쟁점특허권을 양도하고 수취한 쟁점기술료는 영리를 목적으로 계속적, 반복적으로 하는 활동을 통하여 얻은 사업소득에 해당함

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. ○○○○(이하 “쟁점법인”이라 한다)는 2003.1.23. 설립되어 ○○○에서 건설/토목·비계 구조물, 해체공사업을 영위하고 있는 법인으로, 청구인은 쟁점법인의 대표자이면서 쟁점법인의 발행주식 79%를 소유하고 있다.
• 나. 청구인은 보유 중인 건설업 관련 특허권 중 2008.11.25. 4개 기술, 2009.5.20. 1개 기술, 2017.5.2. 1개 기술, ’20.10.16. 1개 기술에 대한 특허권(총 7개의 기술, 이하 “쟁점특허권”이라 한다)을 쟁점법인에 이전하고 그 대가로 매년 대상기술에 의한 매출액의 5%를 경상기술료(이하 “쟁점기술료”라 한다)로 지급받기로 하는 계약을 체결한 후, 각 2009.6.2., 2010.8.26., 2017.5.24., 2020.10.19. 특허권을 쟁점법인에 이전하였다.
• 다. 쟁점법인은 위 계약에 따라 2008년부터 2020년까지 청구인에게 쟁점기술료로 ○○○백만원을 지급하면서 기타소득으로 원친징수 신고ㆍ납부하였고, 청구인은 각 과세연도에 대한 종합소득세 신고 시 기타소득으로 다른 소득과 합산하여 신고ㆍ납부하였다.
• 라. CC지방국세청 감사, 신고 사후검증, DDD 감사 진행 내용은 다음과 같다.

1. CC지방국세청장은 2015.8.24.부터 9.10.까지 청구인의 납세지관할세무서인 BB세무서에 대한 업무감사를 하였으며, 감사대상기간은 2009년부터 2013년까지이다.

2. AA세무서장은 2017.6.9.부터 8.8.까지 쟁점법인의 2016년 사업연도 법인세 신고내용에 대한 사후검증을 실시하였다. 3) DDD은 2019.6.17.부터 7.26.까지 ‘과세자료처리실태 특정감사’를 실시하면서, <특허권 등 무형자산의 대여와 관련하여 부가가치세 및 소득세 과세 적정여부 점검>과 관련하여 당시 청구인의 납세지관할세무서인 EE세무서에 대한 감사를 진행하였다.

• 마. FF지방국세청(조사2국장, 이하 “조사청”이라 한다)은 2021.7.6.부터 8.23.까지(조사중지1회 7.22.부터 8.4.까지) 청구인과 쟁점법인에 대해 각각 2016년부터 2020년까지 과세연도에 대한 개인제세통합조사와 2017년부터 2020년까지 사업연도에 대한 법인세 통합조사를 실시하여, 쟁점기술료는 소득세법상 사업소득에 해당한다고 보아 소득금액을 증액경정하는 한편, 부가가치세 과세대상으로 판단하였다. 이에 따라 2021.9.6. 2016년부터 2020년까지 과세연도에 대한 종합소득세 672,850,371원과 2016년 제1기부터 2020년 제2기까지 과세기간에 대한 부가가치세 295,504,747원을 부과하겠다는 세무조사결과를 통지하였고, 조사대상기간 이외의 2014년 제2기부터 2015년 제2기까지 과세기간에 수취한 쟁점기술료 770백만원(공급가액 700백만원)에 대해서는 2021.10월 사업장관할세무서인 GG세무서장(처분청)에 과세자료로 통보하였다.
• 바. 처분청은 조사청의 위 조사결과에 따라 2021.11.1. 종합소득세 672,850,371원 및 부가가치세 295,504,747원을 경정고지 하였으며, 과세자료로 통보받은 내용에 대해서는 2021.11.5. 과세예고 후, 2021.12.13. 부가가치세 129,449,608원을 결정고지 하였다(부과처분 상세내역은 다음페이지 참조).
• 사. 청구인은 이에 불복하여 2022.2.3. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. (쟁점① 관련) 2015.8월 CC지방국세청 감사팀의 요청으로 수감장에 출두하여 자료를 제출하면서 소명하였고, 2017.6월경 AA세무서장의 법인세 사후 검증 시에도 공문을 받고 관련 자료를 제출하면서 소명하였으며, 2019.8월경 DDD 감사 시에도 동일한 사안에 대해 소명하였는바, 이 건 부과처분은 국세기본법상 금지된 중복조사에 해당하는 세무조사에 터잡아 이루어진 것이므로 관련 종합소득세 및 부가가치세는 전액 취소되어야 한다.
• 나. (쟁점② 관련) 당초 세무조사 시 조사대상 과세기간으로 통지된 2016년부터 2020년까지가 아닌 과세기간에 대하여 조사청이 과세자료를 처분청에 통보하여 관련 부가가치세를 부과하도록 한 것은 세무조사 범위 확대를 제한하고 세무조사권 남용을 금지한 국세기본법을 위반한 것이므로 동 과세자료에 터잡아 이루어진 2014년 제2기부터 2015년 제2기 과세기간에 대한 부가가치세 고지처분은 취소되어야 한다.
• 다. (쟁점③ 관련) 청구인과 쟁점법인이 쟁점특허권 양도에 따른 대가로 쟁점기술료를 지급하면서 동 금액을 기타소득으로 종합소득세를 신고ㆍ납부한 것에 대하여 과세관청 및 감사기관에서는 두 차례의 감사와 사후 검증으로 사업소득이 아닌 기타소득임을 확인하였다. 또한, 국세청은 그 해석사례를 통해 ‘소득세법령 등에 따르면, 특허권 양도대가는 기타소득에 해당한다’고 반복하여 의사를 표명하였으며, 조세심판원의 심판례에 따르더라도 특허권의 양도는 기타소득에 해당하는 것으로 봄이 타당하고 부가가치세 과세대상에도 해당하지 아니한바, 특허권의 양도에 대해 부과된 종합소득세 및 부가가치세는 전액 취소되어야 한다.
• 라. (쟁점④ 관련) 청구인은 2016년 과세연도에 대한 추계소득금액 계산 시 직전과세기간의 수입금액이 없어 소득세법상 간편장부대상자에 해당하므로 소득세법 시행령제143조제3항제1호 적용 시 단서규정인 “복식부기의무자에 경우에는 수입금액에 기준경비율의 2분의1을 곱하여 계산한 금액”이 아닌 본문의 규정 즉 “수입금액에서 공제하는 ‘수입금액에 기준경비율을 곱하여 계산한 금액”을 적용하여 추계소득금액을 재계산함이 타당하다.
• 마. (쟁점⑤ 관련) 쟁점법인과 청구인은 쟁점기술료와 관련하여 기타소득으로 원천징수 신고ㆍ납부 및 종합소득세 신고ㆍ납부를 성실하게 이행하였고, 그와 관련하여 두차례의 감사와 사후검증에서 청구인 등의 신고 즉 소득구분이 잘못 되었다고 지적되거나 지도받은 사실이 없는바, 이와 같이 사업소득과 기타소득 구분에 있어 청구인과 과세관청 간에 세법해석상 의의(疑意)가 있는 경우에는 그 납세의무의 성실한 이행을 청구인에게 기대하는 것이 무리라고 할 만한 사정이 있다고 볼 수 있고, 이는 신고납부 미이행에 정당한 사유가 있는 경우에 해당하므로국세기본법제48조제1항에 따라 가산세 부과처분은 취소되어야 한다(조심2018중4654, 2019.8.6. 결정 참조).

• 가. (쟁점① 관련) 청구인은 동일한 사항을 감사와 사후검증 시 확인받았다고 하면서 이 건 세무조사가 중복조사에 해당한다고 주장한다. 그러나, 다음과 같이 해당 감사 등 진행내용을 검토한바, 그 사안들은 이 건 세무조사와 무관한 것으로 확인되므로 이에 대한 청구인의 주장은 타당하지 않다. 1) CC지방국세청에서 실시한 감사는 특허권 양도에 대한 기타소득 분류만 확인했을 뿐, 쟁점사실이 특허권 대여인지 특허권 양도인지에 대하여는 구체적인 확인이 없었고, 청구인의 기타소득 신고내용이 적정한지 여부에 대한 직접적인 의사표명 또한 없었다.

2. 그리고, CC지방국세청의 감사대상기간은 2009년부터 2013년까지이고, 조사청이 실시한 청구인에 대한 조사대상기간은 2016년부터 2020년까지 과세연도로 과세연도가 중복되지 않는다. 3) AA세무서장은 2017년 6월부터 8월까지 쟁점법인에 대한 2016년 사업연도 법인세 사후검증을 실시하였는데, 당시 쟁점법인에서 제출받은 특허권 내용은 단순히 판매비와관리비 중 경상개발비 계정과목에 대한 비용 적정여부 확인을 위한 것이었을 뿐이고, 청구인의 쟁점특허권 양도대금에 대한 소득구분의 적정여부를 검토한 것은 아니다.

4. EE세무서에 대한 DDD 감사는 <특허권 등 대여 관련 점검 계획>으로 ‘특허권 등 무형자산 대여 관련하여 부가가치세 및 소득세 과세대상 점검’으로서 확인될 뿐이고, 또한 부가가치세 무실적에 따라 과세대상이 없음을 확인하였을 뿐, 쟁점특허권 양도(대여)소득의 소득구분을 확인한 것은 아님을 알 수 있다.

• 나. (쟁점② 관련) 조사대상기간 외 과세기간에 대해 부가가치세 과세자료로 통보한 것은 국세기본법상 조사범위확대 제한규정을 위반하였다는 청구인의 주장은 타당하지 않다. 1) 청구인에 대한 개인제세 통합조사의 조사대상 과세기간은 종합소득세 부과제척기간 내인 2016년부터 2020년까지 과세연도이고, 청구인의 쟁점특허 양도(대여)행위는 2008년, 2009년, 2017년, 2020년 등에 이루어졌으며, 청구인은 쟁점특허권 양도(대여)에 대한 대가로 쟁점기술료를 2008년부터 2020년까지 지속적으로 받아 오고 있었다.

2. 조사청은 쟁점특허권의 양도행위에 사업성이 있다고 판단하고, 청구인에 대한 조사대상기간외 과세기간에 부가가치세 과세는 당연한 처분이었다. 다만, 종합소득세는 부과제척기간이 5년이었지만, 부가가치세는 무신고자로 분류되어 7년의 부과제척기간이 적용된 것이다.

3. 따라서, 부당하게 조사범위를 확대하였다는 청구인의 주장은 사실과 다르고 과세자료 통보에 의하여 부과제척기간 내에 고지한 당초 결정은 정당하다.

4. 조사청은 2014년 제2기부터 2015년 제2기까지 과세기간에 대한 추가 조사를 위해 서류제출을 요구하거나 장부를 검토할 필요가 없어 조사범위를 확대하지 않고 과세자료로 통보한 것으로 국세기본법에 규정하고 있는 ‘세무조사 범위 확대의 제한’과 ‘세무조사권 남용 금지’를 위반하였다는 청구인의 주장은 타당하지 않다.

