감정평가서상 영업권 평가액을 근거로 부당행위계산 부인 적정 여부

이 건 심사청구는 기각한다.

1) 청구인은 2013.3.15. ○○도 ○○군 ○○면 ○○로 00-00에서 폐기물 최종재활용업을 주업으로 하는 AAAA이라는 상호의 개인사업자(이하 “쟁점사업장”이라 한다)를 개업하여 운영하다가 2019.8.5. 법인전환을 폐업사유로 폐업신고(접수일 2019.8.28.)하였다. 2) 청구인은 2019.7.31. ㈜AAAA(이하 “청구외법인”이라 한다)에 2019.7.31. 기준 쟁점사업장의 영업권(이하 “쟁점영업권”이라 한다) 감정평가액 000원을 사업권 양도대가로 하여 쟁점사업장의 사업에 관한 일체의 권리와 의무를 양도하기로 하는 사업양도․양수계약서(이하 “쟁점사업양수도계약서”라 한다)를 체결하고, 2019.8.20. 폐기물 처리업 허가를 쟁점사업장에서 청구외법인으로 변경신고를 하였다. 3) 청구인은 2019.8.23. 처분청 민원실을 직접 방문하여 청구외법인의 ‘법인설립신고 및 사업자등록신청서’(대표자 청구인, 개업일 2019.8.5.로 기재)를 제출하면서 첨부 서류로 ‘폐기물 최종재활용업 허가증 사본’, ‘쟁점사업양수도계약서’를 제출하였고, 청구외법인은 사업자등록 신청내용대로 사업자등록 처리되었다. 4) 청구인은 2019년 과세연도 종합소득세 신고시 쟁점영업권 양도에 따른 소득을 종합소득과세표준에 합산하여 신고한 사실이 없다. 5) 처분청은 2021.3월경 실시된 중부지방국세청의 처분청에 대한 정기종합감사 기간 중 청구인이 쟁점영업권 양도에 따른 소득을 무신고한 사실이 있어 이에 대한 해명을 요구하였으나, 청구인은 쟁점영업권에 대하여 청구외법인으로부터 대가를 받지 않고 사업 일체를 양도한 것이라고 소명하였을 뿐 구체적인 해명자료를 제출하지 않았다. 6) 처분청은 청구인이 기타소득 과세대상인 쟁점영업권을 특수관계 있는 법인에게 무상 양도한 것으로 보아 ｢소득세법｣ 제41조 의 규정에 따라 부당행위계산 부인을 적용하면서 쟁점영업권의 시가는 ｢법인세법 시행령｣ 제89조 제2항 제1호 의 감정평가법인 등이 감정한 감정평가액 000원으로 하여 2021.5.6. 청구인에게 2019년 과세연도 종합소득세 000원을 경정․고지하였다. 7) 청구인은 이에 불복하여 2021.7.6. 이의신청을 거쳐 2021.11.23. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 기초 사실 1) 청구인은 2017.7.31.자로 쟁점사업장을 폐업하고 포괄사업양수도로 법인전환을 하였다. 청구인은 2019년 과세연도 제조 수입에 관하여 2020.5.28. 종합소득세를 신고하 였다. 이때, 포괄사업양도 관련 영업권(기타소득)은 종합소득세 신고시 반영하지 않았다. 2) 그 이유는 다음과 같다. 사업양수도 법인전환시에 감정평가 받은 영업권 감정평가서(이하 “쟁점감정평가서”라 한다)의 감정평가액 000원을 사업양수도 대가에 포함시켜 쟁점사업양수도계약을 체결하고, 청구외법인 사업자등록신청시 쟁점사업양수도계약서(이때 쟁점감정평가서는 제출하지 않음)를 제출하였다. 그러나, 법인전환을 어느 정도 마무리한 시점에 살펴보니, 자산의 대부분을 차지하는 열분해로 설비인 유형자산의 가치가 최소 000원에서 000원임에도 불구하고, 000원 수준으로 지나치게 낮은 금액이 반영되어 있는 등 쟁점감정평가서상 영업권이 과도하게 높게 평가되었다는 것을 알게 되었다. 3) 이러한 사실을 알게 됨으로 인해 과거 수년간 몇 억원에 달하는 국세 등을 체납하면서도 개인파산 등을 하지 않고 성실하게 납부해 온 청구인은 기타소득으로 인한 종합소득세 부담액은 추가로 감당하기 어려울 정도의 수준이라는 것을 인지하고 청구인은 쟁점영업권 평가액을 인정할 수 없어 쟁점감정평가서를 사용하지 않기로 최종 결정하였으며, 청구외법인 사업자등록신청시 제출한 쟁점사업양수도계약서를 폐기하고 쟁점영업권 평가액을 양수도가액에 반영하지 않은 사업양수도계약서를 새롭게 체결했기 때문이다. 이와 같이 갱신한 사업양수도계약서는 그 이후 처분청에 제출해야 할 사유가 없어 제출한 사실은 없다.
• 나. 처분의 부당성 1) 이 건 부과처분의 근거자료로 쟁점감정평가서의 사용은 부당하므로 ｢상속세 및 증여세법｣(이하 “상증세법”이라 한다) 관련 규정 등에 의한 평가방법으로 평가한 영업권 가액을 기초로 기타소득금액을 확정하여 종합소득세를 재경정하여야 한다. 이 건 부과처분의 근거자료로 청구인이 임의로 감정평가 받은 쟁점감정평가서를 사용하는 것은 아래와 같은 이유로 부당하다. 가) 첫째, 처분청에서 ｢소득세법｣ 제41조 【부당행위계산】를 적용하여 과세한 근거로 사용한 쟁점감정평가서는 사업양수도 및 법인전환 설립신고 과정 중에 청구인이 참고한 자료 중 하나이고, 사업양수도계약의 최종 이행을 구성하는 자료로 사용되지 않았기 때문이다. (1) 이 건 부과처분은 청구인이 개인사업자와 법인 간의 사업양수도계약이 최종 확정되지 아니한 취소 및 해제된 계약과 관련 서류를 근거로 과세함에 따라, 과세소득금액을 결정함에 있어 불합리함이 있는바, ｢국세기본법｣에서 규정한 근거과세의 취지에도 부합하지 아니한다. 쟁점사업장의 법인전환 사업양수도계약 체결 경과는 다음과 같다.

