신고시 제출한 증빙서류에 의하여 실지거래가액이 확인되지 아니한다고 보아 기준시가로 과세한 처분이 맞는지 여부

심사청구를 기각한다.

○○세무서장은 청구인이 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지 소재 답 2,704㎡중 1,387㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 1995.4.4 취득하여 같은곳 614-14번지 1282㎡와 같은곳 614-15번지 105㎡로 분할하고, 공장용지로 형질변경하여 1995.4.15 공장건물 490.89㎡를 신축하여 1997.3.17 청구외 정○○에게 양도하고, 취득가액과 양도가액을 각각 339,339,590원과 320,000,000원으로 하여 자산양도차익 예정신고한 사실에 대하여 신고시 제출한 증빙서류에 의해 실지거래가액이 확인되지 아니한다고 보아 기준시가로 양도차익과 세액을 결정하고 1999.1.5 청구인에게 양도소득세 115,519,580원을 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.3.23 심사청구 하였다.

청구인은 쟁점토지를 240,000,000원에 취득하여 공장용지로 형질변경하고 건물신축비 70,000,000원과 부대설비공사 등 29,399,590원을 지출한 사실이 부동산매매 계약서, 도급계약서, 영수증 등의 증빙에 의하여 확인되고320,000,000원에 양도한 사실이 확인됨에도 기준시가로 양도소득세를 결정한 처분은 부당하다.