• 다. (쟁점③ 관련) 청구인이 쟁점법인에서 쟁점특허권 양도(대여)대가로 받은 쟁점기술료는 사업소득에 해당한다고 봄이 타당하다. 1) 소득세법 규정상 사업소득과 기타소득의 구분
• 가) 소득세법의 체계상 특정소득이 기타소득과 사업소득 등의 다른 소득에 동시에 해당하는 경우, 이를 우선적으로 기타소득이 아니라 사업소득 등의 다른 소득으로 구분하고 있음을 문리적으로 확인할 수 있다. 나) 소득세법 집행기준21-0-8 에서도 “특허권을 일정기간 동안 계속적·반복적으로 사용하도록 하고, 그 대가(실시료)를 지급받는 경우에는 그 대가의 지급방식, 지급시기와 관계없이 사업소득에 해당하는 것이며, 일시적인 특허권의 대여로 인한 대가(실시료)를 지급받는 경우에는 기타소득에 해당한다”라고 규정하고 있어 소득발생에 계속성과 반복성이 있는 경우에 대해서는 사업소득으로 보는 것이 타당하다.

2. 특허권 등 무형재산권의 양도 및 대여행위의 사업성에 대한 법원의 입장 대법원은 ‘취득한 소득의 명목이 특허권 등의 일부양도에 따른 대가라고 하더라도 그것에 사업성이 인정되는 한 이를 사업소득으로 보아야 한다’고 판결하고 있다(대법원2000두5203, 2001.4.24. 판결 참조).

3. 쟁점기술료의 사업성

• 가) 우선 청구인은 7개의 특허권을 쟁점법인에 양도하는 계약을 총 4회 체결하고, 그 계약기간을 해당 특허권이 종료되는 연도말까지 20년의 장기로 설정하면서 그 대가로 연 매출액의 5%를 경상기술료로 지급받기로 약정하였다.
• 나) 2016년부터 2020년까지 청구인이 쟁점법인에서 쟁점기술료를 지급받은 횟수는 21회에 이르고, 그 금액은 총 ○○○백만원에 달하는 등 그 수취금액이 상당히 고액인 점(2008년부터 수령한 경상기술료는 총 ○○○백만원)도 확인할 수 있다.
• 다) 이처럼 쟁점계약은 특허권 양도 형식을 취하고 있으나, 그 대가의 지급기간과 지급형태를 보면 실질적으로는 특허권 대여로 봄이 타당하고, 쟁점특허권 대여행위는 영리를 목적으로 독립된 지위에서 계속·반복적으로 행해지는 사업활동으로 판단된다.
• 라. (쟁점④ 관련) 기장의무의 구분은 소득세법 시행령제208조에서 직전 과세기간 수입금액을 기준으로 하도록 규정되어 있고, 청구인에게 적용된 ｢사업시설 관리, 사업지원 및 임대서비스업｣의 경우 직전 과세기간 수입금액이 75백만원 이상인 경우에는 복식부기의무자로 분류되고, 직전 과세기간인 2015년 과세연도 청구인의 수입금액은 ○○○백만원임을 알 수 있는바, 2016년 과세연도 기장의무를 복식부기의무자보아 추계소득금액 계산시 수입금액에서 공제할 필요경비를 수입금액×기준경비율1/2을 적용한 처분은 정당하다.
• 마. (쟁점⑤ 관련) 청구인은 감사와 사후검증에서도 지적받은 일이 없어 세법상 의의(疑意)가 있는 경우에 해당한다고 주장하나, 감사와 사후검증에서는 소득구분에 대하여 어떠한 판단을 내린 적이 없으며, 이 건의 경우 청구인이 기타소득으로 신고한 것은 단순히 자기 나름의 해석에 의하여 소득구분을 잘못 판단한 것에 불과한 것으로 보이는바, 가산세 감면에 해당하는 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다(대법원2012두23631, 2013.2.15. 판결 등 참조).

• 가. 쟁 점

① 지방국세청 감사, 사후검증, DDD 감사 등을 받은 후 이 건 세무조사를 받았으므로 중복조사에 해당하여 위법하다는 청구주장의 당부

② 2016년 전 발생한 특허권 양도소득에 대해 과세자료로 통보한 것은 조사범위확대를 위반하여 부당하다는 청구주장의 당부

③ 쟁점법인에 쟁점특허권을 양도하고 수취한 쟁점기술료는 기타소득에 해당되므로 사업소득으로 보고 종합소득세 및 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부

④ 2016년 과세연도 소득에 대한 추계소득금액을 계산 시 간편장부대상자로 보고 수입금액에 기준경비율 전체를 곱한 금액을 필요경비로 공제해야 한다는 청구주장의 당부

⑤ 특허권 양도소득에 대해 사업소득으로 종합소득세 및 부가가치세를 신고하지 아니한 데에는 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

• 나. 관련법령 <쟁점① 관련> 1) 국세기본법 제2조 【정의】<2020.12.22. 법률 제17650호로 개정된 것> 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. <개정 2020.6.9, 2020.12.22>

21. "세무조사"란 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건(이하 "장부등"이라 한다)을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 활동을 말한다. 2) 국세기본법 제81조의2 【납세자권리헌장의 제정 및 교부】

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따른 납세자권리헌장의 내용이 수록된 문서를 납세자에게 내주어야 한다. <개정 2011.12.31, 2017.12.19, 2018.12.31>

1. 세무조사(조세범 처벌절차법에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 하는 경우

③ 세무공무원은 세무조사를 시작할 때 조사원증을 납세자 또는 관련인에게 제시한 후 납세자권리헌장을 교부하고 그 요지를 직접 낭독해 주어야 하며, 조사사유, 조사기간, 제81조의18제1항에 따른 납세자보호위원회에 대한 심의 요청사항ㆍ절차 및 권리구제 절차 등을 설명하여야 한다. <신설 2014.1.1, 2017.12.19> 2-1) 납세자보호사무처리규정 제107조(납세자권리헌장 교부)<2021.4.9. 국세청 훈령 제2437호로 개정된 것>

① 주무국(과)장 및 납세자보호담당관은 다음 각 호 어느 하나에 해당하는 경우에는 납세자권리헌장을 반드시 교부하여야 하며, 특히 제1호에 해당하는 경우에는 그 요지를 직접 낭독하고, 권리구제 절차 등을 설명하여야 한다.

1. 세무조사(｢조세범 처벌절차법｣에 따른 조세범칙조사를 포함한다)를 하는 경우

3) 국세기본법 제81조의4 【세무조사권 남용 금지】

① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사(조세범 처벌절차법에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다. <개정 2018.12.31>

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다. <개정 2018.12.31>

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우

4. 제65조제1항제3호 단서(제66조제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15제5항제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

6. 제81조의11제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 3-1) 국세기본법 시행령 제63조의2 【세무조사를 다시 할 수 있는 경우】<2021.2.17. 대통령령 제31452호로 개정되기 전의 것> 법 제81조의4제2항제7호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. <개정 2018.2.13, 2019.2.12>

1. 부동산투기, 매점매석, 무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 세금탈루 혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우

2. 과세관청 외의 기관이 직무상 목적을 위해 작성하거나 취득해 과세관청에 제공한 자료의 처리를 위해 조사하는 경우

3. 국세환급금의 결정을 위한 확인조사를 하는 경우 4.조세범 처벌절차법제2조제1호에 따른 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우. 다만, 해당 자료에 대하여조세범 처벌절차법제5조제1항제1호에 따라 조세범칙조사심의위원회가 조세범칙조사의 실시에 관한 심의를 한 결과 조세범칙행위의 혐의가 없다고 의결한 경우에는 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료로 인정하지 아니한다. 4) 국세기본법 제81조의6 【세무조사 관할 및 대상자 선정】

① 세무조사는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 수행한다. 다만, 납세자의 주된 사업장 등이 납세지와 관할을 달리하거나 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 세무조사를 수행하는 것이 부적절한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우에는 국세청장(같은 지방국세청 소관 세무서 관할 조정의 경우에는 지방국세청장)이 그 관할을 조정할 수 있다. <신설 2014.1.1.>

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에 정기적으로 신고의 적정성을 검증하기 위하여 대상을 선정(이하 "정기선정"이라 한다)하여 세무조사를 할 수 있다. 이 경우 세무공무원은 객관적 기준에 따라 공정하게 그 대상을 선정하여야 한다. <개정 2013.1.1, 2014.1.1, 2017.12.19>

1. 국세청장이 납세자의 신고 내용에 대하여 과세자료, 세무정보 및 주식회사의 외부감사에 관한 법률에 따른 감사의견, 외부감사 실시내용 등 회계성실도 자료 등을 고려하여 정기적으로 성실도를 분석한 결과 불성실 혐의가 있다고 인정하는 경우

2. 최근 4과세기간 이상 같은 세목의 세무조사를 받지 아니한 납세자에 대하여 업종, 규모, 경제력 집중 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고 내용이 적정한지를 검증할 필요가 있는 경우

3. 무작위추출방식으로 표본조사를 하려는 경우

③ 세무공무원은 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다. <개정 2011.5.2, 2014.1.1, 2015.12.15>

1. 납세자가 세법에서 정하는 신고, 성실신고확인서의 제출, 세금계산서 또는 계산서의 작성ㆍ교부ㆍ제출, 지급명세서의 작성ㆍ제출 등의 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우

2. 무자료거래, 위장ㆍ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우

3. 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우

4. 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우 5) 소득세법 제170조 【질문ㆍ조사】

① 소득세에 관한 사무에 종사하는 공무원은 그 직무 수행을 위하여 필요한 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에 대하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건을 조사하거나 그 제출을 명할 수 있다. 다만, 제21조제1항제26호에 따른 종교인소득(제21조제4항에 해당하는 경우를 포함한다)에 대해서는 종교단체의 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건 중에서 종교인소득과 관련된 부분에 한정하여 조사하거나 그 제출을 명할 수 있다. <개정 2012.1.1, 2015.12.15, 2018.12.31, 2020.6.9, 2020.12.29>

1. 납세의무자 또는 납세의무가 있다고 인정되는 자

6. 국세청 및 지방세무관서 감사규정 제19조(자료제출요구 등) <2011.7.1. 국세청 훈령 제1906호로 개정된 것>

① 감사담당공무원은 감사를 위해 필요한 경우에 감사대상기관에 대하여 다음 각 호의 조치를 할 수 있다.

1. 감사대상기관에 근무하는 공무원과 감사대상자와 관련 있는 공무원의 출석 또는 답변을 요구하거나 관계 공무원과 함께 현장에 방문하여 질문 조사

2. 관계서류, 장부 및 물품 등의 제출 요구

3. 필요한 문서, 문답서, 진술서, 경위서 또는 확인서의 제출 요구

4. 금고, 장부 및 물품 등의 봉인 또는 보관

5. 기타 감사를 효율적으로 실시하기 위하여 필요하다고 인정되는 조치

② 감사반장은 감사를 위해 반드시 필요한 경우에는 감사대상기관 외의 관서의 장이나 국세공무원에게 관련자료의 제출, 관계 공무원의 출석 또는 진술을 요청할 수 있다. 이 경우에는 그 사유를 사전에 통보하여야 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 요청을 받은 관서의 장이나 국세공무원은 정당한 사유가 없는 한 이에 응하여야 한다.

④ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 제출요구자료 중 납세자로부터 해명자료를 제출받아 제출하여야 하는 경우에는 감사대상기관 등이『해명자료 제출 안내문 (별지 제10호 서식)』으로 요구하도록 하고, 그 내용은『해명자료 제출 요구서 관리대장(별지 제11호 서식)』에 기록하여 관리하여야 한다.

⑤ 제4항의 해명자료 제출 요구에 대해 납세자가 감사담당공무원에게 직접 해명을 원할 경우 감사반장 참여하에 해명을 받고 ｢납세자 감사해명 관리대장(별지 제29호 서식)｣에 기록하여 관리하여야 한다.

7. 국세청 및 지방세무관서 감사규정 제20조(증거서류 및 확인서 제출요구)

① 감사담당공무원은 감사결과처분을 요하는 사항에 대하여는 그 입증을 위하여 필요한 관계서류 및 문서의 등본 또는 사본을 증거서류로서 제출하게 할 수 있으며, 또한 증거를 보강하기 위하여 필요한 때에는 관계자로부터 당해 사안에 관련된 사실 등을 기술한 확인서를 받을 수 있다.

② 감사담당공무원은 감사결과 지적된 사안이 중요하여 사안에 관련된 관계자의 책임 소재와 한계를 규명하고 행위의 동기 및 배경을 알기 위하여 필요한 때에는『문답서(별지 제12호 서식)』을 작성할 수 있다.

8. 국세청 및 지방세무관서 감사규정 제21조(질문서의 발부 등)

① 감사결과 위법 또는 부당하다고 인정되는 사항에 대하여는『질문서(별지 제13호 서식)』을 발부하고, 감사대상기관으로부터『질문서 발부 및 수령서(별지 제14호 서식)』을 받아야 한다.

② 질문서는 감사반장의 명의로 감사대상 기관장에게 발부한다. 다만, 감사대상기관이 본청 및 지방국세청일 경우 소관 국․실․과장에게 발부할 수 있다. 9) 법인세 사무처리규정 제2조(정의) <2016.12.27. 국세청훈령 제2173호로 개정된 것> 이 규정에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각 호와 같다. 다만, 이 규정에서 특별히 정하지 않는 것은 국세기본법 및 관련 세법이 정하는 바에 따른다.

10. '간접확인'이란 전화・서면에 따른 사실확인 요구 및 전산 등에 구축된 정보내용 분석 등 납세자 비대면 방식으로 사실관계를 확인하는 것을 말한다.

11. '현장확인'이란 간접확인 방식의 업무처리로는 이 규정에 따른 세원관리 업무추진이 부적합한 경우 종사직원이 해당 납세자 또는 사업장에 직접 출장하여 당초 출장목적 범위에서 특정사항이나 사업실상 등을 확인하는 행위를 말한다.

10. 법인세 사무처리규정 제51조(신고내용 검증)

① 지방국세청장(성실납세지원국장) 또는 세무서장(법인납세과장)은 법인세 신고기한 종료 후 전산 및 개별분석 안내법인을 대상으로 신고안내 사항의 신고반영 여부를 검증하여야 한다.

② 신고내용 검증은 납세자 접촉 없이 신고서 및 전산 상 각종 과세정보 등 내부 자료에 의해 실시함을 원칙으로 하며 검증 결과에 따라 수정신고 안내 또는 조사대상 선정 등에 활용하도록 사후 관리하여야 한다.

③ 제2항에 따른 ‘수정신고 안내’는『개별(전산)분석 안내법인 수정신고 안내(별지 제6호 서식)』로 하고 신고 누락사항 및 오류사항 등을 구체적으로 기재하여 안내하여야 한다.

11. 법인세 사무처리규정 제85조(기본원칙)

① 법인세 서면분석은 지방국세청장(성실납세지원국장) 또는 세무서장(법인납세과장)이 동일 또는 특정한 업종ㆍ항목・신고유형의 법인사업자에 대한 법인세 과세표준 및 세액 신고내용의 적정여부를 전산분석ㆍ기획분석 또는 서면검토 방법으로 확인하여 소득금액 또는 세액계산의 공통적인 오류ㆍ탈루사항 등을 시정함으로써 법인의 성실신고를 유도하고, 실지조사의 한계를 보완하는 한편 신고관리의 미비점을 제도적으로 개선하는 데 그 목적이 있다.

12. 법인세 사무처리규정 제91조(해명요구)

① 법인세 서면분석담당자는 법인의 신고서류 검토결과 소득금액 또는 세액계산의 오류ㆍ탈루혐의가 있어 별도의 해명자료를 받고자 할 때에는『법인세 신고관련 해명자료 제출 안내(별지 제8호 서식)』로 서면 요구하여야 한다. 이 경우 15일 이내의 기간을 정하여 안내하되 막연히 포괄적인 서류제출을 요구하지 않도록 유의하여야 한다.

② 서면분석 과정에서 법적용이 명백히 잘못된 사항이 나타나는 경우 해명요구 없이 수정신고를 권장할 수 있다.

13. 법인세 사무처리규정 제94조(불성실해명에 대한 조치 등)

① 지방국세청 및 세무서 서면분석 담당자는 제91조에 따른 해명요구에 대하여 납세자가 해명자료를 제출하지 아니하거나 제출된 해명자료가 불성실하여 간접확인에 의해 서면분석을 종결할 수 없는 경우에는 제4조 및 제5조에 따라 최소한의 범위에서 현장확인을 실시할 수 있다. 다만，현장확인 결과 또는 해명요구 결과 실지조사를 갈음하는 광범위한 확인이 필요한 경우에는 관련내용을 조사대상 선정 등에 활용하도록 조사국(세무서는 조사과)에 통보하여야 한다. <쟁점② 관련> 14) 국세기본법 제81조의9 【세무조사 범위 확대의 제한】

① 세무공무원은 구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 조사진행 중 세무조사의 범위를 확대할 수 없다.

② 세무공무원은 제1항에 따라 세무조사의 범위를 확대하는 경우에는 그 사유와 범위를 납세자에게 문서로 통지하여야 한다. 14-1) 국세기본법 시행령 제63조의10 【세무조사 범위의 확대】 법 제81조의9제1항에서 "구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 다른 과세기간ㆍ세목 또는 항목에 대한 구체적인 세금탈루 증거자료가 확인되어 다른 과세기간ㆍ세목 또는 항목에 대한 조사가 필요한 경우

2. 명백한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용의 착오 등이 있는 조사대상 과세기간의 특정 항목이 다른 과세기간에도 있어 동일하거나 유사한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용 착오 등이 있을 것으로 의심되어 다른 과세기간의 그 항목에 대한 조사가 필요한 경우 14-2) 조사사무처리규정 제38조(조사범위 등의 준수) <2021.4.26 국세청훈령 제2435호로 개정된 것> 조사공무원은 세무조사를 실시하는 동안 조사대상 과세기간 및 조사대상 세목, 조사기간 등에 대해 사전에 정한 범위와 한계를 준수하여야 한다. 14-3) 조사사무처리규정 제39조(조사범위 확대의 제한)

① 조사공무원은 ｢국세기본법｣ 제81조의9 에 따라 구체적인 세금탈루혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련된 것으로 확인되는 경우 등 같은 법 시행령 제63조의10 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 조사진행 중 조사범위를 확대할 수 없다.

② 제15조제2항에 따른 중소규모 납세자 이외의 납세자에 대한 조사에서 조사범위를 확대하는 경우에는 납세자보호위원회의 승인을 받아야 한다.

③ 제15조제2항에 따른 중소규모 납세자에 대하여 조사범위를 확대하는 경우에는 최초 조사범위 확대는 조사관할 관서의 납세자보호담당관의 승인을 받아야 하고, 2회 이후 확대는 상급 관서의 납세자보호(담당)관의 승인을 받아야 한다. 15) 국세기본법 제81조의12 【세무조사의 결과 통지】

① 세무공무원은 세무조사를 마쳤을 때에는 그 조사를 마친 날부터 20일(제11조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 40일) 이내에 다음 각 호의 사항이 포함된 조사결과를 납세자에게 설명하고, 이를 서면으로 통지하여야 한다. 다만, 납세관리인을 정하지 아니하고 국내에 주소 또는 거소를 두지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2019.12.31>

2. 결정 또는 경정할 과세표준, 세액 및 산출근거

3. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 16) 부가가치세법 제57조 【결정과 경정】<2014.12.23. 법률 제12851호로 개정된 것>

① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 "납세지 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

1. 예정신고 또는 확정신고를 하지 아니한 경우

2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우 16-1) 부가가치세 사무처리규정 제56조(기한 후 신고자 및 무신고자 결정)

② 부가가치세 담당과장은 기한 후 신고 권장을 하였으나 정당한 사유없이 신고를 하지 않는 사업자에 대해서는 법 제21조[제57조]에 따라 결정하여야 한다.

③ 부가가치세 담당과장은 무신고자가 신고대상기간의 사업실적에 대하여 기한 후 신고를 하지 않거나 기한 후 신고내용의 확인을 위하여 현장확인이 필요한 경우 현장확인 담당자를 지정하여 이를 실시할 수 있다. 16-2) 부가가치세 사무처리규정 제72조(통보대상자료) <2013.6.21. 국세청 훈령 제2000호로 개정된 것> 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 과세자료에 대해 해당 업무처리 담당자는 전산에 입력하여야 한다.

1. 각종 세무조사할 때 파생된 과세자료

2. 각종 자료처리할 때 파생된 과세자료 16-3) 부가가치세 사무처리규정 제75조(전산 통·수보 절차)

① 업무처리담당자는 제73조에 따라 입력한 과세자료에 대해 전산을 통해 과세자료명세서(보관용·통보용)를 2부 출력하여 1부는 결재하여 보관하고 1부는 과세자료 원본과 함께 수보받을 관서의 부가가치세 담당과장 또는 조사과장에게 통보한다. 또한 해당관서 또는 해당과의 과세자료도 전산 입력 후 통보절차를 거쳐 처리한다.

