조세심판원 심사청구 종합소득세

실제 용역의 공급이 없었는지 여부

사건번호 심사-소득-2024-0054 선고일 2025.02.19

각종 증거와 정황을 종합해 보면, 쟁점금액과 관련된 쟁점법인의 용역공급은 없었던 것으로 봄이 타당

주 문

A세무서장이 2023.10.5. 청구인에게 2018년 과세연도 종합소득세 147,785,770원을 경정한 후 2024.3.21. 78,102,140원을 감액하여 최종 69,683,630원 으로 경정한 부과처분은 이를 취소합니다.

1. 사실관계 및 처분내용
  • 가. 쟁점법인 은 2016.11.1. 개업하여 2017.11.15. 경남 B시 C면 D 733으로 사업장(이하 “쟁점임차사업장” 이라 한다)을 이전하고 사업을 영위하다 2020.9.9. 사업부진을 사유로 폐업한 법인으로, 2018.1.2. ㈜E산업(이하 “쟁점발주처” 라 한다)으로부터 선박구성품 제작을 의뢰받아 하도급 계약[공사대금 470백만원(공급가액), 공사기간 2018.1.2. 〜 2018.4.15., 이하 “쟁점계약” 이라 한다]을 체결하고 공사를 진행하였다.
  • 나. 쟁점법인은 2018.2.21. 공장사용문제 및 쟁점법인의 채무과다 등의 사유로 쟁점발주처에 직불동의서를 작성하여 제출하였으며, 쟁점발주처는 2018.2.23. 쟁점법인의 채권자로부터 채권양도요청서가 접수되는 등의 사유로 2018.3.2. 쟁점계약의 해지통보를 하였다.
  • 다. 쟁점법인은 2018.3.6. 계약해지 재검토 요청 및 2018.3.10. 계약업무 재수행 각서를 작성하였고, 2018.3.26. 〜 2018.4.30. 매출세금계산서 5건 615,510,081원(공급대가)을 발행하였는데 이 중 2018.4.5. 발행분 226,093,736원(공급대가)는 다음 날인 2018.4.6. 취소하는 세금계산서를 발행하였고, 나머지 4건 389,417,345원 (공급대가, 이하 “쟁점금액” 이라 한다)은 2018.12.24. 취소하는 세금계산서를 발행하였다.
  • 라. 처분청은 쟁점법인의 2018년 1기 확정 부가가치세 신고와 관련하여 쟁점금액을 매출누락한 것으로 보고 2018.12.1. 2018년 1기 부가가치세 35,804,660원을 결정·고지하였고, 쟁점법인은 계약해지에 따라 관련 매출이 발생하지 않은 것으로 보고 2018.12.26. 2018년 1기 확정 부가가치세 기한 후 신고를 하였는데, 처분청은 이를 인정하지 않았다.
  • 마. 또한 처분청은 쟁점금액을 쟁점법인의 매출누락으로 보아 2022.9.6. 2018년 사업연도 법인세 5,496,010원을 경정·고지하고, 대표자인 청구인의 상여로 소득처분하는 내용의 소득금액변동통지를 하였고, 2023.10.5. 청구인에게 2018년 과세연도 종합소득세 147,785,770원(가산세 21,089,809원 포함)을 경정·고지하였다.
  • 라. 청구인은 이에 불복하여 이의신청(심리과정에서 처분청은 직불처리된 원가 174,936,906원을 손비로 인정하여 직권으로 인정상여액을 214,480,439원으로 변경하고 세액을 69,683,630원으로 경정)을 거쳐 2024.6.25. 이 건 심사청구를 제기하였다.
2. 청구주장
  • 가. 기초 사실 관계

1. 쟁점법인은 2016.11.1. 개업(당시 회사명 ㈜F)하였는데, 전 대표이사 G(H의 배우자)는 회사지분 전부를 2017.11.20. I(50%), 청구인(50%)에게 양도하고 대표이사를 청구인으로 변경(실제 대표자는 청구인의 처남 J)하면서 경남 B시 C면 D 733으로 사업장을 이전하였고, ㈜K으로 회사명을 변경하였다. 쟁점법인의 대표자를 변경한 이유는 쟁점법인의 사업장 임대인 M와 기계설비를 가지고 있는 H은 2017.8월 경부터 J과 동업을 하기로 하였는데, J의 역할은 물량확보를 위한 영업이었기 때문에 대표이사 직함이 필요하였기 때문이다. 실제 대표이사 직함은 청구인이 아닌 J으로 하여 사용하였다. 이 때 H은 쟁점법인의 부사장으로 M는 고문역할을 하기로 하였다. J, M, H이 당초 동업자였다는 사실은 거래처들의 사실확인서가 있다.

2. 2017.11.30. 쟁점법인의 사업장에 대하여 M와 월세 1천만원으로 하는 전대임대차계약을 체결하였다. 그리고 쟁점법인은 2017.12.14. 쟁점발주처와 보증금 1천만원 월세 1천만원으로 하는 전전대임대차계약서를 작성하고 2017.12.19. 보증금 1천만원, 선월세 3개월분 3천만원과 그 부가가치세 300만원, 총 4,300만원을 쟁점법인의 통장으로 수령하였다.

