법인세를 추계로 결정함에 있어서 폐업한 소기업은 폐업일 이전 사업연도의 경우에도 법인세법 시행령 제104조제2항제3호의 방법으로 추계결정 하는 것임

○○○세무서장이 2021.5.14. 청구인에게 한 2012년 과세연도 종합소득세 87,634,532원(이의신청결과 2,686,251원이 직권 감액경정 되었음)의 부과처분은 주식회사 ○○○의 2012년 사업연도 법인세를 법인세법 시행령제104조제2항제3호에 따른 방법으로 추계 경정하였을 때의 추계소득금액을 청구인의 상여로 소득처분 한 소득금액으로 하여 과세표준과 세액을 경정합니다.

• 가. 주식회사 ○○○(이하 “ 쟁점법인 ”이라 한다)는 2005.9.14. 설립되어 ○○시 ○○구에 본점을 두고 화장품 등 소매업을 영위하던 법인으로 2014.3.1. 폐업신고 하였고, 쟁점법인은 2012년 사업연도 법인세를 무신고 하였다.
• 나. △△세무서장(이하 “ 조사청 ”이라 한다)은 2014.2.11. 쟁점법인의 2012년 사업연도 법인세 무신고 추계결정에 따라 산출된 소득금액 287,167,887원(이하 “ 쟁점소득금액 ”이라 한다)을 당시 쟁점법인의 등기상 대표이사인 설○○에게 상여로 소득처분하고, 소득금액변동통지를 설○○ 및 설○○ 주소지를 관할하는 □□□세무서장에 통보하였다.
• 다. □□□세무서장은 2017.6.12. 쟁점소득금액에 대하여 설○○에게 2012년 과세연도 종합소득세 129,403,898원을 경정·고지(이하 “ 당초처분 ”이라 한다)하였다. 설○○는 당초처분에 대하여 심사청구를 거쳐 행정소송을 제기하였고, 2020.7.17. ○○고등법원에서는 쟁점법인의 실질적인 대표이사는 청구인이므로 당초처분을 취소하라고 판결(이하 “ 쟁점판결 ”이라 한다)하였고, □□□세무서장은 쟁점판결에 따라 2020.8.20. 당초처분을 결정취소 하였다.
• 라. 또한 조사청은 쟁점판결에 따라 2020.8.23. 당초 설○○에게 상여처분 한 쟁점소득금액을 쟁점법인의 실질적인 대표이사인 청구인에게 상여처분 하는 것으로 변경하였으며, 소득금액변동통지를 청구인 및 청구인 주소지를 관할하는 처분청에 통보하였다.
• 마. 처분청은 조사청에서 통보한 쟁점소득 금액에 대하여 2021.5.14. 청구인에게 2012년 과세연도 종합소득세 87,634,532원을 경정·고지(이하 “ 쟁점처분 ”이라 한다) 하였다.
• 바. 청구인은 이에 불복하여 2021.8.4. 이의신청을 거쳐 2022.1.4. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 쟁점법인은 폐업한 소기업에 해당되므로 추계결정시 법인세법 시행령제104조제2항제1호(기준경비율)가 아닌 제3호(기준경비율, 단순경비율, 직전사업연도 소득률 중 적은금액)의 방법으로 하여야 한다. 1) 헌법재판소는 ‘폐업’이란 사전상으로 ‘직업 또는 영업을 그만둠’이라고 정의되어 있으므로 ‘폐업일’이라는 것은 ‘직업 또는 영업을 그만둔 날’을 의미하는 것임은 누구나 쉽게 이해할 수 있다(헌법재판소2005헌바76, 2006.6.29.)고 판단한 바가 있고, 대법원은 사업의 개시, 폐지 등은 법상의 등록, 신고 여부와는 관계없이 그 해당 사실의 실질에 의하여 결정된다(대법원93누17355, 1993.12.20., 대법원95누14480, 1996.5.28., 대법원96누16193, 1997.6.27., 판결 등 참조)고 판시한 바 있어 쟁점법인의 폐업여부는 그 실질에 따라야 하는 것이다. 또한 서울고등법원은 피고는, 소외 회사가 2017.3.7.경에는 폐업상태가 아니었다고도 주장하나, 갑 제10, 11호증, 을 제12, 13, 17호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 위 직권폐업일 이후 소외 회사가 발급받은 매입세금계산서만으로는 소외 회사가 위 직권폐업일 이후 법인세 부과처분 당시까지도 침구류 제조업 등을 영위하였다고는 도저히 볼 수 없을 정도로 매입세금계산서의 각 공급가액이 소액이고 매입세금계산서의 총 매수도 적은 사실, 소외 회사가 발급받은 매입세금계산서의 금액이 3만원 이하의 소액에 불과한 사실, 소외 회사의 사업장소재지인 000시 000읍 000리 000-0 타워 000호는 2015.5.8. 제3자인 장00이 임차한 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면 소외 회사는 2016.5.25. 무렵 실질적인 폐업상태에 있었던 것으로 봄이 상당하고, 소외 회사가 피고에게 폐업신고서를 제출한 바 없거나 법인등기부상 2018.12.3.에야 해산 간주되었다는 사정만으로 이와 달리 볼 수 없다(서울고등법원 2019누50672, 2019.12.13., 판결 참조)고 결정한 바도 있다. 2) 쟁점법인의 업종은 소매업이고, 조세특례제한법상의 중소기업 중 종업원 수가 6명에 불과하여 10명 미만인 소기업에 해당한다. 조사청이 추계결정한 2012년 사업연도 10월에 전 직원이 퇴사하였다(2012년 10월분 원천징수이행상황신고서 신고 이후 원천징수를 신고한 사실이 없다). 2012년 10월∼12월 매출액은 0원이고 매입세금계산서의 금액이 450,000원 이하의 소액에 불과하다(2012년 제2기 확정 부가가치세신고서 참조). 또한 임차한 사업장도 2012년 10월에 건물주에게 인도하였다(2012년 제2기 확정 부가가치세신고서에 임대료에 대한 매입세금계산서가 없다). 그리고 청구인은 쟁점법인의 지분을 2011.11.28.경 전부 인수한 후 2013.1.9. 지분을 전부 매각하였는데(법인등기부등본), 그 당시 지분을 매각한 경위는 쟁점법인이 매출이 전혀 없고, 직원도 없으며, 임차한 사무실도 없는 휴면회사였기 때문이었습니다. 따라서 조사청이 추계결정한 2012년 사업연도에 쟁점법인은 폐업한 소기업에 해당하므로 폐업한 소기업으로 보아 추계결정을 하여야 한다. 3) 서울 고등법원은 기준경비율에 대한 예외로서 도입된 이 사건 조항은, 통상 폐업한 소기업의 경우 적자가 누적되어 소득금액이 없고 내부관리 부실로 장부 등이 멸실된 경우가 많아 기준경비율 방법에 따른다면 과다한 조세를 부담하게 될 것임이 예상되므로 이를 방지하기 위하여 단순경비율을 이용한 추계방법, 직전 사업연도의 소득률을 이용한 추계방법 등을 통하여 실질과세원칙에 부합하는 과세표준을 인정할 수 있도록 함과 동시에 폐업한 영세납세자에게 납세편의를 제공하려는데 그 입법취지가 있다고 보인다. 