② 제1항에 따라 수동자료를 통보받은 부가가치세 담당과장 또는 조사과장은 수보처리화면을 조회하여 전산으로 수보처리 하여야 한다. <쟁점③ 관련> 17) 국세기본법 제14조 【실질과세】

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. <개정 2020.6.9> 18) 소득세법 제1조의2 【정의】<2020.8.18. 법률 제17477호로 개정되기 전의 것>

① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. <개정 2014.12.23, 2018.12.31>

5. "사업자"란 사업소득이 있는 거주자를 말한다. 19) 소득세법 제19조 【사업소득】

① 사업소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 제21조제1항제8호의2에 따른 기타소득으로 원천징수하거나 과세표준확정신고를 한 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2014.1.1, 2017.12.19, 2018.12.31, 2019.12.31>

13. 전문, 과학 및 기술서비스업(대통령령으로 정하는 연구개발업은 제외한다)에서 발생하는 소득

14. 사업시설관리, 사업 지원 및 임대 서비스업에서 발생하는 소득

21. 제1호부터 제20호까지의 규정에 따른 소득과 유사한 소득으로서 영리를 목적으로 자기의 계산과 책임 하에 계속적ㆍ반복적으로 행하는 활동을 통하여 얻는 소득 19-1) 소득세법 시행령 제33조 【연구개발업의 범위】<2020.10.7. 대통령령 제31083호로 개정되기 전의 것> 법 제19조제1항제13호에서 "대통령령으로 정하는 연구개발업"이란 계약 등에 따라 그 대가를 받고 연구 또는 개발용역을 제공하는 것을 제외한 연구개발업을 말한다. 19-2) 소득세법 집행기준 21-0-8【특허권의 양도 또는 대여로 받는 대가의 소득구분】

① 특허권의 등록을 한 거주자가 당사자 간의 계약에 의하여 해당 특허권을 일정기간 동안 계속적⋅반복적으로 사용하도록 하고, 그 대가(실시료)를 지급받는 경우에는 그 대가의 지급방식, 지급시기와 관계없이 사업소득에 해당하는 것이며, 일시적인 특허권의 대여로 인한 대가(실시료)를 지급받는 경우에는 기타소득에 해당한다.

② 특허청에 등록된 특허권 및 개인이 신규의 발명을 고안하여 특허를 출원 중인 상태에서 특허를 받을 수 있는 권리를 양도하고 받는 대가는 기타소득에 해당한다. 19-3) 소득세법 집행기준 21-0-10 사업소득과 기타소득의 구분 구분 사업소득 기타소득 개념 ▪ 개인이 영리를 목적으로 자기의 계산과 책임 하에 계속적⋅반복적으로 행하는 활동을 통해 얻는 소득 ▪ 이자⋅배당⋅사업⋅근로⋅연금⋅퇴직⋅양도소득 외에 ｢소득세법｣ 제21조에서 열거하는 소득

기준 ▪ 독립성: 다른 사업자에게 종속⋅ 고용되지 아니하고 자기책임과 계산 하에 사업을 경영하는 것 ▪ 계속⋅반복성: 동종의 활동을 계속적 ⋅반복적으로 행하는 것 ▪ 영리목적성: 사업을 경제적 이익을 얻기 위한 의도를 가지고 행하는 것 ▪사업 활동으로 볼 수 있을 정도의 계속성⋅반복성 없이 일시적⋅우발적으로 발생하는 소득 20) 소득세법 제21조 【기타소득】

① 기타소득은 이자소득ㆍ배당소득ㆍ사업소득ㆍ근로소득ㆍ연금소득ㆍ퇴직소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다. <개정 2014.12.23, 2015.12.15, 2016.12.20, 2017.12.19, 2018.12.31>

7. 광업권ㆍ어업권ㆍ산업재산권ㆍ산업정보, 산업상 비밀, 상표권ㆍ영업권(대통령령으로 정하는 점포 임차권을 포함한다), 토사석(土砂石)의 채취허가에 따른 권리, 지하수의 개발ㆍ이용권, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리를 양도하거나 대여하고 그 대가로 받는 금품 21) 부가가치세법 제2조 【정의】<2020.12.22. 법률 제17653호로 개정되기 전의 것> 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. <개정 2018.12.24, 2020.12.22>

1. "재화"란 재산 가치가 있는 물건 및 권리를 말한다. 물건과 권리의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

2. "용역"이란 재화 외에 재산 가치가 있는 모든 역무(役務)와 그 밖의 행위를 말한다. 용역의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

3. "사업자"란 사업 목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 말한다. 21-1) 부가가치세법 시행령 제2조 【재화의 범위】<2020.10.7. 대통령령 제31087호로 개정되기 전의 것>

② 법 제2조제1호의 권리는 광업권, 특허권, 저작권 등 제1항에 따른 물건 외에 재산적 가치가 있는 모든 것으로 한다. 21-2) 부가가치세법 시행령 제3조 【용역의 범위】

① 법 제2조제2호에 따른 용역은 재화 외에 재산 가치가 있는 다음 각 호의 사업에 해당하는 모든 역무(役務)와 그 밖의 행위로 한다. <개정 2019.2.12, 2020.2.11>

7. 전문, 과학 및 기술 서비스업과 사업시설 관리, 사업 지원 및 임대서비스업 21-3) 부가가치세법 시행령 제4조 【사업의 구분】

① 재화나 용역을 공급하는 사업의 구분은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 통계청장이 고시하는 해당 과세기간 개시일 현재의 한국표준산업분류에 따른다.

② 용역을 공급하는 경우 제3조제1항에 따른 사업과 유사한 사업은 한국표준산업분류에도 불구하고 같은 항의 사업에 포함되는 것으로 본다. 22) 부가가치세법 제3조 【납세의무자】 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 개인, 법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다), 법인격이 없는 사단ㆍ재단 또는 그 밖의 단체는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

23) 부가가치세법 제4조 【과세대상】 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급 24) 부가가치세법 제9조 【재화의 공급】

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다. 24-1) 부가가치세법 시행령 제18조 【재화 공급의 범위】

① 법 제9조제1항에 따른 재화의 공급은 다음 각 호의 것으로 한다.

1. 현금판매, 외상판매, 할부판매, 장기할부판매, 조건부 및 기한부 판매, 위탁판매와 그 밖의 매매계약에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것 25) 부가가치세법 제11조 【용역의 공급】

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것 25-1) 부가가치세법 시행령 제25조 【용역 공급의 범위】 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 법 제11조에 따른 용역의 공급으로 본다. <개정 2020.2.18>

3. 산업상ㆍ상업상 또는 과학상의 지식ㆍ경험 또는 숙련에 관한 정보를 제공하는 것 26) 특허법 제2조 【정의】<2020.6.9. 법률 제17422호로 개정되기 전의 것> 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. <개정 2019.12.10>

1. "발명"이란 자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작으로서 고도(高度)한 것을 말한다.

2. "특허발명"이란 특허를 받은 발명을 말한다.

3. "실시"란 다음 각 목의 구분에 따른 행위를 말한다.

• 가. 물건의 발명인 경우: 그 물건을 생산ㆍ사용ㆍ양도ㆍ대여 또는 수입하거나 그 물건의 양도 또는 대여의 청약(양도 또는 대여를 위한 전시를 포함한다. 이하 같다)을 하는 행위
• 나. 방법의 발명인 경우: 그 방법을 사용하는 행위 또는 그 방법의 사용을 청약하는 행위
• 다. 물건을 생산하는 방법의 발명인 경우: 나목의 행위 외에 그 방법에 의하여 생산한 물건을 사용ㆍ양도ㆍ대여 또는 수입하거나 그 물건의 양도 또는 대여의 청약을 하는 행위 27) 특허법 제85조 【특허원부】

① 특허청장은 특허청에 특허원부를 갖추어 두고 다음 각 호의 사항을 등록한다.

1. 특허권의 설정ㆍ이전ㆍ소멸ㆍ회복ㆍ처분의 제한 또는 존속기간의 연장

2. 전용실시권 또는 통상실시권의 설정ㆍ보존ㆍ이전ㆍ변경ㆍ소멸 또는 처분의 제한

3. 특허권ㆍ전용실시권 또는 통상실시권을 목적으로 하는 질권의 설정ㆍ이전ㆍ변경ㆍ소멸 또는 처분의 제한 28) 특허법 제87조 【특허권의 설정등록 및 등록공고】

① 특허권은 설정등록에 의하여 발생한다. 29) 특허법 제88조 【특허권의 존속기간】

① 특허권의 존속기간은 제87조제1항에 따라 특허권을 설정등록한 날부터 특허출원일 후 20년이 되는 날까지로 한다. 30) 특허법 제94조 【특허권의 효력】

① 특허권자는 업으로서 특허발명을 실시할 권리를 독점한다. 다만, 그 특허권에 관하여 전용실시권을 설정하였을 때에는 제100조제2항에 따라 전용실시권자가 그 특허발명을 실시할 권리를 독점하는 범위에서는 그러하지 아니하다. <개정 2019.12.10>

② 특허발명의 실시가 제2조제3호나목에 따른 방법의 사용을 청약하는 행위인 경우 특허권의 효력은 그 방법의 사용이 특허권 또는 전용실시권을 침해한다는 것을 알면서 그 방법의 사용을 청약하는 행위에만 미친다. <신설 2019.12.10> 31) 특허법 제99조 【특허권의 이전 및 공유 등】

① 특허권은 이전할 수 있다.

② 특허권이 공유인 경우에는 각 공유자는 다른 공유자 모두의 동의를 받아야만 그 지분을 양도하거나 그 지분을 목적으로 하는 질권을 설정할 수 있다.

③ 특허권이 공유인 경우에는 각 공유자는 계약으로 특별히 약정한 경우를 제외하고는 다른 공유자의 동의를 받지 아니하고 그 특허발명을 자신이 실시할 수 있다.

④ 특허권이 공유인 경우에는 각 공유자는 다른 공유자 모두의 동의를 받아야만 그 특허권에 대하여 전용실시권을 설정하거나 통상실시권을 허락할 수 있다. <쟁점④ 관련> 32) 소득세법 제80조 【결정과 경정】

② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제2호 및 제3호의 경우에는 제73조에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다. <개정 2010.12.27, 2013.1.1, 2014.1.1, 2015.12.15>

1. 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우

③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사 결정할 수 있다. 32-1) 소득세법 시행령 제143조 【추계결정 및 경정】

① 법 제80조제3항 단서에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. <개정 2010.2.18, 2019.2.12>

1. 과세표준을 계산할 때 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 한국표준산업분류에 따른 동종업종 사업자의 신고내용 등에 비추어 수입금액 및 주요 경비 등 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

② 법 제80조제3항 단서에 따라 과세표준을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 제3항에 따라 산출한 소득금액에서 법 제50조, 제51조, 제52조에 따른 인적공제와 특별소득공제를 하여 과세표준을 계산한다. <개정 2014.2.21>

③ 법 제80조제3항 단서에 따라 소득금액의 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 방법에 따른다. 다만, 제1호의2는 단순경비율 적용대상자만 적용한다. <개정 2013.2.15, 2016.2.17, 2019.2.12, 2020.2.11>

1. 수입금액에서 다음 각 목의 금액의 합계액(수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 제외한다)을 공제한 금액을 그 소득금액(이하 이 조에서 "기준소득금액"이라 한다)으로 결정 또는 경정하는 방법. 다만, 기준소득금액이 제1호의2에 따른 소득금액에 기획재정부령으로 정하는 배율을 곱하여 계산한 금액 이상인 경우 2021년 12월 31일이 속하는 과세기간의 소득금액을 결정 또는 경정할 때까지는 그 배율을 곱하여 계산한 금액을 소득금액으로 결정할 수 있다.

