청구인에게 과세예고통지를 한 날로부터 부과제척기간 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 점을 고려할 때 당해 과세예고통지는 과세전적부심사청구대상이 아니므로 과세전적부심사청구를 제기할 기회를 부여하지 않고 부과처분을 하였다고 하여 이 건 종합소득세 부과처분이 위법하다고 볼 수 없음
청구인에게 과세예고통지를 한 날로부터 부과제척기간 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 점을 고려할 때 당해 과세예고통지는 과세전적부심사청구대상이 아니므로 과세전적부심사청구를 제기할 기회를 부여하지 않고 부과처분을 하였다고 하여 이 건 종합소득세 부과처분이 위법하다고 볼 수 없음
○○세무서장이 2022.5.1. 청구인에게 한 2016년 귀속 종합소득세 ○○○원(2022.7.27. ○○○원은 직권감액 경정되었음)의 부과처분은
1. ☆☆☆☆☆주식회사의 2016년 제1기 및 제2기 과세기간의 세금계산서 불부합자료(합계 ○○○원)에 대해 실지거래여부를 재조사하여 그 결과에 따라 종합소득세 과세표준과 세액을 경정하고,
2. 나머지 청구는 이를 기각합니다.
1. 쟁점법인에 대한 법인세 과세표준 경정 및 청구인에 대한 소득금액변동통지
○○○ 원
- 라) 또한, 조사청은 2022.4.15. 상기 소득금액변동통지서의 소득금액을 아래와 같이 감액하여 2차 소득금액변동통지를 하였다. 소득발생법인 소득종류 사업년도 소득귀속연도 소득금액 쟁점법인 상여 2016.1.1.~2016.12.31 2016
• ○○○ 원
2. 쟁점과세예고통지
- 가) 청구인은 2021.12.10. 조사청이 보낸 1차 소득금액변동통지서를 수령하였으나(2차 소득금액변동통지는 2022.4.15.), 조사청이 보낸 소득금액변동통지서 상의 상여금을 쟁점법인으로부터 수령한 사실도 없었고 쟁점법인으로부터 받은 소득을 누락한 사실도 없어 소득세법 시행령제134조제1항에서 정한 기한(2022.2.28.)까지 2016년 종합소득세 수정신고를 이행하지 않았다.
- 나) 처분청은 2022.4.26. 청구인이 조사청의 2차 소득금액변동통지서를 수령하였음에도 불 구하고 추가 신고기한까지 2016년 귀속 종합소득세 수정신고서를 제출하지 않자 해당 소득금액을 당초 신고 소득에 가산하여 청구인에게 종합소득세
○○○ 원을 과세예고통지 하였다.
3. 쟁점부과처분 처분청은 청구인에게 2022.4.26. 쟁점과세예고통지를 하였고, 이에 따른 청구인의 과세전적부심사청구 청구기한이 2022.5.26.까지 남아 있음에도 불구하고 처분청은국세기본법제81조의15제3항제3호의 규정을 들어 청구인의 과세전적부심사청구 기회를 박탈하고 2022.5.9. 청구인에게 2016년 과세연도 종합소득세 ○○○원을 고지하였다.
- 나. 쟁점부과처분 절차의 중대한 하자 1) 처분청은 청구인에게 2022.4.26. 쟁점과세예고통지를 하였고 2022.5.1. 종합소득세를 경정하였으며, 2022.5.4. 청구인에게 고지서를 발송하고 청구인은 2022.5.9. 고지서를 수령하였다.
2. 처분청은 청구인에 대한 쟁점과세예고통지는국세기본법제81조의15제3항제3호‘세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’에 해당하므로 청구인의 과세전적부심사청구는 법령에 따라 제한된다고 주장한다.