① 2019.7.31. 쟁점사업양수도계약 체결

② 2019.8월 초순경 쟁점사업양수도계약서 처분청에 제출

③ 2019.8월 중순경 쟁점사업양수도계약을 수정한 최종본 사업양수도계약 체결후 사업양수도 진행 (2) 수원지방법원 판결례에서도 사실과 다른 계약서 등을 근거로 과세한 것에 대한 부당함을 인정한 사례가 있다.

○ 수원지방법원 2007구합11475, 2009.5.6., 일부국패, 완료 신고내역과 다른 금액이 기재된 매매계약서가 작성되었고 미지급금액이 거래처원장에 기록된 사실을 근거로 과세하였으나, 미지급금이 지급되지 아니하였고 원고가 채권확보를 위한 아무런 조치도 취하지 아니하였으며, 추후 채무부존재 확인의 소를 통하여 화해권고결정이 확정되는 등으로 보아 계약서 금액은 사실이 아닌 것으로 본 사례 나) 둘째, 청구인이 사용하지 않기로 최종 결정한 쟁점감정평가서상 영업권 평가액은 다음과 같은 큰 하자가 있는바, 청구인이 임의로 감정평가를 받아본 자료를 과세의 근거자료로 사용하면 안 된다. 즉, 이 건 부과처분의 근거자료인 쟁점감정평가서상 영업권 평가 기초자료는 실질적으로 쟁점사업장의 자산 가치 중 가장 중요한 기계장치의 공정가액을 반영하지 아니하였다. 쟁점감정평가서상의 영업권 평가액은 평가방법, 가정, 판단, 산출의 기초로 사용되는 회계자료의 수치에 따라 변동 가능한 것으로 되어 있는바, 쟁점감정평가서에서도 제공받은 자료의 누락 등으로 인해 가치 결론이 달라질 수 있다고 기재되어 있다. 쟁점감정평가서는 쟁점사업장에서 제공한 자료에 근거하여 작성되었으나, 제공한 자료 중 기계장치에 대하여 평가액을 상증세법 시행령 제52조 제1항에 따른 재취득가액인 000원을 반영하지 않고, 단순히 회계상 기계장치 장부가액인 000원으로 평가한 중대한 하자가 있다. 2) 관련 법규에 따라 쟁점영업권의 가액을 재산정할 경우, 쟁점영업권 평가액은 0원으로 산정되는바, 이 건 부과처분은 취소되어야 한다. 관련 법규(｢소득세법 시행령｣ 제98조 제3항, ｢법인세법 시행령｣ 제89조 제2항, 상증세법 제64조)에 따라 기계장치의 재취득가액을 시가로 반영하여 쟁점영업권 가액을 재산정할 경우 쟁점영업권 평가액은 0원으로 산정된다. 한편, 평가기준일 현재 쟁점사업장의 장부는 실질적으로 기계장치를 포함한 자산의 가액과 대표이사 가수금을 포함한 부채의 가액을 확인할 수가 없어 상증세법 시행령 제59조 제7항에서 규정한 “제시한 증빙에 의하여 자기자본을 확인할 수 없는 경우”에 해당하는바, 동 규정에 따라 산정된 자기자본을 기초로 영업권을 평가할 경우 쟁점영업권 평가액은 0원으로 산정된다.

