근로소득 원천징수를 누락하여 소득자에게 종합소득세를 부과한 처분의 당부

OO세무서장이 2020.6.8. 청구인에게 한 2014년 과세연도 종합소득세 1,536,318원의 부과처분은 신고불성실 및 납부불성실가산세 합계 586,300원을 적용하지 아니하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심사청구는 이를 기각합니다.

• 가. 청구인은 농어촌 등 보건의료를 위한 특별조치법(이하 ‘농어촌의료법’이라 한다) 등에 따라 2014년 중 OO도 OO군 보건의료시설에 배치되어 공중보건의사로 재직하면서 업무활동장려금 13,200,000원(이하 ‘쟁점장려금’이라 한다)을 수령하였으나, 이에 대한 원천징수가 이루어지거나 2014년 귀속 근로소득 연말정산시 근로소득금액으로 합산되지 아니하였다.
• 나. 처분청은 쟁점장려금이 근로소득에 해당한다고 보아 청구인의 연말정산 근로소득 17,624,480원과 합산하여 2020.6.8. 청구인에게 2014년 과세연도 종합소득세 1,536,318원(가산세 586,300원 포함)을 고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2020.6.24. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. OO군청에서 처리하였어야 할 세금문제를 개인인 청구인에게 부과하는 것은 부당하다.
• 나. 2014년 OO군청에서 회계실수를 하지 않았다면 연말정산을 통해 소액만 납부하고 정리되었을 소득인데, 이를 이행하지 않아 과다한 소득세가 부과되었는바 이는 부당하다.

• 가. 2014년 귀속 쟁점장려금에 대하여 원천징수의무자인 OO군청에게 원천세를 징수‧납부할 수 있는 부과제척기간이 이미 만료되어 OO군청에게 징수할 수 없고, 2014년 귀속 종합소득세 부과제척기간 만료일인 2020.6.30. 이전 청구인에게 이 건 종합소득세 고지서를 송달 완료하였으므로 적법한 과세처분이다.
• 나. 청구인은 OO군청의 회계실수로 종합소득세가 과다 부과되었다고 주장하므로 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지를 살펴보면, 가산세는 “과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고ㆍ납세의무 등을 위반한 경우에 법에 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하고, 법령의 무지 또는 오인은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않으므로 이건 가산세를 부과한 처분은 정당하다.(대법원 2007.4.26. 선고 2005두10545 판결 참조).

• 가. 쟁점

① 쟁점장려금에 대한 원천징수가 미이행된 경우 소득자인 청구인에게 종합소득세로 부과한 처분의 당부

② 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부

• 나. 관련법령 1) 소득세법 제12조 【비과세소득】([2014.01.01.-12169호]일부개정) 다음 각 호의 소득에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다.