3. 그러나 조사청은 2017.6월경 국세청 전산실에서 과세자료를 수보한 이후 과세자료를 보관만 할 뿐 미처리로 방치하다가 법인세 제척기간 만료일에 임박한 2021.12.1.에서야 별도의 조사·확인 없이 과세자료의 매입금액 제출차액을 마치 쟁점법인이 매입세금계산서를 과다 제출하는 방법으로 가공원가를 계상한 것으로 판단하여 쟁점법인의 법인세 과세표준을 경정함과 동시에 청구인에게 해당 가공원가를 상여처분한 후 2016년 귀속 종합소득세 부과제척기간을 불과 35일 남겨 둔 2022.4.26.에야 청구인에게 쟁점과세예고통지를 하고, 2022.5.4. 종합소득세 고지서를 발송하였는바, 결과적으로 조사청은 국세행정을 장기간 해태함으로써 과세관청이 자의적으로 납세자의 사전적인 권리구제 절차를 박탈할 수 있게 되었는바, 이는 과세예고통지를 의무화한 입법 취지에도 부합하지 아니한다.
4. 이와 관련하여 대법원 판례(대법원2017두51174, 2020.10.29.)에서는“사전구제절차로서 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위, 이러한 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제 방법과 더불어,헌법제12조제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 형사소송절차에 국한되지 아니하고, 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 마찬가지로 준수하여야 하는 점 등을 고려하여 보면 국세기본법 등이 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있거나 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한 세무조사결과통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 하는 것은 원칙적으로 과세전적부심사 이후에 이루어져야 하는 과세처분을 그보다 앞서 함으로써 과세전적부심사 제도 자체를 형해화시킬 뿐 아니라 과세전적부심사 결정과 과세처분 사이의 관계 및 불복절차를 불분명하게 할 우려가 있으므로, 그와 같은 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효이다.”라고 판시하고 있고, 또 다른 대법원 판례(대법원2015두52326, 2016.4.15.)에서는“국세기본법제81조의15제2항 각 호는 긴급한 과세처분의 필요가 있다거나 형사절차상 과세관청이 반드시 과세처분을 할 수밖에 없는 등의 일정한 사유가 있는 경우에는 과세전적부심사를 거치지 않아도 된다고 규정하고 있는데, 과세관청이 감사원의 감사결과 처분지시 또는 시정요구에 따라 과세처분을 하는 경우라도 국가기관 간의 사정만으로는 납세자가 가지는 절차적 권리의 침해를 용인할 수 있는 사유로 볼 수 없고, 그와 같은 처분지시나 시정요구가 납세자가 가지는 절차적 권리를 무시하면서까지 긴급히 과세처분을 하라는 취지도 아니므로, 위와 같은 사유는 과세관청이 과세예고 통지를 생략하거나 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 할 수 있는 예외사유에 해당한다고 할 수 없다.”고 판시한바 있다. 상기와 같은 대법원 판례의 취지에 따른다면, 처분청이 청구인의 과세전적부심사청구 기회를 박탈하고 부과처분 한 것은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효임이 명백하므로 이 건 종합소득세 부과처분은 당연히 철회되어야 할 것이다.
- 다. 조사청의 소득처분 및 소득금액변동통지의 부당성 1)법인세법제66조에 따르면,“법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다.”규정되어 있고,법인세법제70조에서는 “제66조에 따라 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이를 그 내국법인에 알려야 한다.”고 규정되어 있으며, 같은 법 시행령 제109조에서는“법 제70조에 따라 과세표준과 그 세액을 통지하는 경우에는 납부고지서에 그 과세표준과 세액의 계산명세를 첨부하여 고지해야 하며, 각 사업연도의 과세표준이 되는 금액이 없거나 납부할 세액이 없는 경우에는 그 결정된 내용을 통지해야 한다.”라 규정되어 있다.
2. 조사청은 2017.6월경 쟁점과세자료를 국세청으로부터 하달받은 이후 쟁점법인이 서울회생법원으로부터 파산선고를 받은 2018.5.8.까지 쟁점법인에 대하여 과세자료 내용에 대하여 어떠한 소명요청이나 사실관계 확인도 전혀 행한 바 없었고 쟁점법인에 파산선고가 내려진 이후에도 별다른 조치도 없이 과세자료를 보관만 하고 있었던 것으로 파악된다.