3. 쟁점법인은 2018.1.2. 쟁점발주처와 쟁점계약을 체결하였으나 동업자였던 임대인 M와 기계설비 소유자인 H이 수익금 분배 문제로 인한 갈등으로 공장 및 기계설비를 사용하지 못하게 하였다. 이로 인하여 2018.1.8. 경찰에 고소·고발을 하고 2018.3월 소송까지 이어지면서 작업이 불가능한 상태가 되어 모든 직원이 퇴사하였다. 또한 2018.2.26. M가 임대차계약해지로 인한 퇴거통보를 하면서 쟁점발주처는 2018.3.2. 쟁점계약을 해지통보 하였다. 쟁점계약해지 통보서에는 작업 중단 공장 및 사무실 폐쇄 사진을 쟁점발주처가 사진을 촬영하여 첨부하였다.

4. 쟁점법인은 2018.2.14. 쟁점발주처에 1월분 기성(대가를 받지 못하였지만 실제 용역을 공급하였으므로 해당 건은 쟁점발주처 및 처분청과 다툼이 없음)에 대한 세금계산서 46,870,000원(공급대가)를 발행하였고, 쟁점발주처가 계약해지 통보한 2018.3.2. 이후 2018.3.26. 〜 2018.4.30. 세금계산서 5건 615,510,081원(공급대가)을 발행하였다가 5건 모두 취소하는 수정세금계산서를 발행하였는데, 이 중 2018.4.5. 발행분 226,093,736원(공급대가)는 다음 날인 2018.4.6. 취소하는 수정세금계산서를 발행하였고, 나머지 4건 389,417,345원(쟁점금액)은 2018.12.24. 취소하는 수정세금계산서를 발행하였지만, 처분청은 쟁점금액에 대한 수정세금계산서는 인정하지 않았다. 즉시 이의제기를 하지 않은 이유는 2018.3월 이후 쟁점법인을 관리하는 사람이 없었고 실제 대표자 J은 청구인과의 채무문제로 도주하여 아직까지도 연락이 되지 않은 상태여서 청구인은 쟁점금액에 대한 내용을 알지 못하였기 때문이다. 다만, 2023.10.13. 처분청에서 받은 소득금액변동통지서를 확인하고 나서야 처분청을 통하여 당시 거래했던 고성에 있는 회계사무소를 알게 되어 쟁점법인의 회계자료를 받았고, M 및 H과 관련하여 소송했던 변호사를 통하여 자세한 내용을 알 수 있었다.

  • 나. (주위적 주장) 청구인은 실질 대표자가 아니다.

1. 청구인은 사외이사로서 쟁점법인의 생산기술고문이었다. 2017.10월 J은 H(당시 ㈜F기업 실제 대표)과 함께 펜션으로 찾아와 주식회사 F기업이라는 회사를 인수하려 하는데 사외이사가 한명이 부족하다며 사외이사가 되어 달라는 부탁을 받았고, 돈드는 게 아니니 처남한번 도와준다는 생각으로 인감증명서와 신분증을 빌려주었을 뿐 주식매매대금을 지급하거나 대표이사가 된다는 말은 들은 적이 없다. 2017.11월 J은 청구인에게 “생산기술고문”이라는 직책으로 명함을 만들어 주었고 J은 대표이사 명함을 가지고 다녔다. 표 청구인은 2018.2월 우연히 청구인이 등기부상 법인 대표라는 것을 알았고 J에게 대표자를 변경해라 하였으나 기다려 달라며 대표자 변경을 미루었다. 2) 실제 대표자가 J이라는 사실은 다음과 같이 모두가 알고 있었다. 아래 증거자료와 같이 J은 청구인에게 생산기술고문이라는 명함까지 만들어줘서 청구인이 사외이사라고 믿게 한 뒤 청구인이 대표이사였다는 것이 들통 나자 오히려 회사를 정상화하지 않으면 모든 책임은 대표이사가 진다고 협박하여 펜션 및 집을 담보로 대출받은 3억원을 갈취하여 도주하였다. 이후 청구인은 임금체불 및 거래대금 미지급으로 고발당하여 유일한 생계수단이었던 펜션을 매각하였고 현재 마지막 남은 집도 경매로 넘어가기 직전이 되었다. 표

  • 다. (예비적 주장) 실제 용역의 공급이 없었으므로 매출누락에 의한 상여처분은 부당하다.

1. 쟁점법인은 쟁점발주처에 용역을 공급하지 않았다.