• 가. 매입비용(사업용 유형자산 및 무형자산의 매입비용을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업용 유형자산 및 무형자산에 대한 임차료로서 증빙서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액
• 나. 종업원의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증빙서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액
• 다. 수입금액에 기준경비율을 곱하여 계산한 금액. 다만, 복식부기의무자의 경우에는 수입금액에 기준경비율의 2분의 1을 곱하여 계산한 금액 33) 소득세법 제160조 【장부의 비치ㆍ기록】

① 사업자(국내사업장이 있거나 제119조제3호에 따른 소득이 있는 비거주자를 포함한다. 이하 같다)는 소득금액을 계산할 수 있도록 증명서류 등을 갖춰 놓고 그 사업에 관한 모든 거래 사실이 객관적으로 파악될 수 있도록 복식부기에 따라 장부에 기록ㆍ관리하여야 한다. <개정 2013.1.1>

② 업종ㆍ규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 업종별 일정 규모 미만의 사업자가 대통령령으로 정하는 간편장부(이하 "간편장부"라 한다)를 갖춰 놓고 그 사업에 관한 거래 사실을 성실히 기재한 경우에는 제1항에 따른 장부를 비치ㆍ기록한 것으로 본다.

③ 제2항에 따른 대통령령으로 정하는 업종별 일정 규모 미만의 사업자는 "간편장부대상자"라 하고, 간편장부대상자 외의 사업자는 "복식부기의무자"라 한다. 33-1) 소득세법 시행령 제208조 【장부의 비치ㆍ기록】

① 법 제160조제1항의 장부는 사업의 재산상태와 그 손익거래내용의 변동을 빠짐없이 이중으로 기록하여 계산하는 부기형식의 장부를 말한다.

⑤ 법 제160조제2항 및 제3항에서 "대통령령으로 정하는 업종별 일정 규모 미만의 사업자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자를 말한다. 다만, 제147조의2 및 부가가치세법 시행령 제109조제2항제7호 에 따른 사업자는 제외한다. <신설 2014.2.21, 2018.2.13, 2020.2.11>

1. 해당 과세기간에 신규로 사업을 개시한 사업자

2. 직전 과세기간의 수입금액(결정 또는 경정으로 증가된 수입금액을 포함하며, 법 제19조제1항제20호에 따른 사업용 유형자산을 양도함으로써 발생한 수입금액은 제외한다)의 합계액이 다음 각 목의 금액에 미달하는 사업자. 다만, 업종의 현황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 영세사업의 경우에는 기획재정부령으로 정하는 금액에 미달하는 사업자로 한다.

• 다. 법 제45조제2항에 따른 부동산임대업, 부동산업(제122조제1항에 따른 부동산매매업은 제외한다), 전문ㆍ과학 및 기술서비스업, 사업시설관리ㆍ사업지원 및 임대서비스업, 교육서비스업, 보건업 및 사회복지서비스업, 예술ㆍ스포츠 및 여가 관련 서비스업, 협회 및 단체, 수리 및 기타 개인서비스업，가구내 고용활동: 7천500만원 <쟁점⑤ 관련> 34) 국세기본법 제47조 【가산세 부과】

① 정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다.

② 가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 해당 국세의 세목(稅目)으로 한다. 다만, 해당 국세를 감면하는 경우에는 가산세는 그 감면대상에 포함시키지 아니하는 것으로 한다.

③ 가산세는 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. <신설 2011.12.31> 35) 국세기본법 제47조의2 【무신고가산세】

① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며,교육세법제9조에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와농어촌특별세법및종합부동산세법에 따른 신고는 제외한다)를 하지 아니한 경우에는 그 신고로 납부하여야 할 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "무신고납부세액"이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액을 가산세로 한다. <개정 2016.12.20, 2019.12.31>

1. 부정행위로 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 하지 아니한 경우: 100분의 40(역외거래에서 발생한 부정행위인 경우에는 100분의 60)

2. 제1호 외의 경우: 100분의 20

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 호에 따른 금액을 가산세로 한다. <개정 2016.12.20, 2019.12.31> 1.소득세법제70조 및 제124조 또는법인세법제60조, 제76조의17 및 제97조에 따른 신고를 하지 아니한 자가소득세법제160조제3항에 따른 복식부기의무자(이하 "복식부기의무자"라 한다) 또는 법인인 경우: 다음 각 목의 구분에 따른 금액과 제1항 각 호의 구분에 따른 금액 중 큰 금액

• 가. 제1항제1호의 경우: 다음 구분에 따른 수입금액(이하 이 조에서 "수입금액"이라 한다)에 1만분의 14를 곱한 금액

1. 개인:소득세법제24조부터 제26조까지 및 제122조에 따라 계산한 사업소득에 대한 해당 개인의 총수입금액 36) 국세기본법 제47조의3 【과소신고ㆍ초과환급신고가산세】

① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며,교육세법제9조에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와농어촌특별세법에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "과소신고납부세액등"이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다. <개정 2016.12.20, 2017.12.19, 2019.12.31>

1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우: 다음 각 목의 금액을 합한 금액

• 가. 부정행위로 인한 과소신고납부세액등의 100분의 40(역외거래에서 발생한 부정행위로 인한 경우에는 100분의 60)에 상당하는 금액
• 나. 과소신고납부세액등에서 부정행위로 인한 과소신고납부세액등을 뺀 금액의 100분의 10에 상당하는 금액

2. 제1호 외의 경우: 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액 37) 국세기본법 제47조의4 【납부지연가산세】

① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 법정납부기한까지 국세(인지세법 제8조제1항 에 따른 인지세는 제외한다)의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다. <개정 2018.12.31, 2019.12.31, 2020.12.29>

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 법정납부기한의 다음 날부터 납부일까지의 기간(납부고지일부터 납부고지서에 따른 납부기한까지의 기간은 제외한다) × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율 38) 국세기본법 제48조 【가산세 감면 등】

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. <개정 2018.12.31, 2020.12.22>

1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 38-1) 국세기본법 시행령 제28조 【가산세의 감면 등】

① 법 제48조제1항제3호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. <신설 2019.2.12, 2021.2.17>

1. 제10조에 따른 세법해석에 관한 질의ㆍ회신 등에 따라 신고ㆍ납부하였으나 이후 다른 과세처분을 하는 경우 38-2) 국세기본법 시행령 제10조 【세법 해석에 관한 질의회신의 절차와 방법】

① 기획재정부장관 및 국세청장은 세법의 해석과 관련된 질의에 대하여 법 제18조에 따른 세법해석의 기준에 따라 해석하여 회신하여야 한다.

• 다. 사실관계

1. 기술이전 개괄(생략)

2. 청구인의 총사업내역은 다음과 같다.(생략)

3. 설립 시부터 2020년까지 사업연도 쟁점법인의 주주현황은 다음과 같다.(생략)

4. 청구인은 2008년부터 2020년까지 쟁점법인에서 특허권 양도에 대한 대가로 수취한 경상기술료를 기타소득으로 신고하였음이 종합소득세 신고내용에서 확인된다.(생략)

5. 조사청이 청구인 및 쟁점법인에 대한 세무조사 시 확인한 내용은 다음과 같다.

• 가) 청구인은 본인이 발명·등록한 78개의 특허권 중 7개의 기술에 대한 특허권(쟁점특허권)을 2008년부터 2020년까지 총 4회에 걸쳐 쟁점법인에 양도하는 ‘기술이전계약(특허매매)’(이하 “쟁점계약”이라 한다)을 체결하고, 특허기술에 의한 매출액의 5%를 경상기술료(쟁점기술료)로 책정하였음을 확인하였다.(생략) 나) 경상기술료(쟁점기술료) 수취에 대한 쟁점계약①～④의 내용은 다음과 같다.(생략)
• 다) 쟁점특허권의 상세 내용은 다음과 같다.(생략)
• 라) 청구인은 쟁점계약에 따라 2016년부터 2020년까지 ○○○백만원 상당의 쟁점기술료를 수취하였으며(2008년부터 2020년까지 수취한 쟁점기술료는 ○○○백만원에 달한다), 쟁점법인은 이를 기타소득으로 원천징수ㆍ납부하고, 청구인은 기타소득으로 하여 다른 소득과 합산한 후, 종합소득세를 신고ㆍ납부하였다.
• 마) 특허청의 특허권 등록사항에 의하면, 청구인은 2003년부터 현재까지 총78개의 특허와 8개의 디자인권, 15개의 상표권을 개발·등록한 상태이고, 쟁점특허권 외 다른 종류의 특허권에 대하여 제3자에게 권리의 일부이전 및 통상실시권을 설정하여 준 내역이 다음과 같이 확인된다.(생략)
• 바) 이에 조사청은 쟁점법인과 청구인은 2008년부터 현재까지 쟁점특허권에 대해 4회에 걸쳐 양도(대여) 계약을 체결하고, 쟁점기술료를 매년 3∼5회 분할하여 지급받고 있는 점(아래 쟁점기술료 일자별 수취 내역 참조), 2011년, 2014년 및 2016년에도 쟁점특허권 외 특허권에 대하여 제3자에게 통상실시권을 설정한 사실이 있는 점 등을 종합적으로 고려하여(아래 HHH와의 통상실시권 설정 내역 참조), 청구인은 특허권의 양도(대여)행위를 계속적·반복적으로 한 것이므로 쟁점 기술료는 사업소득에 해당하고, 쟁점계약은 특허권 양도 형식을 취하고 있으나 실질은 특허권 대여로 볼 수 있으므로 부가가가치세 과세대상인 용역의 공급에 해당된다고 판단하였다.(생략)

6. 조사청은 조사대상기간 외 2014년 제2기부터 2015년 제2기 쟁점기술료에 대해 부가가치세 과세자료로 GG세무서에 통보하였는데, 그 내용은 다음과 같다.(생략)

7. 청구인의 상세주장 내용은 다음과 같다.(생략)

8. 처분청의 상세주장 내용은 다음과 같다.(생략) 9) 쟁점①과 관련하여 CC지방국세청장(BB세무서 감사), AA세무서장(사후검증), EE세무서장(DDD 감사)의 감사 및 사후검증이 국세기본법상 세무조사에 해당하는지에 대한 의견을 요구한바, 다음과 같이 세무조사에 해당하지 않는다고 회신하였다.(생략)

10. 사전열람 후 청구인이 추가로 제기한 주장은 다음과 같다. 가) 당초 제출한 “3. 청구 이유”의 “가. 주위적 청구 대한 청구 이유”중 “(2) 감사와 사후 검증”의 “(가) CC지방국세청의 감사”의 내용에 오류가 있어 수정 및 보완한다.

(1) 수정 사항 당초 제출 시 ‘2015.8월경 AA세무서에 대한 CC지방국세청의 감사’로 기술하였으나 이를 ‘2016년초 FF지방국세청의 감사’로 수정한다. 수정하는 부분 외의 내용은 변동이 없다.