이러한 입법취지를 고려하면, 추계결정에 의한 법인세 부과처분 당시 이미 폐업한 소기업의 경우 폐업한 당해 사업연도뿐만 아니라 그 이전의 사업연도들의 경우에도 마찬가지로 이 사건 조항이 적용되어야 할 필요성이 크다. 이 사건 조항의 문언, 규정 형식을 살펴보더라도, ‘소기업이 폐업한 때에는’ 단순경비율 등을 이용한 추계방법에 따라 추계결정을 하도록 정하고 있어서, 이 사건 조항이 반드시 폐업한 당해 사업연도의 법인세에만 적용되는 것이라고 단정할 수 없고, 소기업이 폐업한 때에는 그 이전 사업연도의 경우에도 이 사건 조항을 적용하여 추계결정을 할 수 있다고 해석하는 것이 보다 자연스럽다(서울고등법원2019누50672, 2019.12.13., 판결 참조)고 판결하였으므로 소득금액을 추계결정 하는 시점에 폐업한 경우에도 폐업한 소기업으로 보아 추계결정을 하여야 한다. 4) 조사청은 2014.2.11. 쟁점법인에 대한 무신고 추계결정을 하였는데 이 당시 쟁점법인은 매출이 전혀 없고, 직원도 없고, 사업장도 없는 휴면회사였다(2014년 사업연도 수입금액이 전혀 없고, 2013년 제1기 확정신고부터는 매출이 전혀 없다. 또한 2013년 7월 이후에는 근무하는 직원이 없어 원천징수이행상황신고를 한 사실이 없다). 따라서 조사청의 추계결정 당시 쟁점법인은 폐업상태에 있었으므로 폐업한 소기업으로 보아 추계결정을 하여야 한다. 5) 법인세법 시행령제104조제2항제3호의 규정은 사업을 폐지한 소기업의 경우에는 적자 등이 누적되어 소득금액이 없고 내부관리 부실로 장부 등이 멸실된 경우가 많으므로 조세회피의 우려가 없는 경우에 단순경비율을 이용한 추계방법 등 국세청장이 정하는 합리적인 방법을 사용하도록 개정된 것이다. 이는 쟁점법인과 같이 영세한 소기업이 무신고 또는 장부가 멸실되었다고 하여 과다한 조세부담을 지우는 것을 방지하기 위한 것으로 보이고, 추계요건에 해당된다고 할지라도 처분청의 자유재량이 아니라 가능한 실액에 근사한 과세소득을 산출할 수 있는 추계의 방법과 내용을 선택하여야 한다(대법원94누15202, 1996.7.30., 판결 참조). 그럼에도 불구하고 조사청의 2012년 사업연도 기준경비율에 의한 결정소득율(60.42%)은 쟁점법인의 2009년부터 2011년까지 사업연도 최고 신고소득율(1.88%)의 32.14배에 달하여 개정취지에 부합되거나 실액에 근사한 결정소득이라 볼 수 없다. 또한 쟁점법인은 적극적인 조세탈루혐의가 없는 점, 쟁점법인은 과세연도 또는 결정 당시 폐업한 소기업에 해당하는 점 등을 감안하면 폐업한 법인인 쟁점법인의 2012사업연도 소득금액은 법인세법 시행령 제104조제2항제3호 에 따라 추계결정방법으로 산정하여 그 과세표준과 세액을 결정하는 것이 합리적이다(조심2008중2254, 2008.12.31., 조심2011중1535, 2011.10.21.). 따라서 조사청이 2012년 사업연도 소득금액을 기준경비율에 의해 산정한 것은 잘못이다.
• 나. 조사청은 쟁점법인이 2012년 사업연도 법인세를 무신고함에 따라 기준경비율을 적용한 추계의 방법으로 쟁점소득금액을 산정한 것은 부당하다. 1) 조사청은 쟁점법인의 2012년 제1기부터 2012년 제2기까지 부가가치세 신고서상의 매출과세표준과 면세사업수입금액을 근거로 2012년 사업연도 법인세 수입금액을 474,780,638원으로 보고 기준경비율을 적용한 추계의 방법으로 쟁점소득금액(287,167,887원) 을 산정하였다. 2) 그러나 쟁점법인이 신고한 2012년 제1기부터 2012년 제2기까지 부가가치세 신고서상의 총 매입비용은 82,133,630원이고, 쟁점법인이 신고한 2012년 원천징수이행상황신고서에서 확인되는 인건비는 219,825,908원이다. 따라서 쟁점법인의 2012년 사업연도 법인세 소득금액은 수입금액(474,780,638원)에서 매입비용(82,133,630원)과 인건비(219,825,908원)를 차감한 172,821,100원으로 쟁점소득금액(287,167,887원)은 잘못 산정된 것이다. 3) 국세기본법제81조의3【납세자의 성실성 추정】에 따라 세무공무원은 납세자가 같은 법 제81조의6 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 납세자가 성실하며 납세자가 제출한 신고서 등이 진실한 것으로 추정하여야 한다. 그럼에도 불구하고 조사청은 쟁점법인의 신고자료 중 일부만 가지고 청구인에게 부당한 판단을 한 것이므로 신고자료 전부를 가지고 합리적, 객관적으로 금액을 산정하여야 한다. 또한 신고자료에 의하더라도 비용을 산정할 수 있음에도 비용을 산정할 수 없을 때 사용할 수 있는 추계로 비용을 산정하였으므로 위법하다 할 것이다. 4) 각종 과세에 있어서 납세자의 부담능력에 맞게 공평한 과세를 해야 한다는 조세원칙으로 응능부담(ability-to-pay)의 원칙은 조세평등 내지는 조세정의를 실현하기 위하여 모든 조세에 요구되는 원칙이지만, 특히 직접세인 소득세에 있어서 더욱 강하게 요구되는 원칙인 것이다. 그리고 추계요건에 해당된다고 할지라도 처분청의 자유재량이 아니라 가능한 실액에 근사한 과세소득을 산출할 수 있는 추계의 방법과 내용을 선택하여야 하는데(대법원94누15202, 1996.7.30., 판결 참조), 조사청의 2012년 사업연도 기준경비율에 의한 결정소득율(60.42%)은 쟁점법인의 2009년부터 2011년까지 사업연도의 최고 신고소득율(1.88%)의 32.14배에 달하여 실액에 근사한 결정소득이라 볼 수 없어 위법하다. 다. 청구인은 쟁점법인의 적자로 인해 2013년 초 쟁점법인 지분을 전부 매각하였는바, 쟁점소득금액이 267백만원에 달한다는 것은 사실과 다르다. 1) 청구인은 쟁점법인의 지분을 2011.11.28.경 전부 인수한 후 2013.1.9.경 위 지분을 전부 매각하였다(법인등기부등본 참조). 따라서 쟁점법인의 지분을 양도한 이후로 2012년 사업연도 법인세 신고기한인 2013.3.31.경에는 청구인은 쟁점법인의 2012년 사업연도 법인세를 신고할 위치에 있지 않았다. 다만, 2012년 사업연도 법인세를 신고할 의무가 있었던 쟁점법인을 인수한 경영진이 2013.3.31. 법인세를 신고하여야 함에도 이를 이행하지 않아 2012년 사업연도 법인세 신고가 없었던 것으로 보인다. 2) 위와 같이 청구인이 전부 인수한 쟁점법인의 지분을 전부 매각한 경위는 쟁점법인이 매출이 전혀 없고, 직원도 없으며, 임차한 사무실도 없는 적자 휴면회사였기 때문이다. 따라서 쟁점법인의 2012년 사업연도 법인세 소득금액이 287,167,887원에 달한다는 조사청의 주장은 사실과 다른 것이다.