  • 가) 용역을 공급할 직원이 없었다. 당시 근무했던 직원들이 2018.2월경에 모두 퇴사하였다는 ‘사실확인서’에 의하여 확인되며, 실제 급여가 지급된 사실도 없다. 처분청은 급여명세서에 2018.4. 이후까지 급여신고가 되었다고 하나 쟁점법인 통장에서 급여가 지출된 내역이 없고 쟁점발주처에서 제출한 임금직불명단에서도 쟁점법인의 직원은 없다. 또한 쟁점발주처가 제출한 지급일자를 보면 대부분 2018.5월 이후인데 쟁점계약은 2018.1.2.부터 2018.4.15.까지 이며 2018.5.2.에는 공장이 단전되어 쟁점발주처는 타 공장으로 이전한 이후이다. 그리고 기성금청구서에 기재된 임금 직불 명단 및 금액과 실제 입금한 임금 직불 명단 및 금액 그리고 입금시기도 모두 다르다. 표
  • 나) 용역을 공급할 공장 및 사무실이 없었다. 2018.2.26. 임대인 M는 “2018.2.28.까지 쟁점법인이 장한의 한내공장에서 나가 줄 것을 통지한다.”는 통지문을 보냈고 실제로 사무실 출입문을 쇠사슬로 묶어 폐쇄하였다. 또한 2018.2.5. 지급한 임대료 2천만원(2개월분)을 2018.2.25. 쟁점법인의 통장으로 반환하였다. 표
  • 다) 쟁점발주처로부터 대가를 받은 사실이 없다. 2018.1.2. 쟁점발주처와 작성한 쟁점계약을 살펴보면 기성률에 따른 대가를 주기로 하였으나, 2018.2.21. 직불동의서의 작성 이전부터 쟁점발주처는 쟁점법인에게 쟁점계약과 관련된 금액을 지급한 적이 한 번도 없다.
  • 라) 신고된 쟁점법인의 급여명세서는 신뢰할 수 없다. 청구인과 쟁점법인의 직원들은 공장을 떠났기 때문에 급여명세서 제출 등을 누가 작성했는지 알 수 없다. 다만, 공장사무실에 쟁점법인의 집기비품들이 모두 남겨져 있었고 회계사무소는 H과 연락을 했던 점(쟁점법인의 직전대표자이기 때문임), 녹취록(M와 이민석의 통화내용)에서도 M가 H과 협의해서 쟁점법인을 폐업여부를 논의하기로 한 점에 미루어 볼 때, H이 쟁점법인을 폐업시킬 수 있을 정도의 권한을 가졌던 것으로 보인다. 급여명세서가 제출 되었지만 실제 급여가 지급되지 않았고 쟁점발주처에서도 급여를 지급하지 않았으며 당시 직원들의 퇴사사실확인서로 퇴사사실이 확인되므로 급여명세서는 신뢰할 수 없다. 2018.2.19. M와 N[(주)O(쟁점법인 사업장 건물의 소유주) 관리부장]의 녹취록 내용은 다음과 같다. 표
  • 마) 쟁점발주처가 제출한 직불내역 및 지출증빙 및 서류들은 신뢰할 수 없다. 2월분 기성금 청구서부터 F기업에 장비임대료 550만원 및 M, H 인건비 명목 770만원씩 매달 1,320만원씩 지출된 내역이 있다. F기업(대표자 G, H의 처)은 쟁점법인의 이전 상호라서 당시 존재하지 않는 법인이고, M, H은 쟁점법인에 대하여 공장사용을 못하게 막아 공장에서 쫒아낸 자들이다. M와 H은 서로 경찰에 고소·고발하고 소송도 진행중인 상태에서 쟁점법인과 협업하여 작업을 했을 리가 없다. 쟁점발주처가 처분청에 제출한 직불내역서에는 2018.2월부터 2018.4월까지 직불금을 지불하였다고 되어 있는데 지출증빙에서의 실제 이체된 금액이 전혀 다르고 이체된 기간도 공장이 단전되어 쟁점발주처가 다른 공장으로 이전한 2018.5.2. 이후이다. M, H, G(쟁점법인의 전 대표자, H의 처)와 소송은 임대차계약에 기한 점유권을 인정하여 영업방해로 인한 손해배상에 관한 것이었다. M와 H은 “쟁점법인은 쟁점발주처와 계약이 해지되었고, 기계설비도 H 소유이므로 파손할 이유가 없으며, 쟁점법인은 아무 일도 하지 않았기 때문에 이에 대한 손해는 근거가 없고, 2018.5.2. 전기세 미납으로 공장이 단전되어 공장을 점유하는 자가 아무도 없다.”라고 주장하였고, 그로 인하여 쟁점법인의 손해배상청구는 2018.7.6. 기각되었다. 판결 이유서에 “채무자들이 채권자에 대한 허위사실을 유포함에 따라 채권자의 신용이 훼손되어 그 영업을 방해받은 바 있다고 볼 자료가 없는 점.”이 있는데 여기서 허위사실이란 쟁점법인과 쟁점발주처의 계약이 파기되었다는 취지의 표현이다. 이것에 대하여 M가 법원에 제출한 답변서 중 “5. 채권자(청구인)와 신청 외 ㈜E산업 간의 물품제작납품계약에 대하여” 의 내용은 다음과 같다. 표
  • 바) 쟁점발주처는 청구인이 아닌 M 및 H과 직영으로 업무를 진행하였다. 2018카합10014 영업방해금지가처분 소송에서 M의 답변서 중 “6. 현재 이 사건 부동산 점유 내역”을 살펴보면, 위 답변서 내용에서 쟁점발주처는 쟁점법인과 계약해지 후 H(기계설비를 가지고 있으므로)과 업무협조를 하며 공정을 진행하고 있음을 알 수 있다. 2018.3.14.에 오히려 청구인이 작업을 방해하려 한다고 했는데 계약해지 계약업무 재수행 각서대로 작업이 진행 되었다면 2018.3.14.에 쟁점발주처는 청구인과 작업을 하고 있어야 했다. 실제로 쟁점발주처가 제출한 2월 이후 기성금청구서부터 F기업(쟁점법인의 전 대표자, H의 처)에 장비임대료 550만원 및 M, H 인건비 명목 770만원씩 매달 1,320만원이 기성금청구서에 기재되어 있고 실재 지출증빙(이체내역)에서도 위와 같이 지급하였다. 쟁점법인과 쟁점발주처와의 계약대로라면 위 금액을 지불할 이유가 없다. 따라서 쟁점발주처는 직영으로 M 및 H과 함께 작업을 진행한 것이다.