(2) 추가(보완) 사항 처분청이 의견에 있듯이 2015.8월경은 BB세무서에 대한 CC지방국세청의 감사였으며, 이때에 특허권 양도 관련 기술이전계약서, 특허등록원부 등을 서면으로 제출하여 특허권 대여가 아닌 특허권 양도임을 소명하였고 청구인의 소득은 사업소득이 아닌 기타소득으로 인정받았다.(생략)

11. 사전열람결과 처분청이 추가로 제시한 의견은 다음과 같다.

• 가) AA세무서에 대한 FF지방국세청 감사와 관련

(1) 당초 청구인은 2015년 8월경 AA세무서에 대한 CC지방국세청 감사로 기술한 내용을 2016년 초 FF지방국세청 감사로 수정한 내용에 대하여 검토한 바, FF지방국세청에서는 2016.7.4.부터 2016.7.21.까지 AA세무서에 대한 종합감사를 실시하였고, 감사대상기간은 2014.3.31.부터 2016.6.30.까지로 확인되었다.

(2) 청구인은 FF지방국세청 감사 시 제출한 서류는 CC지방국세청 감사 시 제출한 서류와 동일한 것으로 주장하고 있다. 제출한 서류는 붙임1과 같이 기술료 계산내역서와 특허증, 특허권 양도계약서, 특허권 등 양도와 관련된 예규 3건이다. (3) 이러한 서류를 제출하였다는 것도 청구인의 일방적인 주장이고, 청구인의 주장이 맞다고 하더라도 AA세무서는 청구인이 대표로 있는 쟁점법인의 사업장 관할세무서로서, 해당 감사에서는 쟁점법인의 비용계상이 적정한 지를 검토한 것으로 보인다.

(4) 즉 위 FF지방국세청의 감사과정에서는, 쟁점법인이 청구인에게 지급한 금액의 계산 근거가 적정한 지를 검토하기 위해 기술료 계산내역서와 특허권 양도계약서 내용을 비교한 것으로 보인다.

(5) 일반적으로 법인에 대한 감사가 이루어지는 경우에는 법인의 비용계상이 적정한 것인지 여부를 검토하게 되고, 해당 단계에서는 비용계상의 원인이 되는 거래가 기타소득인지 사업소득인지의 판단을 별도로 하지는 않는다. 이는 그 거래를 통해 발생하는 소득은 그 지급상대방인 개인에게 귀속되는 것이므로, 해당 소득의 구분 또한 귀속자인 개인의 거래내용에 따라 달라지기 때문이다. 나아가 이때 개인은 해당 법인과의 거래 외에도 다른 거래를 하고 있을 수도 있는바, 기타소득․사업소득의 구분은 해당 개인의 주소지 관할세무서에서 그 개인의 전체적인 소득과 수익구조를 바탕으로 판단하는 것이 타당한 것이지, 법인의 비용계상이 적정한지 여부를 확인하는 세무서에 대한 감사과정에서 판단되는 것은 아니다.(생략)

13. 청구인(대리인)은 국세심사위원회에 출석하여 추가로 제출한 주장 중 일부내용이 누락되었다고 하면서 다음과 같이 쟁점특허권외 특허권 일부이전 등록 등과 관련하여서는 관련 소득이 발생하지 않았다고 주장하였다.(생략)

• 라. 판단

1. 지방국세청 감사, 사후검증, DDD 감사 등을 받은 후 이 건 세무조사를 받았으므로 중복조사에 해당하여 위법한 것인지

• 가) 관련 법리 (1)국세기본법(2020.12.22. 법률 제17650호로 개정된 것, 이하 같다)제2조제21호에서는 “세무조사란 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건(이하 "장부 등"이라 한다)을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 활동을 말한다”라고 규정하고 있다. (2)국세기본법제81조의4제2항에서는 “세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다”라고 규정하고 있다. (3) 국세청 및 지방세무관서 감사규정(2011.7.1. 국세청 훈령 제1906호로 개정된 것, 이하 “국세청 감사규정”이라 한다)제19조제4항에서는 “제1항 및 제2항의 규정에 의한 제출요구자료 중 납세자로부터 해명자료를 제출받아 제출하여야 하는 경우에는 감사대상기관 등이 해명자료제출 안내문(별지 제10호 서식)으로 요구하도록 하고, 그 내용은 감사해명 관리대장(별지 제11호 서식)에 기록하여 관리하여야 한다”라고 규정하고 있다. (4) 법인세 사무처리규정(201612.27. 국세청 훈령 제2173호로 개정된 것, 이하 같다)제91조제1항에서는 “법인세 서면분석담당자는 법인의 신고서류 검토결과 소득금액 또는 세액계산의 오류ㆍ탈루혐의가 있어 별도의 해명자료를 받고자 할 때에는『법인세 신고관련 해명자료 제출 안내(별지 제8호 서식)』로 서면 요구하여야 한다”라고 규정하고 있다.

(5) 세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단할 수밖에 없을 것인데, 세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황 확인, 기장 여부의 단순 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보기 어렵지만, 그 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실·사업장·공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부·서류·물건 등을 검사·조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보아야 할 것이다(대법원2014두8360, 2017.3.16., 서울고등법원2019누50801, 2020.4.1.판결 등 참조).

• 나) 이 건 세무조사가 중복조사에 해당하여 위법한지에 대한 판단

(1) 위 법리와 다음의 여러 사정을 종합하여 볼 때, FF지방국세청장의 감사(CC지방국세청장의 감사의 경우도 같다), AA세무서장의 사후검증, DDD의 감사 당시 한 해명요구는국세기본법제2조제21호에서 규정하는 세무조사에 해당하지 않는 것으로 봄이 타당하여, 조사청의 이 건 세무조사는국세기본법제81조의4제2항에서 규정하는 재조사에 해당하지 않으므로 적법한 것으로 판단된다.

① FF지방국세청장이 2016.7월경 쟁점법인의 납세지관할세무서인 AA세무서에 대해 감사하는 과정에서 청구인이 제출한 서류는 특허권 4건(제052**호, 제053호, 제053호, 제058**호)에 대한 기술이전계약서(특허매매)(2008.11.25.자로 작성) 1매에 관련한 내용으로 이를 통해 쟁점기술료의 소득구분에 대한 관련 법령을 검토한 것으로 보이고, FF지방국세청장이 납세자에게서 소명자료를 제출받았더라도 이는 서류수령에 불과하고, 관련서류의 적정여부에 대한 검토는 수감기관인 AA세무서장이 하였을 것이어서 질문ㆍ조사권을 행사한 것이 아닌 단순 신고내용 확인을 위한 것에 불과해 보인다(CC지방국세청장의 2015.8월경 감사도 이와 달리 보이지는 않는다).

② AA세무서장은 2017.6월부터 9월까지 쟁점법인에 대한 2016년 사업연도 법인세 신고 사후검증을 진행하는 과정에서 ‘판매비와 관리비 중 경상개발비 계정과목에 대한 비용 적정여부 확인’을 위해 증빙서류로 쟁점법인에서 특허권(1건, 제10-159****호) 양도와 관련하여 2017.5.2. 작성된 기술이전계약서(특허매매) 1매를 제출받았으나, 2016년 사업연도에 대한 법인세 신고 사후검증 관련 제출서류로는 적절한 소명은 아닌 것으로 보이는 등, 동 신고 사후검증 과정에서 청구인의 쟁점특허권 양도에 따라 수취한 쟁점기술료의 소득구분 관련 내용을 검토하지는 않았다고 답변하였다. 관련 내용을 보면, AA세무서장의 위 답변내용에 믿음이 간다.

③ DDD의 EE세무서에 대한 감사내용을 살펴보면, 동 감사목적은 <특허권 등 대여 관련 점검 계획>으로 특허권 등 무형자산의 대여와 관련한 부가가치세 및 소득세의 과세 적정여부 확인으로 되어 있다. 청구인은 동 감사 시 소명자료로 HHH를 통상실시권자로 하는 특허등록원부(제143**호, 제159호, 제164호, 제133**호) 4매와 해당 특허와 관련된 통상실시권 설정 계약서(2016.12.26. 작성)를 제출하면서, HHH는 해당 특허권 사용으로 인한 매출이 발생한 사실이 없어 청구인은 HHH에서 특허권 사용료를 수취한 사실이 없다고 소명하였으므로, 이는 부가가치세 과세대상이 없음을 확인한 것일 뿐, 특허권 양도소득이 사업소득인지 기타소득인지를 확인한 것은 아니고, 쟁점특허권양도와는 전혀 다른 사안으로 보인다고 처분청은 주장하는데, 관련 내용을 살펴볼 때, 처분청 주장에 수긍이 간다.

④ 처분청이 위 감사 등에서 해명자료 제출을 안내한 것은 감사 등 과정에서 검토사항 등에 대한 해명을 받기 위하여 이루어진 것일 뿐, 그 본래 목적이 과세표준이나 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것이라기보다는 세무행정의 적정성 판단을 위한 것에 불과해 보이는데, 이는 당시 과세에 필요한 자료수집 등 일련의 행위가 이루어지지 않았으며, 실제로 감사 후 세금이 부과되지도 않은 점 등을 통해 알 수 있다.

⑤ 한편, 세무조사를 하기 위해서는 납세자권리헌장을 교부하고, 사전통지, 결과통지 등을 할 의무가 있는데, 감사 등 과정에서의 해명자료 요구 당시에는 그러한 절차가 전혀 진행된 바 없고, 세무조사 개시결정도 이루어지지 않았으며, 또한 감사담당자나 처분청 담당 세무공무원이 청구인의 사업장(또는 주소지) 또는 쟁점법인의 사업장을 방문하거나, 청구인에게 세무서 방문을 요구한 사실이 없는 것으로 확인되고, 청구인이 위임한 대리인이 자발적으로 세무서를 방문하여 또는 전화로 설명하거나 해명자료를 제출한 데 불과하여, 수동적 확인을 넘어 청구인을 직접 접촉하거나, 청구인의 장부·서류·물건 등을 조사한 것으로 보기에는 무리가 있어 보인다(서울고등법원2019누50801, 2020.4.1. 판결 참조).

⑥ 위 감사 등 과정에서 청구인이 소득세 신고관련 서류 등의 제출을 요청받은 사항은 청구인의 소득세 신고내용이 적정한지 여부를 확인하기 위한 것으로서 청구인이 쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되고, 청구인의 해명자료 또한 특허권 양도계약서, 특허원부, 쟁점기술료 지급내역 등 처분청에 이미 신고한 부가가치세 또는 소득세 관련 서류이거나 행정민원서류 등이어서 그 제출에 어려움이 없는 것으로 보여, 청구인의 영업의 자유 또는 프라이버시를 침해하거나, 영업에 지장을 주는 것으로 보이지는 않는다.

