부동산이 양도소득세가 비과세되는 1세대 1주택에 해당되는지 여부

○○세무서장이 ’99.03.03 청구인에게 결정고지한 ’98년 과세연도 양도소득세 5,650,670원의 부과처분은

1. ○○구 ○○동 ○○번지 대지 225㎡, 건물 391.56㎡의 양도차익을 산정함에 있어서 청구인 지분을 9분의 2로 하고, 기준시가에 의한 양도가액을 48,000,000원으로 하여 과세표준과 세액을 경정하고

2. 나머지 청구는 기각합니다.

○○세무서장은 청구인이 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대지 225㎡, 건물 391.56㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)의 9분의 2를 ’86.02.22 상속받아 ’98.08.01 낙찰을 원인으로 ’98.08.14 청구외 이○○에게 소유권이전등기한 사실에 대하여 기준시가로 양도차익과 세액을 결정하고 ’99.03.03 청구인에게 1998년 과세연도 양도소득세 5,650,670원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 ’99.06.03 심사청구하였다.

쟁점부동산은 공부상 1층과 2층이 점포로 등재되어 있으나 주택가에 위치하고 있어 점포가 임대되지 아니하여 용도변경을 하지 아니하고 사실상 주택으로 사용한 사실이 임차인 노○○과 남○○의 주민등록등본과 임대차계약서에 의하여 확인되므로 1세대 1주택으로 양도소득세를 비과세하여야 하고, 쟁점부동산의 임의경매되어 쟁점부동산 전체가 216,000,000원에 경락되었는 바, 경락가액이 양도당시의 기준시가보다 낮으므로 경락가액을 양도당시의 기준시가로하여 양도차익을 재경정하여야 한다.

쟁점부동산의 공부상 1층과 2층이 점포로 등재되어 있고, 임차인의 주민등록등본과 임대계약서만으로 주택인지 여부가 확인되지 아니하므로 기준시가로 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다. 다만, 양도당시의 경락가액이 기준시가보다 낮으므로 경락가액을 양도당시의 기준시가로하여 양도소득세를 재경정함이 타당하다.

• 가. 쟁점 쟁점부동산이 양도소득세가 비과세되는 1세대 1주택에 해당되는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 소득세법 제89조 【비과세양도소득】제2호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택(대통령령이 정하는 고급주택을 제외한다.)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 양도소득에 대한 소득세를 부과하지 아니한다.”라고 규정하고 같은법 시행령 제154조【1세대 1주택의 범위】제1항 제1호에서 “법 제89조 제3호에서 1세대 1주택이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것을 말한다.(단서생략)”라고 규정하고, 제3항에서는 “법 제89조 제3호의 규정을 적용함에 있어서 하나의 건물이 주택과 주택외에 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 부수되는 토지에 주택외에 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 면적이 주택외에 면적보다 적거나 같을 때에는 주택 외의 부분은 주택으로 보지 아니한다.”라고 규정하고 있다. 같은법 제99조【기준시가의 결정】제1항에서는 “제96조와 제97조 제1항 제1호 및 제100조에 규정하는 기준시가는 다음 각호에서 정하는 바에 의한다.