2. 용역이 실제 공급되었는지 판단 요건 ‘용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로 역무를 제공하거나 시설물, 권리등 재화를 사용하게 하는 것을 말한다’(부가가치세법 제11조 제1항). 용역의 공급 없이 발행된 세금계산서는 가공세금계산서이다. 용역을 실제 공급하였는지의 판단은 용역을 공급할 인적·물적 자원이 있는지, 계약서에 대로 대가를 받았는지, 용역제공에 따른 실체(결과물)가 있는지 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다. 아래의 판례들을 살펴보아도 용역제공의 가능성 및 계약서와 그 대가관계가 명확하지 않을 경우 발급된 세금계산서는 가공세금계산서로 판단한다. 표

3. 매입자발행세금계산서의 발행대상 사업자 및 매입세액공제 요건 부가가치세법 시행령제71조의2 제8항에 따르면 “거래사실의 존재 및 그 내용에 대한 입증책임은 신청인에게 있다.”고 하였다. 따라서 쟁점발주처가 처분청에 제출한 자료들은 객관적으로 명확하고 다툼의 여지가 없어야 하나, 쟁점발주처가 제출한 쟁점계약서와 기성금청구서, 기성금직불내역 및 지출증빙이 서로 맞지 아니하고 송금한 날짜도 공사기간과 맞지 않다. 또한 공장임대인 M와 기계설비 소유자 H은 쟁점발주처가 본인들과 작업을 진행하였다고 2018카합10014 영업방해금지가처분 소송에 대한 답변서에서 확인할 수 있다. 따라서 쟁점발주처가 제출한 서류들은 객관적으로 신뢰할 수 없으므로 쟁점법인이 발행한 쟁점금액에 대한 수정세금계산서 발행은 정당하다. 아래의 판례에서도 제출된 서류들이 신뢰할 수 없거나 다툼의 여지가 있는 경우에는 부가가치세법제34조의2 “매입자발행세금계산서에 따른 매입세액 공제 특례”를 적용할 수 없는 것으로 보았다. 표

4. 처분청 의견에 대한 항변

  • 가) 정상적인 절차에 따라 대금 지급이 완료된 건이라는 처분청의 주장에 대하여

(1) 직불금 계약에 의한 정상적인 절차란 쟁점법인이 쟁점발주처에 실제 재화 또는 용역을 공급하면서 기성금청구서를 제출하면 쟁점발주처는 청구서에 기재된 업체명, 계좌번호, 지급하여야 할 금액 등을 확인하여 그 내용대로 대금을 지급하고 기성금청구액 또는 직불한 금액을 공급가액으로 하여 쟁점법인으로부터 세금계산서를 수령하는 것이다. 그리고 수령한 세금계산서에 대한 부가가치세는 쟁점법인에게 지급하여야 하고 이 때 쟁점법인은 매출에 대응하는 원가를 기성청구한 내역 그대로 거래처들로부터 세금계산서를 받고, 인건비에 대해서는 원천징수하여 급여명세서를 신고하는 것이다. 이 경우 쟁점발주처는 직불금을 지급한 업체들로부터 세금계산서를 받으면 안된다.(부가가치세과-1354, 2011.10.31. 참조)

(2) 아래 표 <쟁점발주처가 제출한 직불내역 및 쟁점발주처 수취세금계산서 비교>를 살펴보면 쟁점계약서와 세금계산서 발행액, 실제 대금지급액이 일치하지 않고 대금지급일자(2018.5.4.부터 2018.6.29.까지)도 공장이 단전되어 작업이 불가능한 2018.5.4. 이후이다. 심지어 쟁점발주처는 쟁점법인으로부터 세금계산서를 받아 비용 및 매입세액공제를 받았으면서 직불금을 지급한 업체들로부터 세금계산서를 수령하여 비용 및 매입세액공제를 중복으로 받았다. 표