⑦ 앞서 살펴본 바와 같이 재조사가 금지되는 세무조사에 해당하는지는 ⅰ 부과처분을 목적으로 하여야 하고(목적요건), ⅱ 납세자나 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등을 직접 접촉하여야 하며(대면요건), ⅲ 그 장소가 납세자 등의 사무실․사업장․공장 또는 주소지 등이어야 하고(장소요건), ⅳ 납세자 등을 상대로 상당한 시일에 걸쳐 질문하고 일정한 기간 동안의 장부․서류․물건 등을 검사․조사하여야 하며(기간 및 행위요건), ⅴ 그 질문이나 장부 등이 과세표준과 세액을 결정 또는 경정함에 있어서 관련성이 있거나 관련성이 있다고 의심되어야 할 것(인과요건)이 요구된다고 할 것인 점 등(서울행정법원2017구합65456, 2017.9.21. 판결 참조) 조사의 경위, 대상, 방법 및 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여야 하는 것으로, 단지 소득세 신고내용 등의 적정여부에 대한 확인을 위해 해명자료 제출을 안내ㆍ요구하였다는 사정만으로 동 제출요구가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 볼 수는 없다. (2) 따라서, 이 건 세무조사는국세기본법제81조의4제2항에서 규정하는 재조사에 해당한다고 보기는 어려운바, 조사청의 이 건 세무조사는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

2. 2016년 전 발생한 특허권 양도소득에 대해 과세자료로 통보한 것은 조사범위확대를 위반하여 부당한 것인지

• 가) 관련 법리 (1) 국세기본법제81조의9제1항에서는 “세무공무원은 구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 조사진행 중 세무조사의 범위를 확대할 수 없다”라고 규정하고 있다. (2) 국세기본법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31452호로 개정된 것, 이하 “국기법시행령”이라 한다)제63조의10에서는 “법 제81조의9제1항에서 ‘구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우’란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다”라고 규정하면서 같은 조 제2호에 “명백한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용의 착오 등이 있는 조사대상 과세기간의 특정 항목이 다른 과세기간에도 있어 동일하거나 유사한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용 착오 등이 있을 것으로 의심되어 다른 과세기간의 그 항목에 대한 조사가 필요한 경우”를 규정하고 있다.
• 나) 과세자료 통보는 조사범위확대를 위반한 것인지에 대한 판단 (1) 다음의 법리와 여러 사정을 고려할 때, 조사청이 쟁점기술료와 관련하여 처분청에 과세자료를 통보한 것이 별도의 세무조사범위를 확대하여 한 것이라고 보기 어렵다.

① 국세기본법제81조의9제1항과 국기법시행령 제63조의10 제2호에 따르면, 동일 항목이 조사대상기간외 다른 과세기간에도 있는 경우 조사범위를 확대하여 세무조사를 할 수는 있으나, 조사범위를 확대할지 아니면 과세자료로 통보할지는 조사청이 선택하여 업무집행을 할 수 있다고 봄이 타당하다.

② 또한, 위 조항은 세무조사의 확대를 제한할 뿐, 과세처분의 확대를 세목별로 제한하고 있지는 않다고 보는 것이 타당하고, 과세관청이 조사대상으로 통지한 세목에 관한 세무조사를 통하여 수집한 과세자료를 기초로 삼아 다른 과세기간에 대한 과세처분을 하더라도 그러한 사유만으로 과세처분이 위법하다고 보기는 어렵다(서울고등법원2017누43649, 2017.11.15. 판결 참조).

③ 국세청 대내포털시스템 상 청구인의 종합소득세 신고자료 및 쟁점법인의 기타소득 지급명세서 제출 자료에 의하면, 청구인은 쟁점법인에서 2008년부터 최근까지 경상기술료를 지급받고 있는 것으로 확인되고, 청구인은 부가가치세 무신고자로 7년의 부과제척기간이 적용되어 부과제척기간이 만료되지 않은 2014년 제2기부터 2015년 제2기까지 과세기간에 대한 부가가치세에 대해 과세할 수밖에 없는데, 조사청은 별도의 조사범위확대를 하지 않았기 때문에 과세자료로 처분청에 통보하는 방법외 달리 방법이 없었던 것으로 보인다(종합소득세는 5년의 부과제척기간이 만료되어 과세자료로 통보하지 않았다).

④ 이와 같이 조사청이 2014년 제2기부터 2015년 제2기까지 과세기간 중 청구인이 쟁점기술료를 수취하였음을 확인한 것은, 조사대상기간에 대한 세무조사 과정에서 쟁점기술료 수취내역을 검토하는 과정에서 발견한 것으로, 이 부분에 대해 별도의 세무조사범위 확대가 이루어진 것으로 보기도 어렵다.

(2) 따라서, 조사청이 조사범위 확대 절차를 밟지 않고 과세자료를 통보한 데에는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

3. 쟁점기술료가 사업소득인지, 기타소득인지

• 가) 관련 법리 (1)소득세법(2020.8.18. 법률 제17477호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제19조제1항에서는 “사업소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 제21조제1항제8호의2에 따른 기타소득으로 원천징수하거나 과세표준확정신고를 한 경우에는 그러하지 아니하다”라고 규정하면서, 제13호에 “전문, 과학 및 기술서비스업(대통령령으로 정하는 연구개발업은 제외한다)에서 발생하는 소득”을, 제14호에 “사업시설관리, 사업 지원 및 임대 서비스업에서 발생하는 소득”을, 제21호에 “제1호부터 제20호까지의 규정에 따른 소득과 유사한 소득으로서 영리를 목적으로 자기의 계산과 책임 하에 계속적ㆍ반복적으로 행하는 활동을 통하여 얻는 소득”을 규정하고 있다. (2)소득세법제21조제1항에서는 “기타소득은 이자소득ㆍ배당소득ㆍ사업소득ㆍ근로소득ㆍ연금소득ㆍ퇴직소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다”라고 규정하면서, 제7호에 “광업권ㆍ어업권ㆍ산업재산권ㆍ산업정보, 산업상 비밀, 상표권ㆍ영업권(대통령령으로 정하는 점포 임차권을 포함한다), 토사석(土砂石)의 채취허가에 따른 권리, 지하수의 개발ㆍ이용권, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리를 양도하거나 대여하고 그 대가로 받는 금품”을 규정하고 있다. (3)부가가치세법(2020.12.22. 법률 제17653호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제2조제1호에서는 “재화란 재산 가치가 있는 물건 및 권리를 말한다. 물건과 권리의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다”라고 규정하고 있고, 제2호에서는 “용역이란 재화 외에 재산 가치가 있는 모든 역무(役務)와 그 밖의 행위를 말한다. 용역의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다”라고 규정하고 있다. 그리고, 제3호에서는 “사업자란 사업 목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 말한다”라고 규정하고 있다. (5) 부가가치세법 시행령(2020.10.7. 대통령령 제31087호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제2조제2항에서는 “법 제2조제1호의 권리는 광업권, 특허권, 저작권 등 제1항에 따른 물건 외에 재산적 가치가 있는 모든 것으로 한다”라고 규정하고 있으며, 부가가치세법 시행령제3조제1항에서는 “법 제2조제2호에 따른 용역은 재화 외에 재산 가치가 있는 다음 각 호의 사업에 해당하는 모든 역무(役務)와 그 밖의 행위로 한다”라고 규정하면서, 제7호에 “전문, 과학 및 기술 서비스업과 사업시설 관리, 사업 지원 및 임대서비스업”을 규정하고 있다. (6) 부가가치세법 시행령제4조제1항에서는 “재화나 용역을 공급하는 사업의 구분은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 통계청장이 고시하는 해당 과세기간 개시일 현재의 한국표준산업분류에 따른다”라고 규정하고 있다. (7)부가가치세법제4조제1호에 따르면, ‘사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급’에 대하여는 부가가치세를 과세하는 것으로 되어 있다.

(8) 소득세법에서 규정하는 사업소득은 영리를 목적으로 독립된 지위에서 계속ㆍ반복적으로 하는 사회적 활동인 사업에서 발생하는 소득을 뜻한다. 어떠한 소득이 사업소득에 해당하는지 아니면 일시소득인 기타소득에 해당하는지는 그 소득이 발생한 납세의무자의 활동 내용, 기간, 횟수, 태양 그 밖에 활동 전후의 모든 사정을 고려하여 그것이 수익을 목적으로 하고 있는지, 계속성. 반복성이 있는지 등을 사회통념에 따라 판단하여야 한다(대법원2017두36885, 2017.7.11. 판결 등 참조).

(9) 특허권을 양도하고 그 대가로 수취한 쟁점기술료가 사업소득에 해당하는지 또는 일시소득인 기타소득에 해당하는지 여부는 당사자 사이에 맺은 거래의 형식ㆍ명칭 및 외관에 구애될 것이 아니라 그 실질에 따라 평가한 다음, 그 거래의 한쪽 당사자인 당해 납세자의 직업 활동의 내용, 그 활동 기간, 횟수, 태양, 상대방 등에 비추어 그 활동이 수익을 목적으로 하고 있는지 여부와 사업 활동으로 볼 수 있을 정도의 계속성과 반복성이 있는지 여부 등을 고려하여 사회통념에 따라 판단하여야 하며, 그 판단을 함에 있어서도 소득을 올린 당해 활동에 대한 것뿐만 아니라 그 전후를 통한 모든 사정을 참작하여 결정하여야 할 것이다(대법원2000두5203, 2001.4.24. 판결 참조).

• 나) 쟁점기술료가 사업소득 또는 기타소득인지에 대한 판단

(1) 위 관련 법리와 다음의 여러 사정 등에 비추어 볼 때, 청구인이 2008년부터 2020년까지 쟁점특허권을 양도하고 그 대가로 수취한 쟁점기술료는 영리를 목적으로 자기의 계산과 책임으로 계속적, 반복적으로 하는 활동을 통하여 얻은 사업소득에 해당한다고 보는 것이 타당하다.

① 청구인은 2001년부터 2022년까지 2001.7.30. ‘교량하중 재분재 장치 및 이를 이용한 교량하중재분배 공법’을 시작으로 96개의 특허를 출원하여 85개의 특허를 등록(붙임9. 청구인의 전체 특허권 등록 내역 참조)하는 등 건축 및 토목공학에 대한 공법 등 발명에 대한 연구 활동을 지속적으로 수행해 온 것으로 보인다.

② 청구인은 이러한 연구 활동을 시작한 이후 2008년부터는 쟁점특허권 양도 등을 통해 특허권의 존속기간동안 매출액의 5%에 상당하는 경상기술료인 쟁점기술료를 수취하여 왔는데, 연구 활동 내용, 기간, 횟수, 태양 등 여러 사정에 비추어 볼 때, 사업의 계속성과 반복성이 있는 것으로 보는 것이 타당해 보인다[2021.3월,2020 기술이전ㆍ사업화 실태조사 보고서 공공연구기관(대학 및 연구소), ’19년 실적 기준 88p, 산업통상자원부, 한국산업기술진흥원, 한국지식재산연구원자료에 따르면, 국내 대학 공공연구소의 기술이전 수입의 수취 유형 중 경상기술료는 27.9%에 이름을 알 수 있다].

