교회건물의 양도를 과세대상으로 본 처분의 당부

○○세무서장이 1999.03.09. 청구인에게 결정고지한 1996년 과세연도 양도소득세 10,197,030원의 부과처분은 이를 취소한다.

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지, 같은 번지의 ○○호, ○○호 및 동 지상 ○○상가 ○○호 대지 65.44㎡, 건물 179.87㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 1985.07.20. 취득하여 1996.06.20. 양도하고 기준시가로 양도차익을 산정하여 1996.08.27. 자산양도차익 예정신고를 하였다가 1996.08.31. 동 신고를 취소하는 내용으로 수정신고하였으며, 처분청은 쟁점부동산의 양도차익을 기준시가로 산정하여 1996년 과세연도 양도소득세 10,197,030원을 1999.03.09. 청구인에게 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.04.30. 심사청구하였다.

청구인은 청구외 ○○교회(이하 “쟁점교회”라 한다) 목사로서, 쟁점부동산은 신도들의 헌금으로 취득하여 11년간 쟁점교회로 사용하다 양도한 것으로, 교회는 국세기본법 제13조 제1항 의 규정에 의거 법인으로 보는 단체에 해당하여 법인세법의 적용을 받아야 하는 것인바, 쟁점교회는 쟁점부동산의 양도에 대하여 1997.03.14. 법인세신고를 마쳤음에도 청구인이 양도한 것으로 보아 이 건 과세함은 부당하다.

쟁점부동산은 그 명의가 청구인일 뿐만 아니라, 청구인이 제출한 당시의 회의록 내용을 살펴보면, 쟁점부동산을 양도하고 새로이 교회 용도로 취득하는 부동산의 취득자금 중 계약금, 중도금 등을 청구인 개인이 변동하여 처리한 후 쟁점부동산 매도대금으로 갚는다는 내용이 있는 점 등으로 볼 때, 쟁점부동산은 청구인 개인이 취득하여 양도한 것으로 보아지므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점부동산의 소유주를 청구인으로 보아 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분이 맞는지를 가리는 데 있다.
• 나. 관계법령 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】에서 『양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다』라고 규정하고, 제1호에서 “토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득”을 열거하고 있다. 국세기본법 제13조 【법인으로 보는 단체】 제1항에서 『법인격이 없는 사단ㆍ재단 기타단체 중 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대하여는 이를 법인으로 보아 이법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단ㆍ재단 기타단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것』이라고 규정하고 있다. 지방세법 제184조 【용도구분에 의한 비과세】에서 『다음 각호의 부동산에 대하여는 재산세를 부과하지 아니한다.』라고 규정하고, 제1호에서 『제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령이 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 부동산』을 열거하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계 (가) 청구인은 쟁점부동산 등기부등본상 1985.07.20. 취득하여 1996.06.20. 양도한 소유자로서 쟁점부동산 소유권이전등기 후 기준시가로 양도차익을 산정하여 1996.08.27. 자산양도차익 예정신고를 하였다가 1996.08.31. 동 신고를 취소하는 내용으로 수정신고하였으며, 처분청은 쟁점부동산 등기내용에 의하여 기준시가로 양도차익을 산정하여 청구인에게 1996년 과세연도 양도소득세 10,197,030원을 결정고지하였음이 등기부등본 및 결정결의서 등에 의하여 확인된다. (나) 쟁점교회는 1985.07.20. 창립되어 1991.12.12. 민법 제32조 에 의하여 설립된 사단법인 ○○기독교총연합회 산하 ○○장로회 총회(개혁) 산하 ○○노회에 소속되어 종교활동을 한 사실이 소속증명서 등에 의하여 확인되고, 1995.05.08. ○○세무서에 사업자등록을 필하였음을 납세번호증(000-00-00000)에 의하여 알 수 있다. (다) ○○구청장은, 확인이 가능한 기간만이라도 재산세가 비과세된 사실을 확인해 달라는 청구인의 요청에 대하여 1994년부터 1996년까지 쟁점부동산이 종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 부동산이어서 비과세 처리하였음을 공문(부과13430-832, 1999.04.09.)으로 회신하고 있다. (라) 쟁점부동산 취득당시 사용용도가 교회라서 취득세가 비과세되었음이 쟁점부동산의 재산세과세대장에서 확인되고, 쟁점부동산이 교회목적으로 사용되었음에는 처분청과 청구인간에 달리 다툼이 없다. (마) 쟁점부동산이 신도들의 현금으로 취득한 것임을 안수집사 청구외 김○○, 서리집사 청구외 박○○, 장○○, 유○○, 곽○○ 등 5인이 인감증명서를 첨부하여 연명으로 확인서를 작성하여 확인하고 있다. (바) 쟁점교회는 쟁점부동산의 양도에 대하여 1997.03.14. 법인세 신고를 필하였음이 쟁점교회를 관할하는 처분청의 문서접수대장(접수번호 0000)에서 확인된다. (사) 쟁점교회는 쟁점부동산을 양도한 후 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대지 245.9㎡, 건물 339.63㎡을 청구외 ○○중앙교회로부터 취득하여 사업자등록(000-00-00000)을 하고 계속 교회목적으로 사용하고 있음을 동 등기부등본과 국세통합시스템 등에서 알 수 있다.