  • 나) ‘이의신청시에 직불처리된 원가상당액을 경정감처분 하였다.’는 처분청의 주장에 대해

(1) 처분청은 쟁점발주처가 청구서에 기재된 직불대상업체 직불금을 직접 지급하였다면 기성금청구서에 기재된 직불금은 쟁점금액(매출)에 직접 대응되는 원가라고 하면서도 기성금청구서에 기재되지 않았는데 지급하였거나 기성금청구서에 기재되었어도 지출증빙이 확인되지 않을 경우에는 상여처분금액에서 제외할 수는 없다고 하였다. 처분청의 논리대로 한다면 직불금계약에 의한 매출누락은 쟁점법인의 의지와 관계없이 직불금 계약에 따른 직불금 지급 여부에 따라 쟁점법인의 소득처분이 달라지게 되는 오류가 발생한다. 만약 직불금을 한푼도 지급하지 않는다면 전액 상여처분이 되어 불합리한 소득처분이 된다. (2) 법인세법 시행령제106조 제1항 제2호에 따르면 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것이라고 규정되어 있다. 따라서 직불금 계약으로 매출을 누락하면서 쟁점발주처가 직불금을 지급하지 않은 경우 쟁점법인은 기성금청구서에 기재된 업체들에 대하여 대금을 지급할 채무가 있으면서, 동시에 쟁점발주처에 대하여 대금을 지급하여 줄 것을 청구할 수 있는 권리가 있는 것이다. 따라서 매출누락을 하였지만 그 대금을 받지 못한 경우에는 유보로 처분(조심2013중4971.2014.06.30.참조)하여 다음과 같이 소득처분이 되어야 한다. 표

  • 다) 따라서 처음부터 서로 대금을 지급하지 않고 기성청구서에 기재된 거래처에 직접 대금을 지급하는 직불금 계약은 매출누락액 전체를 상여처분하고 기성금청구서에 기재된 금액 중 쟁점발주처가 거래처에 실제 지급된 부분만 상여처분금액에서 제외하여 기타사외유출로 처분할 것이 아니라, 매출누락액에서 쟁점발주처가 거래처에 직접 지급한 부분은 미지급금과 상계하고 대가를 받지 못한 잔액부분에 대하여 유보로 처분되어야 한다.
3. 처분청 의견
  • 가. 주위적 주장에 대한 처분청 의견

1. 청구인은 쟁점법인의 실질 대표자가 아니라고 주장하나 2017년 쟁점법인의 대표자로 취임하면서 등기부 및 사업자등록 상 청구인이 대표이사로 등재되어 있고 쟁점법인의 출자지분 50%를 소유한 것으로 확인된다.

2. 법인의 대표로서 해당 법인으로부터 2017년 〜 2018년 급여를 받은 사실이 있고, 청구인의 아들인 P(90년생)을 해당 법인에 취직시켜 급여 등을 지급한 점으로 볼 때 단순히 명의만 빌려준 것이라고는 보기 힘들다.

3. 또한 법인등기부에 대표이사로 등재되기 위해서는 등재될 자의 인감증명서가 등기 시 등기소에 제출되어야 하고, 인감증명서는 본인 및 본인의 위임을 받은 자의 신청으로 발급되는 것으로서 청구인의 명의가 도용된 것으로도 보이지는 않는다.

4. 법인등기부상 대표이사로 등재된 사람은 실질적으로 회사를 운영하고 있는 것으로 추정할 수 있으므로 법인등기부상의 대표이사가 실질적으로 회사를 운영하지 아니하였다는 사실은 이를 주장하는 측에서 입증하여야 한다.(대법원 2008.4.2. 선고 2006두187 판결 참조)

5. 따라서 청구인이 쟁점법인의 대표자가 아니라는 사실이 객관적인 증빙이나 법원의 판결에 의해서 입증된 경우가 아니라고 판단되므로 청구인에게 상여처분한 당초 과세처분은 정당하다.

  • 나. 예비적 주장에 대한 처분청 의견 1) 쟁점법인은 쟁점발주처와의 거래는 재화 또는 용역의 공급에 해당하지 않으므로 계약의 해지로 발급한 수정세금계산서가 적법하다고 주장하고 있으나, 쟁점발주처로부터 하도급 공사계약에 의하여 임가공용역을 하도급 받은 사업자가 당해 공사용역 제공에 따른 세금계산서를 쟁점발주처에게 교부하였으나, 하도급 공사대금 전부 또는 일부를 받지 못하여 발주처로부터 당해 공사대금을 직접 받는 경우에도 하도급자는 발주처를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 교부할 수 없는 것(부가가치세과-1354, 2011.10.31. 참조)으로, 쟁점법인의 자금 사정으로 인해 대금은 쟁점발주처와 합의로 직불로 처리하였으나 정상적인 절차에 따라 대금 지급이 완료된 건으로 확인되므로, 계약의 해지로 발급된 수정세금계산서는 잘못 발급된 것으로 보는 것이 맞다. 2) 이의신청시에 직불처리된 원가상당액을 경정감처분 하였고, 그 내역은 다음과 같다.
  • 가) 쟁점금액은 쟁점법인이 2018.3.26.∼2018.4.30. 발행한 매출세금계산서 금액으로 매출세금계산서 금액은 쟁점발주처가 기성금 청구서에 기재된 각 직불대상업체(아래 표 ①)에게 직불하여할 금액의 합계액과 일치하여 쟁점법인은 쟁점발주처에 제출한 기성금 청구서 내용(아래 표 ②)대로 매출세금계산서 발급하였다고 판단되고, 쟁점발주처가 청구서에 기재된 직불대상업체 직불금을 직접 지급하였다면 청구서에 기재된 직불금은 쟁점금액(매출)에 직접 대응되는 원가라고 볼 수 있을 것이다. 기성금 청구서에 기재된 각 직불대상업체 중 아래 표의 ①직불대상업체에 대해서는 쟁점발주처가 제출한 송금증빙, 국세통합전산망의 세금계산서 발행정보 등으로 볼 때 쟁점법인이 대금을 부담한 사실이 없이 쟁점발주처가 직접 각 직불대상업체에게 직불금을 지급한 사실이 확인되므로 매출누락금액 중 직접 원가상당액이 지급되었음이 명백한 경우에 해당할 것이다. 따라서 아래 표에 기재된 ④금액에 대해서는 처분청이 매출에 대응하는 원가로 보아 경정감 처분을 하였다. 표
  • 나) 다만, 아래 표의 기성금청구서 금액 또는 청구인 주장 직불금액은 처분청이 상여처분한 매출누락금액과 관련이 없는 점, 쟁점발주처에서 아래 표의 직불대상업체에게 직불(통장 입금 등)한 사실이 확인되지 않는 점 등으로 볼 때 상여처분금액에서 제외할 수는 없는 것으로 판단된다. 표