3. 조사청이 2021.12월초 쟁점과세자료를 처리한 과정을 살펴보면, ⅰ) 쟁점법인의 거래상대방이 세금계산서를 발행한 후 이를 누락할 수도 있음을 충분히 감안해야 하였음에도 불구하고 거래상대방에 대한 어떠한 확인도 하지 않았고 ⅱ) 쟁점법인의 장부나 증빙을 조사한 사실도 전혀 없었으며, ⅲ) 2016년 귀속 법인세 과세표준을 경정·결정하였음에도 불구하고 이러한 사실을 쟁점법인에 통지한 사실도 없다.
4. 청구인이 2016.12.26. 쟁점법인의 대표이사에서 해임된 이후 쟁점법인이 2018.12.31. 폐업된 것으로 보이는바, 조사청에는 2016.7월 과세자료 수보 이후 쟁점법인의 폐업일까지 쟁점법인에게 과세자료의 소명을 요구하여 근거에 의하여 처리할 수 있는 충분한 시간이 있었음에도 불구하고 이를 시행하지 않은 중대한 하자가 존재한다.
5. 청구인은 쟁점법인의 대표이사로 재직할 당시 쟁점법인이 조사청에 제출한 매입세금계산서는 정상적인 거래에 따라 교부받은 세금계산서를 제출한 것일 뿐 허위로 교부받은 세금계산서는 전혀 없었다.
6. 결론적으로 조사청의 쟁점법인에 대한 법인세 과세표준의 경정 결정 및 소득처분, 이에 따른 청구인에 대한 소득금액변동통지는 관련 법령을 전혀 준수하지 않았을 뿐만 아니라 과세표준의 경정 근거도 전혀 마련하지 못한 부당한 처분이며, 이러한 과세표준 경정 및 소득처분에 기반하여 청구인에 대한 쟁점소득세 부과처분은 마땅히 취소되어야 한다.
① 과세전적부심사를 생략한 처분이 절차상 하자있는 위법한 처분이라는 청구주장의 당부
② 쟁점부과처분은 근거과세원칙에 위배되어 취소되어야 한다는 청구주장의 당부
① 세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 이 조에서 “과세예고통지”라 한다)하여야 한다.
1. 세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우
2. 세무조사에서 확인된 것으로 조사대상자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우
3. 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우. 다만,감사원법제33조에 따른 시정요구에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세처분하는 경우로서 시정요구 전에 과세처분 대상자가 감사원의 지적사항에 대한 소명안내를 받은 경우는 제외한다.
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 “과세전적부심사”(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.
2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지
③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다.
3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우
④ 과세전적부심사 청구를 받은 세무서장, 지방국세청장 또는 국세청장은 각각 국세심사위원회의 심사를 거쳐 결정을 하고 그 결과를 청구를 받은 날부터 30일 이내에 청구인에게 통지하여야 한다. 2) 국세기본법 제16조 【근거과세】
① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다. 3) 법인세법 제66조 【결정 및 경정】
② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.
1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우
③ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다.
④ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류나 누락이 있는 것을 발견한 경우에는 즉시 이를 다시 경정한다. 4) 법인세법 시행령 제103조 【결정 및 경정】
① 납세지 관할 세무서장은 법 제66조에 따라 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한다. 다만, 국세청장이 특히 중요하다고 인정하는 것에 대하여는 납세지 관할지방국세청장이 이를 결정 또는 경정할 수 있으며, 이 경우 납세지 관할세무서장은 해당 과세표준을 결정 또는 경정하기 위하여 필요한 서류를 납세지 관할지방국세청장에게 지체 없이 보내야 한다.
② 법 제66조에 따른 결정 또는 경정은 법 제60조에 따른 신고서 및 그 첨부서류에 의하거나 비치기장된 장부 또는 그 밖의 증명서류에 의한 실지조사에 의함을 원칙으로 한다.
