분납세액 10,000,000원을 납부한 사실이 없다고 통보(○○세무서 총무 46120-352, 1999.03.08)하였는 바, 납부하지 아니한 위 분납세액에 대하여 양도소득세를 고지한 당초처분은 정당하다고 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.