3. 소결 위 사실을 종합하면 원가상당액을 법인이 별도로 부담한 사실이 없고, 매출누락금액에서 직접 원가상당액이 지급되었음이 명백한 경우로 용역의 공급이 없었다고 주장하는 청구인 주장은 사실과 다르므로 종합소득세를 고지 결정한 것은 적법하다.

4. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점

① (주위적 주장) 청구인은 명의상 대표에 불과하여 청구인에 대한 상여처분은 부당하다는 청구주장의 당부

② (예비적 주장) 실제 용역의 공급이 없었으므로 매출누락에 의한 상여처분은 부당하다는 청구주장의 당부

  • 나. 관련 법령 <쟁점① 관련> 1) 국세기본법 제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. 2) 법인세법 제67조 【소득 처분】 (2017.10.31. 법률 제15022호로 타법개정된 것, 이하 같다) 제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다. 2-1) 법인세법 시행령 106조 제1항 【소득처분】 (2018.10.30. 대통령령 제29269호로 타법개정된 것, 이하 같다)

① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다. <쟁점② 관련> 3) 법인세법 제40조 【손익의 귀속사업연도】

① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 4) 부가가치세법 제4조 【과세대상】 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급

2. 재화의 수입

4-1) 부가가치세법 제11조 【용역의 공급】

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

② 제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

사실관계

1. 쟁점법인 및 쟁점발주처 사업자 기본사항

  • 가) 쟁점법인 사업자 기본사항 국세통합전산망 및 법인등기부등본을 통해 확인되는 쟁점법인의 사업자 기본사항은 아래와 같은데, 청구법인은 2016.11.1. G(H의 처)를 100% 주주 및 대표이사로 상호는 주식회사 F로 하여 설립되었고, 2017.11.15. 주주가 청구인(50%) 및 I(50%)로, 대표이사는 청구인으로, 상호는 주식회사 K으로 변경, 사업장은 경남 B시 C면 D 725-4에서 쟁점임차사업장인 D 733으로 변경된 것으로 확인된다. 한편, 2018년까지 주주 구성이 청구인 50%, I 50%로 유지되다가, 쟁점계약이 종료된 이후인 2019년말 G 100%로 다시 변경된 것으로 확인되는데, 청구인 및 I의 증권거래세 신고내역이 없어 정확한 주식매매일자는 확인되지 않는다. 표
  • 나) 쟁점발주처 사업자 기본사항 쟁점발주처의 사업자 기본사항은 아래와 같다. 표

2. 쟁점법인에 대한 부가가치세 경정과 쟁점법인의 기한 후 신고 처분청은 아래와 같이 쟁점법인이 2018년 1기 확정 부가가치세 신고 시 쟁점금액을 매출누락한 것으로 보고 2018.12.1. 관련 부가가치세를 경정하였고, 쟁점법인은 계약해지에 따라 관련 매출이 발생하지 않은 것으로 보고 2018.12.26. 2018년 1기 확정 부가가치세 기한 후 신고를 하였는데, 처분청은 이를 인정하지 않았다. 표 한편, 쟁점발주처는 쟁점법인이 2018.12.24. 매출 취소한 쟁점금액을 부가가치세 신고에 반영하지 않은 것으로 확인된다.