③ 법 제66조제1항에 따른 결정은 법 제60조에 따른 신고기한부터 1년 내에 완료해야 한다. 다만, 국세청장이 조사기간을 따로 정하거나 부득이한 사유로 인하여 국세청장의 승인을 받은 경우에는 그러하지 아니하다. 5) 법인세법 제70조 【과세표준과 세액의 통지】 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제53조 또는 제66조에 따라 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이를 그 내국법인에 알려야 한다. 5) 법인세법 제67조 【소득 처분】 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다. 6) 법인세법 시행령 제106조 【소득처분】
① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.
1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의 2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.
1. 쟁점법인 기본사항 <기재 생략>
2. 쟁점법인 법인등기부 내역 쟁점법인의 법인등기사항전부증명서에 따르면, 쟁점법인은 19.3월 화물프랜차이즈 가맹업, 운송업 및 관련서비스업 등을 사업목적으로 하여 설립되었으며, 청구인은 2015.11.30. 쟁 점법인의 대표이사로 취임하였다가 2016.12.26. 해임된 것으로 확인된다. 또한, 2018.5.8. 서울회 생법원의 파산선고(201*하합1***)에 따라 CCC가 파산관재인으로 선임된 사실이 확인된다.
3. 쟁점과세자료 내역
4. 소득금액변동통지 내역 조사청은 2021.12.10. 청구인에게 쟁점과세자료 금액 ○○○원을 상여처분하여 소득금액변동통지를 하였다가 2022.4.13. 청구인에게 당초 통지한 소득금액에 대하여 2016년 중 청구인이 쟁점법인의 대표이사로 재직한 기간(2016.1.1.~ 2016.12.26.) 비율로 안분하여 ○○○원을 감액한 후 2차로 소득금액변동통지서를 발송하였다.
5. 과세예고 통지일자 및 수령일 처분청은 청구인이 2021.12.10. 소득금액변동통지를 수령한 후 종합소득세 수정신고서를 제출하지 않자 2022.3.29. 종합소득세 과세예고통지를 하였으며, 2022.4월 조사청이 소득금액 변동통지서를 감액 수정하여 통보함에 따라 2022.4.25. 청구인에게 쟁점과세예고통지를 하였다.
6. 종합소득세 신고 및 경정 내역 <기재 생략> * 한편, 처분청은 당초 이 건 종합소득세 부과처분 시 쟁점법인 인정상여소득 ○○○원에 ◯◯◯◯◯(주) 근로소득 신고누락분 ○○○원을 합산하여 경정고지 하였으나, 이 건 심사청구기간 중 ◯◯◯◯◯(주) 근로소득이 기신고되었다는 사실이 확인됨에 따라 2022.7.27. 당초 소득세 경정시 중복 합산하였던 근로소득을 차감하여 경정감 하였다.
7. 심사청구 기간 중 추가 제출 증빙 내역 청구인은 심사청구 기간 중 쟁점과세자료에 대한 해명자료를 제출하였는데, 총 과세자료 12건 중 8건의 거래는 쟁점법인이 제출한 매입세금계산서가 정당하고, 4건의 거래는 쟁점법인이 과다 제출한 사실이 있으나 법인 장부상 원가에 반영하지 않아 상여로 처분할 금액이 없다는 내용으로, 쟁점법인의 2016년 전산장부를 엑셀파일로 제출하였는바, 그 일부 내역을 발췌하면 다음과 같다. <기재 생략>
8. 청구인이 제출한 해명자료에 대한 조사청의 검토내용
1. 먼저, 과세전적부심사를 생략한 처분이 절차상 하자있는 위법한 처분이라는 청구주장에 대하여 살펴본다. 국세기본법제81조의15제1항 제3호에 따르면, 납세고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우, 세무서장 또는 지방국세청장은 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(과세예고통지)하여야 하는바, 과세예고통지를 누락하여 의견제출의 기회를 주지 아니한 경우에는 원칙적으로 과세처분은 위법하다고 보아야 한다. 