• 다. 사전열람 결과 청구인 추가의견 1) 쟁점감정평가서상 쟁점영업권가치 산정과 관련하여 감정평가법인은 쟁점감정평가서상 식별가능한 무형자산(C) 가액을 쟁점감정평가서에 첨부한 2019.6.30. 기준 재무상태표상 가액 000원으로 반영하였다. 하지만 쟁점감정평가서에 첨부한 2019.6.30. 기준 재무상태표 무형자산(영업권) 가액은 회계상 잘못된 산정된 금액이다. 2019.6.30. 기준 회계상 정확한 무형자산(영업권) 가액은 000원이며, 감정평가법인이 감정평가 당시 무형자산(영업권) 가액을 000원으로 반영하였다면 쟁점 영업권 가치는 000원으로 감소되어 산정되었을 것이라는 점은 명확한 사실이 될 것이다. 쟁점감정평가서에 첨부된 2019.6.30. 기준 재무상태표는 상기 무형자산 금액 이외에도 상당 부분 오류가 포함되어 있어 쟁점영업권 감정평가액도 그 만큼 변동 가능성이 클 수밖에 없다는 점을 다시 한번 강조하여 말씀드리고 싶다. 2) 이의신청에 대한 세무서 국세심사위원회에서 청구인의 진술 관련 청구인은 이의신청에 대한 세무서 국세심사위원회에 직접 출석하여 법인전환 사업의 포괄 양도양수 계약서의 작성 과정에 대한 위원 질의에 대해 쟁점사업양수도계약서를 작성한 후 납부하여야 할 세금이 많다는 이야기가 있어 최종본 사업양수도계약서를 작성한 것이라고 진술한 바 있다. 그러나, 당시 청구인은 쟁점사업양수도계약서 작성후 최종본 사업양수도계약서 작성 배경에는 납부할 세금이 많다는 점도 있었지만 사업양수도 기준일 현재의 사실상 본 결산자료인 재무상태표상 사업양수도 순자산가액은 △000원이고 미상각 영업권 잔액 000원을 제외할 경우 실질적인 순자산가액은 △000원으로 000원의 부채를 청구외법인이 떠안고 사업을 양수해서 발생한 이익으로 갚아주는 조건 즉, 쟁점영업권 대가를 지급하지 않은 대신 세무회계상 부의 영업권을 승계하는 양수도라는 점이 감안되었다는 점을 청구인이 너무 당황한 나머지 진술하지 못했던 것이다.

｢법인세법 시행령｣ 제89조 제2항 의 규정에 따라 감정평가업자가 감정한 가액을 쟁점영업권의 시가로 하였으므로 이 건 부과처분은 정당하다. ｢소득세법 시행령｣ 제98조 제2항 제1호 는 특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 경우는 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 보아 부당행위계산 부인대상으로 규정하면서, 같은 조 제3항에서 시가의 산정에 관하여는 ｢법인세법 시행령｣ 제89조 제1항 및 제2항의 규정을 준용하도록 규정하고 있다. ｢법인세법 시행령｣ 제89조 제2항 은 “시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다”고 규정하면서, 제1호에는 “｢감정평가 및 감정평가사에 관한 법률｣에 따른 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(괄호 생략, 단서 생략)”으로, 제2호에는 상증세법의 보충적 평가방법을 준용하여 평가한 가액을 들고 있다. 따라서 영업권의 경우에도 시가가 불분명한 경우에는 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 가액을 우선 적용하고, 감정평가업자가 감정한 가액이 없는 경우에는 상증세법의 보충적 평가방법에 따라 시가를 산정하는 것인바, 이 사건의 경우 감정평가업자가 평가한 금액을 쟁점영업권의 시가로 보아 부당행위계산 부인한 이 건 부과처분은 적법하다. 한편, 청구인은 감정평가업자가 쟁점영업권 감정평가시 기계장치를 평가함에 있어 재취득가액 000원으로 평가하여야 함에도 장부가액 000원으로 평가하였기에 쟁점감정평가서는 중대한 하자가 있다고 주장하고 있는데, 상증세법 시행령 제52조【그 밖의 유형재산의 평가】제1항은 ‘법 제62조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 방법”이란 해당 기계장비를 처분할 경우 다시 취득할 수 있다고 예상되는 가액을 말하되, 그 가액이 확인되지 아니하는 경우에는 장부가액(취득가액에서 감가상각비를 뺀 가액을 말하며, 이하 이 조에서 같다) 및 ｢지방세법 시행령｣ 제4조 제1항 의 시가표준액에 따른 가액을 순차로 적용한 가액을 말한다’고 규정하고 있는바, 쟁점영업권 감정평가시 기계장치를 처분하고 다시 취득할 수 있다고 예상되는 가액은 확인되지 않았으므로, 관련 규정에 따라 기계장치의 장부가액을 적용하여 영업권을 평가한 쟁점감정평가서는 달리 잘못이 없다고 할 것이다. 이에 반해 청구인은 2021.6월경 임의로 2개 업체를 선정하여 받은 견적서를 근거로 기계장치의 재취득가액이 000원이라고 주장하나, 객관적으로 검증된 가액이라고 보기 어려울 뿐만 아니라 견적서를 받은 시기도 쟁점영업권 평가 기준시기(2019.7.31.)와 달라 이를 인정할 수 없으므로 그 가액이 확인되지 아니한 경우로 보아야 할 것이다.