3. 쟁점법인의 세금계산서 발행 현황 쟁점법인의 쟁점발주처에 대한 세금계산서 발행 현황은 다음과 같다. 표

4. 청구인 제출 증빙 검토

  • 가) 쟁점법인과 쟁점발주처가 체결한 쟁점계약서(2018.1.2.) 쟁점법인과 쟁점발주처가 2018.1.2. 체결한 쟁점계약서는 아래와 같은데, 계약금액은 470백만원(부가세 별도), 납품일자는 2018.4.15.로 기재되어 있는 것으로 확인된다. 표
  • 나) 쟁점법인의 쟁점발주처에 대한 직불동의서(2018.2.21.) 및 쟁점발주처의 쟁점계약 해지 통보서(2018.3.2.) 청구인은 쟁점법인이 쟁점법인의 채무과다 등으로 2018.2.21. 쟁점발주처와 직불동의서를 작성하였으며, 쟁점발주처가 2018.2.23. 쟁점법인의 채권자 Q종합철강(주)로부터 채권양도협조요청서가 접수되자 2018.3.2. 쟁점계약을 해지통보하였다고 주장하며, 아래와 같은 (임금)직불동의서, 쟁점발주처에 대한 Q종합철강(주)의 채권양도요청서 및 채권양도요청에 대한 회신문, 쟁점발주처가 작성한 ‘제작하도급 계약 해지 통보’ 등을 제출하였다. 쟁점발주처의 계약해지통보서에는 ‘수신: ㈜K/ 대표이사 R 실질경영인 J’이라고 기재되어 있는 것으로 확인된다.
  • 다) 쟁점법인의 쟁점발주처에 대한 계약해지 재검토 요청서(2018.3.6.) 및 계약업무 재수행 각서(2018.3.10.) 쟁점발주처가 2018.3.2. 계약해지를 통보한 후 쟁점법인은 2018.3.6. 계약해지 재검토 요청서를, 2018.3.10. 계약업무 재수행 각서를 쟁점발주처에 제출하였는데, 아래와 같다.
  • 라) 영업방해금지 가처분 신청서(2018.3.14.) 등 소송 관련 자료 청구인은 처남인 J에게 명의만 대여해 준 것이어서 쟁점법인에 대한 과세내용을 전혀 모르고 있다가 2023.10월 본인에 대한 종합소득세 부과처분을 알고 나서야 처분청을 통해 당시 거래했던 S에 있는 회계사무소를 알게 되어 쟁점법인의 회계자료를 받고, M 및 H과 관련하여 소송을 했던 변호사를 통해 자세한 내용을 알 수 있었고 관련 소송자료를 수령했다고 주장하며, 아래와 같은 쟁점법인의 M, H, G(H의 처)에 대한 영업방해금지 가처분 신청서(2018.3.14.) 등 소송자료를 제출하였다. 동 자료에 의하면, 쟁점법인은 2017.11.30. 주식회사 O 소유의 쟁점임차사업장을 M로부터 임차(전대)하는 계약을 체결하였는데, 주식회사 O이 2017.12.1. 쟁점법인의 임직원인 J을 B경찰서에 ‘건조물 침입 및 재물 손괴’ 혐의로 신고하여서, 이유를 알아보니 주식회사 O과 M 사이에 2016.10.12. 체결된 쟁점임차사업장 임대차계약이 M의 임차료 미납으로 무효가 된 것을 알게 되었고, 이에 쟁점법인은 부득이 2018.3.7. 주식회사 O과 직접 임대차계약을 체결하였고, 공장 출입문을 쇠사슬로 묶는 등의 방법으로 영업을 방해하는 M 등을 ‘업무방해’로 B경찰서에 신고하였으며, M 등 3인에 대해 영업방해금지 가처분 신청을 하는 내용임이 확인된다.

5. 이의신청 심리과정에서 재결청이 쟁점발주처로부터 제출받은 자료 이의신청 심리과정에서 재결청(A서)이 쟁점발주처로부터 제출받은 직불내역서에 의하면, 쟁점발주처가 직불대상 업체에게 직불하여야 할 전체 직불대상 금액은 746,745,135원이고, 직불대상 업체에게 지급한 금액은 650,239,485원으로 되어 있는데, 재결청이 지출증빙을 집계한 결과 증빙으로 뒷받침 되는 금액은 513,803,497원임을 확인하였다. 표

6. 쟁점발주처가 2019.4.2. 처분청에 보낸 소명 내용 쟁점발주처는 2019.4.2. 쟁정법인에 대한 하도급 배경, 직불 경위, 하도급 계약 유지 경위를 처분청에 팩스로 다음과 같이 제출하였는데, 쟁점발주처의 쟁점계약 해지통보 후에도 쟁점계약은 계속 유지되었으나, 쟁정법인 제작 공장 사용 및 제작공도구 사용에 권리를 주장하는 M와 김광종의 제작방해가 3월 중순 이후 수차례 발생되어도 쟁점법인은 무책임한 미해결과 방관으로 쟁점발주처는 많은 손실이 보았으며, 전기가 차단된 5월 이후에는 쟁점법인 연락두절로 거의 직영방식으로 제작을 수행했다고 기재되어 있다. 표

7. 심리담당이 2024.12.5. 쟁점발주처 대표와 통화하여 확인한 내용 심리담당이 쟁점발주처가 쟁점계약을 체결할 당시 청구인이 아닌 J과 진행한 한 것인지 등을 확인하기 위해 2024.12.5. 쟁점발주처 대표 T와 통화를 하였는데, T는 ‘U이노베이션에서 일했던 V이 쟁점발주처의 직원으로 입사해서 계약한 것이고, 전적으로 V이 계약을 수행한 것이라 자세한 내용은 알지 못하나 문제가 많은 계약 건이었다. 본인도 이 건으로 대금을 지급받지 못하는 등 어려움이 컸었던 터라 기억하기도 싫은 건이고, 기억하기로는 계약했다가 해지하고 다른 사람이랑 하는 등 문제가 많은 건으로 기억하고 있다.’고 진술하였다. 심리담당이 T에게 V의 연락처를 물어보았는데, T는 ‘연락을 해도 전화 잘 안 받을 텐데’라고 하면서 V의 연락처를 주어 통화를 시도해 보았으나 통화연결이 되지 않았다.