청구인은 쟁점토지를 취득하면서 청구인이 대표이사로 있는 (주)○○상사가 ○○중앙회 ○○시 지부로부터 차입한 85,000,000원을 인출하여 1994. 10. 28 중도금으로 60,000,000원을 지급하였다고 주장하나 인출한 내역을 보면 일시에 수표로인출하지 아니하고 3번에 나누어서 각기 다른 은행에서 인출한 사실로 보아 동 금액을 중도금으로 지급하였다고 인정하기 어렵고, 농협에서 차입할 당시 위 부동산에 대하여 평가한 금액은 124,830,000원이고 등기신청시 제출한 검인계약서상의 금액은51,319,000원으로 청구인이 제시한 취득계약서와 서로 다르고 240,000,000원에 매수하였다고 인정할 만한 근거자료가 없으므로 실지거래가액이 확인되지 아니하므로 기준시가로 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 신고시 제출한 증빙서류에 의하여 실지거래가액이 확인되지 아니한다고 보아 기준시가로 과세한 처분이 맞는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 소득세법 제96조 【양도가액】제1호에 의하면 “제94조 제1호 ․ 제2호 및 제5호 (대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시기준시가. 다만, 당해 자산의 종류 ․ 보유기간 ․ 거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의한다”라고 규정하고 같은법 제97조 【양도소득의 필요경비】제1항 제1호 가목에서는 “제94조 제1항 제1호 ․ 제2호 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 양도 당시의 기준시가. 다만, 당해 자산의 종류 ․ 보유기간 ․ 거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래 가액에 의한다.” 라고 규정하고 있으며 같은법 제100조 【양도차익의 산정】제1항에 의하면 “양도차익을 산정함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나를 실지거래가액에 의하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여야 하고, 어느 하나를 기준시가에 의하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하여 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우로서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나만의 실지거래가액을 확인할 수 있는 때에는 실지거래가액을 확인할 수 있는 것은 실지거래가액에 의하여야 하고, 실지거래가액을 확인할 수 없는 다른 하나는 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 가액에 의하여야 한다”고규정하고 있다. 같은법시행령 제166조【양도차익의 산정】제4항 제3호에서 “법 제96조 제1항 단서 및 법 제97조 제1항 제1호 가목 단서에서 당해 자산의 종류·보유기간·거래 규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우”로 “양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도 당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우”를 열거하고, 제5항 제2호에서는 “제4항의 규정을 적용함에 있어서 제4항 제3호의 경우 신고한 실지거래가액이 거래증빙 등에 의하여 확인되지 아니하는 경우에는 제6항의 자문을 거쳐 실지거래가액의 적용대상에서 제외할 수 있다”라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 먼저 사실관계를 살펴본다. 쟁점토지가 1994.10.4 매매를 원인으로 같은 날에 청구인 명의로 소유권 이전등기된 사실, 1995.4.4 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지 1,282㎡와 ○○번지 105㎡로 분할된 사실, 쟁점토지에 토지소유자이었던 김○○을 채무자로 하여 ○○지구 ○○○협동조합이 1992.5.13 채권최고액 45,000,000원의 근저당권을 설정한 뒤 1994. 9. 1, 청구외 김○○이 1993. 9. 28 채권최고액30,000,000원의 근저당권을 설정한 뒤 1993. 10. 20, 청구외 김○○가 1993. 10. 19 채권 최고액 60,000,000원의 근저당권을 설정한 뒤 1993. 11. 17, ○○협동조합중앙회가 1994. 10. 21 (주)○○상사를 채무자로 하여 채권최고액 119,000,000원의 근저당권을 1995. 4. 19 각각 말소등기된 사실과 ○○협동조합중앙회가 1995. 4. 27 청구외 남○○을 채무자로 하여 채권최고액 78,000,000원의 근저당권을 설정한 사실이 등기부등본에 의하여 확인된다. 쟁점토지상에 공장건물 490.89㎡가 1995. 4. 15 준공된 사실이 일반건축물대장에 의하여 확인되고, 청구인이 쟁점토지를청구외 정○○에게 320,000,000원에 양도하기로 1996. 12. 12 약정한 매매계약서 특약사항에 “본 계약은 지적상, 공부상 계약임”이라고 기재되어 있고, 청구외 김○○으로부터 1993. 9. 19 쟁점토지 400평을 240,000,000원에 매수한 것으로 기재되어 있는 취득당시 매매계약서에는 계약금 50,000,000원은 계약당일, 중도금 80,000,000원은 1993. 12. 20, 잔금 110,000,000원은 1994. 1. 20에 각각 지급하기로 기재되어 있고, 특약사항에 “공장설립 및 건축허가에 필요한 서류를 매도인은 매수인에게 책임지고 발급하여 주며 진입도로 4m를 확보하여 준다. 위 사항이 원할치 못할 시 토지대금은 유보한다. 기타사항은 부동산 매매조례에 준한다” 라고 기재되어 있으며, 청구인은 공장건축공사를 70,000,000원에 신축하기로 청구외 배○○과 1994. 10. 1 약정한 도급계약서와 전기공사 6,500,000원, 대기배출시설공사 800,000원, 설계비 5,000,000원, 공장승인설계비 1,500,000원, 공장설림설계비 500,000원, 도로점용료 113,500원, 건축허가 면허세 6,300원, 지목변경 취득세 1,766,840원, 농지조성비 5,849,280원, 전용부담금 6,359,300원, 측량이용 357,730원과 628,640원, 농지전용면허세 8,000원, 토지등록세 666,580원, 토지취득세 790,300원, 건물 취득세 177,650원을 지불하였다고 간이영수증과 입금표를 증빙자료로 제시하고 있다. 또한 1994.10.26 ○○중앙회로부터 85,000,000원을 (주)○○상사가 대출 받아 청구인 명의의 ○○중앙회 ○○지점예금계좌(계좌번호 000-00-000000)에 1994. 10. 26 84,915,000원이 입금되고, 1994.10.26 10,000,000원과 24,570,267원, 1994.10.27 30,000,000원, 1994.10.29 14,000,000원이 출금된 것으로 기재되어 있는 대출금원장과 통장사본을 증빙자료로 제시하고 있고, 1995.4.28 30,000,000원을 농협중앙회로부터 대출받았다고 청구외 남○○의 ○○중앙회○○지부, 가계일반자금대출장 사본을 제시하고 있다. 전시의 법령과 사실관계를 모두어 보면 양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도 당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우로서 신고한 실지거래가액이 거래증빙 등에 의하여 확인되는 경우에는 실지거래가액에 의하여 양도소득세를 결정하는 것(소득세법시행령 제166조 제4항)이나, 신고한 실지거래가액이 거래증빙 등에 의하여 확인되지 아니하는 경우에는 실지거래가액 적용대상에서 제외하여 기준시가로 양도소득세를 과세하는 것(소득세법시행령 제166조 제5항 제2호)인 바, 청구인이 제시한 취득당시 매매계약서에는 계약당시 설정되어 있는 ○○○협동조합의 채권최고액 45,000,000원, 청구외 김○○의 채권최고액 30,000,000원 청구외 김○○의 채권최고액 60,000,000원의 근저당권 승계에 대한 특약이 전혀 기재되어 있지 아니하고, 매매면적이 취득당시 계약서상 400평이나 등기면적은 419.57평으로 등기내용과 일치하지 아니하고 있어 동 매매계약서는 신빙성을 인정하기 어렵다 할 것이며, 검인계약서상 쟁점토지 매수금액은 51,319,000원으로 기재되어 있고, 청구인은 쟁점토지 매매대금으로 1993. 9. 19 계약금 50,000,000원, 1993. 12. 20 중도금 80,000,000원, 1994. 10. 28 중도금 60,000,000원, 1995. 1. 10 잔금 50,000,000원을 각각 매도인에게 지급하였다고 주장하나, 등기부등본과 매매계약서 및 금융증빙자료 등의 일자나 금액이 각기 다르고, 쟁점토지가 1994. 10. 4 청구인 명의로 소유권이전등기되었는바, 일반적인 부동산거래관행과 달리 잔금회수에 대한 확실한 보장조치도 없이 매도인 김○○이 쟁점토지의 소유권을 청구인에게 등기이전하였다는 청구주장은 사리에 맞지 아니하고, 쟁점토지를 240,000,000원에 취득하였다고 인정할 만한 객관적인근거자료가 없어 취득당시의 실지거래가액이 확인되지 아니하므로 실지거래가액 적용대상에서 제외하여 기준시가로 양도소득세를 과세한 당초처분은 정당하다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.