• 가. 쟁 점 쟁점감정평가서상 영업권 평가액을 근거로 부당행위계산 부인하여 과세한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령 1) 소득세법 제41조 【부당행위계산】

① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 배당소득(제17조제1항제8호에 따른 배당소득만 해당한다), 사업소득 또는 기타소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다. 2-1) 소득세법 시행령 제98조 【부당행위계산의 부인】

② 법 제41조에서 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로 한다. 다만, 제1호부터 제3호까지 및 제5호(제1호부터 제3호까지에 준하는 행위만 해당한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우만 해당한다.

1. 특수관계인으로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 경우

③ 제2항제1호의 규정에 의한 시가의 산정에 관하여는 ｢법인세법 시행령｣ 제89조제1항 및 제2항의 규정을 준용한다. 2-2) 법인세법 시행령 제89조 【시가의 범위】

① 법 제52조제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. ｢감정평가 및 감정평가사에 관한 법률｣에 따른 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등은 제외한다.

2. ｢상속세 및 증여세법｣ 제38조 ․제39조․제39조의2․제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 ｢조세특례제한법｣ 제101조 를 준용하여 평가한 가액. (후단 생략) 3) 상속세 및 증여세법 제64조 【무체재산권의 가액】 무체재산권(無體財産權)의 가액은 다음 각 호에 따른 금액 중 큰 금액으로 한다.

1. 재산의 취득 가액에서 취득한 날부터 평가기준일까지의 ｢법인세법｣상의 감가상각비를 뺀 금액

2. 장래의 경제적 이익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한 금액 3-1) 상속세 및 증여세법 시행령 제59조 【무체재산권의 평가】

② 영업권의 평가는 다음 산식에 의하여 계산한 초과이익금액을 평가기준일 이후의 영업권지속연수(원칙적으로 5년으로 한다)를 고려하여 기획재정부령으로 정하는 방법에 따라 환산한 가액에 의한다. 다만, 매입한 무체재산권으로서 그 성질상 영업권에 포함시켜 평가되는 무체재산권의 경우에는 이를 별도로 평가하지 않되, 해당 무체재산 권의 평가액이 환산한 가액보다 큰 경우에는 해당 가액을 영업권의 평가액으로 한다. [최근 3년간(괄호 생략)의 순손익액의 가중평균액의 100분의 50에 상당하는 가액

• (평가기준일 현재의 자기자본 × 1년만기정기예금이자율을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 율)]

⑦ 제2항의 규정에 의하여 영업권을 평가함에 있어서 제시한 증빙에 의하여 자기자본을 확인할 수 없는 경우에는 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액중 많은 금액으로 한다.

1. 사업소득금액 ÷ ｢소득세법 시행령｣ 제165조제10항제1호 에서 규정하는 자기자본이익률

2. 수입금액 ÷ ｢소득세법 시행령｣ 제165조제10항제2호 에서 규정하는 자기자본회전율 3-2) 상속세 및 증여세법 시행규칙 제19조 【무체재산권등의 평가】

① 영 제59조제2항 산식에서 “기획재정부령이 정하는 율”이라 함은 100분의 10을 말한다. 4) 상속세 및 증여세법 제62조 【선박 등 그 밖의 유형재산의 평가】

① 선박, 항공기, 차량, 기계장비 및 ｢입목에 관한 법률｣을 적용받는 입목(立木)에 대해서는 해당 재산의 종류, 규모 및 거래 상황 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다. 4-1) 상속세 및 증여세법 시행령 제52조 【그 밖의 유형재산의 평가】

① 법 제62조제1항에서 “대통령령으로 정하는 방법”이란 해당 선박ㆍ항공기ㆍ차량ㆍ기계장비 및 ｢입목에 관한 법률｣의 적용을 받는 입목을 처분할 경우 다시 취득할 수 있다고 예상되는 가액을 말하되, 그 가액이 확인되지 아니하는 경우에는 장부가액(취득가액에서 감가상각비를 뺀 가액을 말하며, 이하 이 조에서 같다) 및 ｢지방세법 시행령｣ 제4조제1항 의 시가표준액에 따른 가액을 순차로 적용한 가액을 말한다.