• 가. 쟁점법인은 조사청의 법인세 무신고에 따른 추계결정 당시 폐업한 사실이 없으므로 기준경비율에 따라 추계결정 한 것은 정당한 것이다. 1) 법인세 무신고 법인에 대하여는 원칙적으로 법인세법 시행령제104조제2항제1호에 따라 기준경비율에 근거하여 소득금액을 추계하나, 예외적으로 폐업한 소기업의 경우 같은 법 시행령 제104조 제2항 제3호에 따라 과세소득을 산정하는 것이다. 2) 청구인은 쟁점법인의 법인등기부등본 및 과거 부가가치세 등 신고내역을 근거로 조사청의 쟁점법인 법인세 무신고 결정당시 쟁점법인은 사실상 폐업 상태로 폐업한 소기업으로 보아 추계결정 하여야 한다고 주장하나, 사실상 폐업은 사업장의 상태, 사업의 계속 여부 등 구체적인 상황을 종합적으로 고려하여 사실판단 할 사안으로 쟁점법인은 2014.3.1.에 사업부진을 원인으로 하여 자진하여 폐업신고 하였고 쟁점법인이 사실상 폐업 직전에 이르렀다 하더라도 과세관청에 폐업신고를 하지 않은 이상 언제든지 사업을 재개할 가능성 자체를 부인할 수 없다고 볼 때 조사청이 쟁점법인을 폐업한 소기업으로 보지 않고 기준경비율로 추계결정 한 것은 잘못이 없다고 판단되는 것이다.
• 나. 쟁점법인의 법인세 무신고에 따른 추계결정방법으로 기준경비율을 적용하여 쟁점소득금액을 산정하고 청구인에게 한 쟁점처분은 정당한 것이다. 청구인은 쟁점법인의 부가가치세 및 원천세 신고사항을 법인세 소득금액산정에 반영하여야 한다고 주장하나, 1) 법인세법제60조【과세표준 등의 신고】에서는 내국법인은 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 신고를 하도록 되어있고, 법인세 신고시 기업회계기준을 준용하여 작성한 개별 내국법인의 재무상태표·포괄손익계산서 및 이익잉여금처분계산서, 세무조정계산서 등을 첨부하도록 규정하고 있다. 2) 법인세법제66조【결정 및 경정】에서는 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 법인세 신고를 하지 아니한 경우에는 그 법인의 각 사업연도 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다고 규정하면서 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 같은 법 시행령 제104조【추계결정 및 경정】에 따라 추계결정 하도록 규정하고 있다. 3) 이에 조사청이 2012년 사업연도 법인세를 무신고한 쟁점법인에 대하여 추계결정을 하면서 수입금액(474,780,638원)에서 국세청고시 제2012-10호(2012.4.20.)에 따라 매입비용 (32,627,000원), 임차료(41,850,000원), 근로소득지급명세서에 따른 인건비(74,678,520원), 기준경비(38,457,231원)를 차감하여 추계소득금액(쟁점소득금액 287,167,887원)을 결정하고 청구인에게 한 쟁점통지는 정당한 것이다. 고정자산 매입비용, 음식료, 통신비 및 사업서비스 등을 제공받아 지급하는 금액 제외
• 다. 청구인은 쟁점법인에 대한 장부나 관련 지출증빙자료 등을 제시하지 못하고 있으므로 쟁점법인에 대한 추계결정은 정당한 것이다. 1) 대법원(대법원96누8192, 1997.9.26., 판결)에서는 필요경비 공제는 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평성을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요를 납세의무자에게 돌려야 한다고 하였으며 이는 대법원2007두2845(2007.4.16.) 판결에서도 뜻을 같이 한다. 2) 따라서 청구인은 매입비용을 인정받으려면 부가가치세 신고서 상의 매입거래에 대응되는 금액에 대한 구체적인 비용지출 사실에 관한 장부기장, 계약서, 금융자료 등 객관적이고 신뢰 할 수 있는 증빙자료를 제시하여야 한다. 또한 인건비의 경우에도 원천징수이행상황신고서상의 금액에 대해서는 이를 뒷받침할 만한 수당 정산내역이나 구체적으로 어떠한 용역을 제공받아 수수료를 지급하였는지 여부를 판단할 수 있는 자료 등을 제시하여야 한다. 그러나 현재까지 청구인은 쟁점법인의 부가가치세 신고서 및 원천징수이행상황신고서 외에 장부나 그 밖의 증명서류를 제출한 것이 없으므로 조사청이 쟁점법인의 2012년 사업연도 법인세를 추계결정 한 것은 정당한 것이다.