8. 쟁점법인의 2018년 근로소득지급명세서 국세통합전산망에 의한 쟁점법인의 2018년 근로소득지급명세서 제출 내역은 아래와 같은데, 청구인은 쟁점법인의 대표자 및 주주(50%)임에도 2018년 과세기간에 1백만원의 급여을 받은 것으로 되어 있고, 다른 11명의 직원과 비교해 최저 급여를 받은 것으로 확인된다. 표

9. 청구인, J(청구인의 처남), I의 사업내역

  • 가) 청구인 사업내역 국세통합전산망에 의한 청구인의 사업내역은 아래와 같은데, 청구인은 쟁점법인의 주주 및 대표자 등재일(2017.11.15.) 이전인 2009.7.1.부터 2020.8.31.까지 부동산업(종목 점포-자기땅)을 영위한 것으로 확인되며 그 외 다른 사업을 한 이력은 확인되지 않는다. 표
  • 나) J(청구인의 처남)의 사업내역 국세통합전산망에 의한 J(청구인의 처남)의 사업내역은 아래와 같은데, J은 근영공업(일반과세자)의 대표자로 쟁점법인과 동종의 제조업(조선기자재)을 업태로 하여 2007.2.1.〜2009.2.28., 법인사업자의 대표자로 역시 쟁점법인과 동종의 제조업(조선기자재 등)을 업태로 하여 2008.5.19.〜2008.12.31. 사업을 영위한 것으로 확인된다. 표
  • 다) I의 사업내역 국세통합전산망을 통해 청구인과 같은 날(2017.11.15.) 쟁점법인의 주주 및 임원으로 등재된 I의 총사업내역을 조회한 결과, 사업이력 자체가 없는 것으로 확인된다.
  • 라. 판단

1. 주위적 주장에 대한 판단

  • 가) 관련 법리 법인세법 시행령제106조 제1항이 규정하고 있는 대표자에 대한 인정상여 제도는 그 대표자에게 그러한 소득이 발생한 사실에 바탕을 두는 것이 아니라, 법인에 의한 세법상의 부당행위를 방지하기 위하여 그러한 행위로 인정될 수 있는 일정한 사실에 대해 그 실질에 관계없이 무조건 대표자에 대한 상여로 간주하도록 하는데 그 취지가 있는 것으로서, 그 대표자는 실질적으로 그 회사를 사실상 운영하는 대표자이어야 하므로 비록 회사의 법인등기부상 대표이사로 등재되어 있는 사람이라고 하더라도 당해 회사를 실질적으로 운영한 사실이 없다면 그 회사의 귀속불명 소득을 그에게 귀속 시켜 종합소득세를 부과할 수 없다(대법원 1988.4.12. 선고 87누1238 판결 참조). 다만 법인등기부상 대표이사로 등재된 사람은 실질적으로 회사를 운영하고 있는 것으로 추정할 수 있으므로 법인등기부상 대표이사가 실질적으로 회사를 운영하지 아니하였다는 사실은 이를 주장하는 측에서 증명하여야 한다(대법원 2010. 12. 23. 선고 2010두18116 판결 참조).
  • 나) 청구인이 명의상 대표에 불과한지에 대한 판단 위 법리와 다음과 같은 사정을 종합해 볼 때, 청구인이 명의상 대표에 불과하다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 청구인은 2017.11.15. 쟁점법인의 주주(50%) 및 대표이사로 등재되었음이 주주변동명세 및 증권거래세 신고서, 법인등기부등본 등으로 확인되고, 대표이사로서 2017〜2018년 급여를 수령하였으며, 쟁점법인의 사명이 인쇄된 명함을 소지하고 있었던 점 등에 비추어, 쟁점법인의 대표이사로서 회사를 운영하였거나 적어도 경영활동에 일정 부분 관여하였다고 봄이 타당하다.

2. 예비적 주장에 대한 판단(실제 용역의 공급이 없었는지 여부) 처분청은 쟁점법인의 자금 사정으로 인해 대금은 쟁점발주처와 합의로 직불로 처리하였으나 정상적인 절차에 따라 대금 지급이 완료된 건으로 확인되므로, 용역의 공급이 없었다는 청구주장은 타당하지 않다고 항변하고 있으나, 쟁점발주처가 2018.3.2. 쟁점법인에 보낸 계약해지 통보문, 2019.4.2. 처분청에 보낸 소명서에 의하면, 쟁점금액 중 최초 기성인 2월분 기성은 물론 그 이후 기성도 그 작업이 제대로 수행되지 못한 것으로 보이고, 쟁점발주처가 제출한 직불 내역 상 직불대상 총액(746백만원), 실지급액(650백만원)은 쟁점계약 상 공사대금(517백만원, 부가세 포함)을 훨씬 상회하여 쟁점계약이 쟁점법인의 계속된 채무불이행으로 2018.3.2. 해지되고 이후 거래는 쟁점발주처가 직접 하도급업체들과 한 것으로 보이는 바, 쟁점금액과 관련된 쟁점법인의 용역공급은 없었던 것으로 봄이 타당하다.

5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)