• 다. 사실관계 1) 쟁점사업장 사업현황 및 청구인의 종합소득세 신고내역 가) 쟁점사업장 사업현황 청구인은 2013.3.15. ○○도 ○○군 ○○면 ○○로 00-00에서 쟁점사업장을 개업하여 폐기물 재활용 과정을 통해 재생유를 제조하여 판매하는 사업을 영위하다가 2019.8.5. 법인전환을 사유로 폐업하였다. 쟁점사업장은 재생유 제조원리로 폐비닐 등 고분자 폐기물을 산소가 없는 조건에서 350℃～400℃의 열을 가하여 연료로 변환시키는 저온 열분해 기술을 사용하며, 그 제조공정을 도식화하면 다음과 같다. <쟁점사업장의 재생유 제조공정> (기재 생략) 나) 청구인의 종합소득세 신고 내역 청구인의 종합소득세 신고 내역은 아래 <표1>과 같다. 쟁점사업장의 사업소득에 대해서는 2013년 과세연도부터 2015년 과세연도까지는 추계로 신고를 하였고, 2016년 과세연도부터 외부조정으로 신고하였다. <표1> 청구인의 2013년～2019년 과세연도 종합소득세 신고내역 (기재 생략) 2) 쟁점사업장의 재무상태표상 영업권 및 기계장치 등 내역 쟁점사업장의 사업소득에 대해 최초로 장부기장(외부조정)으로 신고한 2016년 과세연도부터 쟁점사업장을 폐업한 2019년 과세연도까지의 쟁점사업장 재무상태표 등에 따르면, 영업권 및 기계장치 내역 등은 다음과 같다. 가) 영업권 계상 내역 (1) 쟁점사업장의 재무제표상 영업권 계상 내역을 보면, 2016년 과세연도에 영업권(무형자산)을 000원으로 계상하고 매년 000원씩(2019년에는 상각기간 2019.1.1.～2019.8.6.이므로 000원)을 상각하여 2019.8.6. 현재 영업권(무형자산) 잔존가액은 000원이 남아 있는 것으로 나타난다. (2) 쟁점감정평가서상 쟁점사업장의 ‘식별 가능한 무형자산’에 대한 기재 내용에 따르면, 쟁점사업장 개업 당시(2013년) 공장의 기계설비, 영업 운영 관련 자료, 거래처 정보 등 유형자산과 무형자산 합쳐서 000원에 취득하여 이를 영업권(무형자산)으로 계상하였던 것으로 기재되어 있다. <쟁점감정평가서 중 ‘식별가능한 무형자산’ 기재 내용> (기재 생략) 나) 기계장치 계상 내역 (1) 쟁점사업장의 재무제표상 기계장치 계상 내역을 보면, 2016년 과세연도에 기계장치를 000원으로 계상하고, 2017년 과세연도에 000원, 2018년 과세연도에 000원, 2019년 과세연도에 000원을 취득(총 취득원가 000원)한 것으로 계상하고 매년 감가상각(감가상각누계액 000원)하여 2019.8.6. 현재 미상각잔액은 000원이 남아 있는 것으로 나타난다. (2) 2019년 과세연도 종합소득세 신고서 부속명세서인 유형자산감가상각비명세서를 보면, 장부에 계상된 기계장치는 아래 <표2>와 같이 열분해로가 아닌 열분해로 부속설비(예: 집진기)나 부속장치만 계상되어 있는 것으로 나타난다(열분해로 취득대가는 2013년에 쟁점사업장 취득 당시 지급한 영업권 가액 000원에 포함되어 있는 것으로 보여진다). <표2> 2019년 유형자산감가상각비명세서 중 기계장치 부분 (기재 생략) 다) 쟁점사업장의 2019.8.5. 현재 재무상태표는 다음과 같다. (기재 생략) 3) 청구외법인의 설립등기 및 사업자등록 신청 가) 청구외법인의 등기사항일부증명서에 따르면, 청구외법인은 2018.12.31. 쟁점사업장과 동일한 장소에 상호를 ㈜AAAA으로, 대표이사를 청구인으로, 사업목적을 폐기물 중간처리업 등으로 하여 설립되었다. 나) 청구외법인은 2019.8.20. ○○군청에 폐기물처리업(최종재활용업) 변경신고서를 제출 하였고, ○○군청은 2019.8.21. 청구외법인에 아래와 같이 폐기물처리업(최종재활용업) 변경신고 수리 알림 통지(청구외법인의 폐기물 최종재활용업 허가증 첨부)를 하였다. <변경신고 수리내역> (기재 생략) 다) 청구인은 2019.8.23. 처분청 민원실을 직접 방문하여 청구외법인의 ‘법인설립신고 및 사업자등록신청’을 하면서 첨부서류로 ○○군청에서 통지한 ‘폐기물처리업(최종재활용업) 변경신고 수리 알림’ 공문 사본, ‘폐기물 최종재활용업 허가증 사본’, 청구인과 청구외법인 간에 체결된 쟁점사업양수도계약서 사본을 제출하였다. 