잔금청산일 전에 주택을 멸실한 경우 주택의 양도로 볼 수 있는지 여부

○○세무서장이 1999.01.14. 청구인에게 결정고지한 1997년 과세연도 양도소득세 119,869,400원, 동 농어촌특별세 126,140원, 합계119,995,540원의 부과처분은, 과세부동산 중 ○○시 ○○구 ○동 ○○ 대지 243.9㎡의 양도를 1세대 1주택 양도로 보아 비과세하여 그 과세표준과 세액을 결정한다.

청구인은 ○○시 ○○구 ○동 ○○ 대지 243.9㎡, 건물 143.27㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 1987.09.24. 취득하여 1997.08.30.건물을 멸실한 후에 쟁점부동산 중 대지를 1997.12.12. 청구외 주식회사 ○○컨설팅토건(이하“청구외법인”이라 한다)에 매매를 원인으로 소유권 이전등기하고도 양도소득세를 신고ㆍ납부하지 않았고, 처분청은 이를 나대지의 양도로 보아 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하고 1997년도 중 국방부에 수용된 청구인 소유인 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 산 ○○ 임야 8,505.76㎡의 양도소득과 합산하여 1997년 과세연도 양도소득세 119,809,400원, 농어촌특별세 126,140원, 합계 119,995,540원을 청구인에게 1999.01.14. 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.03.15. 심사청구하였다.

1997.04.22. 매매계약을 체결하여 쟁점부동산과 쟁점부동산 인근 청구인의 부인 청구외 추관서 소유의 같은 곳 ○○번지와 청구인의 형인 청구외 추○○ 소유의 같은 곳 ○○번지를 일괄 양도하고 잔금까지 약정일인 1997.06.10. 전액 수령하였으나, 위 3필지에 기 설정된 근저당권상 청구인 및 가족명의의 은행채무 16억원에 대한 명의변경이 은행의 비협조로 소유권 이전등기가 지체되었으며, 매매계약서상의 양도물건에 주택이 포함되어 있으나 잔금지급일과 소유권 이전등기일 사이에 양수인의 요청에 의하어 주택을 멸실하게 되었는바, 중도금 2억과 잔금 중 6천만원을 수령한 사실이 통장에 의하여 확인이 되고, 잔금지급일 이후에는 앙수자가 은행채무의 이자 및 원금을 상환한 사실이 입증되며, 설사 잔금 지급일을 인정하지 않는다 하더라도, 주택의 매매계약후 잔금 청산일전에 양수자의 요청에 의하여 주택을 멸실한 경우에는 주택의 양도로 보아매매계약일 현재를 기준으로 비과세 여부를 판정하여야 하는바, 청구인을 포함한 1세대는 쟁점부동산의 매매계약일 현재 다른 주택을 소유하지 않았기에, 쟁점부동산의 양도는 1세대 1주택의 양도에 해당하므로 이 건 양도소득세 등의 부과를 취소하여야 한다.