그러나,국세기본법제81조의15제2항제2호에서 ‘과세예고통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 과세전적부심사를 청구할 수 있다고 규정하고, 같은 조 제3항에서 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우 등에는 제2항을 적용하지 아니한다고 규정하고 있는바, 국세기본법 및 같은 법 시행령이 과세예고통지의 대상으로 삼고 있지 않다거나 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 있다면 과세전적부심사 및 그 전제에 해당하는 과세예고통지를 생략하더라도 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로 볼 수는 없다고 할 것이다. 청구인은 조사청이 쟁점과세자료를 처리하지 아니하고 방치하다가 법인세 제척기간 만료일이 임박하여 별도의 조사나 확인도 없이 쟁점과세자료금액에 대하여 법인세 과세표준을 경정하고 청구인에게 상여처분 하였고, 처분청이 종합소득세 부과제척기간을 불과 35일 남겨두고 쟁점과세예고통지를 하고 이 건 부과처분을 하였는바, 이는 자의적으로 납세자의 사전적인 권리구제절차를 박탈한 것으로 절차상 중대한 하자가 존재한다고 주장하고 있으나, 처분청은국세기본법제81조의15 제1항에 따라 청구인에게 과세예고통지서를 적법하게 송달하였고, 처분청이 청구인에게 쟁점과세세예고통지를 한 날로부터 국세부과제척기간 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 점을 고려할 때 과세전적부심사청구대상이 아니므로 청구인에게 과세전적부심사청구를 제기할 기회를 부여하지 않고 부과처분을 하였다고 하여 이 건 종합소득세 부과처분에 중대한 절차상 하자가 존재한다고 보기 어렵다고 판단된다.
2. 다음으로, 이 건 부과처분이 근거과세주의 원칙에 위배되어 취소되어야 한다는 청구주장에 대하여 살펴본다. 국세기본법제16조제1항에 따르면, 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 하고,법인세법제66조제3항에서는‘납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다’고 규정하고 있다. 한편, 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임도 원칙적으로는 과세관청에 있는 것이기는 하나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증토록 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다고 할 것이다(대법원 2002두1588, 2004.9.23. 등 참조) 우선, 조사청이 쟁점법인의 2016사업연도 소득금액을 산정함에 있어 쟁점과세자료금액 상당액을 손금불산입하고 이를 청구인에 대한 인정상여로 소득처분하게 된 것을 살펴보면, 쟁점법인의 2016사업연도 법인세 신고서를 기초로 하여 부가가치세 신고서상의 매입처별 세금계산서합계표와 매입처들의 매출처별 세금계산서 합계표를 대조한 결과를 반영한 것이므로, 국세기본법 제16조 의 근거과세원칙을 정면으로 위반하였다고 보기는 어렵다고 할 것이다. 한편, 청구인은 본 건 심리과정에서 쟁점과세자료금액의 대부분은 쟁점법인의 실제 매입금액에 해당하고, 일부는 쟁점법인이 매입세금계산서를 과다 제출한 사실은 있으나 법인 장부상 이를 원가로 계상한 바가 없으므로 본 건 관련 대표자 상여처분이 부당하다고 주장하면서 쟁점법인의 2016년 전산장부를 엑셀파일로 제출하였는데, 청구인이 심리과정 중에 제시한 엑셀 자료만으로는 청구주장의 진실성 여부나 적정한 상여처분 금액을 산정하기에는 무리가 있다. 그렇지만 사실관계에 대한 조사 없이 청구주장이 사실이 아니라고 단정하기 어렵고, 쟁점과세자료 금액 전체를 쟁점법인의 손금불산입 금액으로 하는 것은 타당하지 아니한 측면이 있어 보이므로, 쟁점법인의 금융거래내역, 회계처리 과정 등을 재조사하여 쟁점과세자료금액 중 쟁점법인이 실제 매입한 금액이 얼마인지, 실제 매입이 아님에도 매출원가 혹은 가공자산으로 계상되어 사외유출된 금액 등을 확정하고 그 결과에 따라 이 건 종합소득세 과세표준과 세액을 경정하여야 할 것으로 판단된다.
이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있다고 인정되므로국세기본법제65조제1항제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 1) 2016년 제1기 과세자료(2017.6.8. 자료관리번호 부여), 2016년 제2기 과세자료(2017.6.18. 자료관리번호 부여)
결정 내용은 붙임과 같습니다.