• 가. 쟁점

① 쟁점법인은 폐업한 소기업에 해당하므로 단순경비율 등이 아닌 기준경비율로 소득금액을 추계결정 한 것은 부당하다는 청구주장의 당부

② 쟁점법인의 수입금액에서 부가가치세 및 원천세신고서상의 매입비용 등을 차감한 금액으로 법인의 소득금액을 결정하여야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령 1) 국세기본법 제26조의2 【국세 부과의 제척기간】

① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 "부과제척기간"이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[ 국제조세조정에 관한 법률 제2조제1항제1호 에 따른 국제거래(이하 "국제거래"라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다.

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 부과제척기간으로 한다.

1. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우: 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년(역외거래의 경우 10년)

⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에도 불구하고 지방국세청장 또는 세무서장은 다음 각 호의 구분에 따른 기간이 지나기 전까지 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 감사원법에 따른 심사청구 또는행정소송법에 따른 소송에 대한 결정이나 판결이 확정된 경우: 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년

⑦ 제1항부터 제5항까지의 규정에도 불구하고 제6항제1호의 결정 또는 판결에 의하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우에는 당초의 부과처분을 취소하고 그 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년 이내에 다음 각 호의 구분에 따른 자에게 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 명의대여 사실이 확인된 경우: 실제로 사업을 경영한 자 2) 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 3) 법인세법 제60조 【과세표준 등의 신고】

① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

② 제1항에 따른 신고를 할 때에는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다.

1. 기업회계기준을 준용하여 작성한 개별 내국법인의 재무상태표ㆍ포괄손익계산서 및 이익잉여금처분계산서(또는 결손금처리계산서)

2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 작성한 세무조정계산서(이하 "세무조정계산서"라 한다)

3. 그 밖에 대통령령으로 정하는 서류

③ 제1항은 내국법인으로서 각 사업연도의 소득금액이 없거나 결손금이 있는 법인의 경우에도 적용한다. 4) 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

③ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다. 4-1) 법인세법 시행령 제104조 【추계결정 및 경정】

① 법 제66조제3항 단서에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

2. 기장의 내용이 시설규모, 종업원수, 원자재・상품・제품 또는 각종 요금의 시가 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

3. 기장의 내용이 원자재사용량・전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우

② 법 제66조제3항 단서에 따른 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나의 방법에 따른다.

1. 사업수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 사업수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다.

