가공매입액의 손금불산입 및 상여처분이 정당한지 여부

이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구법인은 토목공사와 철근콘크리트공사를 하는 건설업 법인으로서, ’98. 1. 1~’98. 12. 31사업년도의 부가가치세과세표준신고와 법인세과세표준 및 세액신고에 대하여 처분청은 다음과 같이 경정처분하였다.

① 청구법인의 가공매입분을 제외한 공통매입세액을 부가가치세 과세ㆍ면세분 수입금액의 비율로 재계산하여 면세분 수입금액비율에 해당하는 15,406,236원을 매입세액 불공제하는 등으로 부가가치세 경정하여 1999. 6. 5 부가가치세 41,358,435원을 고지

② 자료상인 (주)○○산업과 ○○건재(주) 및 (주)○○자재로부터 실물없이 수취한 매입세금계산서의 공급가액 151,125,000원(이하, “쟁점금액” 라 한다)을 손금불산입하고 그 부가가치세 등을 가산한 186,306,903원을 대표자에게 상여로 소득처분하여 1999. 6. 8 소득금액변동통지 (청구법인은 1999. 7. 10 원천세 수정신고하고 갑종근로소득세 65,180,610원 자진납부함) 청구법인은 이에 불복하여 1999. 9. 3 심사청구하였다.

① 실제 사용한 현장별로 구분하여 면세관련 VAT매입세액을 계산하여 불공제하였음에도, 매입세액 전부를 공통매입세액으로 간주하여 안분계산하여 VAT매입세액 불공제함은 부당하고,

② 공사매출이 실제라면 그에 소요되는 비용도 마땅히 사용됨이 상식임에도 그 비용을 인정하지 아니하고 대표자에게 상여처분함은 부당하다.

① 공통매입세액 안분계산시 실지귀속에 따랐다고 하나, 공사현장별 과세ㆍ면세분의 실지 귀속을 밝힐 수 있는 합리적인 증빙서류가 없으므로, 공통매입세액에 대하여 수입금액비율에 따라 재계산하여 과세함은 정당하며,

② 청구법인도 실물없이 가공매입ㆍ거래한 사실을 인정하고 있고, 그에 대체되는 비용 지출 증빙 및 실지 거래처를 밝히지 못하므로 쟁점금액을 손금불산입하고 이게 부가가치세상당액을 합한 금액을 대표자에게 상여로 소득처분함은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 부가가치세 과세ㆍ면세 겸업자의 부가가치세매입세액 계산의 적정 여부와

② 가공매입 부인액만큼의 원가 불인정 및 상여처분이 정당한지 여부를 가리는데 있다.

• 나. 관련 법령 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자의 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액에 대하여, 부가가치세법(’95. 12. 29 법률 제5032호 개정분, 이하 같다) 제17조【납부세액】제2항 제4호에서『부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(이하 생략)은 매출세액에서 공제하지 아니한다』라고 규정하고 있고, 매입세액의 안분계산에 대하여, 같은법 시행령(’97. 12. 31 대통령령 제15563호 개정분, 이하 같다) 제61조 제1항 본문에서『사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액” 이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 면세공급가액

○ 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × ------------- 총공급가액』 라고 규정하고 있다. 법인의 각 사업년도의 소득에 대하여, 법인세법(’97. 12. 13 법률 제5418호 개정분, 이하 같다) 제9조 제1항에서『내국법인의 각 사업년도의 소득은 그 사업년도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업년도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다』라고 규정하고 있고, 같은조 제3항에서『제1항에서 “손금” 이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다』라고 규정하고 있다. 또한 실질과세에 대하여, 같은법 제3조 제2항에서『법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 그 명칭여하에 불구하고 거래의 실질내용에 따라 이를 적용한다』라고 규정하고 있고, 법인의 거증책임에 대하여, 같은법 기본통칙 1-2-2…3호에서『법인세의 납세의무가 있는 법인은 모든 거래에 대하여 거래증빙과 지급규정, 사규 등의 객관적인 자료에 의하여 이를 당해법인에게 귀속시키는 것이 정당함을 입증하여야 한다. 다만, 사회통념상 부득이하다고 인정되는 범위내의 비용과 당해법인의 내부통제기능을 감안하여 인정할 수 있는 범위내의 지출은 그러하지 아니하다』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 부가가치세 과세ㆍ면세 겸업사업자인 청구법인에 대한 부가가치세매입세액의 계산이 적정한지를 살펴본다. 공사현장별로 과세사업장과 면세사업장으로 구분하여 매입자재가 실제 사용된 귀속에 따라 관련 부가가치세매입세액을 불공제하였다고 주장하나, 그 주장사실이 사실임을 알 수 있는 객관적인 증거자료를 제시하지 못하고 있고, 다만, 청구법인의 당초 기장내용이 정당하다는 주장뿐이므로, 청구법인의 가공매입분을 제외한 공통매입세액을 부가가치세과세ㆍ면세분 수입금액의 비율로 재계산하여 면세분 수입금액비율에 해당하는 15,406,236원을 매입세액 불공제한 당초의 처분은 정당하다고 할 것이다.

(2) 쟁점금액을 가공매입으로 보아 손금 불산입하고 부가가치세 등을 가산한 금액을 대표자에게 상여로 소득처분함이 정당한지를 살펴본다.

① 청구법인은 실물없이 자료상으로부터 받은 매입세금계산서를 지급근거로 하여 쟁점금액을 손금산입하였다가, 처분청에서 청구법인 조사 당시에 쟁점금액의 매입은 실물의 거래없는 가공매입이라고 확인하였고, 그에 따라 처분청이 쟁점금액을 손금불산입하여 부가가치세 등을 가산한 금액을 대표자에게 상여로 소득처분하였다.

② 청구법인은 공사매출이 실제라면 그에 소요되는 자재비 등도 마땅히 지출됨이 상식임에도, 그 비용을 인정하지 아니하고 대표자에게 상여처분함은 부당하다고 주장할 뿐 건축자재가 어디에 어떤 용도로 어떻게 사용되었으며, 그 건축자재를 언제 어디에서 얼마나 매입하였는지에 대하여 그 실질을 밝히지 못하고 있다.

③ 기존의 현장투입이 인정된 건축자재외에 쟁점금액에 상당하는 어떤 건축자재가 실제로 사용ㆍ소비되었고, 어떤 구입처에서 실제로 얼마나 매입하였는지를 구체적으로 밝히지 못하는 청구법인에 대하여, 가공매입으로 확인된 쟁점금액을 손금불산입하고 부가가치세 등을 가산한 금액을 대표자에게 상여로 소득처분한 당초의 처분에는 달리 잘못이 없다고 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.