3. 근로소득과 퇴직소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득

• 가. 대통령령으로 정하는 복무 중인 병(兵)이 받는 급여
• 나. 법률에 따라 동원된 사람이 그 동원 직장에서 받는 급여
• 다. 산업재해보상보험법에 따라 수급권자가 받는 요양급여, 휴업급여, 장해급여, 간병급여, 유족급여, 유족특별급여, 장해특별급여, 장의비 또는 근로의 제공으로 인한 부상ㆍ질병ㆍ사망과 관련하여 근로자나 그 유족이 받는 배상ㆍ보상 또는 위자(慰藉)의 성질이 있는 급여
• 라. 근로기준법 또는 선원법에 따라 근로자ㆍ선원 및 그 유족이 받는 요양보상금, 휴업보상금, 상병보상금(傷病補償金), 일시보상금, 장해보상금, 유족보상금, 행방불명보상금, 소지품 유실보상금, 장의비 및 장제비
• 마. 고용보험법에 따라 받는 실업급여, 육아휴직 급여, 육아기 근로시간 단축 급여, 출산전후휴가 급여등, 제대군인 지원에 관한 법률에 따라 받는 전직지원금, 국가공무원법ㆍ지방공무원법에 따른 공무원 또는 사립학교교직원 연금법ㆍ별정우체국법을 적용받는 사람이 관련 법령에 따라 받는 육아휴직수당
• 바. 국민연금법에 따라 받는 반환일시금(사망으로 받는 것만 해당한다) 및 사망일시금
• 사. 공무원연금법, 군인연금법, 사립학교교직원 연금법 또는 별정우체국법에 따라 받는 요양비ㆍ요양일시금ㆍ장해보상금ㆍ사망조위금ㆍ사망보상금ㆍ유족보상금ㆍ유족일시금ㆍ유족연금일시금ㆍ유족연금부가금ㆍ유족연금특별부가금ㆍ재해부조금ㆍ재해보상금 또는 신체ㆍ정신상의 장해ㆍ질병으로 인한 휴직기간에 받는 급여
• 아. 대통령령으로 정하는 학자금
• 자. 대통령령으로 정하는 실비변상적(實費辨償的) 성질의 급여
• 차. 외국정부(외국의 지방자치단체와 연방국가인 외국의 지방정부를 포함한다. 이하 같다) 또는 대통령령으로 정하는 국제기관에서 근무하는 사람으로서 대통령령으로 정하는 사람이 받는 급여. 다만, 그 외국정부가 그 나라에서 근무하는 우리나라 공무원의 급여에 대하여 소득세를 과세하지 아니하는 경우만 해당한다.
• 카. 국가유공자 등 예우 및 지원에 관한 법률 또는 보훈보상대상자 지원에 관한 법률에 따라 받는 보훈급여금ㆍ학습보조비
• 타. 전직대통령 예우에 관한 법률에 따라 받는 연금
• 파. 작전임무를 수행하기 위하여 외국에 주둔 중인 군인ㆍ군무원이 받는 급여
• 하. 종군한 군인ㆍ군무원이 전사(전상으로 인한 사망을 포함한다. 이하 같다)한 경우 그 전사한 날이 속하는 과세기간의 급여
• 거. 국외 또는 남북교류협력에 관한 법률에 따른 북한지역에서 근로를 제공하고 받는 대통령령으로 정하는 급여
• 너. 국민건강보험법, 고용보험법 또는 노인장기요양보험법에 따라 국가, 지방자치단체 또는 사용자가 부담하는 보험료
• 더. 생산직 및 그 관련 직에 종사하는 근로자로서 급여 수준 및 직종 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 근로자가 대통령령으로 정하는 연장근로ㆍ야간근로 또는 휴일근로를 하여 받는 급여
• 러. 대통령령으로 정하는 식사 또는 식사대
• 머. 근로자 또는 그 배우자의 출산이나 6세 이하(해당 과세기간 개시일을 기준으로 판단한다) 자녀의 보육과 관련하여 사용자로부터 받는 급여로서 월 10만원 이내의 금액
• 버. 국군포로의 송환 및 대우 등에 관한 법률에 따른 국군포로가 받는 보수 및 퇴직일시금
• 서. 교육기본법 제28조제1항 에 따라 받는 장학금 중 대학생이 근로를 대가로 지급받는 장학금(고등교육법 제2조제1호 부터 제4호까지의 규정에 따른 대학에 재학하는 대학생에 한한다) 2) 소득세법 제20조 【근로소득】([2014.01.01.-12169호]일부개정)

① 근로소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 근로를 제공함으로써 받는 봉급ㆍ급료ㆍ보수ㆍ세비ㆍ임금ㆍ상여ㆍ수당과 이와 유사한 성질의 급여

2. 법인의 주주총회ㆍ사원총회 또는 이에 준하는 의결기관의 결의에 따라 상여로 받는 소득

3. 법인세법에 따라 상여로 처분된 금액

4. 퇴직함으로써 받는 소득으로서 퇴직소득에 속하지 아니하는 소득

② 근로소득금액은 제1항 각 호의 소득의 금액의 합계액(비과세소득의 금액은 제외하며, 이하 "총급여액"이라 한다)에서 제47조에 따른 근로소득공제를 적용한 금액으로 한다.

③ 근로소득의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2-1) 소득세법 시행령 제38조 【근로소득의 범위】([2014.02.21.-25193호]일부개정)

① 법 제20조에 따른 근로소득에는 다음 각 호의 소득이 포함되는 것으로 한다.

1. 기밀비(판공비를 포함한다. 이하 같다)・교제비 기타 이와 유사한 명목으로 받는 것으로서 업무를 위하여 사용된 것이 분명하지 아니한 급여

2. 종업원이 받는 공로금・위로금・개업축하금・학자금・장학금(종업원의 수학중인 자녀가 사용자로부터 받는 학자금・장학금을 포함한다) 기타 이와 유사한 성질의 급여

3. 근로수당・가족수당・전시수당・물가수당・출납수당・직무수당 기타 이와 유사한 성질의 급여

4. 보험회사, 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 투자매매업자 또는 투자중개업자 등의 종업원이 받는 집금(집금)수당과 보험가입자의 모집, 증권매매의 권유 또는 저축을 권장하여 받는 대가, 그 밖에 이와 유사한 성질의 급여

5. 급식수당・주택수당・피복수당 기타 이와 유사한 성질의 급여

6. 주택을 제공받음으로써 얻는 이익. 다만, 주주 또는 출자자가 아닌 임원(주권상장법인의 주주 중 소액주주인 임원을 포함한다)과 임원이 아닌 종업원(비영리법인 또는 개인의 종업원을 포함한다) 및 국가・지방자치단체로부터 근로소득을 지급받는 사람이 기획재정부령으로 정하는 사택을 제공받는 경우를 제외한다.