• 가. 매입비용(사업용고정자산의 매입비용을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업용고정자산에 대한 임차료로서 증빙서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액
• 나. 대표자 및 임원 또는 사용인의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증빙서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액
• 다. 사업수입금액에 소득세법 시행령제145조의 규정에 의한 기준경비율(이하 "기준경비율"이라 한다)을 곱하여 계산한 금액

2. 기준경비율이 결정되지 아니하였거나 천재・지변 기타 불가항력으로 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일업종의 다른 법인의 소득금액을 참작하여 그 과세표준을 결정 또는 경정하는 방법. 다만, 동일업종의 다른 법인이 없는 경우로서 과세표준신고후에 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 법 제60조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하고 과세표준신고전에 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 직전 사업연도의 소득률에 의하여 과세표준을 결정 또는 경정한다. 3.조세특례제한법제7조제1항제2호가목에 따른 소기업이 폐업한 때(조세탈루혐의가 있다고 인정되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유가 있는 경우는 제외한다)에는 다음 각 목에 따라 계산한 금액 중 적은 금액을 과세표준으로 하여 결정 또는 경정하는 방법

• 가. 수입금액에서 수입금액에 소득세법 시행령제145조에 따른 단순경비율을 곱한 금액을 뺀 금액
• 나. 수입금액에 직전 사업연도의 소득률을 곱하여 계산한 금액
• 다. 제1호의 방법에 따라 계산한 금액 (※ 다호 신설, 2014.2.21. 이후 추계결정 또는 경정을 하는 분부터 적용) 4-2) 조세특례제한법 제7조 【중소기업에 대한 특별세액감면】

① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2014년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다.

• 가. 대통령령으로 정하는 소기업(이하 이 조에서 "소기업"이라 한다)이 도매 및 소매업, 의료업(이하 이 조에서 "도매업등"이라 한다)을 경영하는 사업장: 100분의 10 4-3) 조세특례제한법 시행령 제6조 【중소기업에 대한 특별세액감면】

⑤ 법 제7조제1항제2호 가목에서 "대통령령으로 정하는 소기업"이란 중소기업 중 제2조제1항제1호에 따른 상시 사용하는 종업원수가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 요건을 충족하는 기업을 말한다. 다만, 매출액이 100억원 이상인 경우에는 소기업으로 보지 아니한다.

1. 제조업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 100명 미만일 것

2. 축산업ㆍ광업ㆍ건설업ㆍ출판업ㆍ물류산업 또는 운수업중 여객운송업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 50명 미만일 것

3. 기타의 사업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 10명 미만일 것 4-4) 법인세법 시행규칙 제53조 【추계결정방법 등】

② 영 제104조제2항제3호에서 "기획재정부령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 무자료거래, 위장ㆍ가공 거래 등 거래내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우

2. 구체적인 탈세 제보가 있는 경우

3. 거래상대방이조세범처벌법에 따른 범칙행위를 하여 조사를 받고, 조사과정에서 해당 법인과의 거래내용이 파악된 경우

4. 법인의 사업내용, 대표자의 재산상황 등을 고려할 때 명백한 탈루혐의가 있다고 인정되는 경우 4-5) 법인세법 시행령 제106조 【소득처분】

① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

② 제104조제2항에 따라 결정된 과세표준과 법인의 재무상태표상의 당기순이익과의 차액(법인세상당액을 공제하지 않은 금액을 말한다)은 대표자에 대한 이익처분에 의한 상여로 한다. 다만, 법 제68조 단서에 해당하는 경우에는 이를 기타 사외유출로 한다. 제1조(목적) 이 고시는소득세법제80조제3항 단서, 같은 법 시행령 제143조 제3항 제1호 및 제143조 제5항에서 국세청장에게 위임한 바에 따라 소득금액을 추계결정 또는 경정하는 경우에 수입금액에서 공제하는 ‘매입비용과 사업용 고정자산에 대한 임차료의 범위’, ‘매입비용 및 사업용 고정자산에 대한 임차료 관련 증명서류의 종류’, ‘종업원의 급여・임금 및 퇴직급여에 대한 증명서류의 종류’를 정함을 목적으로 한다. 제2조(매입비용의 범위)

① 매입비용은 다음 각 호의 재화의 매입(사업용 고정 자산의 매입을 제외함)과 외주가공비 및 운송업의 운반비로 한다.

1. 재화의 매입은 재산적 가치가 있는 유체물(상품・제품・원료・소모품 등 유형적 물건)과 동력・열 등 관리할 수 있는 자연력의 매입으로 한다.

2. 외주가공비는 사업자가 판매용 재화의 생산・건설・건축 또는 가공을 타인 에게 위탁하거나 하도급하고 그 대가로 지출하였거나 지출할 금액으로 한다.

3. 운송업의 운반비는 육상・해상・항공 운송업 및 운수관련 서비스업을 영위 하는 사업자가 사업과 관련하여 타인의 운송수단을 이용하고 그 대가로 지출 하였거나 지출할 금액으로 한다.

② 제1항의 외주가공비와 운송업의 운반비 이외의 용역을 제공받고 지출하였거나 지출할 금액은 매입비용에 포함하지 아니한다. 매입비용에 포함되지 않는 용역을 예시하면 다음 각 호와 같다.

2. 창고료(보관료), 통신비

3. 보험료, 수수료, 광고선전비(광고선전용 재화의 매입은 매입비용으로 함)

4. 수선비(수선용・수리용 재화의 매입은 매입비용으로 함)

5. 사업서비스, 교육서비스, 개인서비스, 보건서비스 및 기타 서비스(용역)를 제공받고 지급하는 금액 등 제3조 (사업용 고정자산에 대한 임차료의 범위) 사업용고정자산에 대한 임차료는 사업에 직접 사용하는 건축물 및 기계장치 등 고정자산을 타인에게서 임차하고 그 임차료로 지출하였거나 지출할 금액으로 한다. 제4조(재고자산에 포함된 주요경비의 계산) 생략 제5조(매입비용과 사업용고정자산에 대한 임차료 관련 증명서류의 종류) 매입 비용과 사업용고정자산에 대한 임차료는 다음의 증명서류에 의하여 지출 하였거나 지출할 사실이 객관적으로 확인되어야 한다.