(2) 판단 (가) 교회 본래의 목적을 달성하기 위하여 신도가 출연한 현금으로 취득한 부동산으로 교회 고유목적에 사용하다 양도한 사실이 인정되면 등기부상 명의에 하고 교회가 양도한 것으로 보아야 하는 것(같은뜻: 심사 양도98-4660, 1998.10.23, 심사 광주97-71, 1997.06.27. 국심 96서 1973, 1997.01.10. 등 다수)으로서, (나) 쟁점 부동산 취득일이 1985.07.20.이므로 취득시의 자금원천을 14년이 흐른 뒤에 제시하기란 사실상 불가능하다고 판단되는바, 쟁점교회의 안수집사 청구외 김○○, 서리집사 청구외 박○○, 장○○, 유○○, 곽○○ 등 5인이 인감증명서를 첨부하여 연명으로 신도들의 현금으로 취득한 것임을 확인하고 있어 쟁점교회는 신도들의 현금으로 취득한 것이라고 보아지고, (다) 쟁점부동산이 1994년부터 1996년까지 쟁점부동산이 종교를 목적으로 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 부동산이어서 비과세 처리하였음을 ○○구청장이 확인하고 있는 점, 쟁점부동산 취득당시의 사용용도가 교회라서 취득세가 비과세된 점 및 교회로 사용되었음에는 처분청과 청구인간에 다툼이 없는 점으로 보아 쟁점부동산은 교회 고유목적에 사용하다 양도한 것으로 판단되며, (라) 쟁점교회는 쟁점부동산을 양도한 후 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대지 245.9㎡, 건물 339.63㎡을 취득하여 사업자등록(000-00-00000)을 하고 계속 교회목적으로 사용하고 있고, (마) 쟁점교회는 1985.07.20. 창립되어 1991.12.1. 민법 제32조 에 의하여 설립된 사단법인 ○○기독교총연합회 산하 ○○장로회 총회(개혁) 산하 ○○노회에 소속되어 종교활동을 한 사실이 소속증명서 등에 의하여 확인되고 1995.05.08. ○○세무서에 사업자 등록을 필하여 국세기본법 제13조 의 법인으로 보는 단체에 해당할 것인바, (바) 쟁점부동산을 쟁점교회 본래의 목적을 달성하기 위하여 신도가 출연한 현금으로 취득한 후 교회 고유목적에 사용하다 양도한 사실이 인정되고, 또한 쟁점교회는 국세기본법 제13조 에서 규정하는 법인으로 보는 단체에 해당됨을 알 수 있어 쟁점부동산의 양도에 대하여 법인이 양도한 것으로 보아 법인세가 과세되어야 함에도, 등기부상 명의에만 국한하여 쟁점부동산의 실제 소유주를 청구인으로 보아 양도 소득세를 과세한 처분청의 당초 처분은 잘못이라고 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.