라) 이후 청구인은 2019.8.28. 홈택스를 이용하여 폐업사유를 법인전환으로 기재하여 쟁점사업장의 폐업신고를 하였다. 4) 쟁점사업양수도계약서 가) 청구외법인의 ‘법인설립신고 및 사업자등록신청서’에 첨부된 쟁점사업양수도계약서를 살펴보면, 청구인(양도인)과 청구외법인(양수인) 간에 2019.7.31. 체결된 것으로서 제2조(양도의 목적물)에는 ‘2019.7.31. 기준 영업권으로 ｢감정평가 및 감정평가사에 관한 법률｣ 등 제반 관련 법규에서 규정하는 평가방법 및 감정평가 일반이론에 의거하여 평가한 감정평가 결정액을 대가로 하여 청구인은 청구외법인에 청구인의 사업일체를 포괄적으로 양도한다’고 약정되어 있고, 제3조(양도대금 및 지급시기) 제1항에는 ‘본 계약에 따른 사업권 양도 대금은 000원으로 한다’고 약정되어 있다. <쟁점사업양수도계약서 중 일부> (기재 생략) 5) 쟁점감정평가서 청구인이 2019.7월경 법인전환 과정에서 ㈜BB평가법인 ○○지사에 의뢰하여 작성한 쟁점감정평가서를 보면, 평가대상 목적물은 쟁점사업장 영업권, 감정평가액은 000원, 감정평가 목적은 일반거래(시가참고용), 기준시점은 2019.7.31. 작성일은 2019.8.14.이며, 평가방법은 ｢감정평가에 관한 규칙｣ 제23조 제3항 및 ｢감정평가 실무기준｣에 의하여 수익환원법으로 산정한 사업가치에서 영업 투하자본을 차감하여 평가하였으며, 그 주요 내용은 다음과 같다. <쟁점감정평가서 주요 내용> (기재 생략) 6) 이의신청에 대한 세무서 국세심사위원회에서 청구인의 진술 이 건 전심인 이의신청 결정서에 따르면, 청구인은 이의신청에 대한 세무서 국세심사위원회에 직접 출석하여 법인전환 사업의 포괄 양도양수 계약서의 작성 과정에 대한 위원 질의에 대해 쟁점사업양수도계약서를 작성한 후 납부하여야 할 세금이 많다는 이야 기가 있어 최종본 사업양수도계약서를 작성한 것이라고 진술한 것으로 기재되어 있다. 7) 청구인 제출증빙 및 검토내용 가) 불복청구시 제출한 사업양수도계약서 (1) 청구인이 이 건 전심인 이의신청 및 이 건 심사청구에 최종본 사업양수도계약서라고 주장하며 증거서류로 제출한 사업양수도계약서를 살펴보면, 청구인(양도인)과 청구외법인 (양수인) 간에 2019.7.31. 체결된 것으로서 제3조(양도양수 자산․부채 및 기준일)에는 ‘청구외법인은 2019.7.31.을 양도양수 기준일로 하여 동일 현재의 쟁점사업장의 장부상 자산총액과 부채총액을 인수하기로 한다’고 약정되어 있고, 제4조(양도양수가액)에는 ‘양도양수가액은 제3조의 자산총액에서 부채총액을 차감한 잔액으로 하되, 양도․양수일 현재 중소기업회계기준에 의하여 계상된 장부가액에 의한다’고 약정되어 있다. <불복청구시 제출한 사업양수도계약서 중 일부> (기재 생략) (2) 심리담당이 청구인에게 위 계약서 제4조 및 제5조에 따른 양수도가액 수취내역의 제출을 요구한바, 청구인은 2019.8.5. 현재 재무상태표를 제출하면서 사업양수도 순자산 가액이 負의 가액인 사업양수도로서 양수도대금의 수취는 없었던 것으로 회신하였다. 나) 기계장치 현황 및 기계장치 시가평가 내역 (1) 청구인은 쟁점사업장에 저온 열분해로 2대를 보유중이었다고 주장하면서 그 근거로 저온 열분해로 기계장치 2대가 설치되어 있는 사진을 제출하였다. (2) 청구인은 열분해로 기계장치의 재취득가액이 000원임에도 쟁점감정평가서는 기계장치 자산가액을 공정가액을 반영하지 않은 회사 제출 장부가액으로 평가한 오류가 있다고 주장하면서 2021.6월에 작성된 기계장치 설비회사 2곳의 견적서(총 견적액 000원)를 제출하였다. <표3> 기계장치 설비회사 2곳의 견적서 내역 (기재 생략) (3) 열분해로 기계장치의 평가액 검토 ｢감정평가 실무기준｣(국토교통부 고시)에 따르면, 기계기구류의 감정평가는 원가법을 적용하며(630-1), 원가법이란 대상물건의 재조달원가에 감가수정(減價修正)을 하여 대상 물건의 가액을 산정하는 감정평가방법을 말하고(400-3), 기계기구류의 감가수정은 경제 적 내용연수를 기준으로 정률법을 적용하여 감가수정하도록 규정(630-1)하고 있는바, 청구인이 제출한 열분해로 기계장치의 견적액 000원을 재조달원가로 인정한다고 하더라도 2013년 취득․설치 이후 경제적 내용연수를 기준으로 정률법을 적용한 금액을 공제하여야 기준시점(2019.7.31.)