7. 종업원이 주택(주택에 부수된 토지를 포함한다)의 구입・임차에 소요되는 자금을 저리 또는 무상으로 대여 받음으로써 얻는 이익

8. 기술수당・보건수당 및 연구수당, 그 밖에 이와 유사한 성질의 급여

9. 시간외근무수당・통근수당・개근수당・특별공로금 기타 이와 유사한 성질의 급여

10. 여비의 명목으로 받는 연액 또는 월액의 급여

11. 벽지수당・해외근무수당 기타 이와 유사한 성질의 급여

12. 종업원이 계약자이거나 종업원 또는 그 배우자 기타의 가족을 수익자로 하는 보험・신탁 또는 공제와 관련하여 사용자가 부담하는 보험료・신탁부금 또는 공제부금(이하 이 호에서 "보험료등"이라 한다). 다만, 다음 각 목의 보험료등을 제외한다.

• 가. 삭제 <2000.12.29>
• 나. 종업원의 사망・상해 또는 질병을 보험금의 지급사유로 하고 종업원을 피보험자와 수익자로 하는 보험으로서 만기에 납입보험료를 환급하지 아니하는 보험(이하 "단체순수보장성보험"이라 한다)과 만기에 납입보험료를 초과하지 아니하는 범위안에서 환급하는 보험(이하 "단체환급부보장성보험"이라 한다)의 보험료중 연 70만원 이하의 금액
• 다. 삭제 <2013.2.15>
• 라. 삭제 <2013.2.15>
• 마. 임직원의 고의(중과실을 포함한다)외의 업무상 행위로 인한 손해의 배상청구를 보험금의 지급사유로 하고 임직원을 피보험자로 하는 보험의 보험료
• 바. 삭제 <2009.2.4>

13. 법인세법 시행령 제44조제4항 에 따라 손금에 산입되지 아니하고 지급받는 퇴직급여

14. 휴가비 기타 이와 유사한 성질의 급여

15. 삭제 <2013.2.15.>

16. 계약기간 만료전 또는 만기에 종업원에게 귀속되는 단체환급부보장성보험의 환급금

17. 법인의 임원 또는 종업원이 당해 법인 또는 당해 법인과 법인세법 시행령 제87조 의 규정에 의한 특수관계에 있는 법인(이하 이 호에서 "당해 법인등"이라 한다)으로부터 부여받은 주식매수선택권을 당해 법인등에서 근무하는 기간중 행사함으로써 얻은 이익(주식매수선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함한다)

18. 삭제 <2008.2.22>

19. 공무원 수당 등에 관한 규정, 지방공무원 수당 등에 관한 규정, 검사의 보수에 관한 법률 시행령, 대법원규칙, 헌법재판소규칙 등에 따라 공무원에게 지급되는 직급보조비 3) 소득세법 제70조 【종합소득과세표준 확정신고】([2014.01.01.-12169호]일부개정)

① 해당 과세기간의 종합소득금액이 있는 거주자(종합소득과세표준이 없거나 결손금이 있는 거주자를 포함한다)는 그 종합소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 소득세법 부칙 <제13282호, 2015.5.13.> 제9조(2014년 과세기간의 종합소득과세표준 확정신고에 관한 특례) 근로소득, 공적연금소득 또는 연말정산 사업소득이 있는 거주자는 2014년 과세기간에 대한 종합소득과세표준을 제70조제1항에도 불구하고 2015년 6월 30일까지 납세지 관할 세무서장에게 신고할 수 있다. 4) 소득세법 제73조 【과세표준확정신고의 예외】([2014.01.01.-12169호]일부개정)

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 거주자는 제70조 및 제71조에도 불구하고 해당 소득에 대하여 과세표준확정신고를 하지 아니할 수 있다. <개정 2013.1.1>