소유권 이전등기 신청시 청구인이 날인하여 제출한 매매계약서상에는 대지만 있으며, 쟁점부동산 지상의 주택을 1997.08.30. 멸실한 후인 1997.12.12. 매매계약이 이루어 졌고, 청구인이 주택을 멸실하기 전에 계약이 이루어 졌다고 제시한 매매계약서상의 계약금을 수령한 근거가 없고, 중도금 2억원 및 잔금 6천만원을 수령하였다고 제시한 통장내웅을 보면, 매매계약서상의 중도금ㆍ잔금을 지급하기로 한 날과 실제통장에 입금된 날이 다르고 통장 명의인도 부동산 매매계약 당사자인 위 3인과 관련 없는 타인으로 실제 계약이 이루어진 것으로 볼 수 없어, 쟁점부동산 중 대지만을 양도한 것으로 보아 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 과세한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지의 양도가 1세대 1주택 비과세 대상인지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】에서 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.라고 규정하고, 같은 법 시행령 제162조【양도 또는 취득의 시기】제1항에서 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다.라고 규정하면서, 제1호에서대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일, 다만, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다.라고 열거하고 있다. 같은 법 제89조 【비과세양도소득】제3호 및 같은 법 시행령 제154조 【1세대 1주택의 범의】제1항에서 “1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 경우에, 1세대 1주택과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 부과하지 아니한다.라고 규정하고 있다. 같은 법 시행령 제154조【세대 1주택의 범위】제6항에서제1항에서 “가족”이라 함은 거주자와 그 배우자의 직계존ㆍ비속 및 형제자매를 말하며, 취학ㆍ질병의 요양ㆍ근무상 또는 사업상의 형편으로 본래의 주소 또는 거소릉 일시퇴거한 자를 포함한다.라고 규정하고 있다. 같은 법 기본통칙 89-21【매매특약이 있는 주택의 1세대 1주택 비과세 판정】에서는영 제154조 제1항의 규정에 따른 1세대 1주택 비과세의 판정은 앙도일 현재를 기준으로 한다. 다만, 매매계약후 양도일 이전에 매매특약에 의하여 1세대 1주택에 해당되는 주택을 멸실한 경우에는 매매계약일 현재를 기준으로 한다. 라고 규정하고 있다. 국세기본법 제14조 【실질과세】제2항에서세법중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계 (가) 청구인은 쟁점부동산을 1987.0924. 취득하여 0997.08.30. 주택을 멸실하였으며, 쟁점부동산 중 토지를 1997.12.12. 청구외법인에 매매를 원인으로 소유권 이전등기하였음이 등기부등본 및 건축물관리대장에 의하여 알 수 있다. (나) 청구인은 쟁점부동산과 청구인의 부인 청구외 추○○ 소유인 ○○시 ○○구 ○○동 ○○ 소재 부동산(대지, 건물)과 청구인의 형인 청구외 추○○ 소유의 ○○시 ○○구 ○○동 ○○ 소재 부동산(대지, 건물)을 일괄하여 청구외 최○○에게 25억원에 양도하기로 1997.04.22. 계약하였으며, 일괄 양도하기로 한 위 부동산 중 건물 전부는 매수자의 요구에 의하여 1997.08.30. 멸실하고, 위 부동산의 매매대금 중 중도금 2억원을 1997.05.13.에, 잔금2억원 중 6천만원을 1997.06.11. 받은 사실이 예금계좌에 의하여 확인된다고 주장하면서 이에 대한 증거서류로 매매계약서, 등기부등본, 대지사용승락서 및 청구외 추덕남의 예금통장을 제시하고 있다. (다) 처분청은, 쟁점부동산의 소유권이전등기 신청시의 매매계약서상에는 대지만 있으며, 쟁점부도산 중 주택을 1997.08.30. 멸실한 후인 1997.12.12. 매매계약이 이루어졌고, 청구인이 주택을 멸시하기 전에 계약이 이루어 졌다고 제시한 매매계약서상의 계약금을 수령한 근거가 없고, 매매계약서상의 중도금ㆍ잔금을 지급하기로 한 날과 실제 통장에 중도금 2억원 및 잔금 6천만원이 입금된 날이 다르며, 통장 명의인도 부동산 매매계약 당사자인 위 3인과 관련없는 타인으로 실제 계약이 이루어진 것으로 볼 수 없어, 쟁점부동산 중 대지만을 양도한 것으로 보아 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 과세하였음이 결의서 등에 의하여 확인된다.