③ 청구인이 쟁점특허권 양도에 따라 쟁점법인에서 2008년부터 수취한 쟁점기술료는 ○○○백만원으로서 그 액수가 적지 않고 2016년부터 2020년까지 수취한 쟁점기술료 또한 ○○○백만원에 이르는 등 청구인이 비록 사업자 등록 없이 개인의 자격으로 쟁점법인에 쟁점특허권을 양도한 것이라 하더라도 청구인이 건축 및 토목 기술 관련 공법에 대한 연구 활동을 수행해 온 기간과 그로 인한 수익의 규모 등에 비추어 볼 때 그 영리목적성, 사업성을 부인하기는 어려워 보인다.

④ 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류의 ‘전문, 과학 및 기술서비스업의 연구개발업’의 ‘기타 공학 연구개발업(70129)은 기타 공학 및 기술 분야에 관하여 연구 개발을 수행하는 산업활동을 말한다’라고 설명하면서 그 내역에 ‘건축공학 연구’, ‘토목공학 연구’가 있으며, 국세청이 발간한 ‘2020년 귀속 기준경비율ㆍ단순경비율’에도 ‘기타 공학 연구개발업(730006)’으로 업종분류가 되어 있음[처분청은 무형재산권 임대업(기준경비율 코드 749934)으로 보았는데 이는 별론으로 한다]을 알 수 있다.

⑤ 부가가치세법제2조제3호는 “사업자란 사업 목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 말한다”라고 규정하고 있고, 국세청도 질의회신을 통해 “사업자가 자기소유의 재산적 가치가 있는 권리를 양도하는 경우에는부가가치세법제1조 및 같은 법 시행령 제1조 제2항의 규정에 의하여 부가가치세가 과세되는 것으로, 금전으로 대가를 받는 경우 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목 여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함하는 것”(서면인터넷방문상담3팀-2836, 2007.10.17.)이라고 표명하고 있다.

⑥ 이상에서 살펴본 바와 같이 청구인의 직업 활동 내용, 그 활동 기간 및 활동의 범위, 태양, 거래의 상대방, 주 수입원, 수익을 얻어온 횟수 및 규모 등에 비추어 볼 때, 특허발명 및 특허출원, 특허권 양도 등 그 활동 자체가 수익을 올릴 목적으로 이루어져 온 것으로 사회통념상 하나의 독립적인 사업 활동으로 볼 수 있을 정도의 계속성과 반복성도 갖추고 있다고 보는 것이 보다 더 합리적이므로 그 실질에 비추어 쟁점기술료 소득은 사업소득으로 보는 것이 타당해 보인다(대법원2000두5203, 2001.4.24. 판결 참조).

(2) 따라서, 쟁점기술료 소득을 사업소득으로 보아 관련 종합소득세 및 부가가치세를 과세한 이 건 과세처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 2016년 과세연도 추계소득금액 계산 시 간편장부대상자로 보고 수입금액에 기준경비율 전체를 곱한 금액을 필요경비로 공제해야 하는 것인지

• 가) 관련 법리 (1) 소득세법 시행령(2010.10.7. 대통령령 제31083호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제143조제3항에서는 “법 제80조제3항 단서에 따라 소득금액의 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 방법에 따른다. 다만, 제1호의2는 단순경비율 적용대상자만 적용한다”라고 규정하면서, 제1호에 “수입금액에서 다음 각 목의 금액의 합계액(수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 제외한다)을 공제한 금액을 그 소득금액(이하 이 조에서 "기준소득금액"이라 한다)으로 결정 또는 경정하는 방법.(단서생략)”을, 다목에 “수입금액에 기준경비율을 곱하여 계산한 금액. 다만, 복식부기의무자의 경우에는 수입금액에 기준경비율의 2분의 1을 곱하여 계산한 금액”을 규정하고 있다. (2)소득세법제160조제3항에서는 “제2항에 따른 대통령령으로 정하는 업종별 일정 규모 미만의 사업자는 "간편장부대상자"라 하고, 간편장부대상자 외의 사업자는 "복식부기의무자"라 한다”라고 규정하고 있다. (3) 소득세법 시행령제208조제5항에서는 “법 제160조제2항 및 제3항에서 "대통령령으로 정하는 업종별 일정 규모 미만의 사업자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자를 말한다(단서생략)”라고 규정하면서, 제1호에 “해당 과세기간에 신규로 사업을 개시한 사업자”를, 제2호에 “직전 과세기간의 수입금액(결정 또는 경정으로 증가된 수입금액을 포함하며, 법 제19조제1항제20호에 따른 사업용 유형자산을 양도함으로써 발생한 수입금액은 제외한다)의 합계액이 다음 각 목의 금액에 미달하는 사업자.(단서생략)”를 규정하고 있고, 다목에 “법 제45조제2항에 따른 부동산임대업, 부동산업(제122조제1항에 따른 부동산매매업은 제외한다), 전문ㆍ과학 및 기술서비스업, 사업시설관리ㆍ사업지원 및 임대서비스업, 교육서비스업, 보건업 및 사회복지서비스업, 예술ㆍ스포츠 및 여가 관련 서비스업, 협회 및 단체, 수리 및 기타 개인서비스업，가구내 고용활동: 7천500만원”을 규정하고 있다.
• 나) 2016년 과세연도 추계소득금액 계산 시 수입금액에 기준경비율 전체를 곱한 금액을 필요경비로 공제해야 하는지에 대한 판단

(1) 위 관련 법리와 다음의 사정들을 종합하여 볼 때, 2016년 과세연도에는 청구인은 간편장부대상자가 아닌 복식부기의무자에 해당되므로, 복식부기의무자로 보아 수입금액에 기준경비율 전체를 곱한 금액을 필요경비로 공제할 수 없다고 판단된다.

① 청구인은 2008년부터 쟁점특허권 양도에 대한 대가로 쟁점기술료를 수취하여 왔고, 앞서 살펴본 바와 같이 2008년부터 사업 활동을 영위하여 왔음이 확인되어, 2016년에 신규로 사업을 개시한 자로는 보이지 않는다(대전고등법원2014누10583, 2014.7.24. 판결 참조).

② 소득세법 시행령제208조에서는 기장의무의 구분에 대하여 직전 과세기간 수입금액을 기준으로 하도록 규정하고 있고, 같은 조 제5항 제2호 다목에서는 ‘전문ㆍ과학 및 기술서비스업, 사업시설 관리, 사업지원 및 임대서비스업의 경우에는 ‘직전 과세기간 수입금액이 신고금액뿐만 아니라, 결정 또는 경정으로 증가된 수입금액을 포함하여 75백만원 이상인 경우’에는 복식부기의무자로 분류하도록 규정되어 있는데, 청구인의 쟁점특허권 양도에 따른 쟁점기술료 수입액을 살펴보면 직전 과세기간인 2015년도 과세연도의 수입금액[조사당시 이미 2015년 과세연도에 대한 종합소득세 부과제척기간이 경과되어 수입금액을 결정하지 못하였을 뿐, 부가가치세(매출액)는 결정되었다]은 ○○○백만원으로 확인된다.

③ 위의 내용을 종합하여 볼 때, 청구인은 직전 과세기간인 2015년 수입금액이 소득세법상 업종별 일정규모 이상에 해당하는 것으로 확인되므로, 2016년 과세연도에 복식부기의무자에 해당하는 것으로 봄이 타당하다. (2) 따라서, 처분청이 청구인을 복식부기의무자로 보아 2016년 과세연도 추계소득금액 계산 시 소득세법 시행령제143조제3항제1호다목단서 규정에 따라 수입금액에 기준경비율의 1/2을 곱한 금액을 필요경비로 공제한 결정은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 5) 특허권 양도소득을 사업소득으로 하여 신고하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는지

• 가) 관련 법리 (1) 국세기본법제47조제1항에서는 “정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다”라고 규정하고 있다. (2)국세기본법제48조제1항에서는 “정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다”라고 규정하면서, 제1호에 “제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우”를, 제2호에 “납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우”를, 제3호에 “그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우”를 규정하고 있다. 나) 사업소득으로 하여 신고하지 아니한 데에 대해 정당한 사유가 있는지에 대한 판단

(1) 다음의 관련 법리와 여러 사정들을 종합하여 볼 때, 처분청이 청구인이 쟁점기술료 소득을 사업소득으로 하여 종합소득세 및 부가가치세를 신고하지 못한 데에 정당한 사유가 없다고 보아 신고ㆍ납부 불성실 가산세 등을 부과한 처분은 정당하다.

① 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립 등이 있다고 할 수 없음에도 납세의무자가 자기 나름의 해석에 의하여 납세 등의 의무가 면제된다고 잘못 판단한 것은 단순한 법률의 부지나 오해에 불과하여 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않는다(대법원2011두17776, 2013.6.27. 판결 등 참조).

② 법원에서는 ‘어떠한 소득이 사업소득에 해당하는지 아니면 일시소득인 기타소득에 해당하는지는 그 소득이 발생한 납세의무자의 활동 내용, 기간, 횟수, 태양 그 밖에 활동 전후의 모든 사정을 고려하여 그것이 수익을 목적으로 하고 있는지, 계속성, 반복성이 있는지 등을 사회통념에 따라 판단하는 것으로 영리를 목적으로 독립된 지위에서 계속, 반복적으로 하는 사회적 활동인 사업에서 발생하는 소득은 사업소득을 뜻한다’고 판결하고 있다(대법원2017두36885, 2017.7.11. 판결 참조).

③ 국세청은 질의회신 등을 통해 일관되게 ‘사업자가 자기소유의 재산적 가치가 있는 권리를 양도하는 경우에는부가가치세법제1조 및 같은 법 시행령 제1조 제2항의 규정에 의하여 부가가치세가 과세되는 것’이라고 공적 견해를 표명하여 왔음을 알 수 있다(서면인터넷방문상담3팀-2836, 2007.10.17. 등 다수).

④ 청구인은 국세청 등에 질의를 하는 방법 등으로 의문을 충분히 해소할 수 있었을 것으로 보이는데도, 그러한 노력을 전혀 하지 않은 채 자신들에게 유리한 국세청의 해석례와 조세심판원의 일부 심판례만을 근거로 쟁점기술료를 기타소득으로 보고 종합득세를 신고하면서 관련 부가가치세는 신고․납부하지 않았는바, 사정이 이와 같다면, 청구인이 쟁점특허권의 양도에 대한 대가로 수취한 쟁점기술료를 사업소득이 아닌 기타소득으로 보거나 부가가치세가 면제된다고 잘못 판단한 것은 단순한 법률의 부지 또는 착오에 불과하다고 볼 수 있다(대법원2020두44725, 2021.1.28. 판결 참조).

⑤ 위의 내용을 종합하여 볼 때, 청구인이 쟁점특허권의 양도에 대해 사업소득으로 하여 종합소득세 및 부가가치세를 신고․납부할 것을 기대하는 것이 무리라거나 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다고 판단된다(서울행정법원2021구합52112, 2022.2.8. 판결 등 참조).

(2) 따라서, 청구인이 쟁점기술료 소득에 대해 사업소득으로 하여 관련 종합소득세 및 부가가치세를 신고하지 아니한 데에 따른 가산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장 이유없으므로국세기본법제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.