④ 근로소득(일용근로소득은 제외한다), 연금소득, 퇴직소득 또는 제1항제4호에 따른 소득이 있는 자에 대하여 제127조에 따른 원천징수의무를 부담하는 자가 제137조, 제137조의2, 제138조, 제143조의4, 제144조의2 또는 제146조에 따라 소득세를 원천징수하지 아니한 때에는 제1항을 적용하지 아니한다. <개정 2010.12.27.> 5) 소득세법 제127조 【원천징수의무】([2014.01.01.-12169호]일부개정)

① 국내에서 거주자나 비거주자에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 지급하는 자(제3호의 소득을 지급하는 자의 경우에는 사업자 등 대통령령으로 정하는 자로 한정한다)는 이 절의 규정에 따라 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다. 4. 근로소득. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득은 제외한다. 6) 소득세법 제128조 【원천징수세액의 납부】([2014.01.01.-12169호]일부개정)

① 원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 원천징수 관할 세무서, 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다. 7) 소득세법 제137조 【근로소득세액의 연말정산】([2014.01.01.-12169호]일부개정)

① 원천징수의무자는 해당 과세기간의 다음 연도 2월분의 근로소득 또는 퇴직자의 퇴직하는 달의 근로소득을 지급할 때에는 다음 각 호의 순서에 따라 계산한 소득세를 원천징수한다. <개정 2014.1.1>

1. 근로소득자의 해당 과세기간(퇴직자의 경우 퇴직하는 날까지의 기간을 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 근로소득금액에 그 근로소득자가 제140조 에 따라 신고한 내용에 따라 종합소득공제를 적용하여 종합소득과세표준을 계산

2. 제1호의 종합소득과세표준에 기본세율을 적용하여 종합소득산출세액을 계산

3. 제2호의 종합소득산출세액에서 해당 과세기간에 제134조제1항 에 따라 원천징수한 세액, 외국납부세액공제, 근로소득세액공제, 자녀세액공제, 연금계좌세액공제 및 특별세액공제에 따른 공제세액을 공제하여 소득세를 계산

② 제1항제3호에서 해당 과세기간에 제134조제1항 에 따라 원천징수한 세액, 외국납부세액공제, 근로소득세액공제, 자녀세액공제, 연금계좌세액공제 및 특별세액공제에 따른 공제세액의 합계액이 종합소득산출세액을 초과하는 경우에는 그 초과액을 그 근로소득자에게 대통령령 으로 정하는 바에 따라 환급하여야 한다. <개정 2014.1.1>

③ 원천징수의무자가 제140조 에 따른 신고를 하지 아니한 근로소득자에 대하여 제1항을 적용하여 소득세를 원천징수할 때에는 기본공제 중 그 근로소득자 본인에 대한 분과 표준세액공제만을 적용한다. <개정 2014.1.1> 8) 소득세법 제80조 【결정과 경정】([2014.01.01.-12169호]일부개정)

① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 해당 과세기간 과세표준과 세액을 결정한다. <개정 2013.1.1>

② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제2호 및 제3호의 경우에는 제73조에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다. <개정 2010.12.27, 2013.1.1, 2014.1.1>

1. 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우

2. 제137조ㆍ제137조의2ㆍ제138조ㆍ제143조의4ㆍ제144조의2 또는 제146조에 따라 소득세를 원천징수한 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우로서 원천징수의무자의 폐업ㆍ행방불명 등으로 원천징수의무자로부터 징수하기 어렵거나 근로소득자의 퇴사로 원천징수의무자의 원천징수 이행이 어렵다고 인정되는 경우 9) 국세기본법 제47조 【가산세 부과】 ([2014.01.01.-12162호]일부개정)

① 정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다.

② 가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 해당 국세의 세목(세목)으로 한다. 다만, 해당 국세를 감면하는 경우에는 가산세는 그 감면대상에 포함시키지 아니하는 것으로 한다.

③ 가산세는 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 10) 국세기본법 제47조의3 【과소신고・초과환급신고가산세】([2014.01.01.-12162호] 일부개정)

① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법 및 농어촌특별세법 에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 과세표준 또는 납부세액을 신고하여야 할 금액보다 적게 신고(이하 이 조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 한다. 다만, 부가가치세법에 따른 사업자가 같은 법 제48조제1항・제4항, 제49조제1항, 제66조 및 제67조에 따른 신고를 한 경우로서 영세율과세표준을 과소신고(신고하지 아니한 경우를 포함한다)한 경우에는 제2호에 따른 금액의 100분의 10에 상당하는 금액과 그 과소신고분(신고하여야할 금액에 미달한 금액을 말한다. 이하 같다) 영세율과세표준의 1천분의 5에 상당하는 금액을 합한 금액을 가산세로 한다. <개정 2013.6.7>