1. 세금계산서, 계산서, 신용카드매출전표(현금영수증 포함)

2. 소득세법제160조의2제2항 단서와 같은 법 시행령 제208조의2 및 같은 법 시행 규칙 제95조의2에 따라 위 제1호의 증명서류를 수령하지 않아도 되는 경우 에는 지출 사실이 확인되는 영수증 등

3. 제1호 또는 제2호에 해당되지 않는 매입비용과 사업용고정자산에 대한임차료에 대하여 제1호의 증명서류를 수령하지 아니한 경우에는 종합소득세 과세표준 확정신고서 별지에 첨부된 주요경비지출명세서를 첨부하여 제출한 금액 제6조 (종업원의 급여・임금 및 퇴직급여에 대한 증명서류의 종류) 종업원의 급여 ・ 임금・퇴직급여는 다음의 증명서류에 의하여 지급하였거나 지급할 사실이 객관적으로 확인되어야 한다.

1. 급여・임금의 경우 근로소득원천징수영수증 또는 지급명세서를 관할 세무서에 제출한 금액

2. 퇴직급여의 경우 퇴직소득원천징수영수증 또는 지급명세서를 관할세무서에 제출한 금액

3. 급여와 임금 및 퇴직급여에 대한 원천징수영수증 또는 지급명세서를 제출할 수 없는 부득이한 사유가 있는 경우에 대해서는 소득을 지급 받은자의 주소, 성명, 주민 등록번호 등 인적사항이 확인되고 소득을 지급받은 자가 서명날인한 증명서류 4-6) 국세청고시 제2012-10호 (2012. 4. 20) 【 매입비용・임차료의 범위와 증명서류의 종류 고시】

• 다. 사실관계 1) 쟁점법인 기본사항 및 신고내역 등은 다음과 같다. 가) 쟁점법인의 사업자등록 기본사항은 <표1>과 같이 국세청 전산망에서 확인되며, 2014.3.1. 세무대리인이 폐업신고를 한 것으로 확인된다. 나) 쟁점법인의 대표이사 변경 관련 사항은 <표2>와 같이 국세청 전산망에서 확인되며, 법인등기상 설○○는 2011.11.28.부터 2013.1.9.까지 대표이사로 기재되어 있는 반면 청구인은 대표이사 등으로 기록된 사항이 없다. 다) 쟁점법인의 2012년 제1기부터 2012년 제2기까지 부가가치세 신고내역은 <표3>과 같이 국세청 전산망에서 확인되고, 청구인이 주장하는 쟁점법인의 부가가치세 신고 매입비용은 매입금액 합계 82,133,630원과 일치한다. 라) 쟁점법인이 2012년을 귀속연월로 하여 신고한 원천징수이행상황신고서의 내역은 <표4>와 같이 국세청 전산망에 확인되고, 청구인이 주장하는 쟁점법인의 원천세 신고 인건비금액은 근로·퇴직·사업소득 합계 219,825,908원과 일치한다. 마) 쟁점법인의 법인설립부터 폐업일까지의 법인세 신고내역은 <표5>와 같이 국세청 전산망에서 확인되며, 2012년 사업연도 법인세는 무신고로 조사청에서 기준경비율로 추계결정 하였다. 쟁점법인의 수입금액은 2007년 사업연도를 정점으로 매년 감소하다가 2014년 사업연도에는 수입금액이 없으며, 소득금액이 발생한 사업연도의 소득률은 최저 1.88%부터 최고 11.46%인 반면, 조사청이 무신고 추계결정 한 2012년 사업연도의 소득률은 60.42%이다. <표5> 쟁점법인 법인세신고 및 추계결정 내역 (백만원,%) 사업연도 수입금액 소득금액 총세액 소득률 비고 2014

• -

• - 무신고 2013 204 -249

• - 2012 475 287 48 60.42 무신고로 조사청에서 추계결정한 내역기재 2011 531 10

• 1.88 2010 890 -155

• - 2009 1,440 -280

• - 2008 3,139 344 52 10.95 2007 3,932 451 99 11.46 2006 2,314 76 4 3.28 2005 19 -75

• - 바) 쟁점법인의 2012년 이후 부가가치세 신고내역은 <표6>과 같이 국세청전산망에서 확인되며, 2013년 제1기 확정 신고부터는 매출 과세표준이 없다. <표6> 쟁점법인 부가가치세신고 내역 (백만원) 사업연도 2013년 제1기 예정 2013년 제1기 확정 2013년 제2기 예정 2013년 제2기 확정 2014년 제1기 예정 매출과표 207 -3

• -

• 매입금액 48 38 13 2

• 납부세액 16 -3 -1 -0.2

• 사) 쟁점법인이 2012년 이후 귀속연월로 하여 신고한 원천징수이행상황신고서의 내역은 <표7>와 같이 국세청 전산망에 확인되며, 최종 원천징수이행상황신고서는 2013년 6월 귀속으로 2013.7.10. 신고하였다. <표7> 쟁점법인 2012년 이후 원천징수이행상황신고서 내역 (원) 2013년 월 금액 계 근로소득 퇴직소득 사업소득 인원 총지급액 인원 금액 인원 금액 계 239,449,983 43,396,000 196,053,983 1월 8,800,000 4 8,800,000