의 열분해로 기계장치의 평가액을 산정할 수 있으나, 청구인은 이에 대한 감가수정 금액을 제시하고 있지 않아 열분해로 기계장치의 적정한 평가액을 산정할 수 없다. 다) 관련 법규에 따른 영업권 평가내역 (1) 상증세법 시행령 제59조 제2항에 따른 영업권 평가내역 ㈎ 청구인은 관련 법규(｢소득세법 시행령｣ 제98조 제3항, ｢법인세법 시행령｣ 제89조 제2항, 상증세법 제64조, 상증세법 시행령 제59조 제2항)에 따라 기계장치의 재취득가액을 시가로 반영하여 쟁점영업권 가액을 재산정할 경우 쟁점영업권 평가액은 0원으로 산정된다며 상증세법 시행령 제59조 제2항에 따른 영업권 평가내역을 제출하였다. <상증세법 시행령 제59조 제2항에 따른 영업권 평가내역> (기재 생략) ㈏ 평가기준일 현재 자기자본 계산 및 영업권 평가액에 대한 검토 청구인이 제출한 순자산가액계산서상 재무상태표 가액은 2019.8.5. 현재의 재무상태표 가액에 비하여 자산가액은 000원이 높고 부채가액은 000원이 낮아 청구인이 제출한 순자산가액계산서상 순자산은 2019.8.5. 현재 재무상태표상 순자산가액보다 000원 높게 계산되어 있고, 청구인은 순자산가액계산서상 기계장치 평가차액을 000원으로 계산하여 자산가액에 가산하였으나, 열분해로 기계장치 견적액 000원에서 열분해로 기계장치 설치일(2013년)부터 평가기준일(2019.7.31.)까지 청구인이 신고한 상각방법에 의하여 계산한 감가상각비 상당액을 공제할 경우 기준내용연수 5년을 경과하였기에 열분해로 기계장치 평가액은 0원이므로 기계장치 평가차액은 없는 것으로 계산되며, 순자산가액계산서상 부채에서 제외한 장기미지급금 000원은 부채에서 제외할 사유에 해당하지 않음에도 임의로 부채에서 제외한 것으로 확인된다. 위 검토내용에 따르면 평가기준일 현재 자기자본은 △000원(2019.8.5. 현재 재무상태표상 순자산가액 △000원이고, 평가차액은 없음)으로 계산되므로, 영업권 평가액은 000원으로 계산되고, 위 검토내용 중 열분해로 기계장치 가액을 청구인 주장대로 000원으로 볼 경우 평가기준일 현재 자기자본은 000원(2019.8.5. 현재 재무상태표상 순자산가액 △000원 + 평가차액 000원)으로 계산되므로, 영업권 평가액은 000원으로 계산된다. (2) 상증세법 시행령 제59조 제7항에 따른 영업권 평가내역 청구인은 평가기준일 현재 쟁점사업장의 장부는 실질적으로 기계장치를 포함한 자산의 가액과 대표이사 가수금을 포함한 부채의 가액을 확인할 수가 없어 자기자본을 확인할 수 없는 경우에 해당되므로, 상증세법 시행령 제59조 제7항에 따라 산정된 자기자본 환산가액을 기초로 영업권을 평가하여야 하고, 이 경우 영업권은 평가액은 0원으로 산정된다며 상증세법 시행령 제59조 제7항에 따른 영업권 평가내역을 제출하였다. <상증세법 시행령 제59조 제7항에 따른 영업권 평가내역> (기재 생략)
• 라. 판단 1) 관련 규정 및 관련 법리 가) ｢소득세법｣ 제41조 제1항 은 ‘기타소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자의 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다’고 규정하면서, 같은 법 시행령 제98조 제3항에서 ‘시가의 산정에 관하여는 ｢법인세법 시행령｣ 제89조 제1항 및 제2항의 규정을 준용한다’고 규정하고 있다. ｢법인세법 시행령｣ 제89조 는 ‘해당 거래와 유사한 상황에서 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따르고(제1항), 시가가 불분명한 경우에는 ｢감정평가 및 감정평가사에 관한 법률｣에 따른 감정평가업자가 감정한 가액과 상증세법 제61조부터 제66조까지의 규정 등을 준용하여 평가한 가액을 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다(제2항)’고 규정하고 있다. 