1. 소득세, 법인세, 상속세・증여세, 증권거래세, 종합부동산세의 과세표준을 과소신고한 경우: 다음 계산식에 따라 계산한 금액. 이 경우 종합부동산세의 산출세액은 종합부동산세법 제9조제1항 또는 제14조제1항・제4항에 따른 세액에서 같은 법 제9조제3항부터 제7항까지의 규정 또는 제14조제3항・제6항에 따른 공제액을 뺀 금액으로서 각각 같은 법 제10조 또는 제15조에 따른 금액 이내의 금액으로 한다. 11) 국세기본법 제47조의4 【납부불성실・환급불성실가산세】([2014.01.01.-12162호] 일부개정)

① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부(중간예납・예정신고납부・중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다. 다만, 인지세법 제8조 제1항에 따른 인지세의 납부를 하지 아니하거나 과소납부한 경우에는 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분(납부하여야할 금액에 미달한 금액을 말한다. 이하 같다) 세액의 100분의 300에 상당하는 금액을 가산세로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율 12) 국세기본법 제47조의5 【원천징수납부 등 불성실가산세】([2013.1.1. 법률 제11604호로 개정된 것])

① 국세를 징수하여 납부할 의무를 지는 자가 징수하여야 할 세액(제2항제2호의 경우에는 징수한 세액)을 세법에 따른 납부기한까지 납부하지 아니하거나 과소납부한 경우에는 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 한도로 하여 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다. <개정 2013.1.1>

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액의 100분의 3에 상당하는 금액

2. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액 × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

② 제1항에서 "국세를 징수하여 납부할 의무"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 의무를 말한다.

1. 소득세법 또는 법인세법에 따라 소득세 또는 법인세를 원천징수하여 납부할 의무

③ 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다. <개정 2013.1.1>

3. 소득세법 또는 법인세법에 따라 소득세 또는 법인세를 원천징수하여야 할 자가 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합인 경우(소득세법 제128조의2 에 해당하는 경우는 제외한다) 13) 국세기본법 제48조 【가산세 감면 등】([2014.01.01.-12162호] 일부개정)

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조제1항 에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

• 다. 사실관계

1. 원천징수의무자인 OO남도 OO군청에서 제출한 근로소득지급명세서에 의하면,

• 가) 청구인은 2013.4.15.부터 2016.4.14.까지 3년간 OO군 보건의료시설에 배치되어 공중보건의사 1) 로 재직하였으며,
• 나) 2014년 귀속 청구인에 대한 근로소득 17,624,480(급여 16,081,880원 및 상여 1,542,600원)을 원천징수‧납부한 것으로 확인된다.

2. 농어촌 등 보건의료를 위한 특별조치법(이하 ‘농어촌의료법’이라 한다) 제11조 및 농어촌의료법 시행령 제8조 에 따라 공중보건의사에게 지급하는 보수의 기준은 다음과 같다.

3. 보건복지부가 발간한 2020년 공중보건의사제도 운영지침에 따르면, 공중보건의사의 보수에는 보건복지부장관이 지급하는 기본 보수 이외에 기타수당 및 여비로, “해당기관 예산의 범위 내에서 배치기관별로 공중보건업무 수행에 따른 업무활동장려금을 지급”할 수 있으며, 이 때 “월 기준액(900천원)의 2배 범위에서 진료, 보건사업, 연구활동실적 또는 공중보건의사 근무성적평정에 따라 차등지급”할 수 있는 것으로 나타난다.

4. 처분청은 OO남도 OO군청으로부터 회신받은 ‘공중보건의사 진료활용 장려수당 지급’내역에 관한 자료에 의해 청구인이 2014년 중 OO군으로부터 수령한 쟁점장려금 13,200,000원(월 110만원)에 대한 근로소득 원천징수가 누락된 것을 확인하고, 원천징수의무자인 OO군청으로부터 갑종근로소득세를 징수할 수 있는 원천세 부과제척기간이 2020.3.10. 만료되자 쟁점장려금을 청구인의 근로소득에 합산하여 2020.6.4. 청구인에게 2014년 과세연도 종합소득세 1,536,310원(가산세 586,300원 포함)을 고지(2014년 과세연도 종합소득세 부과제척기간 만료일인 2020.6.30. 이전인 2020.6.24. 고지서 송달 완료)하였다. * 일반과소신고가산세 87,921원, 납부불성실가산세 498,379원

○ 업무활동장려금의 지급조건이 어떻게 되는지, 공중보건의사별 차등지급되는지?