• -

• - 2월 96,351,700 6 8,846,000

• - 159 87,505,700 3월 71,862,229 3 4,000,000

• - 155 67,862,229 4월 46,186,054 4 5,500,000

• - 85 40,686,054 5월 5,000,000 3 5,000,000

• -

• - 6월 11,250,000 5 11,250,000

• -

• - 아) 쟁점법인이 법인설립일부터 폐업일까지 신고한 주식변동사항은 <표8>과 같이 국세청 전산망에서 확인되며, 2011년 이후 변동신고 한 내역은 없다. 3) 조사청의 쟁점법인에 대한 법인세 무신고 추계결정 내역은 다음과 같다. 가) 조사청은 2014.2.11. 쟁점법인이 무신고한 2012년 사업연도 법인세를 기준경비율로 추계하여 쟁점소득금액을 산정하고 법인세 48,379,154원을 경정·고지하였으며, 쟁점소득금액은 당시 대표이사였던 설○○에게 상여처분하고 □□□세무서장(설○○ 주소지 관할)에게 소득금액변동 사실을 통보하였다. 나) 조사청에서 쟁점법인의 2012년 사업연도 법인세 결정시 산정한 쟁점소득금액 계산내역은 <그림1>과 같이 처분청에서 제출한 자료로 확인되며, 조사청은 쟁점법인이 폐업한 소기업에 해당되지 않아 기준경비율을 적용하였다 (1) 쟁점소득금액 산정시 적용한 수입금액(474,780,638원)은 앞서 언급한 <표3>의 쟁점법인 부가가치세 매출과세표준(465,340,638원)과 면세수입(9,440,000원) 합계와 일치한다. (2) 조사청에서 기준경비율로 쟁점소득금액 산정시 쟁점법인이 수취한 2012년분 세금계산서 및 계산서 중 주요경비(매입비용 32,627,000원 *, 임차료 41,850,000원 **)로 인정한 내역은 <표9>와 같이 확인된다. (3) 조사청에서 기준경비율로 쟁점소득금액 산정시 주요경비 중 인건비(74,678,520원)로 인정한 금액은 <표10>과 같이 쟁점법인이 신고한 2012년 귀속 근로소득지급명세서 금액이며, 사업소득지급명세서 금액은 인정하지 않았고 퇴직소득지급명세서는 제출되지 않았음이 국세청 전산망에서 확인된다. (4) 조사청에서 기준경비율로 쟁점소득금액 산정시 수입금액에서 차감한 기준경비(38,457,231원)는 쟁점법인의 2012년 사업연도 수입금액(474,780,638원)에서 <표11>과 같이 업종코드 523131에 대한 기준경비율 8.1%를 곱하여 산정하였음이 처분청에서 제출한 자료로 확인된다. 쟁점법인은 소매업을 영위하고 있고 앞서 언급한 <표4>, <표10>에서 종업원(근로소득)수는 10명 미만으로 확인되어 조세특례제한법에서 규정하는 소기업의 기준에 해당되는 것은 처분청과 청구인 간 다툼이 없다. 4)

□□□세무서장의 당초처분 및 쟁점판결에 대한 내역은 다음과 같다. 가) 설○○ 주소지를 관할하는 □□□세무서장은 조사청으로부터 통보받은 쟁점소득금액에 대하여 2017.6.12. 설○○에게 <표12>와 같이 당초처분을 하였음이 국세청 전산망에서 확인된다. 나) 설○○는 □□□세무서장의 당초처분에 대하여 2017.8.31. 심사청구를 거쳐 2018.6.27. 행정소송(○○○지방법원2018구합*)을 제기하였고, 2020.7.17. ○○고등법원(○○고등법원2019누66362, 완료)에서는 쟁점법인의 실지 대표이사가 설○○가 아닌 청구인으로 판결하였으며, 그 주요내용은 다음과 같다. ① 쟁점법인에서 선임이사로 근무한 김○○, 팀장으로 근무한 안○○은 모두 박○○이 쟁점법인의 실질적인 대표로서 급여, 건물 임대료, 매출 등을 관리하였고 직원들은 박○○으로부터 지시를 받아 업무를 수행하고 보수를 지급받았다고 진술한 점, ② 박△△은 쟁점법인을 인수할 때부터 회사 경리를 담당하고 있었는데, 박△△이 김△△로부터 쟁점법인을 인수한 뒤 사장실에 근무하면서 매일 수금을 해가고 돈과 세금을 관리하는 방법으로 운영하였다고 진술한 점...(생략) 설○○는 쟁점법인의 명목상 대표이사에 불과하고 박○○이 실질적으로 운영 하였다고 봄이 타당하다. 다)