나) 따라서 쟁점영업권이 무상으로 양도된 경우로서 종합소득세 등의 과세대상에 해당하는지 여부는 ｢법인세법 시행령｣ 제89조 제2항 등에 따라 해당 거래와 유사한 상황에서 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격, 그러한 거래가액이 존재하지 아니하는 경우에는 감정평가업자가 감정한 가액과 상증세법상 보충적 평가액 순으로 적용한 가격을 기준으로 판단하여야 할 것이다(대법원 1988.2.9. 선고 87누671 판결 참조). 다) 한편, 감정인의 감정 결과는 그 감정방법 등이 경험칙에 반하거나 합리성이 없는 등의 현저한 잘못이 없는 한 이를 존중하여야 한다(대법원 1997.2.11. 선고 96다1733 판결 등 참조). 2) 쟁점감정평가서상 영업권 평가액을 시가로 볼 수 있는지에 대한 판단 가) 위 관련 법리와 앞서 살펴본 사실관계에서 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하여 볼 때, 쟁점감정평가서상 영업권 감정평가액을 쟁점영업권의 시가로 보는 것이 타당하다. (1) 이 건의 경우 쟁점영업권이 유사한 상황에서 거래된 가격이 존재하지 아니하고, 이 건 사업양수도 당시 쟁점영업권에 대한 감정가액이 존재하므로 ｢소득세법｣ 제41조 및 ｢법인세법 시행령｣ 제89조 제2항 등의 법령에 따라 그 감정가액을 시가로 보는 것이 부적당하다는 특별한 사정이 없는 한 그 가액을 기준으로 무상양도 부당행위계산 여부를 판단하여야 한다. (2) 청구인은 열분해로 기계장치의 재취득가액이 000원임에도 쟁점감정평가서는 기계장치 자산가액을 장부가액(000원)으로 평가하여 중대한 하자가 있다고 주장하나, ｢감정평가 실무기준｣(국토교통부 고시)에 따르면 기계기구류의 감정평가는 원가법을 적용하며(630-1), 원가법이란 대상물건의 재조달원가에 감가수정을 하여 대상물건의 가액을 산정하는 감정평가방법을 말하고(400-3), 기계기구류의 감가수정은 경제적 내용연수를 기준으로 정률법을 적용하여 감가수정하도록 규정(630-1)하고 있는바, 열분해로 기계장치 견적액 000원은 이를 재조달원가로 인정한다고 하더라도 2013년 취득 이후 경제적 내용연수를 기준으로 정률법을 적용한 금액을 공제하여야 기준시점(2019.7.31.)의 열분해로 기계장치의 평가액을 산정할 수 있으나, 청구인은 이에 대한 감가수정 금액을 공제하지 않아 열분해로 기계장치의 적정한 평가액에 해당하지 않으며, 또한 통상적으로 감정평가 실무에서는 기계장치의 경우 재조달원가에 감가수정을 하여 산정한 대상물건의 가액과 장부가액은 큰 차이가 없다고 보아 장부가액을 사용하고 있으므로, 쟁점감정평가서는 기계장치 자산가액을 장부가액으로 평가하였기에 중대한 하자가 있다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다. (3) 쟁점사업장 재무상태표 및 쟁점감정평가서에 따르면, 청구인은 2013년 쟁점사업장 개업 당시 당해 공장의 기계설비, 영업 운영 관련 자료, 거래처 정보 등 유형자산과 무형자산 합쳐서 000원에 취득하고 이를 영업권으로 계상하였는바, 청구인은 2013년경 영업권 가액 000원을 지급하고 쟁점사업장을 양수하였던 것으로 확인된다. (4) 청구인은 취소된 쟁점사업양수도계약서의 관련 서류인 쟁점감정평가서를 근거로 과세하는 것은 부당하다고 주장하나, 청구인이 제출한 최종본 사업양수도계약서에 따르면 쟁점영업권 가액은 없는 것으로 하여 사업양수도를 하였는바, 이는 쟁점영업권을 무상으로 양도한 것에 해당하므로 ｢소득세법｣ 제41조 및 및 ｢법인세법 시행령｣ 제89조 제2항 등에 따라 사업양수도 당시 쟁점영업권의 감정가액을 시가로 보아 부당행위계산 부인함이 타당하다. 나) 따라서, 처분청이 쟁점감정평가서상 영업권 평가액을 쟁점영업권의 시가로 보고 청구인이 청구외법인에 쟁점영업권을 무상양도한 것에 대해 부당행위계산 부인을 적용하여 종합소득세를 과세한 이 건 부과처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.