• 현재 OO군의 경우 보건소는 매월 120만원을, 보건지소는 매월90만원을 지급한다. 각 공중보건의사에게 지급되는 금액은 동일하고, 업무성과 등을 이유로 차등지급되는 것은 아니다.

○ 다른 지방자치단체 소속 보건소도 지급조건이 동일한지?

• 각 지방자치단체마다 지급되는 금액은 약간씩 상이할 수 있으나, 대부분 비슷한 조건으로 지급되는 것으로 알고 있다.

○ 업무활동장려금이 지급되는 이유는?

• 진료활동을 적극적으로 임해달라는 이유로 지급되고 있다.

5. 심리담당이 2021.6.2. OO군 보건소에 유선통화하여, 공중보건의사에게 지급하는 업무활동장려금에 대하여 문의한 내용은 아래와 같다.

• 라. 판단

1. 쟁점①에 대하여(쟁점장려금에 대한 원천징수가 미이행된 경우 소득자인 청구인에게 종합소득세로 부과할 수 있는지 여부) 원천세를 징수할 소득이라 하더라도 그 소득이 소득세법 소정의 종합소득 과세표준에 합산하여 신고하여야 할 소득으로서 그 원천징수가 누락되었다면 그 소득자에 대하여 종합소득세로서 이를 부과할 수 있다(대법원 1981.9.22. 선고 79누347 판결, 2006.7.13. 선고 2004두4604 판결 등 참조). 소득세법 제73조 제1항 은 근로소득만 있는 자는 해당 소득에 대하여 과세표준확정신고를 하지 아니할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 조 제4항에서 “근로소득이 있는 자에 대하여 원천징수의무를 부담하는 자가 소득세를 원천징수하지 아니한 때에는 같은 조 제1항을 적용하지 아니한다”고 규정하고 있으므로, 청구인과 같이 일부 근로소득에 대하여 소득세 원천징수가 누락된 경우 과세표준 확정신고의무가 면제되지 아니하고, 처분청이 소득세법 제80조 에 근거하여 청구인에게 종합소득세를 부과한 처분에는 잘못이 없다고 판단된다.

2. 쟁점②에 대하여(가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는 반면, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다(대법원 1995. 11. 14. 선고 95누10181 판결 참조). 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, ① 쟁점장려금은 과세대상 근로소득이므로 원천징수의무자인 OO군에서 갑종근로소득세로 마땅히 원천징수하였어야 하나 이에 대한 원천징수를 누락한 점, ② 청구인은 OO군에서 지급받는 근로소득 외에 다른 소득이 없어 OO군에서 정상적으로 원천징수를 이행하였다면 과세표준 확정신고의무가 면제되는 자에 해당하였는바 청구인에게 쟁점장려금에 대한 종합소득세 신고를 이행할 것을 기대하기 어려운 측면이 있는 점, ③ 더욱이 원천징수의무자가 국가 또는 지방자치단체인 경우 원천납세의무자인 청구인으로서는 지방자치단체에서 원천징수 및 연말정산이 정상적으로 이루어졌을 것이라 신뢰하였을 것이고 그 신뢰를 보호할 필요성이 높다고 보이는 점, ④ 국세기본법 제47조의5 제3항 제3호 에 의하면 원천징수하여야 할 자가 국가·지방자치단체·지방자치단체조합인 경우인 경우로서 누락된 근로소득을 원천징수의무자가 수정신고·납부하는 경우에는 원천징수납부 등 불성실가산세가 적용되지 아니하는 것임에도 이 건의 경우 OO군에 대한 원천세 부과제척기간이 경과하여 청구인에게 종합소득세로 부과하게 된 것인 점 등에 비추어 볼 때, 청구인이 쟁점장려금에 대한 종합소득세 신고를 이행하지 아니한 것에 대하여 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 보이므로, 처분청이 이 건 종합소득세를 부과함에 있어 신고불성실 및 납부불성실가산세를 부과한 처분에는 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 1) 농어촌의료법에 의하면, 공중보건의사란 공중보건업무에 종사하게 하기 위하여 병역법제34조 제1항에 따라 공중보건의사에 편입된 의사‧치과의사 또는 한의사로서 보건복지부장관으로부터 공중보건업무에 종사할 것을 명령받은 사람을 말하고(제2조), 그 신분은 국가공무원법제26조의5에 따른 임기제공무원이다.