1. 제94조 제1호의 자산

• 가. 토지 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가.(단서생략)
• 나. 건물 다목의 경우를 제외하고는 대통령령이 정하는 과세시가표준액에 의한 가액” 이라고 규정하고 있다. 같은법 시행령 제164조【토지ㆍ건물의 기준시가의 산정】제11항 제2호에서는 “국세징수법에 의한 공매와 민사소송법에 의한 강제경매 또는 저당권 실행을 위하여 경매되는 경우의 그 공매 또는 경락가액이 법 제99조 제1항 제1호 가목에 의한 가액보다 낮은 경우에는 그 초과하는 금액을 법 제99조 제1항 제1호 가목의 가액에서 차감하여 양도당시의 기준시가를 계산한다.”고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 먼저 사실관계를 살펴본다. 쟁점부동산의 등기부등본을 보면 ’86.02.22 상속을 원인으로 ’86.10.13 쟁점부동산이 9분의 3이 남○○ 명의로, 9분의 2가 청구인 명의로, 9분의 2가 이○○ 명의로, 9분의 2가 이○○ 명의로 각각 소유권이정등기된 사실, 쟁점부동산이 임의경매로 ’98.08.01 경락되어 ’98.08.14 청구외 이○○에게 소유권이전등기된 사실이 등기부등본에 의하여 확인되고, 쟁점부동산 전체가 216,000,000원에 낙찰된 사실이 서울지방법원 서부지원의 배당표(97타경 28595)에 의하여 확인된다. 쟁점부동산의 건축물관리대장을 보면 각층별 면적이 지하 125.75㎡, 1층 124.46㎡, 2층 125.75㎡, 3층 15.6㎡이고 1층과 2층은 점포로 등재되어 있으며, 청구인은 쟁점부동산을 주택으로 사용하였다고 청구외 남○○에게 임대한 임대계약서를 증빙자료로 제시하고 있는 바, 임대계약기간이 96.06.16~98.06.15(24개월), 보증금 20,000,000원, 월세 1,700,000원으로 기재되어 있고, 청구외 노○○과의 전세계약서에는 임대기간 97.02.17~98.02.17, 보증금 20,000,000원, 월세 1,200,000원, 특약사항에 “사진부 97.01.31, 인쇄소는 97.02.02까지 전 세입자 물품기계시설 일체를 철수키로 함”이라고 기재되어 있으며, 청구외 남○○의 주민등록등본에는 ○○구 ○○동 ○○번지 아파트 ○○동 ○○번지에서 95.11.21~98.07.30까지 거주한 것으로 등재되어 있고, 청구외 노○○은 97.02.19~98.10.14까지 쟁점부동산소재지에 거주한 것으로 주민등록등본에 기재되어 있다. 처분청에서는 청구인의 쟁점부동산의 양도차익을 기준시가로 결정함에 있어서 청구인 지분을 4분의 1로하여 양도가액과 취득가액을 각각 70,285,810원과 38,030,320원으로하여 양도차익을 30,479,411원으로 결정한 사실이 양도소득세 과세자료전겸 결정결의서에 의하여 확인된다. 다음으로 쟁점부동산이 주택인지를 살펴본다. 쟁점부동산의 등기부등본과 건축물관리대장상 1층과 2층은 점포로 등재되어있고, 1층에는 임차인 노○○이 지하철식당을 영위하고 있으며, 청구외 남○○에게 임대하기전에 사진관과 인쇄소로 사용하였음을 알 수 있고 현재 지하실은 남○○가 ○○예공사(000-03-00000)의 사업장으로 사용되고 있음이 확인되는 바, 쟁점부동산을 주택으로 사용하였다는 청구주장은 인정하기 어렵다. 한편, 처분청에서는 쟁점부동산의 청구인 지분에 대한 양도차익을 산정하면서 청구인 지분을 4분의 1로 보아 기준시가로 산정하였으나, 쟁점부동산 청구인 지분이 9분의 2임이 등기부등본에 의하여 확인되므로 청구인의 지분을 9분의 2로하여 재계산함이 타당하고, 쟁점부동산이 임의경매로 216,000,000원에 청구외 이○○에게 경락된 사실이 확인되는 바, 국세징수법에 의한 공매와 민사소송법에 의한 강제경매 또는 저당권 실행을 위하여 경매되는 경우의 그 공매 또는 경락가액이 기준시가보다 낮은 경우에는 그 초과하는 금액을 기준시가에서 차감하여 양도당시의 기준시가를 계산하는 것(소득세법 시행령 제164조 제11항 제2호)이므로 쟁점부동산의 청구인 지분(9분의 2)에 대한 양도당시의 기준시가를 48,000,000원 (216,000,000×2/9)으로하여 양도차익을 재경정함이 타당하다고 판단된다. 따라서, 이건 심사청구는 청구주장을 일부 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.