□□□세무서장은 쟁점판결에 따라 2020.8.20. 설○○에 대한 당초처분을 결정취소 하였다. 5) 조사청의 쟁점소득금액 상여처분 변경내역은 다음과 같다. 조사청은 쟁점판결에 따라 2020.8.23. 당초 설○○에게 상여처분 한 쟁점소득금액을 <표13>과 같이 쟁점법인의 실지 대표이사인 청구인으로 상여처분을 변경한 내역이 국세청 전산망에서 확인되며, 청구인 주소지 관할인 처분청에 소득금액변동 사실을 통보하였다. 6) 처분청은 조사청으로부터 통보받은 쟁점소득금액에 대하여 2021.5.14. 청구인에게 <표14>와 같이 쟁점처분을 하였음이 국세청 전산망에서 확인된다. ※ 청구인은 이의신청으로 추가 인적공제(5,500,000원)가 일부 인용됨에 따라 당초 고지세액(87,634,532원)이 2021.11.1. 84,948,281원으로 감액(2,686,251원) 결정되었다. 라. 판단 1) 쟁점법인을 폐업한 소기업으로 보아 추계결정 하여야 하는지 가) 관련 법리 (1)법인세법제60조제3항 및 같은 법 시행령 제104조 제1항에서는 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정하는 경우로 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우 추계할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제104조 제2항 제3호에서는 추계결정 또는 경정을 하는 경우로조세특례제한법제7조제1항제2호가목에 따른 소기업이 폐업한 때에는 “㉮ 수입금액에서 수입금액에 소득세법 시행령제145조에 따른 단순경비율을 곱한 금액을 뺀 금액 ㉯ 수입금액에 직전 사업연도의 소득률을 곱하여 계산한 금액 ㉰ 제1호(기준경비율)의 방법에 따라 계산한 금액” 중 적은 금액을 과세표준으로 하여 결정 또는 경정한다고 규정하면서, 다만 조세탈루혐의가 있다고 인정되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유가 있는 경우는 제외한다고 되어 있다. (2) 법원에서는 통상 폐업한 소기업의 경우 적자가 누적되어 소득금액이 없고 내부관리 부실로 장부 등이 멸실된 경우가 많아 기준경비율 방법에 따른다면 과다한 조세를 부담하게 될 것임이 예상되므로, 이를 방지하기 위하여 단순경비율을 이용한 추계방법, 직전 사업연도의 소득률을 이용한 추계방법 등을 통하여 실질과세원칙에 부합하는 과세표준을 인정할 수 있도록 함과 동시에 폐업한 영세납세자에게 납세편의를 제공하려는 데 그 입법취지가 있고, 이러한 입법취지를 고려하면, 추계결정에 의한 법인세 부과처분 당시 이미 폐업한 소기업의 경우 폐업한 당해 사업연도뿐만 아니라 그 이전의 사업연도들의 경우에도 마찬가지로 이 사건 조항이 적용되어야 할 필요성이 크며, 법인세법 시행령제104조제2항의 문언, 규정 형식을 살펴보더라도, ‘소기업이 폐업한 때에는’ 단순경비율 등을 이용한 추계방법에 따라 추계결정을 하도록 정하고 있어서, 이 사건 조항이 반드시 폐업한 당해 사업연도의 법인세에만 적용되는 것이라고 단정할 수 없고, 소기업이 폐업한 때에는 그 이전 사업연도의 경우에도 이 조항을 적용하여 추계결정을 할 수 있다고 해석하는 것이 보다 자연스럽다고 판결하였다(서울고등법원2019누50672, 2019.12.13., 판결 참조). (3) 헌법재판소 및 대법원에서는 ‘폐업’이란 사전상으로 ‘직업 또는 영업을 그만둠’이라고 정의되어 있으므로 ‘폐업일’이라는 것은 ‘직업 또는 영업을 그만둔 날’을 의미하는 것임은 누구나 쉽게 이해할 수 있으며, 사업의 개시, 폐지 등은 법상의 등록, 신고여부와는 관계없이 그 해당 사실의 실질에 의하여 결정된다고 판결하였다(헌법재판소2005헌바76, 2006.6.29., 대법원93누17355, 1993.12.20., 대법원95누14480, 1996.5.28., 판결 등 참조). 나) 쟁점법인은 폐업한 소기업에 해당하므로 기준경비율로 소득금액을 추계결정 한 것이 부당한지에 대한 판단 (1) 위의 법령 등과 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때, 조사청이 쟁점법인을 폐업한 소기업에 해당하지 않는다고 보아 기준경비율로 쟁점법인의 법인세 소득금액을 추계결정 한 것은 잘못이 있는 것으로 보인다. ① 쟁점법인은 세무대리인이 2014.3.1.자로 폐업신고 한 것으로 되어있고 조사청은 2014.2.11. 쟁점법인이 무신고한 2012년 사업연도 법인세에 대하여 쟁점소득금액을 추계결정 하였는데, 조사청에서는 추계결정 사업연도인 2012년 및 추계결정일(2014.2.11.)에 쟁점법인이 폐업되지 않았으므로 앞의 “<그림1>”과 같이 쟁점법인을 폐업한 소기업으로 보지 않고 기준경비율을 적용한 것으로 확인된다. ② 쟁점법인은 앞의 “<표6>”과 같이 쟁점법인의 부가가치세 신고서 상 2013.4.1. 이후부터 이미 매출이 발생하지 않은 사실이 확인되고, 앞의 “<표7>”과 같이 쟁점법인의 원천징수이행상황신고서도 2013.6월 귀속을 마지막으로 신고된 것으로 볼 때 쟁점법인의 종업원들도 2013.6월경에는 모두 퇴사한 것으로 보이는 등 쟁점법인은 최소한 2013.7월경부터는 실질적인 폐업상태에 있었다고 보인다. ③ 법인세를 추계로 결정함에 있어서 소기업이 폐업한 때에는 폐업일 이전 사업연도의 경우에도 법인세법 시행령제104조제2항제3호의 방법으로 추계결정 하는 것으로 법원에서 판결한 점에 비추어 볼 때, 조사청에서 쟁점법인을 추계로 결정한 2014.2.11. 당시 쟁점법인은 2013.7월경부터 실질적으로 폐업한 소기업에 해당되므로 폐업일 이전 사업연도인 2012년 사업연도 법인세를 추계결정시 법인세법 시행령제104조제2항제3호의 방법을 적용하여야 하는 것으로 판단된다. (2) 따라서, 조사청이 기준경비율을 적용하여 쟁점법인의 2012년 사업연도 법인세를 추계결정 한 것은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 2) 쟁점법인의 수입금액에서 매입비용 등을 차감한 금액을 소득금액으로 결정하여야 하는지 앞의 쟁점①을 인용함에 따라 심리할 실익이 없으므로 심리제외 한다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있다고 인정되므로 ｢국세기본법｣ 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.