(2) 판단 (가) 소득세법 규정에 따른 1세대 1주택 양도소득세 비과세 요건의 판정은 “양도일 현재”를 기준으로 하는 것이나, 다만, 매매계약의 성립 후 양도일 이전에 매매특약에 따른 주택을 멸실한 경우에는 매매계약일 현재를 기준으로 1세대 1주택양도소득세 비과세 여부를 가리는 것(같은 뜻: 제일 46014-2675, 1995.10.11, 국심89서1272,1989.09.29.등 다수)으로, 이 건은 청구인이 쟁점부동산의 매매계약 성립 후 매매특약에 따라 양도일 이전에 주택을 멸실한 것인지 여부를 가리는데 있다 할 것이다. (나) 청구인은 쟁점부동산(○○동 ○○)과 청구인의 부인 청구외 추○○ 소유의 ○○동 ○○, 청구인의 형인 청구외 추○○ 소유의 ○○동 ○○ 소재의 부동산을 일괄하여 청구외 최○○에게 1997.04.22. 25억원에 양도하기로 계약한 후 중도금과 잔금을 1997.05.13. 및 1997.06.11. 수령하고 위 부동산 중 건물을 1997.08.30. 멸실한 후 대지만을 소유권이전 등기하였으며, 위 부동산의 매매대금 중 중도금 2억원을 1997.05.13.에, 잔금 2억원 중 6천만원을 1997.06.11. 받은 사실이 예금계좌에 의하여 확인된다고 주장하면서 청구외 추○○의 예금통장을 제시하고 있다. (다) 청구인은 쟁점부동산을 위 부동산의 매매대금 중 중도금 2억원을 1997.05.13.에, 잔금 2억원 중 6천만원을 1997.06.11. 받은 사실이 예금계좌에 의하여 확인된다고 주장하면서 이에 대한 중거서류로 칭구외 추○○의 예금통장을 제시하고 있으나, 예금계좌애 임금을 쟁점부동산의 매수자인 청구외 최○○이 한 것이 아니며, 예금주인 청구외 추○○은 위 부동산의 매도자가 아닌 점 등으로 보아 입금된 금액이 위 부동산의 매매대금으로 보기는 어렵다 할 것이다. (라) 위 부동산의 매매대금을 25억원으로 약정하고, 매매대금 25억원에서 5억원 중 1억원은 계약금 명목으로 계약일인 1997.04.22.에, 2억원은 중도금 명목으로 1997.05.10.에, 2억원은 잔금명목으로 1997.06.10.에 지급하기로 하고, 나머지 20억원 중 16억원은 1997.05.10.까지 위 부동산에 설정된 근저당권(채무)의 채무자를 변경하며, 4억원은 잔금 2억원이 지급되면 매도자가 지정하는 자에게 근저당권을 설정하기로 계약하였음이 청구인이 제시한 계약서에 의하여 알 수 있고, 계약서상의 잔금지급약정일(1997.06.10.)이후인 1997.06.16. 청구외 최○○을 매수자로 청구인의 소유권이전 등기용 인감증명서를 발급받은 사실이 잠원동장의 인감증명 발급사실 확인결과 통보 공문(잠원 13210-335, 1999.02.25.)에 의하여 확인되며, 건축주를 청구외법인(대표이사 최○○)으로 1997.07.23. 위 부동산애 연립주택14세대의 건축허가를 서초구청에 신청하여 1997.08.07. 건축허가를 받았으며, 쟁점부동산 중 건물의 멸실일이 1997.08.30.임이 당심에서 1999.04.19. ○○구청에 건축허가 신청확인 내용 조회에 대한 회신 공문(○○구 건축 58551-11139, 1999.04.23)얘 의하여 확인되며, 또한, 쟁점부동산과 일괄 양도하기로 계약한 청구인의 부인 청구외 추○○ 소유부동산과 청구인의 형인 청구외 추○○ 소유부동산 중 건물부분도 1997.08.30. 멸실되었음이 건축물관리대장에 의하여 확인되고, 쟁점부동산의 잔금지급 약정일인 1997.06.10. 이전에는 위 부동산을 담보로 대출받은 은행채무의 이자 및 원금이 ○○은행 ○○동지점, ○○역지점 및 ○○동지점 등에서 상환되었으나, 그 후에는 청구외법인의 소재지에서 가까운 ○○은행 본점영업부에서 상환되었음이 청구인의 처인 청구외 이○○ 명의의 예금계좌(○○은행 000-00-0000-000)에 의하여 알 수 있고,쟁점부동산에서 청구인의 누나인 청구외 추○○이 1990.10.25.부터 거주하다가 건물 멸실일(1997.08.30.) 이전인 1997.07.03. ○○구 ○○동 ○○ ○○아파트 ○동 ○호로 거주이전하였음이 주민등록초본에 의하여 알 수 있으며, 당초 매매계약상 매수자는 청구외 최○○으로 되어 있으나, 청구외 최○○ 청구외법인의 대표이사임이 법인등기부등본에 의하여 확인(청구외법인의 대표이사가 청구외 최○○에서 1997.05.02. 청구외 연○○으로 변경)되며, 계약서상 청구외 최○○의 주소가 청구외법인의 소재지로 되어 있고, 1997.07.23. 서초구청에 신청한 건축허가신청서상에도 신청인이 청구외법인(대표이사 청구외 최○○)이며, 소유권이전등기 신청시 등기권리자를 청구외법인으로, 대표이사를 청구외 최○○으로 기재되어 있음이 등기신청서 부본에 의하여 확인되는 점 등으로 청구인이 제시한 매매계약서가 쟁점부동산의 매매와 관련한 실지계약서로 보아진다. (다) 위의 내용을 종합하면, 청구인 등이 위 부동산을 양도하고 매매대금을 받은 날이 불분명하다고 보아지나, 사회 통념상 건설업자에게 부동산을 양도하고 소유권이전등기 전에 대지사용승락을 하는 것은 매매계약이 확정된 이후에 이루어지는 것이며, 청구인 소유인 쟁점부동산 이외에도 다른 부동산의 건물도 소유권이전등기일이전에 멸실이 이루어진 점 등으로 보아 쟁점부동산 중 토지만을 청구외법인에 소유권이전 등기한 것은, 쟁점부동산의 매매계약 성립 후 양도일 이전에 매매특약에 따라 주택을 멸실한 경우에 해당한다 할 것이며, 청구인은 쟁점부동산을 매매계약일 현재 3년 이상 보유하였고, 쟁점부동산의 매매계약일 현재 청구인 및 다른 세대원이 쟁점부동산 이외의 다른 주택을 보유한 사실이 없음이 국세청 D/B 조회 등에 의하여 확인되므로, 쟁점부동산 중 토지의 소유권을 청구외법인에 이전한 것은 1세대 1주택 양도라는 청구 주장이 사실이라고 보아진다. 따라서, 이 건 심사청구는 칭구주장 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3 호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.